Le Conseil national a adopté une version modifiée de la motion, la CER-CN ayant proposé que les non-professionnels aient la possibilité de suivre une formation pour pouvoir utiliser certains produits phytosanitaires particulièrement dangereux, plutôt que de leur en interdire purement et simplement l'accès. Comme expliqué par le rapporteur de commission, Olivier Feller (plr, VD), trois positions se sont dégagées lors des discussions : un rejet de la motion – pas de nécessité de légiférer en la matière –, une acceptation avec la présente modification – considérée comme une voie médiane par le député vaudois – et finalement une reprise de la motion d'origine telle que transmise par le Conseil des États. Sophie Michaud Gigon (VD), députée verte et également présidente de la FRC, a défendu cette dernière position, arguant qu'une obligation de formation serait administrativement lourde à mettre en place et à actualiser, alors qu'une interdiction d'accès à ces substances serait, d'une part, simple à implémenter et permettrait, d'autre part, de contribuer à l'effort collectif en matière de réduction des risques liés aux pesticides. Soumise au vote, cette manière de penser n'a pas réussi à récolter une majorité des voix (90 voix contre 104 et une abstention). Reprenant l'argument de l'excès de bureaucratie, l'UDC zougois Thomas Aeschi a appelé ses collègues à privilégier le statu quo en refusant la motion modifiée. Au final, la chambre basse a suivi, par 107 voix contre 84 et 4 abstentions, le raisonnement de la majorité de la commission, pour qui cette solution est libérale et permet de traiter équitablement les différents utilisateurs de ces produits.

Da der Ständerat der Initiative für Ernährungssicherheit einen Gegenentwurf gegenübergestellt hatte und die Behandlungsfrist im Januar 2017 abgelaufen wäre, wurde von beiden Räten eine Fristverlängerung um ein Jahr gutgeheissen.
Im Frühjahr 2017 behandelte der Nationalrat im Differenzbereinigungsverfahren den vom Ständerat vorgeschlagenen Gegenentwurf zur Volksinitiative des Bauernverbandes. Die Mehrheit der WAK-NR (20 zu 1 Stimmen, 3 Enthaltungen) zeigte sich mit dem Vorschlag des Ständerats einverstanden und plädierte dafür, diesen dem originalen Initiativtext vorzuziehen. Zwar wurde von allen Seiten bestätigt, dass auch der neue Verfassungstext keine Gesetzesänderung und keinen neuen Subventionstatbestand mit sich bringen würde, aber man begrüsste, dass bei einer Annahme des Gegenentwurfs der Begriff der „Ernährungssicherheit” in der Verfassung festgehalten und umschrieben würde und dass der Begriff, im Vergleich zum ursprünglichen Initiativtext, in einem globaleren Kontext verstanden würde. Zudem habe der Entwurf des Ständerats einige formale Mängel des ursprünglichen Initiativtextes aus dem Weg geräumt.
Auch wurde von Kommissionssprecher Beat Jans (sp, BS) darauf hingewiesen, dass in der Formulierung des Gegenentwurfs zwei Begehren der Fair-Food-Initiative aufgegriffen wurden. So steht in einem Abschnitt, dass grenzüberschreitende Handelsbeziehungen, die zur nachhaltigen Land- und Ernährungswirtschaft beitragen, gefördert werden sollen. Ein anderer hält einen ressourcenschonenden Umgang mit Lebensmitteln fest, was als Einbezug der Food-Waste-Thematik verstanden wurde.
In der nationalrätlichen Debatte gab es zwei Minderheitsanträge von Seiten der SVP und einen aus der FDP-Fraktion. Thomas Aeschi (svp, ZG) forderte im neuen Artikel zur Ernährungssicherheit die „wortgetreue Umsetzung von Artikel 121a der Bundesverfassung” festzuhalten; Marcel Dettling (svp, SZ) schlug in einem Einzelantrag vor, den Text mehr auf die inländische Produktion auszurichten. Der dritte Anpassungsvorschlag, eingereicht von Christian Wasserfallen (fdp, BE), beinhaltete die Forderung den „ressourcenschonenden Umgang mit Lebensmitteln” aus der Vorlage zu streichen. Alle Anliegen blieben im Nationalrat chancenlos.
Die grosse Kammer entschied mit 173 zu 7 Stimmen (11 Enthaltungen), dem direkten Gegenentwurf zur Volksinitiative „Für Ernährungssicherheit” zuzustimmen. Die Vorlage wurde von allen Fraktionen unterstützt, die 7 Gegenstimmen stammten aus den Fraktionen der FDP und der SVP.