Bezüglich einer Motion der SiK-NR, welche die Vollzugsstelle des Zivildienstes ins VBS transferieren will, gab SiK-Sprecher Eder (fdp, ZG) im Ständeratsplenum einen Überblick über die Erwägungen der Kommission, die die im Nationalrat gutgeheissene Motion zur Ablehnung empfahl. Einstimmig war die Kommission nach Anhörung von Bundesrat Schneider-Ammann und einem VBS-Vertreter zu diesem Antrag gekommen. Vier Gründe waren ausschlaggebend, darunter das Hochhalten des historischen Entscheids, den Zivildienst bei dessen Einführung nicht dem damaligen EMD anzugliedern. Man wolle zudem weiterhin eine zivile Behörde für den Zivildienst verantwortlich wissen. Weiter wollte man auch nicht in die Kompetenzen der Regierung eingreifen, da die Organisation der Bundesverwaltung dem Bundesrat obliege. Zwei weitere Gründe betrafen die Synergien, die innerhalb des WBF genutzt werden können und die hohe Bereitschaft des Departements, an der Reduktion der Zivildienstzulassungen mitzuwirken. Im Stöckli bedurfte es dann keiner langen Debatte, einhellig wurde dem Antrag der Kommission gefolgt und die Motion somit abgelehnt.

Die sich um die Armeebestände sorgende SiK-NR des Nationalrates forderte mit einer weiteren Kommissionsmotion den Bundesrat auf, dafür zu sorgen, dass auch Zivildienstleistende für die Öffentlichkeit erkennbar gemacht werden, so wie die Militärdienst- und Zivilschutzleistenden, die auch auf der Strasse als solche erkennbar seien. Damit sollen „mindestens in diesem Bereich” gleichlange Spiesse geschaffen werden, so die Kommission in ihrer kurzen Begründung zum Anliegen, das jedoch von neun Kommissionsmitgliedern nicht mitgetragen wurde.
Die Regierung stellte dem kurzen und klaren Antrag eine längere Reaktion gegenüber. Geltende Normen liessen die geforderte Erkennung bereits zu, denn es gebe entsprechende Kleidungsstücke bereits, sie seien jedoch nicht als Uniform zu fassen und überdies gelte keine Tragpflicht. Letztere sei auch nicht durchsetzbar, so die Einschätzung des Bundesrates, weil die Zivis bei mehr als 5'000 Stellen und Betrieben ihre Dienste leisten und auch von diesen geführt werden. Anders als Militärdienstleistende und Zivilschützer sind Zivildienstleistende nicht aus völkerrechtlichen Verpflichtungen angehalten, Uniformen zu tragen – sie sind nicht einer Truppe angehörig. Diverse weitere Einschränkungen, beispielsweise Hygienerichtlinien in Pflegeeinrichtungen, sprächen zusätzlich gegen ein strenges Bekleidungsreglement. Seit 2016 gibt es die freiwillige Kennzeichnung für den Zivildienst und sie hatte damals Kosten von rund CHF 500'000 verursacht. Rund CHF 1,8 Mio. würde es nach Rechnung der Regierung jährlich kosten, wenn eine umfassende, uniforme Kleidungslinie an die Zivis abgegeben würde, was einer Verdreifachung der Kosten entspräche. In der Summe kam der Bundesrat zum Schluss, die Motion sei nicht zu unterstützen.

In der Ratsdebatte prägten die SVP-Fraktion, respektive ihre Exponenten in der SiK, Roger Golay (mcg, GE) und Werner Salzmann (svp, BE), den Diskurs. Beide Redner führten ein Gerechtigkeitsargument an. Es sei wichtig, dass auch Zivildienstleistende, wie andere Dienstpflichtige auch, erkannt würden. Es sei ferner wichtig, dass erkennbar sei „wer Zivildienst leistet und welche wertvolle Arbeit auch Zivildienstler vollbringen”, so Salzmann. Dagegen wurde vorgebracht, dass die Vielfalt der Tätigkeiten, denen die Zivildienstleistenden nachgehen zu gross sei und unmöglich allgemein geltende Weisungen herausgegeben werden könnten. Bundesrat Schneider-Ammann blieb nicht viel mehr übrig, als die bereits vorgebrachten Gegenargumente noch einmal darzulegen – erfolglos: Die grosse Kammer überwies die Motion mit 103 zu 69 Stimmen und sechs Enthaltungen an die Ständekammer.

Die sicherheitspolitische Kommission des Nationalrates hatte Anfang 2017 eine Motion eingereicht, um die Attraktivität des Zivildienstes gegenüber der Armeedienstleistung zu verringern. Mit dem Vorstoss sollte das Zivildienstgesetz angepasst werden, um die Anrechenbarkeit von Militärdiensttagen an den Zivildienst einzuschränken. Die Massnahme zielte auf Dienstleistende, die eine Rekrutenschule begonnen haben, zu einem späteren Zeitpunkt jedoch noch in den Zivildienst wechseln wollen. Mit der Änderung soll nur noch die Hälfte der bereits geleisteten Diensttage angerechnet werden können. Die übrigen verbleibenden Tage würden danach mit dem Faktor 1,5 multipliziert, was die „neue” Anzahl zu leistender Tage ergäbe. Damit würde sich die Berechnung der Gesamtanzahl an zu leistenden Diensttagen verändern. Die Motion trug die Handschrift der bürgerlichen Mehrheit in der SiK, entsprechend stellte sich eine linke Minderheit Fridez (sp, JU) gegen die Motion.
Der Bundesrat hielt den Vorschlag für eine effektive Lösung, um die Wechsel von der Armee zum Zivildienst zu moderieren, dennoch wurde die Motion zur Ablehnung empfohlen. Nicht nur weil die Departemente (WBF und VBS) bereits daran seien, Mutationen im Dienstpflichtsystem zu beobachten und geeignete Instrumente zu prüfen, sondern auch, weil die Regierung den vorgeschlagenen Weg als unverhältnismässig erachtete: es käme einer eigentlichen Sanktion gleich. Ferner bezweifelte der Bundesrat die Einhaltung des Rechtsgleichheitsgebots. Das Ziel, die Tauglichkeitsquote der Stellungspflichtigen zwischen 64% und 67% einzupendeln, blieb jedoch für den Bundesrat gültig, weswegen andere Massnahmen, als die in der Motion vorgeschlagenen, geprüft werden sollten, um diese Vorgabe einhalten zu können.
In der Sommersession befasste sich der Nationalrat mit dem Vorstoss und SiK-Sprecher Clottu (svp, NE) äusserte die Absicht der Motion unverblümt: Es ginge darum, den Wechsel in den Zivildienst für Armeeangehörige unattraktiver zu gestalten. Er beanstandete ferner die mannigfaltigen Gründe, die von den Wechselnden angegeben würden und sah darin durchaus auch Bequemlichkeit und andere Motive, die nichts mit Gewissenskonflikten zu tun hätten. Die Zahl der Armeeangehörigen, die in den Zivildienst wechselten sei zunehmend, was die Armeebestände gefährde. Clottu sah darin auch einen Konflikt mit dem Willen des Gesetzgebers, der die Dienstpflicht eingeführt hatte, um Sicherheit zu schaffen. Auf dieses Votum hin gab es ein Wortgefecht zwischen Clottu und Mitgliedern der Kommissionsminderheit, die gegen die Motion waren. Gerade die physische und psychische Intensität des Zivildienstes und der Wert für die Gesellschaft wurden dabei angesprochen. Es ging im gleichen Stil weiter, auch nachdem der zweite Kommissionssprechers Müller (fdp, SG) versuchte hatte, sich in seinem Votum auf Zahlen und Fakten zu beschränken. Gemäss Ansicht des Kommissionssprechers handelte es sich bei den vorgeschlagenen Massnahmen der Motion – der Verlängerung der Dienstpflicht bei einem Wechsel – um ein Korrektiv und nicht um eine Strafe. Seine Argumentation umfasste auch einen ökonomischen Aspekt, nämlich dass der Staat in die Ausbildung der Rekruten investiere. Folglich bedeute jeder Wechsel eines vormaligen Armeeangehörigen eine Fehlinvestition, die es zu beheben gelte. Nach diesem Votum gab es eine regelrechte Fragenkaskade an Müller, der sich jedoch nicht ins Bockshorn jagen liess. Motionsgegner, vorwiegend aus der linken Ratsecke, deuteten in ihren Fragen an, dass seitens der Kommissionsmehrheit versucht werde, den Zivildienst schlechtzureden. Diese Unterstellung stritt der St. Galler jedoch vehement ab und er berief sich auch auf den Standpunkt, dass sowohl die SiK-Mehrheit als auch die Regierung Handlungsbedarf sähen.
Bundesrat Schneider-Ammann (zur Erinnerung: die Zuständigkeit über den Zivildienst obliegt immer noch dem WBF) schloss die Debatte mit seinem Votum. Es gelang ihm aber nicht, dem Plenum die ablehnende Haltung der Regierung überzeugend zu schildern, denn die grosse Kammer stimmte der Motion schliesslich zu. Mit 110 zu 66 Stimmen und 6 Enthaltungen ging das Geschäft an den Ständerat.

In der Herbstsession gelangte das vom Nationalrat leicht abgeänderte Bundesgesetz über den zivilen Ersatzdienst in die Kleine Kammer. Kommissionssprecher Eder (fdp, ZG) eröffnete die Debatte mit den Anträgen der SiK-SR. Dort war Eintreten unbestritten und die Beratungen führten zu einer Differenz zum Nationalratsbeschluss: Die dort aus der Vorlage herausgestrichene Einsatzmöglichkeit im Schulwesen wurde wieder eingefügt, was der ursprünglichen Absicht des Bundesrates entsprach. Mit 6 zu 4 Stimmen ohne Enthaltung war dieser Antrag in der Kommission gefasst worden. Die Begründung lag in der positiven Vernehmlassung der Vorlage, bei der sich eine Mehrheit der Kantone und Parteien für diesen Einsatzbereich ausgesprochen hatten. Die Befürchtung, dass "Zivis" in den Schulen Unterrichtsverantwortung übernehmen und dadurch Lehrpersonen ersetzen würden, sei unbegründet und zudem vom Bundesrat in der Zivildienstverordnung unterbunden worden. Die Schulen würden damit auch nicht gezwungen, "Zivis" einzusetzen. Ebenso bliebe die kantonale Schulhoheit gewährleistet, was für die Kantonsvertreter ein wichtiges Kriterium darstellte. Noch offener Punkt war allerdings die Regelung, wie während der Schulferienzeit mit den "Zivis" umgegangen werden kann, respektive wie deren Einsatztage während den unterrichtsfreien Perioden angerechnet würden. Die Ausarbeitung für eine hierzu notwendige Regelung wurde von Bundesrat Schneider-Ammann in Aussicht gestellt. Nach einigen Ergänzungen wurde diese Passage wieder in die Gesetzesvorlage aufgenommen.
Der Gesetzesentwurf war grossmehrheitlich unbestritten und nur vereinzelte Bestimmungen wurden im Ständerat eingehender besprochen. Neben dem Einsatz an Schulen wurden auch die Finanzhilfen zugunsten der Einsatzbetriebe diskutiert. Eine Minderheit Bieri (cvp, ZG) beantragte dem Plenum, die Institutionen der Kulturgütererhaltung (Denkmalpflege) als weitere subventionsberechtigte Einsatzbetriebe zu berücksichtigen, nebst dem Umwelt- und Naturschutz, der Landschaftspflege und dem Wald. Als Einsatzbereich ist die Kulturgütererhaltung bereits vorgesehen, deren Leistungserbringer sind jedoch noch von Finanzhilfen ausgenommen. Neben der vom Bundesrat neu eingeführten Berücksichtigung von Waldwirtschaftsbetrieben wollte die Minderheit eben auch die Denkmalpflege berücksichtigt wissen. Kommissionssprecher Eder (fdp, ZG) entgegnete, dass mit lediglich 4 Prozent der Zivildiensteinsätze im Bereich der Kulturgütererhaltung das Bedürfnis dafür nicht gegeben sei. Entsprechend hatte die Kommission das Anliegen mit 6 zu 3 Stimmen verworfen. Darüber entfachte sich eine längere Debatte, die sich etwas vom eigentlichen Gegenstand, den Finanzierungshilfen für Einsatzbetriebe, entfernte: Auf einmal war die Zweckmässigkeit von Zivildiensteinsätzen im Bereich der Kulturgütererhaltung selbst Inhalt der Voten. Abschliessend wurde diese Passage jedoch gemäss Minderheitsantrag mit 36 zu 8 Stimmen in die Gesetzesvorlage aufgenommen. Diese Änderung und die Wiederaufnahme der Schulen als Einsatzort waren somit die zwei verbleibenden Differenzen, über die der Nationalrat erneut befinden muss. Mit 38 Stimmen und 5 Enthaltungen wurde das Geschäft der grossen Kammer überwiesen.

Am 5. August 2011 eröffnete Bundesrat Schneider-Ammann in Schwarzenburg (BE) das neue Ausbildungszentrum für Zivildienstleistende. An diesem zentralen Standort werden neu alle einsatzspezifischen Ausbildungskurse organisiert. Die angehenden Dienstleistenden absolvieren dort Kurse in den Schwerpunktgebieten Natur- und Umweltschutz, gewaltfreier Umgang mit Konflikten sowie Betreuung von alten oder behinderten Menschen. Das Ausbildungszentrum bietet für bis zu 120 Zivildienstleistende Platz.