Im Frühling 2015 besuchte eine Delegation des Anti-Folter-Ausschusses verschiedene Einrichtungen des Freiheitsentzuges der Schweiz und führte Gespräche mit inhaftierten Personen. Im daraus hervorgegangenen Bericht zu den Schweizer Gefängnissen formulierte sie anschliessend verschiedene Empfehlungen, Beobachtungen und Fragen. Der Ausschuss kam zum Schluss, dass Gefangene in der Mehrheit der Einrichtungen korrekt behandelt und unter sehr guten Haftbedingungen leben würden. Gegenüber der Haftanstalt Champ-Dollon (GE) wurde die Kritik geäussert, dass diese seit der letzten Evaluation weiterhin stark überbelegt sei. Laut Aargauer Zeitung sei dies insbesondere deshalb problematisch, da Forschende kurz zuvor erstmals einen Zusammenhang zwischen der Überbelegung und der Zahl der Selbstmordversuche im «berüchtigten Genfer Gefängnis» nachgewiesen hatten. Handlungsbedarf legte der Bericht des Anti-Folter-Ausschusses zudem bei der Unterbringung von Gefangenen mit schweren psychischen Störungen offen. Diese seien noch immer häufig in Hochsicherheitstrakten untergebracht, würden isoliert und hätten nur beschränkt Zugang zu Therapiemassnahmen. In polizeilichen Einrichtungen im Kanton Genf berichteten Betroffene von Polizeigewalt und Misshandlungen. Darüber hinaus würde festgenommenen Personen in einigen polizeilichen Anstalten das Recht, Angehörige zu informieren, gar nicht oder erst nach Verstreichen von Stunden gewährt. Von ähnlichen Umständen berichtete auch die NZZ im September 2016: Im Gegensatz zum Strafvollzug gelte für Inhaftierte in einigen Einrichtungen der Untersuchungshaft ein Telefon-Verbot, sie hätten keine Sport- und Arbeitsmöglichkeiten und sässen bis zu 23 Stunden am Tag in der Zelle. Personen in Untersuchungshaft, für welche die Unschuldsvermutung gilt, würden hierzulande teilweise schlechter behandelt als verurteilte Straftäter, schloss der Artikel der NZZ. Hinzu komme, dass aufgrund der Überbelegung in Schweizer Gefängnissen viele verurteilte Personen in der eigentlich für kurzfristige Aufenthalte konzipierten Untersuchungshaft längere Zeit auf einen Haftplatz warten müssten (Blick am Sonntag und St. Galler Tagblatt).
Zum Bericht der Anti-Folter-Kommission nahm der Bundesrat zusammen mit den Kantonen im Juni 2016 ausführlich Stellung und führte zahlreiche Massnahmen zur Verbesserung des Schutzes von Personen im Freiheitsentzug auf. So sollen Misshandlungen strikter geahndet sowie verstärkt in der Aus- und Weiterbildung thematisiert werden. Um sowohl der Überbelegung in Strafvollzugsanstalten als auch der nicht angemessenen Unterbringung von Personen mit schweren psychischen Störungen entgegenzuwirken, sei die Entstehung neuer Strafvollzugsanstalten bzw. zusätzlicher spezieller Haftplätze bereits in Planung. Der Bundesrat gab in seiner Stellungnahme zudem Auskunft zu den Beschäftigungs- und Kontaktmöglichkeiten in verschiedenen Einrichtungen des Schweizer Freiheitsentzugs und begründete das teilweise kleine Angebot mit dem Mangel an Personal- und Infrastrukturkapazitäten.