Auch die sicherheitspolitische Kommission der Ständekammer befürwortete, dass das GWK nötigenfalls mit Angehörigen der militärischen Sicherheit verstärkt werden soll. Jedoch wurde gegenüber dem zuvor im Nationalrat angenommenen Motionstext eine Änderung vorgeschlagen. Denn die Unterstützung mit 20 AdA soll nicht lediglich an der Südgrenze möglich sein, sondern alle Grenzwachtregionen sollen von einer personellen Verstärkung profitieren können. Dies wurde ohne Gegenstimme von der SiK-SR so beantragt. Nach Abklärungen mit der Oberzolldirektion, dem Grenzwachtkorps selbst und der Militärpolizei sowie unter Berücksichtigung zweier hängiger Standesinitiativen, die ebenfalls eine Aufstockung des GWK fordern (St. Iv. VS 18.307 und St. Iv. GR 17.318), kam die Kommission zum Schluss, dass gegenwärtig eine Unterstützung durch die Armee nicht notwendig sei. Gleichwohl wurde die abgeänderte Fassung der Motion zur Annahme empfohlen, denn so habe man im Bedarfsfall eine gesetzliche Grundlage. Eine Kommissionsminderheit Hêche (sp, JU) lehnte die Motion gesamthaft ab. Sie war der Ansicht, der Vorstoss sei unnötig, da in der Notfallplanung Asyl ein solcher subsidiärer Einsatz bereits vorgesehen sei.
Nach der Ständeratsdebatte obsiegte die Kommissionsminderheit. Sekundiert wurde die Kommissionsminderheit von Bundesrat Maurer – das GWK ist im EFD angesiedelt: Die Regierung erachte die Forderungen bereits als erfüllt. Eine Notfallplanung liege «fix und fertig in der Schublade» und die im Bedarfsfall nötige Unterstützung könne innert dreier Tage mobilisiert werden. Es stimmten 29 Standesvertreterinnen und -vertreter für den Minderheitsantrag und somit für Ablehnung, 14 unterstützten den geänderten Kommissionsvorschlag.

Die SVP verlangte mittels Motion eine Unterstützung des Grenzwachtkorps durch die Militärpolizei. Bei Bedarf solle es möglich sein, 50 Angehörige der militärischen Sicherheit an die Südgrenze zu entsenden, um dort die Einheiten der Grenzwache personell zu verstärken. Im Lichte der Flüchtlingskrise und der dadurch ausgelösten Migrationsströme sorgte sich die Motionärin ob der steigenden Einreisezahlen in die Schweiz. Es sei nicht absehbar, wie sich die Nachbarstaaten Deutschland und Österreich künftig positionierten und mit ihren Grenzen umgingen. Es gebe einen Trend, die Grenzen zu schliessen, was wiederum bedeute, dass zahlreiche Migrantinnen und Migranten in der Schweiz festsitzen würden. In der Begründung zu ihrer Motion stellte die Partei auch die Forderung, dass die Schweiz ihr Asylrecht aussetzen und mit den Nachbarstaaten gleichziehen solle. Dies wiederum würde allenfalls zu einer Überforderung des GWK führen, weswegen die Militärsicherheit unterstützend aufgeboten werden solle; wie dies im Übrigen zwischen 1997 und 2012 auch schon gemacht worden war.
Die Landesregierung reagierte ausweichend. Mit der Notfallplanung Asyl sei bereits ein Massnahmenpaket vorbereitet worden für den Fall, dass die Migration substanziell zunehmen würde. Im Rahmen dieser Vorbereitungen sei auch bereits vorgespurt worden, dass subsidiäre Einsätze der Armee unter Umständen ermöglicht werde könnten, namentlich auch zur Unterstützung des GWK. Die Planung sei dabei schon soweit fortgeschritten, dass bis zu 50 AdA rasch aufgeboten werden könnten. Somit seien die Forderungen aus der Motion bereits erfüllt, sie könne abgelehnt werden.
Anders sah dies der Nationalrat. In der Frühjarssession 2018 wurde die Motion angenommen. Es bedurfte aber keiner längeren Debatte, SVP-Parteipräsident Rösti (svp, BE) machte dem Plenum beliebt, das Anliegen zu unterstützen. Auch rund ein halbes Jahr nach der Einreichung der Motion gelte die Forderung. Zwar wurde zur Kenntnis genommen, dass der Bundesrat bereits entsprechende Pläne gefasst hatte, Rösti beharrte dennoch auf der Annahme der Motion, um den Willen des Parlaments zum Ausdruck zu bringen und um einen gewissen Druck aufrechtzuerhalten. Sein Parteikollege Maurer, Vorsteher des für das GWK zuständige EFD, konnte die Stimmung im Rat nicht mehr umschwenken. Die Armee sei bereits soweit involviert, dass kurzfristig Einsätze ausgelöst werden könnten, innert dreier Tage seien bis zu 50 AdA einsatzbereit, betonte er noch einmal. Es gebe keinen Anlass, die Motion anzunehmen, weil die Forderungen de facto bereits erfüllt seien. Mit 102 zu 91 Stimmen wurde der Vorstoss jedoch angenommen.

Toni Brunners (svp, SG) Motion Schweizer Frischmilch für die Schweizer Armee wurde in der Herbstsession vom Ständerat beraten, erhielt dort aber weniger Sukkurs als in der grossen Kammer. Die SiK-SR beantragte mit 10 zu einer Stimme - wie zuvor auch der Bundesrat - die Ablehnung der Motion. Die Kommissionshaltung wurde dem Rat von Josef Dittli (fdp, UR) vorgetragen. Das Anliegen sei bereits erfüllt, stationär untergebrachte Truppen erhielten bereits Frischmilch und unter Umständen könne die Abgabe von Milchpulver sinnvoll sein, gerade bei widrigen Wetterbedingungen im Feld. Ohne weitere Diskussion wurde die Motion im Ständerat verworfen.

Les chambres ont adopté, sur avis favorable du Conseil fédéral, une motion Burkhalter (prd, NE), reprise par Martine Brunschwig-Graf (pl, GE), qui demandait au gouvernement d’étudier un concept nouveau concernant les moyens de transports, en vue de soutenir les engagements civils et militaires à l'étranger, à titre humanitaire et en faveur de la paix. La motion demandait notamment que soient examinés les éléments suivants: 1) acquisition par la Confédération des avions de transport nécessaires, présentant de larges propriétés sur les plans logistique et tactique; 2) mise en place d'un pool pour l'utilisation des capacités de transport ainsi créées, en collaboration avec des pays dont la politique de maintien de la paix est comparable à celle de la Suisse; 3) mise à disposition d'une part des capacités de transport pour des actions humanitaires.

Les chambres ont examiné une motion Banga (ps, SO), reprise entretemps par Hans Widmer (ps, LU), qui demandait au Conseil fédéral de présenter un programme d'action qui donne de nouvelles perspectives au personnel militaire de métier et aux soldats contractuels, qui crée de nouvelles impulsions porteuses d'avenir pour renforcer le volet professionnel d'«Armée XXI» et qui améliore la procédure régissant les missions des militaires à l'étranger. Soutenue par le groupe démocrate-chrétien, radical et une partie du groupe socialiste, cette motion a été adoptée par 92 voix contre 79 au Conseil national. Elle a toutefois été rejetée au Conseil des Etats.

En rapport avec cette révision législative, le Conseil national a adopté, malgré l’opposition des groupes démocrate-chrétien et radical-libéral, une motion Bugnon (udc, VD), qui demandait au Conseil fédéral de présenter au parlement un acte législatif prévoyant que l'armée n'effectuera plus d'interventions subsidiaires de longue durée, en particulier des surveillances d'ambassades. Dans sa réponse à cette motion, le Conseil fédéral a souligné qu’il ne serait pas en mesure de soumettre l’acte législatif demandé, car les engagements subsidiaires de sûreté correspondent à un mandat constitutionnel (art. 58 al. 2 Cst.). Il a également précisé que ces engagements, à la demande des autorités civiles, devaient être approuvés par l'Assemblée fédérale.

Malgré des propositions de rejet dans les deux conseils, les chambres ont adopté, sur recommandation du Conseil fédéral, une motion de la Commission de la politique de sécurité du Conseil national (CPS-CN), qui demandait à ce dernier de prendre toutes les mesures nécessaires, afin de rendre possible d’ici à 2010 la mise à disposition d’une capacité d’au moins 500 militaires pour des missions de maintien de la paix. La commission a précisé que, pour atteindre cet objectif qui correspond aux intentions exprimées dans le plan directeur d’Armée XXI, le Conseil fédéral devrait veiller en particulier à assurer un encadrement de formation, un équipement de haute qualité et une logistique efficace.

Le Conseil des Etats a adopté à son tour une motion du conseiller national Bernhard Hess (ds, BE), qui demandait au Conseil fédéral de présenter des bases légales claires qui régissent l’utilisation de drones. Le député exigeait en outre du gouvernement qu’il garantisse que seules les autorités civiles aient accès aux données récoltées lors des utilisations de nature civile, de même que la séparation des pouvoirs entre la police et l’armée.

Dans le cadre de cette question, le Conseil national a adopté, sur avis favorable du Conseil fédéral, une motion Hess (sd, BE), qui demandait au gouvernement de présenter des bases légales claires qui régissent l’utilisation de drones. La motion demandait au Conseil fédéral de garantir en outre que seules les autorités civiles aient accès aux données récoltées lors des utilisations de nature civile, ainsi que la séparation des pouvoirs entre la police et l’armée.

Les chambres ont adopté, sur avis favorable du Conseil fédéral, une motion de la CPS-CN, qui demandait au gouvernement, lorsqu’il soumettrait au parlement un texte destiné à remplacer l’arrêté fédéral concernant la prolongation de l’engagement de l’armée pour la protection des représentations diplomatiques étrangères (qui arrivera à échéance fin 2007), de proposer, après concertation avec les cantons, une solution prévoyant le transfert à la police civile de tout ou partie des missions remplies par l’armée dans le cadre dudit arrêté. La motion demandait en outre que le Conseil fédéral présente à cet effet les avantages et les inconvénients de cette solution, le financement envisagé, ainsi qu’un calendrier relatif au recrutement et à la formation des agents de la police civile.

Les chambres ont adopté une motion Wyss (ps, BE), qui demandait au Conseil fédéral de s’engager résolument, sur la scène internationale, en faveur de réglementations contraignantes qui fixent les responsabilités des entreprises militaires et des forces de sécurité privées en matière de respect du droit international et des droits de l’homme.

À la suite de la publication d’un article de la « Basler Zeitung », relatif au déroulement de préparatifs concrets en vue de l’envoi de soldats suisses en Afghanistan, le conseiller national zougois Josef Lang (pe) a déposé une motion demandant au Conseil fédéral de renoncer à son intention d’envoyer des troupes suisses en Afghanistan, à tout le moins tant que les commissions compétentes et le parlement ne se seront pas saisis du dossier et qu’ils n’auront pas pris de décision en la matière. Le Conseil fédéral, dans une réponse rendue au début 2006, a démenti les informations parues dans la presse et a indiqué que jusqu’à présent, seule la possibilité d’un renforcement de la participation de la Suisse à l’International Security and Assistance Force (ISAF) mandatée par l’ONU en Afghanistan a été examinée, et ce uniquement au sein de l’administration. Il a ajouté que dans le cas où il jugerait opportun d’étendre cet engagement, il en informerait, en temps opportun, les commissions des deux chambres, ainsi que le parlement.

Dans une motion déposée en fin d’année, le conseiller national Freysinger (udc, VS) a soulevé la question des violations du concept de neutralité suisse faites par des avions de l’OTAN ayant atteri à de nombreuses reprises sur des bases militaires suisses. Le Conseil fédéral a proposé de rejeter cette motion, en prenant soin de préciser que ces soi-disant « avions de l’OTAN » étaient en réalité des appareils appartenant à des forces armées avec lesquelles la Suisse a conclu un accord en matière d’instruction ou – dans le cas de la France – un accord sur une défense commune face à des menaces aériennes non militaires. Le gouvernement a précisé en outre que l’OTAN, en tant que telle, n’a pas d’avions en dehors d’avions radar, dont aucun n’a atterri en Suisse. Il a ajouté que la venue d’avions militaires étrangers sur le sol suisse tenait au fait que la Suisse devait accroître sa coopération sur la scène internationale, et notamment dans le domaine de l’instruction militaire.

Le Groupe radical-libéral a déposé au Conseil national une motion proposant d’octroyer au Conseil fédéral une plus grande et plus claire marge de manœuvre pour l’engagement de l’armée dans des missions de promotion de la paix à l’étranger. Les auteurs de la motion ont notamment demandé que deux propositions concrètes soient examinées : d’une part la délégation de compétences au Conseil fédéral pour accroître l’intensité ou prolonger la durée d’un engagement dont le principe a été accepté par le parlement, et, d’autre part, la fixation à trois mois de la durée d’engagement nécessitant l’approbation du parlement. Le gouvernement a proposé d’accepter cette motion. Au plénum, la discussion sur cet objet a été renvoyée, car il a été combattu par deux députés UDC (Ulrich Schlüer, ZH, et Theophil Pfister, SG) et par l’écologiste Josef Lang (ZG).

Le parlementaire Alexander Baumann (udc, TG) a, par le biais d’une motion (Mo. 99.3126), exigé des mesures afin de garantir plus efficacement la sécurité aux frontières et d’éviter que l’armée ne doive par trop intervenir dans des affaires de compétence cantonale. La motion n’a pas été suivie par la Chambre du peuple qui l’a rejetée par 65 voix contre 56. A cette occasion, le Conseil fédéral a annoncé qu’il allait examiner la création d’une unité mobile composée d’une centaine de garde-frontières et de garde-fortifications. D’ici 2002, ce corps national pourrait prêter main forte aux cantons, principalement dans le cadre de la sécurité et du contrôle des frontières, mais aussi en vue de la protection de bâtiments et de personnes. Par le biais d’un postulat (Po. 00.3378), Alexander Baumann est revenu à l’assaut pour demander que le Corps de garde-frontières actuel bénéficie de nouvelles conditions de travail, notamment par l’adaptation de son effectif et des salaires au regard des tâches imparties. Ce postulat a été accepté par le Conseil fédéral et transmis par la Chambre basse.

Le Conseil national a rejeté par 77 voix contre 24 une motion du groupe libéral visant à engager l’armée pour s’occuper de camps de réfugiés à l’étranger. Reconnaissant une certaine pertinence à la motion, le chef du DDPS avait toutefois recommandé aux députés de la rejeter en raison de problèmes liés notamment à l’armement des Suisses à l’étranger, à la nécessité d’un mandat multilatéral et à la préférence accordée aux organisations civiles.

Suite à cette mobilisation de la milice dictée par l’urgence et le manque de moyens de la police, le rôle de l’armée dans ce type de tâches a été largement discuté dans les médias comme au parlement. Au Conseil national, une motion de Christiane Jaquet (pdt, VD) (Mo. 99.3072) a traduit une certaine inquiétude de la gauche à voir l’armée relayer la police alors que les mesures d’économie tendent simultanément à réduire les effectifs de cette même police. La popiste vaudoise a donc demandé au Conseil fédéral de financer plutôt un certain nombre de postes de policiers dans les cantons et les grandes villes, seule solution selon elle pour éviter les pièges d’une police fédérale et le recours à l’armée. Dans sa réponse, le gouvernement a répondu qu’il fallait analyser globalement ce sujet de la sécurité intérieure avec également l’option du recours aux gardes-frontière et aux gardes-fortifications. Le Conseil national a finalement transmis ce texte comme postulat. Toujours à gauche, une interpellation Grobet (pdt, GE) (Ip. 99.3053) a interprété l’utilisation de l’armée à Genève comme une tentative de justification d’un budget militaire totalement exagéré. Combattu, un postulat Freund (udc, AR) (Po. 99.3143) demandant au Conseil fédéral d’examiner la possibilité de créer dans le cadre d’ « Armée XXI » un corps d’intervention chargé d’assurer la sécurité aux frontières et de protéger des bâtiments contre les actes terroristes a été renvoyé. Après la fin de la guerre au Kosovo, l’armée a cessé de protéger les ambassades de six pays de l’OTAN (France, Belgique, Grande-Bretagne, Hollande, Canada et Espagne), seul un service de patrouille étant maintenu. En décembre, les militaires ont quitté la ville de Genève.

En relation avec le problème de l’afflux des requérants d’asile en Suisse, il a été à plusieurs reprises question de l’emploi de l’armée en vue de renforcer le corps des gardes-frontières et d’encadrer les réfugiés. Au parlement, une motion Freund (udc, AR) (Mo. 98.3106) a notamment été déposée devant le Conseil national, demandant au gouvernement de soumettre aux chambres, dans les plus brefs délais, un arrêté fédéral urgent qui permette de renforcer le Corps des gardes-frontière en engageant la troupe dans le cadre du service d’instruction normal. Combattue par la gauche, la décision sur la motion Freund a été renvoyée.
Une autre motion du groupe parlementaire démocrate-chrétien du Conseil national proposait de confier à des militaires en service d’appui la gestion des structures d’hébergement destinées à l’accueil d’urgence des requérants d’asile. Le groupe libéral des chambres fédérales a quant à lui déposé deux motions devant le Conseil national afin que la Suisse crée et gère des camps de réfugiés à proximité des zones de crise à l’étranger. Selon ce dernier, l’armée pourrait s’acquitter de cette mission. Le but recherché est d’éviter des déplacements de population et de soulager les centres d’accueil en Suisse.

Au Conseil national, deux motions exprimant des réserves à l'égard du projet du gouvernement furent déposées. La première, celle du socialiste Gysin (BS) (Mo. 96.3212), demandait que la question de l'adhésion au PPP soit tranchée par le parlement. La seconde, déposée par le démocrate suisse Keller (BL) (Mo. 96.3211), exigeait en outre que le sujet soit soumis au référendum facultatif. Estimant que la participation au programme de l'OTAN avait une importance beaucoup plus grande que ne le prétendait le gouvernement, les deux motionnaires souhaitaient que des instances représentatives, voire même le peuple, puissent s'exprimer. Devant le plénum, le chef du DFAE a relevé qu'il était légitime que cette question relève de la compétence de l'exécutif dans la mesure où le PPP n'était pas un traité international. Il a également ajouté que ce dernier n'avait aucune force contraignante, le gouvernement pouvant à tout moment décider de dénoncer ses engagements. Enfin, Flavio Cotti a souligné que les actions non militaires auxquelles la Suisse participerait ne sauraient violer le principe de neutralité armée de la Confédération. Devant les arguments du ministre des affaires étrangères, la motion du député socialiste fut retirée. La proposition Keller fut pour sa part largement rejetée, seuls les députés des partis des démocrates suisse et de la liberté ainsi que la majorité de l'UDC lui apportant leur soutien.