Die FK-SR sprach sich gegen die Motion Feller (fdp, VD) aus und folgte grösstenteils der Argumentation des Bundesrates bezüglich der Ausweitung der Einflussmöglichkeiten des Parlaments auf den Bericht über den Vollzug und die Wirksamkeit des Finanzausgleichs. So würde die Umsetzung der Motion gemäss Kommissionssprecherin Fetz (sp, BS) die bewährte Funktionsweise der politischen Institutionen und insbesondere die Beteiligung der Kantone in Frage stellen. Zudem sei der Weg zu Gesetzesänderungen über die parlamentarische Initiative gegenüber demjenigen über Motionen zu bevorzugen, da Erstere den Einbezug aller Beteiligten erlaube und entsprechend das traditionelle Zusammenspiel der Institutionen respektiere. Dies sei insbesondere relevant, als es auch auf Seiten der KdK Bestrebungen zur Änderung der Modalitäten zur Festlegung der Ausgleichsinstrumente gebe. Die Rolle der Kantone strich auch Peter Hegglin (cvp, ZG) hervor. Er empfahl dem Ständerat jedoch, dem zustimmenden Entschluss des Nationalrats zu folgen, da der Bundesversammlung in diesem wichtigen Themenbereich mehr Änderungsmöglichkeiten zustehen sollten als bisher. Bundesrat Maurer wies darauf hin, dass der Bund gemeinsam mit den Kantonen dabei sei, Lösungen zu finden. In diesem Prozess ginge es vor allem darum, dass die Kantone untereinander Kompromisse und ein Gleichgewicht erarbeiteten, wobei es nicht hilfreich sei, „wenn das Parlament in jedem Fall schon früh ein Mitspracherecht [habe]”, da durch die Parlamentskammern nochmals neue Interessen eingebracht würden. Dieser Ansicht folgte der Ständerat, lehnte die Motion mit 34 zu 6 Stimmen ab und versenkte sie damit.

Eine Motion Anita Fetz (sp, BS), die eine jährliche Ausweisung der kantonalen Verteilung von Bundesgeldern forderte, wurde im Berichtsjahr von beiden Räten stillschweigend angenommen. Die Motionärin rannte mit ihrer Forderung offene Türen ein, da die bis 2007 im Rahmen der offiziellen Publikation „Öffentliche Finanzen der Schweiz“ veröffentlichten Angaben laut Bundesrat ab 2014 wieder in die jährlich publizierte Finanzstatistik aufgenommen werden solle. Der Überblick über die Einnahmen der einzelnen Kantone aus Bundesquellen soll so wieder verfügbar sein und die Transparenz der Finanzströme erhöht werden. Der Bundesrat kündigte an, auch Einnahmen der Kantone aus Investitionsbeiträgen, Entschädigungen und Kantonsanteilen an den Bundeseinnahmen detailliert aufnehmen und im Internet veröffentlichen zu wollen.

Angesichts der etwas verfahrenen Situation der Interkantonalen Vereinbarung über die Koordination der hochspezialisierten Medizin reichte Ständerätin Fetz (sp, BS) eine Motion ein, mit der sie den Bundesrat verpflichten wollte, selber aktiv zu werden, falls sich die Kantone nicht bis im Frühjahr 2006 einigen können. Dieser verwies auf die noch nicht in Kraft getretene Neugestaltung des Finanzausgleichs und der Aufgabenteilung zwischen Bund und Kantonen (NFA), weshalb er der Umsetzung durch die Kantone nicht vorgreifen wolle. Auf seinen Antrag wurde die Motion mit 27 zu 11 Stimmen abgelehnt. Weil der Bundesrat aus den gleichen Gründen Ablehnung beantragte, zog Nationalrat Joder (svp, BE) eine analoge Motion (Mo. 04.3634) zurück. Die Verzögerungen bei der Umsetzung der IVKKM veranlasste auch die im Nationalrat vertretene Ärzteschaft, im Fall einer nicht einvernehmlichen Lösung eine Intervention des Bundes zu verlangen. (Zur NFA siehe hier.)