Nachdem der Ständerat zu Beginn der Herbstsession 2021 die Änderung des FIFG beraten und einige Differenzen zum Nationalrat geschaffen hatte, beugte sich die grosse Kammer knapp zwei Wochen später und damit noch in derselben Session bereits wieder über die Vorlage. Die Differenz betreffend die Besteuerung von Stipendien an Nachwuchsforschende konnte rasch behoben werden. Hier folgte der Nationalrat dem Beschluss des Ständerates. Dadurch unterliegen diese Stipendien nun der ordentlichen Besteuerung. Der vom Ständerat aufgrund der Nicht-Assoziierung an Horizon Europe eingefügte Passus betreffend die Förderung von Projekten mit grossem Innovationspotenzial von Jungunternehmen wurde vom Nationalrat ebenso gutgeheissen. Die letzte Differenz betraf die Bandbreite der finanziellen Beteiligung der Umsetzungspartner. Minderheitssprecher Keller (svp, NW), der sich wie der Bundesrat und der Ständerat für eine Beteiligung der Umsetzungspartner in der Höhe von 40 bis 60 Prozent aussprach, erläuterte, dass er eine tiefere finanzielle Beteiligung der Umsetzungspartner für nicht ausgewogen halte; Innosuisse respektive der Bundeshaushalt werde dazu zu stark belastet. Zudem stelle sich die Frage, wie innovativ und zukunftsfähig ein Projekt überhaupt sei, das nur zu 30 Prozent selber finanziert werden könne. Christian Wasserfallen (fdp, BE), der die Position der Mehrheit der WBK-NR vertrat, sprach sich hingegen für eine Bandbreite von 30 bis 50 Prozent aus und begründete dies mit der Tatsache, dass eine tiefere Beteiligung der Industriepartner dafür sorgen könne, dass auch Projekte aus Disziplinen, die nicht sehr wertschöpfungsintensiv seien, umgesetzt werden könnten.
Der Nationalrat folgte dem Antrag der Mehrheit und blieb damit bei einer niedrigeren Beteiligung als dies der Ständerat zuvor gefordert hatte. Diese letzte Differenz konnte folglich nicht bereinigt werden.

Die grosse Kammer beugte sich in der Wintersession 2020 über das Horizon-Paket 2021–2027. Mehrere Rednerinnen und Redner betonten dabei die Wichtigkeit der Erneuerung dieses Forschungsabkommens mit der EU. Nur so könne die Schweiz bei der Forschung auf Niveau «Champions League» mitspielen, argumentierte Christian Wasserfallen (fdp, BE). Die Finanzierungsbotschaft wurde aber nicht von allen Parteien vollständig unterstützt. Während eine Minderheit um Diana Gutjahr (svp, TG) die Vorlage an den Bundesrat zurückweisen wollte, um ein alternatives, nationales Programm ausarbeiten zu lassen, wollte eine weitere Minderheit Keller (svp, NW) die vom Bundesrat budgetierte Reserve von CHF 614 Mio. auf CHF 466 Mio. reduzieren. Beide Anträge wurden abgelehnt. Ebenfalls keine Mehrheit fanden zwei Anträge von links-grüner Seite, welche die Verpflichtungen für das Euroatom-Programm auf Ende 2025 befristen wollten. Zu reden gaben des Weiteren insbesondere folgende zwei Punkte: Im Horizon-Programm 2021–2027 wird der Finanzierungsmechanismus geändert. Neu zahlt jeder Staat so viel ins Programm ein, wie wieder an die Forscherinnen und Forscher ausbezahlt wird (pay as you go Prinzip). Es ist also nicht mehr möglich, mehr Mittel zu beziehen als einzubezahlen. Diese Neuerung sei gemäss Claudia Friedl (sp, SG) in der Kommission bedauert worden, könne aber nicht rückgängig gemacht werden. Zudem habe die EU generell mehr Geld für das Programm budgetiert als in der vergangenen Periode, weshalb auch die Schweiz einen höheren Betrag aufwenden müsse. Der zweite Punkt betraf die generellen Beziehungen der Schweiz zur EU. Christian Wasserfallen und auch Forschungsminister Parmelin betonten im Rat, dass die Assoziierung an das Horizon-Paket nichts mit dem Rahmenabkommen zu tun habe. Für Angelika Kalt, Direktorin des SNF, war die Sache allerdings nicht so klar. Gemäss Kalt wäre es möglich, dass die EU die Verabschiedung des Rahmenabkommens voraussetzt, damit die Schweiz an Horizon teilnehmen könne.
In der Schlussabstimmung sprach sich der Nationalrat deutlich für die Zustimmung zum Horizon-Paket respektive zum Start der Verhandlungen des Bundesrates mit der EU aus. 138 Personen stimmten dafür, 49 Mitglieder der SVP stimmten dagegen, eine Person enthielt sich der Stimme (ebenfalls SVP).

Am 14. und 15. Dezember 2020 konnten die beiden Räte bei der BFI-Botschaft 2021-2024 die letzten Differenzen ausräumen. Sie einigten sich auf die Erhöhung des Verpflichtungskredits im Bereich der beruflichen Weiterbildung um CHF 20 Mio. auf insgesamt CHF 255 Mio., wie es der Nationalrat vorgeschlagen hatte. Beim 3R Kompetenzzentrum lenkte der Nationalrat ein und verzichtete auf die von ihm geforderte finanzielle Aufstockung. Das Thema Tierversuche sei für die WBK-NR sehr wichtig, zuerst wolle man aber die Rolle des 3R Kompetenzzentrums detaillierter klären, erläuterte Berichterstatter Wasserfallen (fdp, BE). Zudem begrüsse die Kommission auch die Durchführung eines NFP zu diesem Thema, das der SNF im Jahr 2021 wahrscheinlich lancieren werde.