Le Conseil des États et sa CSEC-CE ont donné leur soutien au projet de modification de la LCITES tel que proposé par le Conseil fédéral. Une seule proposition de minorité, issue de la commission, a été débattue en chambre, tandis qu'une deuxième minorité souhaitant interdire l'importation de produits issus de la maltraitance animale n'a pas été présentée au Conseil des Etats (rejetée en commission par 5 voix contre 4). La minorité défendue en chambre souhaitait que la liste des animaux concernés par une demande d'autorisation soit étendue, afin que les poissons et les invertébrés soient eux aussi mieux protégés. La liste en question énumère les espèces qui pourraient être confondues avec des espèces protégées et qui doivent donc également obtenir l'aval de l'OSAV lors de leur importation. La majorité de la commission s'est opposée à cette extension, qui amènerait une surcharge administrative pour un problème qui ne touche la Suisse que de manière marginale. Devant les sénatrices et sénateurs, le conseiller fédéral Alain Berset a expliqué que si les invertébrés et les poissons n'avaient pas été rajoutés, c'est parce que la liste des espèces concernées est très restreinte dans la CITES, rendant cette extension peu nécessaire. Il n'a, par ailleurs, pas exclu une inclusion des poissons dans la liste dans un deuxième temps, si des analyses plus poussées en montraient la nécessité. La proposition de la minorité a été rejetée par 24 voix contre 15.
Lors du vote sur l'ensemble du projet, le Conseil des Etats s'est montré unanime, apportant son soutien par 36 voix sans opposition (2 abstentions) à la mouture du Conseil fédéral.

La modification de la loi sur les épizooties a été largement acceptée par la chambre haute (42 voix contre 1). Tant les membres de la CSEC-CE, représentés par Hannes Germann (udc, SH), que le Conseil fédéral sont de l'avis qu'il est essentiel d'améliorer la traçabilité des animaux afin d'agir aussi rapidement que possible en cas d'épizooties. Alain Berset l'a rappelé, la Suisse n'est pas à l'abri de telles maladies. En effet, des foyers de grippe aviaire se sont déclarés en Europe de l'Est et la peste porcine africaine sévit à nos frontières. La modification souhaitée par le Conseil fédéral vise simplement à inscrire dans la loi ce qui se fait déjà aujourd'hui, à savoir, une participation majoritaire de la Confédération dans la société qui exploite la base de données sur le trafic des animaux.

La modification de la loi sur les épizooties n'aura soulevé que peu d'oppositions à la chambre du peuple. Le seul point débattu a été la proposition minoritaire de la députée socialiste Martina Munz (ps, SH) qui souhaitait que les équidés soient mentionnés dans la loi et non pas seulement dans l'ordonnance, comme c'est actuellement le cas, en ce qui concerne leur enregistrement. Alors que le conseiller fédéral Alain Berset a estimé que cette proposition était, de facto, déjà en vigueur, la députée verte Aline Trede (verts, BE) a fait remarquer que les chevaux ne sont pas traités de la même manière en terme de marquage. Par 96 contre 87, la chambre basse décidera de ne pas donner suite à la proposition de la minorité Munz.
Au vote sur l'ensemble, le texte sera adopté à l'unanimité par la chambre du peuple.