Le contre-projet fut généralement bien accepté au parlement. Au Conseil national, seuls les libéraux refusèrent d'entrer en matière, et la grande chambre l'adopta facilement. Le Conseil des Etats fit de même, mais créa deux divergences de taille. Premièrement, il se prononça en faveur d'une proposition relativement strictive de O. Piller (ps, FR) interdisant les "expériences qui ne revêtent pas une importance primordiale pour la sauvegarde de la vie humaine ou animale, ni pour la guérison ou l'atténuation de graves souffrances". Deuxièmement, la petite Chambre se refusa à réglementer au niveau fédéral la procédure d'autorisation cantonale, mettant ainsi en question la présence des organisations de protection des animaux au sein des commissions consultatives. Pour la part, la PSA a annoncé qu'elle n'envisageait pas de retirer son initiative, jugeant insuffisant le contre-projet indirect. Par ailleurs, la motion Ziegler (ps, GE), transmise comme postulat par le Conseil national, a demandé au Conseil fédéral d'édicter des normes garantissant une totale transparence sur les expériences et les procédures administratives qui les autorisent, de veiller à la stricte application de la loi et de favoriser l'utilisation des méthodes de substitution.