Le Conseil national a soutenu, sans discussion, la motion déposée par la verte Meret Schneider (ZH) qui vise à promouvoir la culture de variétés robustes d'anciens fruits et légumes. Cette proposition, qui a reçu la bénédiction des sept sages, veut aider la recherche agronomique à développer des sortes végétales nécessitant moins de pesticides et contribuant ainsi à une agriculture plus durable. Le Conseil fédéral précise, dans sa prise de position, que des programmes existent déjà mais que les moyens manquent pour soutenir tous les projets de recherche dans ce domaine.

Le Conseil fédéral s'est penché sur l'initiative populaire qui veut interdire l'élevage intensif en Suisse. La trouvant trop radicale, il propose de rejeter le texte mais souhaiterait faire voter la population sur un contre-projet direct. De l'avis de l'exécutif, l'élevage intensif est d'ores et déjà interdit en Suisse, les normes encadrant l'élevage des animaux étant globalement plus exigeantes qu'à l'étranger. Les sept sages estiment également qu'introduire des normes restrictives à l'importation de produits issus d'animaux qui tiennent compte du nouvel article constitutionnel serait contraire aux engagements internationaux de la Suisse et serait particulièrement lourd à mettre en place. Mais ce n'est pas pour autant que l'exécutif ne voit pas matière à améliorer la situation actuelle.
Ainsi, le contre-projet direct, qui a récolté des avis divers lors de la procédure de consultation lancée en août 2020, propose d'inscrire dans la Constitution le principe général de bien-être de tous les animaux et non pas seulement des animaux d'élevage agricole. Dans son projet, le Conseil fédéral veut, de plus, reprendre certains éléments de l'initiative populaire en ce qui concerne les conditions de détention qui prévalent dans les élevages. Ainsi, les porcs devraient pouvoir bénéficier d'aires de repos recouvertes de litière et les animaux de rente de sorties régulières. Ces nouvelles exigences minimales d'hébergement, de soins et d'abattage des animaux permettraient d'augmenter la qualité de vie des animaux et de réduire l'utilisation de médicaments (antibiotiques en tête). Le Conseil fédéral a dit vouloir soumettre au Parlement un projet de loi en cas d'acceptation de ce contre-projet, dans lequel sera détaillé l'ensemble des mesures évoquées dans son message.
Bien que se montrant surprise en bien par la proposition du Conseil fédéral, la membre du comité d'initiative et élue verte Meret Schneider (verts, ZH) a, dès le lancement de la procédure de consultation, fait remarqué que l'exécutif ne traitait aucunement le volet des importations dans son projet, rendant le maintien de l'initiative populaire nécessaire. Seuls les paysan.ne.s suisses verraient leurs contraintes augmenter, ce qui accroîtrait d'autant plus la concurrence avec la production étrangère selon Meret Schneider. L'USP rejoint l'élue verte sur ce point, et a annoncé rejeter tant l'initiative que le contre-projet direct. Mais contrairement au comité d'initiative, l'organisation représentant les intérêts paysans estime, bien au contraire, que l'actuelle loi sur la protection des animaux est suffisante.
Le journal zurichois Tages-Anzeiger s'est fait l'écho des tractations internes à l'élaboration de ce contre-projet, qui aura vu s'opposer les services d'Alain Berset (avec l'OSAV) et ceux de Guy Parmelin (à la tête de l'OFAG). Le point de friction principal s'est concentré sur les programmes existants SST et SRPA, le ministre en charge des affaires vétérinaires voulant les ériger en standards minimaux, tandis que pour le ministre de l'agriculture, une telle exigence va trop loin pour un grand nombre d'éleveuses et d'éleveurs. Ce sont finalement les propositions de l'OSAV qui ont trouvé les faveurs d'une majorité des membres du Conseil fédéral.

Le Conseil national a tacitement accepté une motion, déposée par l'élue verte Meret Schneider (ZH), qui demande à réduire les obstacles pour l'agriculture innovante. Selon la députée zurichoise, la Confédération devrait mettre gratuitement à disposition des agricultrices et agriculteurs des signaux de correction pour les systèmes GPS utilisés pour guider les tracteurs. Ceci leur permettrait d'avoir un accès facilité aux systèmes de guidage GNSS à haute précision, également nécessaire pour l'utilisation des robots autonomes.