Noch im April 2016 hatte sich die WAK-NR dafür ausgesprochen, sämtliche Arten der Stempelsteuern abzuschaffen. Neben der Emissionsabgabe auf Eigenkapital, deren Abschaffung im Rahmen der Unternehmenssteuerreform III behandelt wird, hätten nach dem Willen der WAK auch die Umsatz- und die Versicherungsabgabe hinfällig werden sollen. Zu diesem Zweck hatte die Kommission einem entsprechenden Vorentwurf mit 14 zu 5 Stimmen deutlich zugestimmt. Die Mehrheit der Kommissionsmitglieder hatte sich überzeugt gezeigt, dass die Abschaffung dieser Steuern notwendig sei, um die Wettbewerbsfähigkeit des schweizerischen Finanzplatzes aufrechterhalten zu können, und war dafür auch bereit gewesen, Steuerausfälle zu Lasten des Bundes in der Höhe von gut CHF 2 Mrd. hinzunehmen. An diesem Votum hatten auch finanzpolitische Bedenken des Bundesrates Maurer, der die geplante Abschaffung dieser Steuern als „nicht finanzierbar" bezeichnet hatte, nicht rütteln können. Die Kommission war auf die bundesrätlichen Einwände nur insofern eingegangen, als dass sie keinen festen Zeitpunkt für die Abschaffung der betreffenden Steuern festlegen wollte, sondern diese Aufgabe der Landesregierung überlassen hatte.
Angesichts einer erwarteten Volksabstimmung zur Unternehmenssteuerreform III, erwirkt durch ein Referendum von linker Seite, revidierte die WAK-NR ihren Entschluss bezüglich Stempelsteuern gut zwei Monate später bereits wieder. Zwar hielt die Kommission an ihrer grundsätzlichen Stossrichtung, sämtliche Stempelsteuern abschaffen zu wollen, fest. Allerdings beschloss sie, die Vorlage zu sistieren und damit vorerst in die Schublade zu stecken. Das Motiv für diesen Gesinnungswandel dürfte in der Absicht zu finden sein, der Linken mit einer für den Bund soviel teureren Vorlage keinerlei Munition für den bevorstehenden Abstimmungswahlkampf zur Unternehmenssteuerreform III zu liefern – obwohl die beiden Vorlagen an sich nicht miteinander verknüpft waren. DIe WAK-NR dürfte die Diskussion rund um das Thema Stempelsteuern frühestens im Frühjahr 2017 wieder aufnehmen.

Indem die EU ihren Mitgliedstaaten ein Jahr mehr Zeit einräumte, die Vorgaben bezüglich Anlegerschutz zu erreichen, verringerte sie den Druck auf die Schweiz, ihrerseits den Anlegerschutz rasch zu verbessern. Einige Mitglieder der WAK-SR, die die bundesrätlichen Vorschläge im Finanzdienstleistungsgesetz (FIDLEG) als schädlich für die Branche ansahen, liebäugelten gar damit, das Geschäft an die Regierung zurückzuweisen. Schliesslich entschied sich die Kommission dafür, auf die Vorlage einzutreten, diese aber aufgrund zahlreicher Änderungsanträge ans Finanzdepartement (EFD) "zurückzuweisen". Dieses Vorgehen sorgte für Kritik von linker Seite, da nur die Möglichkeit einer Rückweisung an den Gesamtbundesrat, jedoch nicht an ein einzelnes Departement vorgesehen ist. Aus der Rückweisung ans Finanzdepartement resultierte schliesslich ein Dokument mit von Banken formulierten 55 Änderungsvorschlägen, das Bundesrat Maurer der WAK-SR unterbreitete. Weil darin nur Forderungen aufgenommen waren, die die Streichung oder Abschwächung diverser Massnahmen enthielten und damit für einen schwächeren Anlegerschutz lobbyiert wurde, wurde auch dieses Prozedere scharf kritisiert. Am deutlichsten gegen das Vorgehen sprach sich dabei die Präsidentin der Stiftung für Konsumentenschutz, Priska Birrer-Heimo (sp, LU), aus.