L'initiative pour la souveraineté alimentaire des syndicats Uniterre et L'autre syndicat passe aux mains de la chambre haute. Isidor Baumann (pdc, UR) expose les raisons pour lesquelles aucun membre de la commission compétente (CER-CE) – après avoir auditionné deux membres du comité d'initiative et tenu compte des prises de position du SECO, de l'OFAG ainsi que de l'OSAV – ne soutient le présent texte: cette initiative va, à leurs yeux, trop loin et ne pourrait pas être appliquée sur certains points. De plus, elle risque de provoquer la mise en place de nouvelles mesures étatiques et d'augmenter les coûts tant pour la Confédération que pour les consommatrices et consommateurs. Il ajoute que les mesures préconisées concernant la protection douanière pourraient entrer en conflit avec les accords de l'OMC. Finalement, la commission estime que le texte sur la sécurité alimentaire remplit déjà une grande partie des volontés de la présente initiative, la rendant superflue. La CER-CE propose donc, par 11 voix contre 0 et 2 absentions, aux membres du Conseil des Etats de la rejeter.
En comparaison avec les discussions ayant eu lieu au Conseil national, celles menées dans la chambre haute ont été concises. Trois sénateurs – Konrad Graber (pdc, LU), Peter Föhn (udc, SZ) et Peter Hegglin (odc, ZG) – exposent les raisons de leur opposition au texte, invoquant des arguments similaires à ceux délivrés par la commission compétente, à savoir, que le texte est superflu et qu'une implication plus grande de l'Etat dans ce domaine ne profiterait à personne. Seul le sénateur genevois Robert Cramer (verts, GE) se fait le défenseur de l'initiative, sans pour autant avoir déposé de proposition visant à l'acceptation du texte. Pour lui, l'initiative est une possibilité offerte de changer de cap concernant la politique agricole actuellement en place et ainsi que celle réfléchie par le Conseil fédéral. L'initiative veut, en effet, mettre en place une politique alimentaire orientée sur «la santé, la régionalité, le climat, la biodiversité et la responsabilité sociale» selon les mots du sénateur vert.
Le conseiller fédéral Johann Schneider-Ammann revient, à son tour, sur les raisons invoquées par l'exécutif de ne pas soutenir cette initiative. Il explique tout d'abord que celle-ci est débattue dans un contexte bien particulier, à savoir au milieu de discussions sur la vue d'ensemble sur le développement à moyen terme de la politique agricole, sur la Politique agricole 22+, ainsi que sur les accords entre les pays du MERCOSUR et les pays de l'AELE. Il considère que cela amène une certaine confusion quant aux volontés du Conseil fédéral dans ce domaine. L'acceptation en septembre 2017 du contre-projet à l'initiative sur la sécurité alimentaire a permis d'inscrire dans la Constitution un certain nombre de points donnant une base pour l'orientation future de l'agriculture suisse, rendant l'initiative discutée superflue selon l'exécutif. De plus, et comme déjà exposé à la chambre basse, certaines des demandes de l'initiative vont à l'encontre de la politique agricole suisse, comme par exemple l'augmentation du nombre d'actifs dans l'agriculture.
Aucune proposition d'acceptation du texte n'ayant été déposée, le Conseil des Etats adhère, de facto, à la décision du Conseil national, à savoir proposer de rejeter l'initiative.

Kurt Fluri (fdp, SO) empörte sich ob der geplanten Umsetzung einer im Jahr 2007 überwiesenen Motion des ehemaligen Ständerats Carlo Schmid-Sutter (cvp, AI), welche die Lockerung des Transport- und Entsorgungsmonopols für Gewerbekehricht forderte. Laut aktuellen Vorschlägen des BAFU sollen nicht nur Abfälle von Grossbetrieben, sondern auch solche von KMU aus dem Entsorgungsmonopol der Gemeinden gelöst werden. Eine vollständige Liberalisierung des Abfallmarktes für Gewerbekehricht erachtete Fluri in seiner Motion in mehrerer Hinsicht als unglücklich und forderte, dass Sammlung und Verwertung von durch KMU verursachtem Gewerbekehricht nach wie vor den Gemeinden zufallen solle. Eine vollständige Liberalisierung des gewerblichen Abfallmarktes würde einerseits zusätzlichen Administrations- und Kontrollaufwand für Gemeinden und andererseits die Möglichkeit zur Entstehung wilder Abfalldeponien bedeuten. Darüber hinaus sei es ökologisch sinnvoll, beim Einsammeln der Siedlungsabfälle den Gewerbekehricht ebenso gleich mitzunehmen. Ansonsten würden Auslastung und Kostendeckungsgrad sinken und fehlende Erträge müssten durch höhere Gebühren bei den Haushalten ausgeglichen werden. Wie der Bundesrat in seiner Antwort zum Geschäft im Mai 2011 erläutert hatte, stünden die Forderungen der Motion Fluri mit der bereits überwiesenen Motion Schmid-Sutter in Konflikt. Um eine effiziente und umweltgerechte Umsetzung des Anliegens Schmid-Sutter zu gewährleisten, habe man sich in mehreren Sitzungen mit den betroffenen Kreisen vorläufig geeinigt, dass Abfälle von sogenannten Mikrobetrieben (Betriebe mit bis zu neun Vollzeitstellen) nach wie vor unter das Entsorgungsmonopol des Staates fallen sollen. Da es sich hierbei um 87% aller Betriebe des Gewerbe-, Industrie- und Dienstleistungssektors handle, seien die Auswirkungen tragbar. Trotz dieser Ausführungen nahm der Nationalrat in der Frühjahrssession das Geschäft mit 116 zu 58 Stimmen deutlich an. Für Ablehnung setzte sich eine Grossmehrheit der SVP sowie einer Minderheit der CVP/EVP-Fraktion mit vereinzelter Unterstützung aus den Rängen der GLP und der FDP-Liberalen vergeblich ein. Dem zweitberatenden Ständerat lag in der Herbstsession ein Ordnungsantrag Graber (cvp, LU) vor, der die Motion zur Vorprüfung der UREK-SR zuweisen wollte. Dem Antrag zugrunde lagen kurz zuvor bekannt gemachte Positionen der BPUK, des Schweizerischen Städteverbandes, des Schweizerischen Gemeindeverbandes und von verschiedenen Betreibern von Kehrichtverwertungsanlagen, welche durch den ausgehandelten Kompromiss um die Deckung ihrer Fixkosten fürchteten, wobei die Stellungnehmenden laut dem Antragssteller von einer Grössenordnung von CHF 150 Mio. ausgingen. Daraufhin stützte der Ständerat den Antrag Graber mit 23 zu 13 Stimmen, womit das Geschäft an die Kommission zurückgewiesen wurde.