Le Conseil national a décidé, à une large majorité de 112 voix contre 47 et 24 abstentions, de suivre sa commission et de soutenir l'instauration de réserves climatiques pour les vigneron.ne.s. Représentant la CER-CN, Olivier Feller (plr, VD) a expliqué que si la commission tenait tant à ce texte, c'est parce que l'Administration fédérale a confirmé qu'un changement de loi au niveau fédéral était nécessaire pour permettre aux cantons d'autoriser l'instauration de réserves climatiques. Les membres de la commission sœur auraient ainsi été mal informés, d'où leur refus d'entrer en matière. En modifiant la loi, les viticultrices et viticulteurs pourraient récolter plus de raisins les bonnes années pour pouvoir ensuite égaliser avec les mauvaises années de récolte. Aujourd'hui, une limite du nombre de kilos de raisin récolté par mètre carré est fixée dans l'ordonnance fédérale ; limite que les cantons n'ont pas le droit de dépasser. Sans succès, la minorité défendue par Prisca Birrer-Heimo (ps, LU) a dénoncé une mesure qui mènera à une surproduction de vin et à une demande future des milieux concernés d'aides fédérales pour écouler la production. Elle dénonce ainsi une manœuvre bien connue sous la coupole, qu'elle dit avoir eu l'occasion d'observer à de nombreuses reprises depuis son arrivée au Parlement il y a de cela 13 ans. De plus, les cantons ont aujourd'hui déjà le pouvoir d'augmenter la limite de kg/m2 de raisin.
Les soutiens au texte se comptent parmi tous les groupes, mais seule l'UDC a voté en bloc en faveur de l'initiative parlementaire. Les abstentions sont venues majoritairement des élu.e.s vert.e.s qui constituent 18 des 24 abstentionnistes.

La motion Chiesa (udc, TI) a été rejetée par le Conseil national. Aucun membre de la commission n'estimait nécessaire de soutenir ce texte alors qu'une proposition similaire a récemment été refusée par la chambre basse. De plus, d'après la commission, la demande de l'élu tessinois a été mise en œuvre par le Conseil fédéral. En effet, ce dernier a décidé de reporter d'une année l'obligation de dédier 3.5 pour cent des surfaces assolées à la biodiversité, comme expliqué par le rapporteur de la CER-CN, Olivier Feller (plr, VD).

Contre l'avis de la majorité de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national (CER-CN), la motion Rieder (centre, VS) a été rejetée par la chambre basse. Après qu'elle a été acceptée par le Conseil des Etats, la CER-CN avait pris position en faveur d'un texte qui aurait permis d'enterrer le projet du Conseil fédéral. Ce dernier prévoyait d'octroyer 3.5 pour cent des surfaces assolées à la biodiversité. Comme expliqué par le rapporteur francophone de la commission, Olivier Feller (plr, VD), aller de l'avant avec une telle mesure affaiblirait la sécurité alimentaire du pays, alors que la guerre en Ukraine montre à quel point il est important d'y faire attention. Défendant la minorité de la commission, Kathrin Bertschy (pvl, BE) a, au contraire, rétorqué que c'est bien la perte massive de biodiversité qui affaiblit la sécurité alimentaire du pays, une baisse du nombre de pollinisateurs induisant une baisse des récoltes. Pour l'élue bernoise, les facteurs sur lesquels il serait possible d'agir s'agissant de la sécurité alimentaire sont la réduction de la production de fourrage animal – 60 pour cent des surfaces assolées sont dédiées à cela en Suisse –, la réduction du gaspillage alimentaire et la protection des terres contre le mitage du territoire. Soutenant la minorité Bertschy, Guy Parmelin a tenu à préciser que ces 3,5 pour cent pourront être cultivés, par exemple, pour moitié avec des cultures de céréales en lignes de semis espacées, un « mode de production [...] favorable à la biodiversité, économiquement intéressant, avec un rendement légèrement inférieur au rendement courant ». L'impact de cette mesure devrait donc être limité sur la sécurité alimentaire. Les arguments du conseiller fédéral et de la députée vert'libérale ont fait mouche, une majorité des membres du Conseil national se ralliant à la minorité Bertschy résultant, par 97 voix contre 89 et 4 abstentions, au rejet de la motion du sénateur Rieder. La moitié des élu.e.s du PLR ainsi que 3 député.e.s du Centre ont rejoint les voix socialistes, vert-e-s et vert'libérales pour former une majorité.

Le Conseil national a adopté une version modifiée de la motion, la CER-CN ayant proposé que les non-professionnels aient la possibilité de suivre une formation pour pouvoir utiliser certains produits phytosanitaires particulièrement dangereux, plutôt que de leur en interdire purement et simplement l'accès. Comme expliqué par le rapporteur de commission, Olivier Feller (plr, VD), trois positions se sont dégagées lors des discussions : un rejet de la motion – pas de nécessité de légiférer en la matière –, une acceptation avec la présente modification – considérée comme une voie médiane par le député vaudois – et finalement une reprise de la motion d'origine telle que transmise par le Conseil des États. Sophie Michaud Gigon (VD), députée verte et également présidente de la FRC, a défendu cette dernière position, arguant qu'une obligation de formation serait administrativement lourde à mettre en place et à actualiser, alors qu'une interdiction d'accès à ces substances serait, d'une part, simple à implémenter et permettrait, d'autre part, de contribuer à l'effort collectif en matière de réduction des risques liés aux pesticides. Soumise au vote, cette manière de penser n'a pas réussi à récolter une majorité des voix (90 voix contre 104 et une abstention). Reprenant l'argument de l'excès de bureaucratie, l'UDC zougois Thomas Aeschi a appelé ses collègues à privilégier le statu quo en refusant la motion modifiée. Au final, la chambre basse a suivi, par 107 voix contre 84 et 4 abstentions, le raisonnement de la majorité de la commission, pour qui cette solution est libérale et permet de traiter équitablement les différents utilisateurs de ces produits.

Le secteur viticole suisse a connu, ces dernières années, des difficultés d'écoulement de sa production sur le marché interne. Alors que la concurrence internationale est forte, le vin suisse représente quelques 37 pour cent des parts de marché. Pour faire face à cette situation, les milieux concernés ont demandé aux autorités d'augmenter les moyens à disposition en 2020 et 2021 pour en faire la promotion, alors que CHF 2.8 millions sont aujourd'hui alloués à cet effet. Rentrant en matière pour ces deux années, en accordant CHF 1 million de plus au budget ordinaire, les autorités envisagent de réduire puis de renoncer à cette aide financière supplémentaire. Selon une majorité des membres de la CER-CN, ce rehaussage du budget a pourtant permis de faire légèrement augmenter les parts de marché du vin suisse, c'est pourquoi la commission a décidé de déposer une motion afin d'augmenter ces moyens à CHF 9 millions par année. Les vins promus devront respecter des critères de qualité et de durabilité. Cette motion de commission vient également en réaction à une initiative parlementaire déposée – puis retirée suite à l'action de la CER-CN – par le valaisan Benjamin Roduit (centre; Iv. pa. 21.461) visant une régulation des importations de vin. La commission souhaite donc privilégier l'incitation plutôt que la restriction. Elle en a également profité pour déposer une initiative parlementaire visant à la création d'une réserve climatique pour ce secteur. Lors des débats au sein du Conseil national, Markus Ritter (centre, SG), rapporteur de commission et président de l'USP, a défendu une hausse qui permettrait de se battre à armes égales avec la concurrence européenne – l'Italie investissant pas moins de CHF 18 millions dans la promotion de son vin sur le marché helvétique, avec des parts de marché à hauteur de 24 pour cent.
Dans le système actuel de soutien à la promotion des produits agricoles, la Confédération investit – jusqu'à hauteur d'un certain montant fixé à l'avance – autant que les branches concernées, selon les règles de financement paritaire, comme expliqué par le rapporteur francophone de la commission Olivier Feller (plr, VD). Augmenter le soutien des autorités à CHF 9 millions reviendrait donc à investir, en prenant en compte les montants injectés par la branche, les CHF 18 millions que dépensent les voisins du Sud. Une minorité ainsi que le Conseil fédéral se sont opposés à cette mesure tant pour des questions budgétaires, de santé publique – est-il juste d'inciter à la consommation de vin ? –, que d'équité avec la promotion d'autres produits. Guy Parmelin, pour le Conseil fédéral, a ainsi averti les député.e.s qu'en cas d'acceptation de la motion, ce seront d'autres secteurs agricoles qui verront leurs moyens dédiés à leur mise en avant s'amenuiser, le budget pour la promotion des produits agricoles faisant partie d'un pot commun. De son côté, Kathrin Bertschy (pvl, BE) a fait remarquer que, ramené à chaque bouteille de vin, le soutien suisse est plus élevé que celui engagé par la concurrence étrangère.
Lors du vote, les lignes de fractures politiques ont été supplantées par d'autres clivages, tels que le Röstigraben entre suisse-allemande et suisse latine, comme l'a fait remarquer le journal Le Temps. Ainsi, 82 pour cent des romand.e.s et tessinois.e.s ont voté en faveur de ce soutien tandis que seuls 38 pour cent des germanophones ont décidé d'en faire de même. Cela s'explique, en partie, par la localisation des lieux de production viticole, statistiquement bien plus importants dans les cantons latins que dans les cantons alémaniques. Ramené aux partis, on observe que les socialistes, les vert.e.s et les libéraux-radicaux ont comptabilisé un nombre égal de soutien et d'opposition dans leurs rangs, tandis que les membres du Centre et de l'UDC ont majoritairement soutenu le projet et que les membres vert'libéraux l'ont combattu. Au final, la proposition de la commission a été suivie par 98 député.e.s contre 61, alors que 22 parlementaires de tous bords se sont abstenu.e.s.

Le Conseil national s'empare de l'initiative populaire «Pour la souveraineté alimentaire. L'agriculture nous concerne toutes et tous», dans un contexte marqué par la publication, quelques semaines plus tôt, de la vue d'ensemble du développement à moyen terme de la politique agricole. Une partie des parlementaires a donc profité de l'occasion fournie par les discussions sur l'initiative déposée par le syndicat Uniterre pour exposer leur point de vue sur ce rapport et sur la politique agricole de manière générale, ce qui a eu pour effet de rallonger considérablement les débats.
Le rapporteur francophone de la CER-CN, le vaudois Olivier Feller (plr, VD), précise que leur commission a siégé lors de trois jours répartis sur l'ensemble de l'année pour débattre de l'initiative en question. Il rappelle brièvement les différents aspects de l'initiative: celle-ci veut augmenter le nombre d'actifs dans l'agriculture, favoriser la détermination de prix équitables, soutenir les échanges directs entre consommateurs et producteurs, harmoniser au niveau fédéral les conditions salariales pour les employés et employées agricoles, prélever des droits de douanes sur les produits importés ne respectant pas les normes sociales et environnementales suisses et finalement interdire définitivement l'utilisation d'OGM dans l'agriculture (pour rappel, un moratoire limité dans le temps mais renouvelé depuis l'initiative populaire "pour des aliments produits sans manipulations génétiques" en 2005 régule actuellement cette question en Suisse). Olivier Feller présente ensuite les réflexions de la commission en charge. Celle-ci se pose la question du respect de l'unité de la matière, une condition pour toute initiative populaire, qui ne semble pas vraiment être respectée dans ce cas-ci, un citoyen pouvant peut-être vouloir une interdiction des OGM mais ne souhaitant pas forcément une harmonisation des conditions de travail au niveau fédéral. De plus, le contre-projet direct sur la sécurité alimentaire approuvé quelques mois plus tôt par la population répond déjà à un certain nombre de points soulevés par la présente initiative. La commission considère donc que pour influer sur la politique agricole, il s'agit plutôt de s'appuyer sur les textes constitutionnels déjà existant concernant l'agriculture et agir au parlement, par exemple, par le biais d'arrêtés fédéraux simples. Ces différents points concernent également le contre-projet direct Jans (ps, CN) qui cible certains des aspects de l'initiative (échanges directs entre consommateurs et paysans, conditions de travail des salariés, échange et commercialisation des semences). La commission recommande donc à la chambre du peuple de rejeter ce contre-projet (par 13 voix contre 4 et 5 abstentions). Quant à l'initiative sur la souveraineté alimentaire, le député Feller précise que 12 membres de la commission se sont abstenus lors du vote (7 recommandent le rejet de l'initiative, tandis qu'aucun des membres de la commission ne propose son acceptation), ce qui est plutôt rare. La raison en est la sortie du rapport sur la vue d'ensemble déjà évoqué ci-dessus. En effet, ce dernier préconise une libéralisation du secteur alors même que la population semble avoir accepté le contre-projet relatif à l'initiative sur la sécurité alimentaire pour des raisons de soutien à une agriculture multifonctionnelle et durable. Olivier Feller précise malgré tout qu'un refus du soutien à l'initiative du syndicat Uniterre ne doit pas être interprété comme une acceptation de la stratégie agricole exposée par le Conseil fédéral.
Le député socialiste Beat Jans expose à son tour son point de vue et les raisons du lancement d'un contre-projet direct à l'initiative pour la souveraineté alimentaire. Celui-ci considère que certains des points posés par l'initiative ne sont pas réalisables (tel que l'obligation faite à la Confédération de veiller à ce que le nombre d'emplois augmente dans ce secteur) ou ne vont pas dans la bonne direction. Selon lui, un soutien à l'agriculture ne devrait pas passer par une augmentation des droits de douane sur certains produits, car cela serait soutenir une politique agricole non-sociale. En effet, Beat Jans rappelle que chaque ménage paie en moyenne CHF 1000 par année à cause de ces mesures protectionnistes. Pour lui, au contraire, une politique agricole sociale doit passer par les paiements directs, car ceux-ci sont payés via l'impôt – qui est, lui, couplé au revenu. Pour le socialiste, un contre-projet est malgré tout nécessaire afin de protéger les agriculteurs de la libéralisation du secteur et qu'ils profitent de bonnes conditions en Suisse. Dans celui-ci est contenu la garantie d'un droit des paysans sur les semences qu'ils produisent, un renforcement de la place des producteurs vis-à-vis des intermédiaires ainsi qu'un soutien à la vente directe. Les conditions de travail doivent également être chapeautées par la Confédération, afin d'éviter des situations inacceptables qui surgissent ici et là. Finalement, le contre-projet reprend l'interdiction des OGM contenue dans l'initiative, permettant ainsi de garantir la stratégie de qualité, qui, comme argumenté par Beat Jans, permettrait aux produits agricoles suisses de se distinguer sur le marché européen de par leur qualité écologique.
Lors de la présentation de la position des différents groupes parlementaires, l'UDC, représentée par Pierre-André Page (udc, FR) estime que cette initiative est superflue depuis l'acceptation du texte sur la sécurité alimentaire, même si une minorité s'abstiendra et une autre la soutiendra, cette-dernière ayant de la peine à croire en la bonne volonté du Conseil fédéral. C'est notamment le cas du député vaudois Jean-Pierre Grin (udc, VD) qui considère que l'initiative contrecarre les projets du Conseil fédéral et permettrait de mettre l'agriculture suisse sur de bons rails, en plus d'avoir un impact positif sur la production des produits importés. Quant au contre-projet Jans, le groupe agrarien le rejette également.
Le groupe socialiste estime, de son côté, que l'article 104 de la Constitution (l'article sur l'agriculture) est déjà suffisamment étoffé. L'initiative est donc, sur certains points, redondante alors que d'autres points sont très discutables. Prisca Birrer-Heimo (ps, LU) prend pour exemple le possible retour à une politique agricole du passé, une politique agricole régie par un contrôle des quantités et des prix. De plus, l'initiative veut utiliser l'outil de la protection douanière qui, aujourd'hui déjà, coûte CHF 3.5 milliards aux consommateurs et consommatrices suisses, alors que cela ne profite que très peu aux paysans, comme exposé par le député vaudois Samuel Bendahan (ps, VD) qui souligne que ce sont surtout les grands groupes de distribution qui ressortent gagnants. Une augmentation de cette protection douanière signifierait un coût plus élevé pour les ménages et, en conséquence, un tourisme d'achat plus important. Malgré tout, le groupe socialiste propose de soutenir le contre-projet qu'il a formulé, car il reprend les aspects intéressants de l'initiative, sans être redondant avec l'actuelle Constitution.
Le groupe vert-libéral propose de rejeter l'initiative et le contre-projet, car il estime que les questions qui y sont abordées sont de l'ordre de la responsabilité individuelle. De plus, le groupe ne veut pas d'une agriculture étatique.
Les démocrates-chrétiens rejettent eux aussi tant l'initiative que le contre-projet, estimant que la votation de septembre 2017 répond à la plupart des préoccupations des initiants, même si, comme présenté par Markus Ritter (pdc, SG), la plupart des abstentions au sein de la commission compétente ainsi qu'au sein du PDC sont un signe de protestation à l'encontre de la vue d'ensemble sur la politique agricole publiée par le Conseil fédéral.
Pour le PLR, le texte d'initiative a le défaut de ne pas respecter l'unité de la matière, abordant trop de thématiques différentes. Mais la raison principale pour laquelle le groupe libéral-radical propose de rejeter tant l'initiative que le contre-projet est le fait qu'ils sont superflus au vu de l'article 104 de la Constitution. De plus, Regine Sauter (plr, ZH) considère que l'acceptation de cette initiative pourrait mener à l'abandon de futurs accords de libre-échange, les pays partenaires ne souhaitant certainement pas devoir se restreindre aux impératifs posés par le présent texte.
Le groupe des verts est le seul à soutenir, au sein du Parlement, l'initiative du syndicat Uniterre, estimant que la plupart des points abordés par le texte sont en accord avec la vision du parti. Adèle Thorens Goumaz (verts, VD) souligne que, malgré une réorientation écologique de la politique agricole, cette dernière ne respecte pas les objectifs environnementaux fixés en 2008 par le Conseil fédéral, comme dévoilé dans un rapport publié en 2016. L'initiative serait donc l'occasion de réclamer de nouvelles mesures, tout comme elle permettrait de clarifier une fois pour toute la question des OGM. Le groupe des verts propose, de plus, de soutenir le contre-projet Jans qui se concentre sur les points les moins contestés de l'initiative.
Finalement, après de longs débats, le conseiller fédéral en charge des questions agricoles, Johann Schneider-Ammann, prend la parole. Il commence, avant tout, par revenir sur les nombreux griefs que les parlementaires ont formulés à l'encontre de la vue d'ensemble sur la politique agricole. Il estime non-justifié de déclarer que le Conseil fédéral souhaite la mort des paysans et des paysannes du pays et considère qu'il faut, non pas s'attaquer les uns les autres, mais discuter sereinement de ces questions, invitant à manger une soupe au lait de Kappel, faisant référence au symbole de neutralité et de discussion émanant de la résolution de la guerre de Kappel am Albis entre catholiques et protestants en 1529. Il tient également à rappeler qu'en tant que ministre de l'économie, il se doit de considérer l'économie dans sa globalité, ce que fait la vue d'ensemble publiée au mois de novembre. Quant à l'initiative pour la souveraineté alimentaire, le Conseil fédéral considère que ses revendications sont, soit déjà remplies aujourd'hui, ou alors contraires à la politique agricole actuelle ainsi qu'au droit international sur le commerce. C'est pour cela qu'il appelle à voter contre l'initiative ainsi que contre le contre-projet Jans.
Le député vert Balthasar Glättli (verts, ZH) a décidé de retirer sa proposition d'accepter l'initiative avant le débat en chambre. Ceci pour des raisons stratégiques, car il considère que cela permet ainsi aux membres du Conseil national de cacher leur jeu – ceux-ci étant amené à s'exprimer sur ce texte que lors du vote final durant la prochaine session; le Conseil des Etats, ne sachant pas le taux de refus de l'initiative, peut donc pleinement exposer son point de vue sur la présente initiative ainsi que sur la politique agricole prévue par le Conseil fédéral. Le Conseil national ne vote donc que sur l'entrée en matière du contre-projet Jans. Celle-ci est rejetée par 126 voix contre 49 et 6 abstentions.