Dass die Schweiz haushälterischer mit ihrem Kulturland umgehen muss, darüber war man sich auch im Nationalrat, der die Zersiedelungsinitiative der Jungen Grünen in der Sommersession 2018 als Zweitrat beriet, einig. Gleichwohl stiess sich die Grossmehrheit der Parlamentarierinnen und Parlamentarier der grossen Kammer – ähnlich wie ihre Kolleginnen und Kollegen im erstberatenden Ständerat – insbesondere an der starren Forderung zum Einfrieren der Bauzonen. Darüber hinaus zeigte man bis in die Reihen der SP Unverständnis für den Zeitpunkt der Lancierung eines solchen Anliegens. Ein befristetes Bauzonenmoratorium – und somit eine etwas weniger radikale Forderung – sei ja Gegenstand der Landschaftsinitiative gewesen, die dann angesichts des als griffig erachteten indirekten Gegenvorschlags in Form der ersten RPG-Teilrevision zurückgezogen worden sei, so Beat Jans (sp, BS). Die Kantone hätten nun noch immer ein Jahr Zeit, Massnahmen gegen die Baulandhortung umzusetzen und bis dahin gelte faktisch ein Bauzonenmoratorium.
Während sich alle Fraktionen mit Ausnahme der Grünen geschlossen gegen das Anliegen stellten, gab sich die SP gespalten. Silva Semadeni (sp, GR) etwa äusserte ihren Unmut gegen die Verwässerung des revidierten RPG in kleinen Schritten, wie dies jüngst etwa durch die Schaffung von Ausnahmen für die Pferde- und die Kleintierhaltung sowie für Hotels geschehen sei. Im Raum hing auch die Befürchtung, dass im Rahmen der 2. Teilrevision des RPG die Bestimmungen zum Bauen ausserhalb der Bauzonen gar noch gelockert werden könnten, weswegen einige SP-Vertreterinnen und -Vertreter mit Zustimmung zur Initiative ein Zeichen zu setzen gedachten. Als Folge dieser Unstimmigkeiten beschloss die SP Stimmfreigabe. Zusammen mit Roger Nordmann (sp, VD) und Kommissionsmitgliedern der Grünen Fraktion beantragte die Bündner SP-Nationalrätin jedoch in einem Minderheitsantrag die Annahme der Initiative.
Die GLP attestiert der Bevölkerung Sympathien für den Landschaftsschutz und schlug deswegen als Gegenmassnahme einen direkten Gegenvorschlag zur Initiative vor, um diesem Anliegen zum Bodenschutz anders zu begegnen als der 2012 vom Volk knapp befürworteten Zweitwohnungsinitiative. Konkret beantragte die Partei im Namen einer Kommissionsminderheit Bäumle (glp, ZH), eine der drei in der Initiative enthaltenen Anliegen aufzunehmen, und verlangte – abweichend vom Initiativbegehren –, dass die Gesamtfläche an Bauten ausserhalb der Bauzonen nicht vergrössert werden dürfe.
Ganz woanders anzusetzen gedachte die SVP. Gemäss der Volkspartei ist die zentrale Ursache der Zersiedelung bei der Zuwanderung zu suchen. Verschiedene Redner der Fraktion versuchten die Diskussion in diese Richtung zu lenken, wobei SVP-Präsident Albert Rösti (svp, BE) Werbung für die hauseigene Begrenzungsinitiative betrieb. Gemäss dem St. Galler Nationalrat Brunner (svp, SG) wäre die Einschränkung der Zuwanderung «der beste Bodenschutz». Grünen-Nationalrat Girod (gp, ZH) entgegnete diesem Argument mit einem Vergleich der Stadt Zürich und der Stadt St. Gallen. Während Zürich bevölkerungsmässig wachse, bleibe die verbaute Fläche dank Förderung des verdichteten Bauens konstant. Anders in St. Gallen: Dort stagniere die Bevölkerung zwar, die Siedlungsfläche nehme aber dennoch zu.
Nach mehrstündiger und teils hitziger Debatte waren die Fronten zum Schluss dann doch ziemlich klar. Mit 135 zu 33 Stimmen bei 22 Enthaltungen – grösstenteils aus der SP-Fraktion – beschloss der Nationalrat, dem Volk die Zersiedelungsinitiative zur Ablehnung zu empfehlen. Unterstützung erhielten die Grünen durch eine knappe Mehrheit der SP-Fraktion. Auch der von der Minderheit Bäumle eingebrachte Antrag, der Initiative einen direkten Gegenvorschlag zur Einschränkung des Bauens ausserhalb der Bauzonen entgegen zu stellen, erlangte mit 44 zu 146 Stimmen (0 Enthaltungen) eine deutliche Abfuhr. Neben der GLP und den Grünen stimmte lediglich eine knappe Mehrheit der SP-Fraktion sowie die Nationalrätin und der Nationalrat der EVP für den Gegenvorschlag.

Am Ende der Sommersession 2018 verabschiedete der Ständerat seinen ablehnenden Antrag zur Zersiedelungsinitiative mit 34 zu 3 Stimmen bei 7 Enthaltungen. Das Schlussergebnis im Nationalrat lautete 143 zu 37 Stimmen (18 Enthaltungen) zu Ungunsten der Volksinitiative.

Kurz vor der nationalrätlichen Beratung des Bundesgesetzes über Zweitwohnungen zeigten sich bürgerliche Parlamentarier vor dem Hintergrund der immer lauter werdenden Referendumsdrohung kompromissbereit: Nicht nur metaphorisch sondern tatsächlich in letzter Minute, nämlich am Vorabend der Nationalratsdebatte in der Frühjahrssession 2015, gelang es durch Einlenken der FDP-Fraktionschefin Huber (fdp, UR) und des SVP-Fraktionschefs Amstutz (svp, BE) tatsächlich, ausserhalb des Parlaments einen Kompromiss mit Vera Weber zu erzielen. Der CVP-Vertreter und Kommissionssprecher Yannick Buttet (cvp, VS), der dem Treffen ebenfalls beigewohnt hatte, verliess dieses frühzeitig und empört darüber, vor beschlossene Tatsachen gestellt worden zu sein, welche seiner Meinung nach nicht einer "pragmatischen Umsetzung" entsprachen. Die SVP hätte den Deal alleine mit Helvetia Nostra eingefädelt und die Mitteparteien aussen vorgelassen. Ferner unterstellte Buttet der SVP, rein aus Eigeninteresse gehandelt zu haben, um auch bei ihren eigenen Initiativen weiterhin einen harten Kurs legitimieren zu können. Gegenüber der NZZ beteuerte Nationalrat Killer (svp, AG), man hätte lediglich rasch möglichst die vorherrschende Rechtsunsicherheit beheben wollen. Der Kompromiss sieht drei Zugeständnisse an die Initianten vor: Erstens soll in Gemeinden, die ihr Kontingent ausgeschöpft haben, auch das Anbieten des Objekts auf einer Vertriebsplattform keinen Zweitwohnungsbau legitimieren. Zweitens sollen nicht mehr in Betrieb stehende Hotelanlagen, die ein Vierteljahrhundert oder länger bewirtschaftet wurden, nur zu 50% in nicht der Nutzungsbeschränkung unterstehende Zweitwohnungen umgewandelt werden dürfen. Schliesslich verlangte der Kompromiss den Verzicht auf den dehnbaren Begriff der "erhaltenswerten Bauten", wenn es darum geht, bestehende Bauten auch in Gemeinden mit ausgeschöpftem Kontingent in Zweitwohnungen umzuwandeln. Anstelle dessen soll die Umwandlung in nicht der Nutzungsbeschränkung unterstehende Wohnungen nur in geschützten und "ortsbildprägenden" Bauten möglich sein. Der Begriff "ortsbildprägend" gilt als deutlich klarer und enger umrissen als der Begriff "erhaltenswert". Im Gegenzug verpflichtete sich Vera Weber, auf das Ergreifen des Referendums zu verzichten.
In der sich über zwei Tage erstreckenden Sitzung im Nationalrat waren es in der Folge nur die CVP und die BDP, die eine harte Linie fuhren und die Interessen ihrer Stammwählerschaft vertraten. Hans Grunder (bdp, BE) kritisierte das Umschwenken der SVP-Fraktion, nachdem deren Kommissionsmitglieder in den Vorberatungen im Namen der Mehrheit noch für eine Beibehaltung oder gar Aufweichung des ständerätlichen Kurses plädiert hatten, worauf der SVP-Fraktionspräsident in ein Kreuzfeuer von diversen Fragen verschiedenster Seiten geriet. Zu Beginn der Beratungen hatte die grosse Kammer über zwei Anträge der Ratslinken zu bestimmen, welche die Rückweisung der Vorlage an den Bundesrat forderten, verbunden mit den Aufträgen, einen Entwurf auszuarbeiten, der den Volkswillen ernst nehme, und eine qualitativ hochstehendere und klarere Gesetzesgrundlage zu schaffen. In der Begründung seines Minderheitsantrages liess Roger Nordmann (sp, VD) verlauten, er habe während seiner ganzen parlamentarischen Karriere noch nie einen so geschraubten Gesetzestext gesehen wie der Vorliegende und mehr noch: "Il est difficile d'y reconnaître un texte légal". Über die geschlossen für die Rückweisung votierenden Fraktionen der SP und der Grünen hinaus fand das Anliegen jedoch bei keinem weiteren Ratsmitglied Zustimmung, womit dieses klar abgelehnt wurde. Im Anschluss stellte sich die Linke und ebenso die GLP hinter die gesetzesverschärfenden Anträge Huber/Amstutz, welche aus diesem Grund mit komfortablen Mehrheiten angenommen werden konnten. Lediglich die geschlossen auftretende Fraktion der BDP, eine beinahe geeinte CVP-Fraktion sowie vereinzelte Mitglieder der SVP stellten sich gegen den ausserparlamentarisch ausgehandelten Kompromiss. Auch Bundesrätin Leuthard zeigte sich im Grunde zufrieden mit der Kompromisslösung, jedoch nicht ohne zu betonen, dass sie es begrüsst hätte, wenn diese den Beratungen in der Kommission entsprungen wäre, da die Auslotung gangbarer Möglichkeiten eigentlich zur Aufgabe der Legislativkommissionen gehöre. Darüber hinaus zeigte sich die Bundesrätin irritiert ob dem verklausulierten Regelwerk: Der Kompromiss schränke die Umnutzung bestehender Wohnungen in Hotelbauten im Artikel 9 Absatz 2 nun zwar ein; in den Absätzen 1bis und 1ter erlaube ein ständerätlicher Zusatz Hotelbesitzern jedoch gar den Neubau von Zweitwohnungen in Gemeinden mit einem Zweitwohnungsanteil von über 20%. Da letztere Regelung nicht Teil des ausgehandelten Kompromisses war, unterlag ein links-grüner Minderheitsantrag zur Streichung dieser Absätze. Nur die GLP-Fraktion unterstützte diesen Antrag.
Ferner beschloss der Nationalrat weitere Abweichungen zur Fassung des Ständerates und schickte den von der ursprünglichen Mehrheit der UREK-NR gestellten Antrag auf Dringlichkeit mit 173 zu 22 Stimmen klar bachab, wobei der Rat der Minderheit Jans (sp, BS) folgte. Für die Dringlichkeitsklausel setzte sich die Hälfte der CVP-Fraktion sowie eine Minderheit der SVP-Fraktion ein. Zum Schluss der Beratung gab Roger Nordmann (sp, VD) im Namen der SP-Fraktion bekannt, die SP werde diesen Kompromiss in der Schlussabstimmung unterstützen, sofern der Ständerat auf den Kompromiss einschwenke. Mit 143 zu 6 Stimmen bei nicht weniger als 47 Enthaltungen verabschiedete der Nationalrat den so veränderten Entwurf nach der Gesamtabstimmung in die Differenzbereinigung. Neben einzelnen Vertretern der FDP und SVP sowie den grossmehrheitlichen Fraktionen der CVP und BDP enthielt sich die Grüne Fraktion komplett der Stimme.