Tout comme le Conseil national, le Conseil des Etats a débattu de l'approvisionnement du pays en denrées alimentaires dans le cadre d'une session extraordinaire convoquée par la fraction UDC. Une série de motions touchant à l'autoapprovisionnement alimentaire ont été déposées par des membres de l'UDC et par le sénateur du Centre Beat Rieder (VS). Les élus ont, tour à tour, défendu leur point de vue sur les mesures prévues par le Conseil fédéral pour une agriculture plus durable. Werner Salzmann (udc, BE; Mo. 22.3606) a dénoncé une politique des autorités qui mènera à une baisse du taux d'autoapprovisionnement alimentaire par une augmentation des surfaces d'assolement dédiées à la biodiversité, alors que le Conseil fédéral devrait, au contraire, poursuivre des objectifs inverses, particulièrement en temps d'insécurité sur le sol européen. Une position également défendue par le président de l'UDC, Marco Chiesa (TI; Mo. 22.3567 et Mo. 22.3568), qui a exhorté les autorités à repousser ses plans d'augmentation des surfaces dédiées à la biodiversité qui ne feront que rendre le pays encore plus dépendant des importations. Hansjörg Knecht (udc, AG; Mo. 22.3607) a appelé le Conseil fédéral à augmenter les contributions à la sécurité alimentaire, plutôt que de les abaisser, afin d'inciter les agricultrices et agriculteurs à produire davantage. Finalement, Beat Rieder (Mo. 22.3610) s'est inquiété d'une crise alimentaire globale annoncée par la FAO; un organe de l'ONU qui a appelé les pays industrialisés à renoncer à l'achat de denrées alimentaires destinées aux pays les plus démunis sur les marchés internationaux. Les surfaces agricoles disponibles devraient donc, selon l'élu valaisan, être entièrement utilisées dans le but de nourrir la population.
Défendant les plans du Conseil fédéral en la matière, l'élue verte Adèle Thorens Goumaz (VD) a relevé que la situation à l'internationale – concernant l'approvisionnement alimentaire – liée à la guerre d'agression de la Russie en Ukraine semblait se normaliser. De plus, les mesures du Conseil fédéral sont essentielles, à ses yeux, pour maintenir la fertilité des sols, la biodiversité et les pollinisateurs, tous des aspects cruciaux pour la production agricole sur le long terme. La sénatrice vaudoise a rappelé que la moitié des surfaces de promotion de la biodiversité pourra être cultivée avec des nouvelles techniques de culture, telle que les cultures de céréales en lignes de semis espacées; des méthodes presque autant productives que celles éprouvées par l'agriculture conventionnelle. Sa collègue de parti Maya Graf (BL) a ajouté qu'une augmentation de l'autoapprovisionnement alimentaire était possible, en produisant plus de denrées directement destinées aux humains. Elle a rappelé que 43 pour cent des terres arables sont aujourd'hui dédiées à la production de céréales fourragères pour les animaux.
Guy Parmelin, pour le Conseil fédéral, a fait un long exposé – qu'il répétera en partie devant les membres de la chambre basse quelques heures plus tard – des raisons pour lesquelles les motions devaient être rejetées. Revenant sur les revendications des élus bourgeois, il a tenu à rassurer son auditoire sur la sécurité alimentaire actuelle de la Suisse, tout en admettant une forte dépendance à l'étranger en ce qui concerne le diesel, les engrais minéraux, les fourrages et les machines agricoles. Des mesures peuvent, toutefois, être prises par la Confédération en cas d'aggravation de la situation (libérer les réserves obligatoires, encourager les importations, limiter les quantités disponibles à la vente). Une analyse complète des réserves obligatoires est prévue en 2023, comme précisé par le ministre de l'agriculture. Il a ensuite présenté les objectifs agricoles à long terme fixés par le Conseil fédéral dans le cadre de son rapport publié en juin 2022. Le Conseil fédéral vise un taux d'autoapprovisionnement net de la population de 50 pour cent à l'horizon 2050. Il a rappelé les nombreux défis auxquels l'agriculture sera soumise ces prochaines années eu égard à cet objectif (réchauffement climatique, augmentation de la population, préservation des sols, diminution du gaspillage alimentaire, réorientation de la production, etc.).
A l'issue de cette discussion fleuve, les sénatrices et sénateurs ont approuvé les motions Salzmann (Mo. 22.3606) par 31 contre 13 et une abstention, Chiesa (Mo. 22.3567) par 28 voix contre 15 et deux abstentions et Rieder (Mo. 22.3610) par 30 voix contre 15. La motion Chiesa 22.3568 réclamant des mesures urgentes pour augmenter la production indigène a, quant à elle, été refusée par 36 voix contre 7 et deux abstentions, tandis que la motion Knecht (Mo. 22.3609) sur la contribution de base à la sécurité alimentaire a été retirée par le sénateur.

Dans le cadre de la mise en application suivant l'acceptation de l'initiative parlementaire 19.475, le Conseil fédéral a fixé à 20 pour cent l'objectif de réduction des pertes d'éléments fertilisants d'ici à 2030. Redoutant les conséquences d'un objectif considéré comme trop ambitieux, la sénatrice fribourgeoise Johanna Gapany (plr, FR) demande de le revoir à la baisse. En effet, la seule manière d'atteindre cet objectif pour l'azote serait de réduire le cheptel en Suisse, d'après la sénatrice libérale-radicale, touchant donc à l'autoapprovisionnement alimentaire. S'opposant au texte, tant Adèle Thorens Goumaz (verts, VD) que Roberto Zanetti (ps, SO) ont rappelé que les décisions prises à cet égard en 2021 s'inscrivaient dans le contexte des initiatives populaires visant les pesticides et les intrants fertilisants et que certains gages avaient été donnés à l'époque pour contrer les initiatives. Revenir sur ces engagements est problématique selon les deux élu.e.s. De plus, ces discussions devraient être menées en commission, et idéalement dans le cadre des travaux en cours sur la politique agricole 22+. Le ministre de l'agriculture, Guy Parmelin, a également appelé les sénatrices et sénateurs à rejeter cette motion, soulignant que la trajectoire actuelle permettra d'atteindre 11 pour cent de réduction pour les pertes d'azote et 18 pour cent pour celles de phosphore, sans prendre en considération les mesures que les interprofessions sont appelées à prendre. Une majorité d'élu.e.s (25 voix contre 18 et une abstention) a toutefois décidé de suivre la motionnaire, les voix de la gauche complétées par quelques élu.e.s du Centre et de l'indépendant Minder (SH) ne suffisant pas à faire échouer ce texte.

Le Conseil des Etats a débattu, lors de la session printemps, de l'initiative sur l'élevage intensif et du contre-projet direct du Conseil fédéral. Les arguments mobilisés par les deux camps n'ont pas fondamentalement été différents de ceux déjà invoqués jusqu'à présent dans le débat sur cette initiative qui veut améliorer le bien-être des animaux de rente. D'un côté, une alliance de membres des partis bourgeois (Centre, UDC et PLR) s'est opposée tant à l'initiative qu'au contre-projet, arguant que le bien-être animal est, en Suisse, bien plus élevé qu'à l'étranger. Le rapporteur de la CER-CE, Peter Hegglin (centre, ZG), a également dit redouter une augmentation des prix des produits provenant d'animaux dû, entre autres, à l'adaptation des infrastructures ne répondant pas aux normes que fixeraient l'initiative ou le contre-projet du Conseil fédéral. Il s'est, de plus, montré critique quant aux répercussions sur l'environnement que ces deux projets pourraient avoir avec, d'une part, le risque de voir une accélération du bétonnage des surfaces agricoles afin de garantir plus de places pour les animaux de rente et, d'autre part, une augmentation des émissions d'ammoniac induite par d'autres manières d'élever les animaux. A côté de cela, le conseiller aux Etats zougois a rappelé que l'initiative était contraire à certaines règles édictées par l'OMC et qu'il serait particulièrement difficile de contrôler les modes de production à l'étranger, comme demandé par les initiant.e.s.
De l'autre côté de l'échiquier politique, plusieurs voix ont défendu l'initiative et le contre-projet du Conseil fédéral. Soutenant l'initiative, la verte Adèle Thorens Goumaz (VD) a rappelé certains faits concernant les pratiques d'élevage en Suisse, relevant notamment que 50 pour cent des porcs «ne voient jamais le soleil dans notre pays, ni ne sentiront jamais la terre ou l'herbe sous leurs pattes». Enchainant les exemples, elle a présenté une situation dissonante avec l'image que se font les consommatrices et consommateurs de l'élevage en Suisse, façonnée à grand renfort de marketing publicitaire. Selon elle, le délai de 25 ans laissé aux agricultrices et agriculteurs pour s'adapter est suffisant, alors même qu'il faudra à l'avenir consommer moins de viande pour espérer respecter l'Accord de Paris sur le climat. Dépeignant une initiative qui n'est pas extrême, car se fondant sur des pratiques existantes et laissant un long temps d'adaptation, la sénatrice vaudoise a proposé à ses collègues de donner un avis favorable à l'initiative ou, à défaut, au contre-projet direct du Conseil fédéral.
Roberto Zanetti (ps, SO) s'est donné la tâche de défendre ce dernier, avant la prise de parole du conseiller fédéral Alain Berset. Rappelant que ce contre-projet direct du Conseil fédéral laisserait une grande marge de liberté à l'organe législatif, il estime que rehausser le bien-être animal est également un moyen d'améliorer les standards de qualité des produits agricoles suisses ; un critère important pour la production helvétique qui lui permettrait de se distinguer de la concurrence au niveau international. Il a également mentionné certains cas problématiques d'entrave au bien-être animal, citant une étude récemment publiée par l'Université de Berne concluant que 97 pour cent des poules pondeuses ont des fractures multiples au niveau de la poitrine ; des fractures douloureuses probablement dues à la surproduction d'œufs. Quant à la mise en application de ce texte, le sénateur socialiste s'appuie sur les dires du Conseil fédéral qui estime que les changements structurels dans l'agriculture mèneront forcément à des coûts pour de nouveaux aménagements ; les montants supplémentaires dus à la mise en œuvre de cet article constitutionnel ne seraient donc pas très élevés. Roberto Zanetti a fait remarquer que, lors de la procédure de consultation, ce projet a obtenu le soutien de 15 cantons, ainsi que des vétérinaires cantonaux et des associations de protection des consommateurs. De son côté, Alain Berset a défendu un contre-projet direct qui permettrait d'inscrire le bien-être animal au niveau constitutionnel, alors qu'il n'est présent que dans la législation. Le ministre chargé des questions vétérinaires a souhaité clairement distinguer l'initiative du contre-projet, qui diffèrent en de nombreux points, le texte des autorités étant bien plus modéré et plus facilement adaptable. Ce projet permettrait également d'aller devant le corps électoral avec une alternative à l'initiative, de quoi réduire le risque d'une acceptation, redoutée par le Conseil fédéral, de cette dernière.
Son argumentaire n'aura pas suffi à convaincre les sénatrices et sénateurs qui ont balayé tant le contre-projet direct du Conseil fédéral que l'initiative ; le premier l'étant par 30 voix contre 14 et la seconde par 32 voix contre 8 et 4 abstentions. La population ne sera donc amenée à voter que sur le texte de l'initiative.

Lors du vote final, les deux chambres ont confirmé leur recommandation à la population de rejet de l'initiative contre l'élevage intensif, le Conseil national par 106 voix contre 77 et 8 abstentions et le Conseil des Etats par 32 voix contre 8 et une abstention.

Les médias se sont faits l'écho de cette initiative, notamment sur sa temporalité et les projections à moyen terme de l'évolution de l'agriculture suisse. A quoi ressemblera-t-elle dans 25 ans, le temps accordé par les initiant.e.s pour s'adapter ? Mangera-t-on moins de viande, avec l'émergence de produits alternatifs, dont la viande de laboratoire ? Le bien-être animal sera-t-il renforcé, au fur et à mesure que notre conscience de la sentience, de la sensibilité, des animaux augmentera ? L'Aargauer Zeitung rappelle, à cet égard, que le bien-être animal n'était, 25 ans en arrière, de loin pas au même niveau qu'il l'est aujourd'hui, avec de nombreuses évolutions positives à plein d'égards, faisant ainsi dire à l'Union Suisse des Paysans (USP) que la réglementation actuelle est suffisante.