Le Conseil des Etats a débattu, lors de la session printemps, de l'initiative sur l'élevage intensif et du contre-projet direct du Conseil fédéral. Les arguments mobilisés par les deux camps n'ont pas fondamentalement été différents de ceux déjà invoqués jusqu'à présent dans le débat sur cette initiative qui veut améliorer le bien-être des animaux de rente. D'un côté, une alliance de membres des partis bourgeois (Centre, UDC et PLR) s'est opposée tant à l'initiative qu'au contre-projet, arguant que le bien-être animal est, en Suisse, bien plus élevé qu'à l'étranger. Le rapporteur de la CER-CE, Peter Hegglin (centre, ZG), a également dit redouter une augmentation des prix des produits provenant d'animaux dû, entre autres, à l'adaptation des infrastructures ne répondant pas aux normes que fixeraient l'initiative ou le contre-projet du Conseil fédéral. Il s'est, de plus, montré critique quant aux répercussions sur l'environnement que ces deux projets pourraient avoir avec, d'une part, le risque de voir une accélération du bétonnage des surfaces agricoles afin de garantir plus de places pour les animaux de rente et, d'autre part, une augmentation des émissions d'ammoniac induite par d'autres manières d'élever les animaux. A côté de cela, le conseiller aux Etats zougois a rappelé que l'initiative était contraire à certaines règles édictées par l'OMC et qu'il serait particulièrement difficile de contrôler les modes de production à l'étranger, comme demandé par les initiant.e.s.
De l'autre côté de l'échiquier politique, plusieurs voix ont défendu l'initiative et le contre-projet du Conseil fédéral. Soutenant l'initiative, la verte Adèle Thorens Goumaz (VD) a rappelé certains faits concernant les pratiques d'élevage en Suisse, relevant notamment que 50 pour cent des porcs «ne voient jamais le soleil dans notre pays, ni ne sentiront jamais la terre ou l'herbe sous leurs pattes». Enchainant les exemples, elle a présenté une situation dissonante avec l'image que se font les consommatrices et consommateurs de l'élevage en Suisse, façonnée à grand renfort de marketing publicitaire. Selon elle, le délai de 25 ans laissé aux agricultrices et agriculteurs pour s'adapter est suffisant, alors même qu'il faudra à l'avenir consommer moins de viande pour espérer respecter l'Accord de Paris sur le climat. Dépeignant une initiative qui n'est pas extrême, car se fondant sur des pratiques existantes et laissant un long temps d'adaptation, la sénatrice vaudoise a proposé à ses collègues de donner un avis favorable à l'initiative ou, à défaut, au contre-projet direct du Conseil fédéral.
Roberto Zanetti (ps, SO) s'est donné la tâche de défendre ce dernier, avant la prise de parole du conseiller fédéral Alain Berset. Rappelant que ce contre-projet direct du Conseil fédéral laisserait une grande marge de liberté à l'organe législatif, il estime que rehausser le bien-être animal est également un moyen d'améliorer les standards de qualité des produits agricoles suisses ; un critère important pour la production helvétique qui lui permettrait de se distinguer de la concurrence au niveau international. Il a également mentionné certains cas problématiques d'entrave au bien-être animal, citant une étude récemment publiée par l'Université de Berne concluant que 97 pour cent des poules pondeuses ont des fractures multiples au niveau de la poitrine ; des fractures douloureuses probablement dues à la surproduction d'œufs. Quant à la mise en application de ce texte, le sénateur socialiste s'appuie sur les dires du Conseil fédéral qui estime que les changements structurels dans l'agriculture mèneront forcément à des coûts pour de nouveaux aménagements ; les montants supplémentaires dus à la mise en œuvre de cet article constitutionnel ne seraient donc pas très élevés. Roberto Zanetti a fait remarquer que, lors de la procédure de consultation, ce projet a obtenu le soutien de 15 cantons, ainsi que des vétérinaires cantonaux et des associations de protection des consommateurs. De son côté, Alain Berset a défendu un contre-projet direct qui permettrait d'inscrire le bien-être animal au niveau constitutionnel, alors qu'il n'est présent que dans la législation. Le ministre chargé des questions vétérinaires a souhaité clairement distinguer l'initiative du contre-projet, qui diffèrent en de nombreux points, le texte des autorités étant bien plus modéré et plus facilement adaptable. Ce projet permettrait également d'aller devant le corps électoral avec une alternative à l'initiative, de quoi réduire le risque d'une acceptation, redoutée par le Conseil fédéral, de cette dernière.
Son argumentaire n'aura pas suffi à convaincre les sénatrices et sénateurs qui ont balayé tant le contre-projet direct du Conseil fédéral que l'initiative ; le premier l'étant par 30 voix contre 14 et la seconde par 32 voix contre 8 et 4 abstentions. La population ne sera donc amenée à voter que sur le texte de l'initiative.

Lors du vote final, les deux chambres ont confirmé leur recommandation à la population de rejet de l'initiative contre l'élevage intensif, le Conseil national par 106 voix contre 77 et 8 abstentions et le Conseil des Etats par 32 voix contre 8 et une abstention.

Les médias se sont faits l'écho de cette initiative, notamment sur sa temporalité et les projections à moyen terme de l'évolution de l'agriculture suisse. A quoi ressemblera-t-elle dans 25 ans, le temps accordé par les initiant.e.s pour s'adapter ? Mangera-t-on moins de viande, avec l'émergence de produits alternatifs, dont la viande de laboratoire ? Le bien-être animal sera-t-il renforcé, au fur et à mesure que notre conscience de la sentience, de la sensibilité, des animaux augmentera ? L'Aargauer Zeitung rappelle, à cet égard, que le bien-être animal n'était, 25 ans en arrière, de loin pas au même niveau qu'il l'est aujourd'hui, avec de nombreuses évolutions positives à plein d'égards, faisant ainsi dire à l'Union Suisse des Paysans (USP) que la réglementation actuelle est suffisante.