Im Geschäftsbericht des Bundesrates gibt die Regierung seit 1996 jährlich Auskunft über ihre Geschäftsführung, die zudem mit den Jahres- und Legislaturzielen abgeglichen wird, um einen Soll-Ist-Vergleich und ein Controlling der Exekutive und der Verwaltung zu ermöglichen. Der Bericht 2016 beschrieb das erste Jahr der 50. Legislatur (2015-2019), die entlang von drei Leitlinien geplant worden war: Die nachhaltige Sicherung des Wohlstandes in der Schweiz, die Förderung des nationalen Zusammenhaltes und die Stärkung der internationalen Zusammenarbeit sowie die Sorge um Sicherheit und das Handeln als verlässliche Partnerin in der Welt. Diese Leitlinien sollen mit unterschiedlichen Jahreszielen erreicht werden. Von den 16 für das Jahr 2016 geplanten Zielen waren lauf Bericht drei vollständig, vier überwiegend und neun teilweise erreicht worden. Zu den lediglich teilweise realisierten Zielen gehörten etwa die Erneuerung und Entwicklung der politischen und wirtschaftlichen Beziehungen zur EU, die nachhaltige Energieversorgung oder die Reformen und nachhaltige Finanzierung der Sozialwerke.
In den Räten berichteten die verschiedenen Sprecher der Aufsichtskommissionen über ihre Eindrücke, die mehrheitlich positiv waren. Im Ständerat gab allerdings das Verhältnis zwischen der Verwaltung und der Finanzkommission zu reden. Ein Anlass für das laut Joachim Eder (fdp, ZG) „etwas gereizte" Verhältnis war wohl der Bericht der EFK kurz vor der Abstimmung zur Unternehmenssteuerreform III, der gerügt hatte, dass die Folgen von Finanzerlassen nicht immer genügend abgeschätzt würden. Eder zitierte auch aus einer Rede von Bundeskanzler Thurnherr, die dieser unter dem Titel „Die Aufsicht aus der Sicht eines Beaufsichtigten, am Beispiel der Bundesverwaltung" vor der Schweizerischen Gesellschaft für Verwaltungswissenschaften gehalten und darin vor zu viel Aufsicht gewarnte hatte. Eder wies darauf hin, dass nach Nachfrage beim Direktor der Eidgenössischen Finanzkontrolle, Michel Huissoud, die Kommunikation gut sei und man eine Empfehlung der EFK nicht als Befehl auffassen solle. Auch Bundesrätin Doris Leuthard kritisierte die „intensive Kommunikationstätigkeit, welche die Eidgenössische Finanzkontrolle ab und zu entfaltet, [als] nicht hilfreich", hob aber auch die gute Zusammenarbeit zwischen allen Amtsstellen hervor. Sie dankte für die positiven Berichte und zeigte sich insbesondere auch mit Blick auf andere Länder erfreut darüber, dass die Schweiz auf einem soliden, stabilen und sicheren Niveau funktioniere und sich stetig optimiere. Im Nationalrat lobte Leuthard die Umsetzung der Masseneinwanderungsinitiative als gangbaren Weg, der die Beziehungen zur EU wieder etwas einfacher machen werde. Zudem wünscht sie sich, dass grundlegende Reformen im Gesundheitswesen angegangen werden. Die grosse Kammer nahm den Bericht stillschweigend zur Kenntnis und beide Räte gaben in der Sommersession Zustimmung zum Bundesbeschluss über die Geschäftsführung.

In ihrem Jahresbericht 2016 legten die GPK und die GPDel ihre Tätigkeit im Berichtsjahr bei ausgewählten Themen dar. Die Aufsichtsbehörden hatten ihr Augenmerk 2016 schwerpunktmässig auf die Inspektion zur Sistierung der bodengestützten Luftverteidigung 2020 (BODLUV) gelegt. Der Bericht der Arbeitsgruppe wurde auf Anfang 2017 erwartet. Darüber hinaus hatten die GPK im Berichtjahr Rapporte zum Personal im diplomatischen Dienst und zur Qualität der Verbundpartnerschaft in der Berufsbildung sowie eine Nachkontrolle zum Beizug von Experten in der Verwaltung vorgelegt. Im vorgelegten Bericht wurden zudem Untersuchungen beschrieben, die bisher nicht in einem spezifischen Bericht vorlagen. So etwa die vorgeschlagenen Verbesserungen am Bundesverwaltungsgericht, die Untersuchung über die Konsequenzen des Cyberangriffs auf die RUAG oder die Evaluationen zu Auswirkungen von Freihandelsabkommen. Insgesamt hatten sich die Mitglieder der GPK im Jahr 2016 laut Bericht zu 16 Plenar- und 60 Subkommissionssitzungen getroffen. Die GPDel hatte 17 Sitzungen durchgeführt.

Im Geschäftsbericht des Bundesrates gibt die Landesregierung Auskunft über in einem spezifischen Jahr erreichte Ziele. Der Bericht für 2015 lag Mitte Februar 2016 vor und wurde von der Exekutive Anfang März verabschiedet. Neben den realisierten Massnahmen, die den sieben Hauptzielen für die Legislatur 2011-2015 zugeordnet waren, legte der Bundesrat mit dem Jahresbericht auch eine Bilanz über eben diese 49. Legislatur vor. In den Räten werden von den Sprecherinnen und Sprechern der zuständigen Kommissionen die erreichten Ziele in den einzelnen Departementen präsentiert. Vor allem im Nationalrat wird dann jeweils die Gelegenheit ergriffen, den anwesenden Departementsvorsteherinnen und -vorstehern Fragen zu stellen. Ein Diskussionsthema war die Masseneinwanderungsinitiative, die laut Bundesrat Johann Schneider-Ammann zu einer eigentlichen Blockade in den europapolitischen Dossiers geführt habe. Insgesamt habe man aber in der Legislatur 2011 bis 2015 dem Parlament rund 80 bis 90 Prozent der geplanten Massnahmen vorlegen können. Der Bundespräsident nannte beispielsweise die Unternehmenssteuerreform III, die Botschaft zum Nationalstrassen- und Agglomerationsfonds, erfolgreiche Verhandlungen mit der WTO und Abschlüsse in der Klimapolitik. National- und Ständerat nahmen den Bericht in der Sommersession 2016 zur Kenntnis.

Obwohl eigentlich gänzlich unverbindlich, gibt der Bericht des Bundesrates zur Legislaturplanung jeweils viel zu diskutieren. Mit dem 2002 reformierten Parlamentsgesetz hatten sich die Kantons- und Volksvertreterinnen und -vertreter die Möglichkeit gegeben, Legislaturziele des Bundesrats nicht einfach nur zur Kenntnis zu nehmen, sondern sie auch abzuändern und formell zu beschliessen. Dies hatte allerdings bei den Beratungen zu den Regierungszielen 2003–2007, 2007–2011 und 2011–2015 jeweils zu tagelangen Debatten geführt, die mit Vorstössen gespickt waren, welche eher den unterschiedlichen Parteiprogrammen als einem kohärenten Planungsentwurf für die Regierungspolitik entsprachen. Dies, obwohl es sich bei der Legislaturplanung freilich weder um eine Wahlplattform noch um einen Koalitionsvertrag, sondern einfach um eine Diskussionsgrundlage handle, wie Wirtschaftsminister Johann Schneider-Ammann während der Ratsdebatte zum Bericht für die Legislaturplanung 2015–2019 anmerkte. Weil die langen Debatten verschiedentlich als nicht sehr ergiebig betrachtet worden waren, hatte man die Möglichkeit zur inhaltlichen Änderung wieder in eine einfache Kenntnisnahme abschwächen wollen, wie dies vor 2002 der Fall gewesen war. Allein: Es blieb beim Versuch, da die entsprechende Reformvorlage 2015 in der Schlussabstimmung versenkt worden war.
Damit hatte man sich also auch für die Legislaturplanung 2015–2019 auf lange Debatten einzustellen. Das vorgelegte Programm der Regierung umfasste neben den Perspektiven für 2030 drei politische Leitlinien, denen 16 Ziele und rund 60 geplante Massnahmen zugeordnet waren, die der Bundesrat als Gesetzgebungsprogramm dem Parlament vorzulegen plante. Darüber hinaus wies die Regierung in einem Legislaturfinanzplan den Finanzbedarf für die nächsten vier Jahre aus. Die drei zentralen Leitlinien zielen auf eine nachhaltige Sicherung des Wohlstandes (1), die Förderung des nationalen Zusammenhaltes und die Stärkung internationaler Zusammenarbeit (2) sowie auf innere und äussere Sicherheit (3). Mit sieben Zielen (Haushaltsgleichgewicht wahren; Wettbewerbsfähigkeit dank optimaler wirtschaftlicher Rahmenbedingungen steigern; Beitrag zu tragfähiger Weltwirtschaftsordnung leisten; Erneuerung der politischen und wirtschaftlichen Beziehungen zur EU anstreben; Führungsposition in Bildung, Forschung und Innovation halten; zuverlässige Verkehrs- und Kommunikationsinfrastrukturen schaffen; natürliche Ressourcen schonend und Energie nachhaltig nutzen) war die erste Leitlinie die gewichtigste. Die Leitlinie 2 umfasste drei Ziele (Zusammenhalt und Verständigung von Regionen, Kulturen und Sprachgruppen stärken; gesellschaftlichen Zusammenhalt und Geschlechtergleichberechtigung fördern; Engagement für internationale Zusammenarbeit stärken) und die Leitlinie 3 deren sechs (Sozialwerke reformieren; qualitativ hochstehende und finanziell tragbare Gesundheitsversorgung garantieren; Migration steuern und deren Potenzial nutzen; Gewalt, Kriminalität und Terrorismus bekämpfen; wirksam gegen innere und äussere Bedrohungen vorgehen; Engagement für internationale Stabilität zeigen).
Bei der während der Sondersession anberaumten Beratung des Berichts im Nationalrat zeigte sich der mit den eidgenössischen Wahlen 2015 akzentuierte Gegensatz zwischen Links und Rechts. Die Ratsrechte setzte sich erfolgreich dafür ein, dass sich der Bund im Bericht einer nachhaltigen Senkung der Ausgaben verpflichtet, einen Aufgabenüberprüfungsplan erstellt sowie bei Gesetzen mit grossen finanziellen Auswirkungen jeweils versucht, die Regulierungsfolgekosten abzuschätzen. Derweil scheiterte die Ratslinke mit ihren Forderungen nach Mehreinnahmen anstelle von Sparprogrammen. Chancenlos blieb auch der Antrag der SVP: Der Vorschlag zur Streichung der Massnahme, mit der EU ein institutionelles Abkommen auszuhandeln, wurde vom Nationalrat abgelehnt. Allerdings wird das Ziel zum Engagement für die internationale Stabilität auf Vorschlag der SVP mit dem Passus "unter Wahrung der Unabhängigkeit und Neutralität der Schweiz" ergänzt. Zusätzlich aufnehmen wollte die grosse Kammer Ziele zur Digitalisierung von Wirtschaft und Gesellschaft. Gestrichen wurde hingegen die Massnahme der Änderung des Gleichstellungsgesetzes. Dies kann als schönes Indiz dafür gelesen werden, wie schnell der politische Wind drehen kann. Noch vier Jahre zuvor hatte das Parlament der Regierung das Thema Gleichstellung nachträglich in die Legislaturplanung 2011–2015 diktiert.
Auch der Ständerat, der den Bericht in der Sommersession beriet, forderte, dass der Bundesrat die Sparschraube noch weiter anziehe. Er folgte hier dem Vorschlag des Nationalrates, dies als Ziel in der Legislaturplanung zu verankern. Zusätzlich wollte die kleine Kammer festgeschrieben haben, dass ein weiteres Wachstum der Personalkosten verhindert wird. Im Gegensatz zum Nationalrat wollte der Ständerat das Vorhaben des Bundesrates, die Abzockerinitiative auf Gesetzesstufe umzusetzen, nicht aus den Legislaturzielen streichen. Auch für die Revision des Gleichstellungsgesetzes setzten sich die Kantonsvertreterinnen und -vertreter ein und setzten sich bei der Einigungskonferenz denn auch mit beiden Vorhaben durch.
Der einfache Bundesbeschluss wurde schliesslich von beiden Kammern angenommen. Es blieb allerdings nach wie vor die Frage offen, ob sich der Zeitaufwand für eine einfache "Offerte an das Parlament für eine fruchtbare Zusammenarbeit", wie alt-Bundesrat Pascal Couchepin den Legislaturplanungsbericht einst bezeichnet hatte, tatsächlich lohnt. Neben den stundenlangen Debatten in den Räten muss, laut Schätzungen der Bundeskanzlei in einer Antwort auf eine Frage Céline Amaudruz (svp, GE) zu "Kosten und Nutzen der Legislaturplanung" (16.5005), ein Aufwand der Kommissionsmitglieder, der Parlamentsdienste und der Bundesräte zur Vorbereitung der Debatte von mindestens 240 Personentage addiert werden. Braucht es also die "unnötige Monsterdebatte" (NZZ) wirklich? Oder ist die "Strategiedebatte ohne Nutzen" (BaZ) vielleicht doch wichtige Grundlage für ein System, indem es eben keinen Koalitionsvertrag gibt und in dem sich die Regierungsparteien anderweitig einigen müssen? Auf jeden Fall wurden im Anschluss an die Beratungen erneut Vorstösse lanciert, mit denen ein Zurück zur einfachen Konsultation gefordert wird: So reichten die SPK-NR (Pa.Iv. 16.425 und Pa.Iv. 16.426) als auch die FDP-Liberale Fraktion (Pa.Iv.16.402) parlamentarische Initiativen ein, mit denen entsprechende Absichten formuliert werden.

Der Jahresbericht der Geschäftsprüfungskommissionen und der Geschäftsprüfungsdelegation der eidgenössischen Räte (Jahresbericht GPK und GPDel) gibt jeweils Auskunft über die von den Aufsichtskommissionen in einem Jahr getätigten Kontrollen, deren Ergebnisse und daraus abgeleiteten Empfehlungen. Wie in ihrem Jahresprogramm 2015 beschlossen, hatte sich die GPK 2015 auf die elektronische Auszählung von Stimmen, die Auswirkungen der Freihandelsabkommen und die Verwendung unterschiedlicher Bevölkerungsszenarien fokussiert. Aufgrund verschiedener Ungereimtheiten im Beschaffungswesen (erwähnt wurden die Vorfälle im SECO und im ASTRA), nahm die GPK-SR zudem eine Nachkontrolle in der Verwaltung vor. Mit Nachkontrollen soll insbesondere untersucht werden, ob die jeweils von der GPK abgegebenen Empfehlungen auch umgesetzt werden.
Zahlreiche weitere Kontrollen wurden im Jahresbericht beschrieben, so etwa die Protokollführung des Bundesrates, die Wahl des obersten Kaders durch den Bundesrat, die Probleme mit der Anstellung externer Mitarbeiter und dem Beibezug externer Experten oder die Cyber-Abwehr des Bundes. Auch der Bericht zu "Insieme" fand noch einmal Eingang in die GPK-Berichterstattung. Man habe festgestellt, dass die Zusammenarbeit der Aufsichtsbehörden verbessert und die GPK gestärkt werden müssten.
In der Ständeratsdebatte wies der GPK-Kommissionspräsident Hans Stöckli (sp, BE) darauf hin, dass man zwar vieles entdeckt habe, was nicht funktioniere, zugleich habe man aber auch feststellen können, dass die Verwaltung sehr gut sei und eine insgesamt sehr gute Arbeit leiste. Damit dies weiter der Fall sein könne, müsse sie gestärkt werden. Auch im Nationalrat beschränkte sich die Debatte auf die Rapporte der verschiedenen Kommissionssprecher. Alfred Heer (svp, ZH) forderte seine Ratskolleginnen und -kollegen auf, sich bei der GPK zu melden, wenn sie Hinweise auf unrechtmässiges Verhalten in der Verwaltung erhielten, Ida Glanzmann (cvp, LU) sprach von spannenden Tätigkeiten der GPK und Yvonne Feri (sp, AG) bedankte sich bei den Nationalrätinnen und Nationalräten dafür, dass sie noch da seien, obwohl der GPK-Bericht nicht so interessant sei. Der Bericht wurde in beiden Kammern zur Kenntnis genommen.

Ende Januar legte der Bundesrat seinen Bericht über die Legislaturplanung 2011-2015 vor. Sechs politische Leitlinien und 26 zugeordnete Ziele und entsprechende zielführende Massnahmen wurden darin formuliert. Die politischen Leitlinien der 49. Legislatur umfassen (1) einen attraktiven, wettbewerbsfähigen, finanziell gesunden und institutionell effizienten Standort Schweiz, (2) eine starke regionale und internationale Positionierung der Schweiz, (3) die gewährleistete Sicherheit des Landes, (4) einen gefestigten gesellschaftlichen Zusammenhalt mit dem sich die demographischen Herausforderungen meistern lassen, (5) die nachhaltige und effiziente Nutzung von Energie und Ressourcen mit welcher dem zunehmendem Mobilitätsbedürfnis Rechnung getragen wird, sowie (6) die Pflege eines Spitzenplatzes in Bildung, Forschung und Innovation. Eine Spezialkommission des Nationalrates (Legislaturplanungskommission) beriet den Bericht, der in einem einfachen Bundesbeschluss zu genehmigen ist, an sechs Sitzungstagen vor. Obwohl in der Ratsdebatte während der Sondersession im Mai lediglich über die Anträge dieser Kommission entschieden werden sollte, verkam die Debatte in der grossen Kammer – wie bereits vor vier und vor acht Jahren – zu einem eigentlichen Marathon. Die Beratung wurde, nachdem der lange diskutierte Rückweisungsantrag der SVP abgelehnt wurde, in sechs Blöcken organisiert, die insgesamt drei volle Sitzungen in Anspruch nahmen. Die Fraktionen wurden nicht müde zu versuchen, ihre eigenen politischen Ziele in den Bericht einzubauen. Die grosse Kammer einigte sich schliesslich darauf, eine siebte Leitlinie aufzunehmen, welche auf die rechtliche und tatsächliche Gleichstellung der Geschlechter abzielt. Mit einer von beiden Räten noch im Sommer überwiesenen Motion beauftragte die Sonderkommission den Bundesrat, die erforderlichen Indikatoren zu entwickeln, welche die Fortschritte in der Gleichstellung erfassen (Mo. 12.3339). Darüber hinaus fügte der Nationalrat dem Bericht zahlreiche Massnahmen hinzu. Im Ständerat, der das Geschäft in der Sommersession behandelte, war die Debatte wesentlich kürzer. Die ständerätliche Legislaturplanungskommission beantragte die integrale Übernahme des Berichts mit Ausnahme einer Ergänzung bei einem der 26 Ziele. Sie schlug zudem eine eigene neue Massnahme, sowie die Streichung von 20 bzw. die Ergänzung von vier der vom Nationalrat eingefügten Massnahmen vor. Seit dem revidierten Parlamentsgesetz von 2007 ist vorgesehen, dass es für den Legislaturplanungsbericht ein abgekürztes Differenzbereinigungsverfahren gibt, indem eine Einigungskonferenz gleich nach der ersten Lesung eingesetzt wird und die Differenzen einzeln diskutiert und bereinigt werden, was noch in der Sommersession geschah. Für die total 25 Differenzen wurden jeweils Einzelanträge gestellt, über die in der Folge in den Räten einzeln abgestimmt werden musste. Bei den einzelnen Anträgen hatte sich neunzehnmal der Ständerat und sechsmal der Nationalrat durchgesetzt. Darüber hinaus wurde vierzehnmal eine Rückkehr zum Entwurf des Bundesrates vorgeschlagen. Der Nationalrat nahm alle Vorschläge der Einigungskonferenz an. Der Ständerat seinerseits hielt an einer seiner eigenen Bestimmungen fest, und folgte in zwei Fällen dem Antrag des Bundesrates und entschied damit gegen die Einigungskonferenz, womit die jeweiligen Bestimmungen aufgrund der Differenz gestrichen wurden. Während der Eintretensdebatte im Ständerat drehte sich die Diskussion weniger um materielle als vielmehr um verfahrenstechnische Fragen. Sprich: um die Unzufriedenheit mit der Art der Behandlung der Legislaturplanung durch das Parlament. Da diese Planung ein Produkt der Exekutive sei, komme es zu einer Vermischung, wenn das Parlament das Recht auf Änderungen habe. Darüber hinaus handle es sich bei den parlamentarischen Entscheidungen nur um Grundsatzbeschlüsse und somit lediglich um Vorentscheidungen für die Planung bestimmter Massnahmen. Der grosse Aufwand für die Beratung des Legislaturplanungsberichtes stehe deshalb in keinem vernünftigen Verhältnis zum relativ geringen Nutzen. Die Unzufriedenheit manifestierte sich in einer parlamentarischen Initiative der Sonderkommission (Pa.Iv. 12.433), die forderte, dass die Bundesversammlung die Legislaturplanung in einer Debatte nur noch zur Kenntnis nimmt, aber keine Änderungen mehr beschliessen kann. Die SPK-S empfahl Folge geben. Eine Antwort der SPK-N stand im Berichtsjahr noch aus. Im Nationalrat wurde im Mai eine parlamentarische Initiative der CVP-EVP-Fraktion mit gleicher Stossrichtung eingereicht (Pa.Iv. 12.432). Zudem forderte eine parlamentarische Initiative der SVP-Fraktion neben der Änderung hin zur reinen Kenntnisnahme eine Anpassung des Aufbaus des Berichtes, so dass Prioritäten und Schwerpunkte klarer ersichtlich seien (Pa.Iv. 12.427). Beide nationalrätlichen Vorstösse wurden im Berichtsjahr ebenfalls noch nicht behandelt. Mit einer Motion verlangte schliesslich die FDP-Fraktion, dass der Bundesrat für seine nächste Legislaturplanung keine sektorielle, sondern eine interdepartementale Herangehensweise wähle (Mo. 12.3185). Damit könnten Probleme vernetzter und damit effizienter angegangen werden. Beide Räte nahmen diese vom Bundesrat unterstützte Motion diskussionslos an.

Das Parlament behandelte im Berichtsjahr die Legislaturplanung des Bundesrates 2007–2011. Im Nationalrat kam es in der Sommersession zur Wiederholung der Situation vor vier Jahren, als die beiden grössten Parteien, die SVP und die SP, versuchten, anstelle der bundesrätlichen Zielsetzung die Hauptelemente ihrer eigenen Parteiprogramme zum Legislaturprogramm zu erklären. Sie reichten zu diesem Zweck je einen Rückweisungsantrag an den Bundesrat ein mit der Auflage, eine Liste mit 21 (SVP) resp. 16 (SP) zusätzlichen Zielen in die Legislaturplanung einzubauen. Das Plenum lehnte beide Anträge ab. In der anschliessenden Detailberatung stellten und begründeten die Vertreter der beiden Parteien ihre Anliegen noch einmal als Minderheitsanträge, was in der grossen Kammer zu einer sich über drei Tage hinwegziehenden Debatte führte. Dank dem im Vorjahr beschlossenen neuen Beratungsverfahren für die Legislaturplanung konnten die Differenzen zwischen National- und Ständerat rasch beigelegt werden. Gemäss dieser neuen Regelung gibt es bei diesem Geschäft keine Schlussabstimmung mehr und damit auch keine notwendige Einigung zwischen den beiden Räten. Es wird deshalb nach der ersten Lesung eine Einigungskonferenz über die strittigen Punkte durchgeführt, über deren Anträge dann in den beiden Kammern abgestimmt wird. Lehnt eine der beiden einen Antrag der Einigungskonferenz ab, so wird dieses Element aus dem Programm gestrichen.

Im Nationalrat beantragte die SVP zwar Eintreten, da sie den grundsätzlichen Zielen zustimme, aber Rückweisung an den Bundesrat, da die in der Legislaturplanung und dem Finanzplan vorgeschlagene Politik nicht mit der neuen Verfassungsbestimmung über die Schuldenbremse vereinbar sei. Formal gelte diese zwar nur für die Budgetbeschlüsse, sie sei nach Meinung der SVP aber auch bei der Formulierung der Projekte zu respektieren. Nicht mit den Zielen und deren Gewichtung einverstanden waren hingegen die Grünen; sie plädierten für Nichteintreten. Beide Anträge wurden abgelehnt. In der Detaildebatte gab es zu den Zielen Dutzende von Abänderungsanträgen der Linken und der SVP, die sich jedoch nicht durchzusetzen vermochten. Erfolg hatten aber einzelne Anträge der Kommissionsmehrheit, welche gewisse Präzisierungen und Ergänzungen anbrachten (etwa die Beschleunigung der Bildungsreform). Gegen den Widerstand der Linken und der CVP fügte der Rat eine neue Bestimmung ein, welche die Realisierung der Legislaturziele unter den expliziten Vorbehalt ihrer Finanzierbarkeit stellte. Vor der Gesamtabstimmung beklagten sich die Fraktionen der SP, der GP sowie der SVP, dass ihre Anträge allesamt abgelehnt worden seien. Die Linke erklärte, die Legislaturziele seien damit zu einem rechtsbürgerlichen Programm geworden, das sie ablehne; für die SVP war es wegen der Anreicherung durch einige SP/CVP-Anliegen (etwa die Schaffung von Naturparks resp. die Ausarbeitung eines Sprachengesetzes) zu einem linken und finanziell nicht verantwortbaren Programm geworden, das für sie nicht akzeptabel sei. Nach der insgesamt 16-stündigen Debatte lehnte der Nationalrat die Legislaturplanung mit 87 zu 64 Stimmen ab. Der Ständerat trat auf die Legislaturplanung ein, stimmte den Ergänzungen des Nationalrats zu und nahm darüber hinaus noch einige zusätzliche Elemente auf. Insbesondere schrieb er fest, dass die vom Bundesrat angestrebte Beseitigung der strukturellen Haushaltsdefizite bis 2007 primär durch eine Senkung der Ausgaben zu geschehen habe. In einem zweiten Anlauf im Nationalrat setzte sich erneut die ablehnende Koalition aus der Linken und der SVP durch. Der Rat beschloss mit 112:64 Stimmen, nicht noch einmal auf das Geschäft einzutreten, womit es auch für den Ständerat aus den Traktanden fiel. Der Bundesrat bedauerte, dass sich das Parlament nicht explizit hinter sein Programm stellte, erklärte aber, dass er damit leben könne. Die Debatte verdeutlichte den seit der Neubestellung des Parlaments geringer gewordenen Kompromisswillen der beiden Pole (SP/GP und SVP) und deren gewachsene Bereitschaft, auch in sogenannt unheiligen Allianzen Regierungsprojekte zu blockieren. Gemeinsam verfügen die Linke und die SVP über 125 der 200 Sitze im Nationalrat (im 1999 gewählten Parlament waren es noch 108 gewesen). Die Spezialkommission „Legislaturplanung“ des Nationalrats war trotz dieser verunglückten Premiere des neuen Verfahrens der parlamentarischen Behandlung der Legislaturziele der Meinung, dass dieses beibehalten werden solle. Sie möchte allerdings eine Straffung der Redezeiten und die Beschränkung des Rechts auf Abänderungsanträge auf die Fraktionen einführen.

Ende Februar legte der Bundesrat seine Legislaturplanung 2003-2007 vor. Er stellte sie unter die drei Leitlinien „Den Wohlstand vermehren und die Nachhaltigkeit sichern“, „Die demografische Herausforderung bewältigen“ und „Die Stellung der Schweiz in der Welt festigen“. Die darin aufgezählten Projekte waren abgestimmt auf den Legislaturfinanzplan. Die wichtigsten Elemente, d.h. die erwähnten Leitlinien und die dazugehörenden Ziele (Stärkung der Bildung und Forschung, Förderung des wirtschaftlichen Wettbewerbs etc.) fasste er in einen vom Parlament zu genehmigenden Bundesbeschluss zusammen. Ein solcher Zustimmungsbeschluss ist gemäss Verfassung nicht erforderlich, da diese nur von einer Mitwirkung und nicht von einer Mitbestimmung des Parlaments bei der politischen Planung spricht. Das Parlament hatte aber in das 2002 verabschiedete neue Parlamentsgesetz die Bestimmung aufgenommen, dass es die Legislaturziele des Bundesrats in Zukunft nicht nur zur Kenntnis nehmen, sondern sie auch abändern und formell beschliessen wolle.

Der Bundesrat legte dem Parlament die Legislaturplanung 1999-2003 vor. Wie seit 1962 üblich nahm er darin eine Standortbestimmung der Regierungspolitik vor und stellte die wichtigsten Ziele der nächsten vier Jahre vor. Noch stärker als bei der letzten Ausgabe versuchte der Bericht, anstelle einer Aufzählung aller anzugehenden Aufgaben eine kohärente und zielorientierte Politikformulierung vorzunehmen. Ausgehend von den drei Leitgedanken Öffnung nach Aussen, wirtschaftliche Konsolidierung und Förderung des inneren Zusammenhalts wurden zwölf Ziele mit den dazugehörenden Projekten definiert. Darüber hinaus gab die Regierung einen Bericht „Die Ziele des Bundesrats im Jahr 2001“ heraus.
Der Nationalrat liess die Legislaturplanung von einer Spezialkommission vorberaten, welche eine ganze Reihe von ergänzenden Richtlinienmotionen einreichte. Das Parlament nahm vom Bericht Kenntnis und überwies die meisten Richtlinienmotionen in Postulatsform.