Im Vergleich zum Nationalrat bereinigte der Ständerat den Voranschlag 2019 in deutlich kürzerer Zeit und deutlich einhelliger: In den meisten Kommissionsanträgen folgte der Ständerat stillschweigend ohne Gegenantrag dem Entwurf des Bundesrates und schuf so einige Differenzen zum Erstrat. Diskussionslos und stillschweigend sprach sich der Ständerat auch für die vom Bundesrat beantragte und vom Nationalrat abgelehnte Aufstockung des Funktionsaufwands der EFK aus.
Länger diskutiert wurde hingegen über die Berufungskammer des Bundesstrafgerichts. Hier hatte die FK-SR keine Änderung zum bundesrätlichen Vorschlag vorgesehen. Beat Rieder (cvp, VS) erklärte jedoch dem Rat im Rahmen seines Antrags die Problematik des Bundesstrafgerichts ausführlich: Mitte 2017 hatte man eine neue Berufungskammer für das Bundesstrafgericht geschaffen, die sowohl den Sachverhalt als auch die Rechtsanwendung mit voller Kognition von Urteilen überprüfen soll. Aus der geringen Anzahl Fälle, mit denen gerechnet worden war, wurden alleine im Jahr 2017 über 70 Urteile, wofür die auf 300 Stellenprozente erhöhte Personalausstattung nicht ausreichte. Deshalb entschied der Nationalrat stillschweigend, für die Berufungskammer eine eigene Budgetposition zu schaffen und diese um CHF 1 Mio. auf CHF 2.9 Mio. aufzustocken. Mit seinem Einzelantrag beabsichtigte Rieder, diesbezüglich dem Nationalrat zu folgen. Ulrich Meyer, Präsident des Bundesgerichtes, begrüsste im Namen des Bundesgerichts die Änderung des Nationalrats. In der Folge beantragte Hannes Germann (svp, SH) als Präsident der FK-SR den Rückzug des Mehrheitsantrags, wogegen die übrigen Kommissionsmitglieder keine Einwände äusserten und wodurch der Antrag Rieder angenommen wurde.
Die andere grössere Debatte drehte sich um die Frage, welche Beträge zu den verschiedenen WBF-Positionen genau «Dittli-konform» (Anita Fetz, sp, BS) sind, also mit der Motion von Josef Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) übereinstimmen, gemäss der die Teuerung nur ausgeglichen werden soll, wenn sie anfällt. Finanzminister Maurer bat den Rat diesbezüglich, auf die vorgeschlagenen Erhöhungen der Beträge – die FK-SR schlug in zwei Fällen einen Mittelweg zwischen Bundesrat und Nationalrat vor und sprach sich ansonsten für die von der grossen Kammer vorgenommenen Korrekturen aus – zu verzichten. Man habe die Teuerung bei der ganzen Verwaltung entsprechend der Motion Dittli herausgerechnet; es sei daher nicht fair, hier die Beträge wieder um die Teuerung zu erhöhen. Dem widersprach jedoch Anita Fetz: Ein rückwirkender Teuerungsausgleich, wie ihn der Bundesrat vorgenommen habe, sei nicht Teil der Motion Dittli. Jedoch habe man im Vergleich zum Nationalrat die aktuelle Teuerung herausgerechnet, wodurch die teilweise unterschiedlichen Anträge zur grossen Kammer zu erklären seien. Trotz der Beteuerungen des Finanzministers, dass die Teuerung bei allen Budgetpositionen gleichermassen berücksichtigt worden sei, nahm der Ständerat sämtliche Mehrheitsanträge der Finanzkommission zum WBF an und schuf dadurch auch einige Differenzen zum Nationalrat.
Kurios mutete schliesslich ein Antrag Hösli (svp, GL) an: Ebenso wie ein im Nationalrat unterlegener Minderheitsantrag Gmür (cvp, SZ) forderte dieser den Verzicht auf die Aufstockung des Grenzwachtkorps, obwohl die SVP-Fraktion im Nationalrat die von der FK-NR vorgeschlagene Aufstockung klar befürwortet hatte. Werner Hösli begründete den Antrag damit, dass die Standesinitiativen mit Forderung einer Aufstockung des Grenzwachtkorps aus dem Jahr 2015 stammten, «als sich unsere Grenzbevölkerung zu Recht in ihrer Sicherheit gefährdet sah». Dies sei jetzt aber nicht mehr der Fall und da durch die Zusammenlegung der operativen Einheiten von Grenzwachtkorps und Zoll und der Einführung von DAZIT im administrativen Bereich Personal gespart werden könne, brauche es diese Aufstockung nicht. Dem stimmte auch Finanzminister Maurer zu und staunte über die «verkehrte Welt»: «Normalerweise wollen Sie uns Stellen, die wir Ihnen beantragen, streichen. Hier wollen Sie uns Stellen geben, die wir eigentlich nicht brauchen.» Der Ständerat sprach sich jedoch in Übereinstimmung mit dem Nationalrat ebenfalls für die Finanzierung der 44 neuen Stellen aus, tat dies mit 21 zu 20 Stimmen bei 1 Enthaltung jedoch deutlich knapper als die grosse Kammer.
Ansonsten stimmte der Ständerat dem Erstrat bei zahlreichen Budgetpositionen zu. Unter anderem stimmte er für die Aufstockung der Budgets des Alpinen Museums Schweiz, der internationalen Sportanlässe zur Durchführung der Rad-WM in Aigle sowie der Sicherheitsuntersuchungsstelle, deren Erhöhung der Bundesrat in einer Nachmeldung aufgrund des Unfalls der Ju-Air beantragt hatte. Differenzen schuf er unter anderem bezüglich des BAG, der Sozialhilfe für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge, des Zivildienstes und des Sach- und Betriebsaufwands, bei denen der Ständerat entsprechend dem bundesrätlichen Vorschlag mehr Geld sprechen wollte als der Nationalrat. Bei der Landwirtschaft und diversen Bildungspositionen hatte sich der Nationalrat grosszügiger gezeigt als die Ständekammer.
Einstimmig mit 42 zu 0 respektive 43 zu 0 Stimmen nahm der Ständerat sämtliche zum Budget gehörigen Bundesbeschlüsse an.

Auch im Ständerat wurde die mit dem Programm DaziT angestrebte Modernisierung und Digitalisierung der EZV durchwegs positiv aufgenommen. Die Präsidentin der FK-SR, Anita Fetz (sp, BS), zeigte sich sogar ausgesprochen begeistert vom Programm und versicherte dem Bundesrat dafür „ein warmes Ja“ vonseiten der Kommission. Die Kantonskammer trat in der Herbstsession 2017 ohne Gegenantrag auf die Vorlage ein, löste die Ausgabenbremse ohne Gegenstimme und nahm den Bundesbeschluss einstimmig an. Im Zuge dessen wurden zwei Motionen der FDP-Fraktion (10.3949 und 13.4142) sowie zwei weitere der WAK-NR abgeschrieben, da ihre Forderungen als erfüllt angesehen wurden.

Dem Antrag der FK-SR, die Motion Noser (fdp, ZH; Mo. 07.3452) abzuschreiben, folgte die kleine Kammer oppositionslos. Der Vorstoss sei «wahrlich antik» und dessen vom Bundesrat beantragte Abschreibung innert der letzten 10 Jahre zweimal abgelehnt worden. Doch nun sei es an der Zeit, diesem Antrag entgegenzukommen, da die Entwicklung in der Bundesverwaltung in Richtung der verlangten Zentralisierung der IT-Leistungserbringung gehe – auch wenn noch lange nicht alles im Lot sei, fasste Kommissionssprecherin Anita Fetz (sp, BS) zusammen. Auch der Motionär selbst meldete sich zu Wort: Er habe seine Motion eingereicht, «bevor es das i-Phone und bevor es Facebook gab» – so Ruedi Noser. Das Anliegen der Zentralisierung von Diensten sei aber nach wie vor zentral, da man dadurch insbesondere im IT-Bereich viele Kosten sparen könne. Bundesrat Ueli Maurer nahm beide Voten auf und teilte sowohl die Bedenken hinsichtlich verschiedener noch bestehender Baustellen («im Bereich der IKT spielen wir nicht in einer Super League») als auch hinsichtlich der Möglichkeit für Kosteneinsparung dank Zusammenlegung von Aufgabenbereichen. Der Bundesrat befasse sich aber intensiv mit der Thematik. Der Finanzminister verwies dabei auf den Rechenzentren-Verbund und auf die Standarddienste, wie z.B. «Gever», die innerhalb der Verwaltung eingesetzt würden.

Der Nationalrat bekräftigte einmal mehr seinen Wunsch nach der Umgestaltung der Departemente. (Zu den Diskussionen vom vergangenen Jahr siehe hier.) Er überwies gegen den Antrag des Bundesrates, der argumentierte, er habe dies alles schon überprüft und für nicht sinnvoll gehalten, ein Postulat Burkhalter (fdp, NE) (06.3245) für eine grundsätzliche Neuorganisation der Departemente. Diese solle sich sowohl bei der Zuordnung der Ämter als auch bei der Benennung konsequent an den langfristigen Aufgaben und Prioritäten der Politik orientieren. Konkret nannte Burkhalter beispielsweise ein Departement für Sicherheit, das sich mit der öffentlichen Sicherheit und Ordnung, der Justiz und der Landesverteidigung befassen würde. Eine Motion Lustenberger (cvp, LU) für die Schaffung eines Bildungsdepartementes konnte hingegen noch nicht behandelt werden, da sie Nationalrat Baader (svp, BL) bekämpfte. (Siehe dazu auch die Antwort des neuen Bundesrates Burkhalter auf eine Interpellation Fetz (sp, BS) (09.3793)).

Eine Motion von Fetz (sp, BS), die eine schweizerische Gesamtstrategie gegen Littering sowie die Einführung eines Pfandes zur Förderung der Rückgabe von kleinen Pet-Getränkeflaschen verlangte, wurde verworfen. Eine Mehrheit des Ständerates war der Ansicht, Massnahmen gegen das unordentliche Wegwerfen von Abfällen sei Sache der Kantone und Gemeinden.