Au cours des mois d'octobre et de novembre 2020, des tensions avaient vu le jour entre la Confédération et les cantons quant aux mesures sanitaires à prendre face à la nouvelle augmentation du nombre de cas de Covid-19. Si un recul du nombre de cas a pu être observé au niveau national à partir de la mi-novembre, ces tensions n'ont pas disparu pour autant. Les situations sanitaires très hétérogènes ainsi que les restrictions plus ou moins strictes selon les régions ont provoqué de nouvelles frictions, entre les cantons qui tenaient absolument à conserver le maximum d'autonomie et ceux qui militaient pour que la Confédération reprenne la main afin de resserrer la vis à l'approche des fêtes de fin d'année.
Le vendredi 4 décembre 2020, constatant que le nombre de cas stagnait à un niveau élevé, le ministre de la santé Alain Berset appelait les cantons à prendre des nouvelles mesures, sans quoi la Confédération se verrait obligée d'intervenir. Cet appel s'adressait avant tout aux cantons alémaniques, qui connaissaient une recrudescence des cas, alors que la situation s'améliorait en Suisse romande, où des mesures plus strictes avaient été prises.
Pourtant, à peine des nouvelles mesures étaient-elles annoncées par les cantons que le Conseil fédéral, trouvant que celles-ci n'allaient pas assez loin, reprenait déjà la main. En effet, le mardi 8 décembre, le gouvernement annonçait une uniformisation des restrictions au niveau national: fermeture des magasins, restaurants et marchés à 19h, limitation des réunions privées à cinq personnes, etc. Alors que le canton de Zürich avait annoncé de nouvelles règles dans l'après-midi lors d'une conférence de presse, celles-ci furent rendues caduques quelques heures plus tard. Cette communication fut critiquée dans les médias zurichois, qui se demandaient comment leur gouvernement pouvait encore être pris au sérieux en étant pris à contre-pied de la sorte par le Conseil fédéral.
Cette annonce du Conseil fédéral provoqua également de vives réactions en Suisse romande. Après avoir pris des mesures très strictes durant les semaines précédentes, la plupart des cantons romands étaient sur le point de rouvrir leurs restaurants et avaient communiqué quelques jours auparavant un assouplissement des restrictions suite à la diminution du nombre d'infections. Le conseiller d'État neuchâtelois Laurent Kurth, président de la Conférence latine des affaires sanitaires et sociales, considérait ces décisions comme «du mépris envers les cantons» de la part des autorités fédérales. Son homologue jurassien Jacques Gerber déplorait que le Conseil fédéral ait exposé ses décisions «de manière abrupte, faisant fi du fédéralisme».
Suite à une consultation des cantons, le Conseil fédéral a alors opté le vendredi 11 décembre pour un compromis. Une exception permettait aux cantons dont le taux de reproduction de la maladie était inférieur à 1 durant sept jours d’affilés et dont le nombre de nouveaux cas était inférieur à la moyenne suisse d'ouvrir les restaurants jusqu'à 23h. L'éclaircie fut néanmoins de courte durée pour les restaurants, puisque le Conseil fédéral annonçait leur fermeture complète le 18 décembre. Les cantons qui bénéficiaient encore du régime d'exception s'y soumirent également les jours suivants – les cantons du Valais, de Neuchâtel, de Fribourg et de Vaud étant les derniers avec des restaurants ouverts jusqu'au 26 décembre.

Les événements évoqués ci-dessus ont provoqué de nombreuses discussions quant à l'efficacité du fédéralisme en temps de crise. C'est particulièrement le manque de coopération entre les cantons qui fut sous le feu des critiques. Il leur a été reproché de vouloir chacun régler leurs problèmes de leur côté. D'autres voix se sont cependant élevées pour saluer la volonté de prendre des mesures différenciées et adaptées à chaque situation, ce qui a suscité de longs et intenses débats, autant dans la sphère politique que dans les médias et la société en général.
Un rapport du KOF s'est intéressé à la question. Il en a conclu que les régimes fédéralistes, comme l'Allemagne, l'Autriche ou la Suisse, affichent de meilleurs résultats en gestion de crise que les systèmes centralisés. Cependant, les auteurs et les autrices de l'étude relèvent une différence entre les systèmes allemand et autrichien, où le fédéralisme repose sur la coopération entre les gouvernements, les Länder et les communes, et le système suisse, considéré comme concurrentiel. Selon Jan-Egbert Sturm, directeur du KOF, «dans ce système, les incitations sont fortes pour les cantons d’adopter une attitude passive, dans l’espoir peut-être que les régions voisines réagissent plus rapidement et que cela avantage son propre canton. Ou alors, à l’inverse, par manque de récompense, les cantons pourraient renoncer à prendre des mesures qui ont un coût financier car elles risqueraient de profiter aux voisins.» Le rapport conclut néanmoins que malgré la crise, ce système a fait ses preuves en de nombreuses situations et ne doit pas être remis en question. De nouveaux outils devraient cependant être mis au point, notamment pour déterminer à quel moment l'état doit reprendre la main.

Ab anfangs Oktober 2020 stiegen die Coronavirus-Fallzahlen in der Schweiz wieder drastisch an und erreichten ihren Höhepunkt anfangs November mit über 10'000 neu gemeldeten Fällen an einem Tag. Viele Kantone verschärften deshalb ihre Coronamassnahmen ab Mitte Oktober, beispielsweise durch die Einführung einer Maskenpflicht in allen Läden. Doch die Massnahmen in der Schweiz glichen weiterhin einem Flickenteppich, denn die Kantone vermochten sich nicht auf ein einheitliches Vorgehen zu einigen. Die GDK appellierte deshalb Mitte Oktober an den Bundesrat, flächendeckende Massnahmen zu ergreifen, wie etwa eine Maskenpflicht in allen öffentlichen Innenräumen oder Obergrenzen für private Feste. Dieser hatte zwar die Kantone nur zwei Tage zuvor noch explizit in die Pflicht genommen, reagierte dann aber schnell: Am Sonntag, dem 18. Oktober, traf er sich zu einer Notfallsitzung und entschied nach einer «Blitzkonsultation» über das Wochenende, schweizweit eine Maskenpflicht in öffentlichen Innenräumen und bei privaten Treffen ab 16 Personen einzuführen. Neu galt zudem Sitzpflicht in allen Gastrobetrieben. Ganz strikt griff der Bundesrat allerdings nicht durch: So verzichtete er bewusst darauf, erneut die ausserordentliche Lage auszurufen – die neusten Massnahmen konnte der Bundesrat gemäss Epidemiengesetz auch in der besonderen Lage aussprechen. Folglich blieben die Kantone weiterhin in vielen Bereichen in der Verantwortung, etwa bei den Massnahmen in Schulen oder bei den Öffnungszeiten von Clubs und Bars. Bundespräsidentin Simonetta Sommaruga betonte jedoch, Bundesrat und Kantone müssten jetzt zusammenspannen, «damit das ‘Gstürm’ endlich aufhöre».
Da die Fallzahlen weiter stark anstiegen, schickte der Bundesrat bereits am Freitag der darauffolgenden Woche erneut strengere Massnahmen in die Konsultation bei den Kantonen. Diese beinhalteten unter anderem eine Limite von 10 respektive 50 Personen bei privaten und öffentlichen Veranstaltungen, Fernunterricht für Hochschulen, eine ausgedehnte Maskenpflicht und eine Sperrstunde von 23 bis 6 Uhr. Auch diesmal hielt der Bundesrat aber am Verbleib in der besonderen Lage fest.
Da eine Mehrheit der Kantone in der Zwischenzeit bereits ihre eigenen Massnahmen verschärft hatten und viele den Bundesrat aufgefordert hatten, strengere Massnahmen auf nationaler Ebene zu beschliessen, hielt sich ihr Widerstand gegen die neuen Massnahmen in Grenzen. Trotzdem gab es auch Kritik, wie etwa von der St. Galler Regierung, welche monierte, dass eine erneute Verschärfung der Massnahmen verfrüht sei, da ihre Spitalkapazitäten nicht ausgeschöpft seien und die Massnahmen deshalb «unnötigen Schaden» anrichteten. Die St. Galler Kantonsregierung ging gar noch weiter und stellte das gemeinsame Corona-Regime von Bund und Kantonen grundlegend infrage. Dass die Kantone selbst für die «Folgekosten» der Massnahmen aufkommen müssten, ohne diesen zugestimmt zu haben, verletze das Prinzip der fiskalischen Äquivalenz, wonach diejenigen das Sagen haben sollten, welche die Kosten tragen. Der Bundesrat solle stattdessen wieder die ausserordentliche Lage ausrufen, woraufhin der Bund erneut für die gesellschaftlichen und gesamtwirtschaftlichen Folgen der Pandemiebekämpfung verantwortlich wäre und sich folglich an den entstandenen Kosten beteiligen müsste. Der Kanton Zürich kritisierte derweil, dass der Bundesrat beim Verbot von Grossanlässen eine Ausnahme für Demonstrationen beschlossen hatte. Seiner Meinung nach sollten für alle Grossanlässe die gleichen Regeln gelten. Auch in den folgenden Wochen gingen die Diskussionen zwischen Bund und Kantonen weiter. So rügte beispielsweise Gesundheitsminister Alain Berset am 4. November diejenigen Kantone, welche weiterhin nicht dringende Eingriffe und Operationen an Spitälern erlaubten und damit Ressourcen für mögliche Corona-Patientinnen und -Patienten besetzten.

Pour endiguer la crise du Covid-19, le canton du Tessin a été au-delà des exigences du Conseil fédéral. Il a décidé de suspendre les chantiers, de fermer toutes les industries n'exerçant pas leurs activités dans des domaines essentiels comme l'alimentation ou la santé, et d'appliquer une nouvelle réglementation aux hôtels. Pour Berne, le régime tessinois était illégal car c'est à la Confédération de manœuvrer en cas de «situation extraordinaire». Les mesures n'étaient pas conformes au droit fédéral – comme l'a indiqué le directeur de l'Office fédéral de la justice (OFJ) Martin Dumermuth – puisque seuls les chantiers et les exploitations ne respectant pas les recommandations en matière d'hygiène et de distance devaient fermer; les autres entreprises ne devaient pas cesser leurs activités. Le président du Conseil d'Etat tessinois, Christian Vitta (TI, plr), a rétorqué qu'une gestion uniforme sur tout le territoire ne faisait pas de sens car la propagation du virus était différente entre les cantons. Cette situation, qui a duré plusieurs jours, n'a pas été sans conséquence pour l'économie régionale. En effet, une cessation d'activités en raison d'une injonction cantonale illégale, ne permettait pas aux entreprises d'être indemnisées pour le chômage partiel. Pour les entreprises de constructions tessinoises, il semblait peu probable qu'elles recourent à la justice pour être indemnisé, puisqu'une demande d'arrêt des chantiers avait été adressée aux autorités de la part d'acteurs du secteur.

Le 21 mars 2020, le Conseil fédéral a fait un pas en direction d'un compromis :«Si la situation épidémiologique d'un canton implique un risque pour la santé publique, le Conseil fédéral peut autoriser ce canton à ordonner, pour une durée limitée, la restriction ou l'arrêt des activités dans des branches entières de l'économie. Les entreprises qui respectent de manière crédible les mesures d'éloignement social et d'hygiène peuvent poursuivre leurs activités» (art. 7e Ordonnance 2 Covid-19). Afin d'éviter un patchwork fédéraliste et préserver une gestion unifiée de la crise, le Conseil fédéral a alors posé quelques conditions – un système de santé arrivant à saturation même après le soutien d'autres cantons, difficulté à respecter les mesures de prévention pour le secteur économique et fonctionnement entravé par le manque de main-d'œuvre transfrontalière, et approbation des restrictions par les partenaires sociaux. En contrepartie, les cantons bénéficiant de la clause d'exemption devaient autoriser la reprise des activités si une entreprise prouvait le respect de la réglementation de l'OFSP. Le canton du Tessin remplissait tous les critères, comme l'a évoqué Alain Berset, pour formuler une demande au Conseil fédéral.

In der Romandie lösten verschiedene «Polit-Affären», wie sie die Aargauer Zeitung bezeichnete, Diskussionen über die Rechte und Pflichten von Regierungsmitgliedern hinsichtlich Spesen und Annahme von Geschenken, aber auch über die Abwählbarkeit von Exekutivmitgliedern aus.
Der einstige Bundesratskandidat und Genfer Sicherheitsdirektor Pierre Maudet (GE, fdp) musste zugeben, dass er sich mit seiner Familie 2015 nach Abu Dhabi hatte einladen lassen, obwohl die Annahme von Geschenken für Genfer Staatsräte verboten ist. Weil gegen ihn ein Strafverfahren wegen Vorteilnahme eingeleitet wurde und später auch noch der Verdacht auf Steuerhinterziehung auftauchte, musste er nicht nur als Regierungspräsident zurücktreten, sondern auch Teile seines Departements aufgeben. Weil Maudet lange über die Affäre gelogen und damit sehr viel Vertrauen verloren hatte, legte ihm die FDP Schweiz gar einen Parteiaustritt nahe. Allerdings «krallt sich Pierre Maudet an sein Amt» kommentierte die Sonntags-Zeitung und schloss einen Rücktritt aus.
Nicht nur die Reisen in den nahen Osten – unter anderen wie Maudet ebenfalls nach Abu Dhabi –, sondern vor allem die Spesen des Genfer Nationalrats und Mitglieds der Genfer Stadtregierung Guillaume Barazzone (cvp), wurden Gegenstand medialer Berichterstattung: Die CHF 40'000 pro Jahr, wovon CHF 17'000 alleine für Mobiltelefonkosten verbucht wurden, veranlassten wütende Genferinnen und Genfer dazu, auf die Strasse zu gehen.
Auch der Waadtländer Finanzdirektor Pascal Broulis (VD, fdp) geriet in den Fokus der Strafbehörden. Er soll auf Reisen eingeladen worden sein, und zwar von niemand geringerem als «einem der reichsten Einwohner seines Kantons», der von einer «umstrittenen Pauschalbesteuerung» profitiere (Blick). Für Fragezeichen sorgte jedoch die tiefe Steuerrechnung von Broulis, die in der Folge publik gemacht wurde. Die vermutete unrechtmässige Optimierung konnte zwar nicht nachgewiesen werden, kosteten den FDP-Politiker aber viel Vertrauen.
Im Gegensatz zu ihren männlichen Kollegen zog Géraldine Savary (sp, VD), der gute Chancen auf einen Bundesratssitz nachgesagt wurden, sollte Alain Berset einst zurücktreten, und die 2020 als erste Frau SP-Ständeratspräsidentin hätte werden sollen, die Konsequenzen aus einer Wahlspendenaffäre und beendete ihre politische Karriere. Sie hatte vom gleichen Unternehmer, der die Reisen vieler Westschweizer Politiker bezahlt hatte und im Kanton Waadt pauschalbesteuert wird, eine Wahlkampfspende von CHF 7'500 angenommen. Die informellen Richtlinien der SP Waadt erlauben jedoch lediglich CHF 5'000. Obwohl ihr Rücktritt auch von zahlreichen Genossinnen und Genossen bedauert wurde und sie nichts Widerrechtliches getan habe, sei sie letztlich «über den Klassenfeind gestolpert» und habe das Pech gehabt, dass die Geschichte in dem Moment publik wurde, «als die halbe welsche Politprominenz wegen ähnlicher Geschenke, undurchsichtiger Steuerarrangements und exorbitanter Spesenbezüge am Pranger» stünden, so der Tages-Anzeiger.

Die «Affären» lösten einige Recherchen und Diskussionen aus. So listete etwa der Sonntags-Blick die Spesenrechnungen aller Kantonsregierungen für das Jahr 2017 auf. Auch wenn die Vergleichbarkeit schwierig sei, da unterschiedliche Zulagen in diesen Abrechnungen geregelt werden und die Regierungen unterschiedlich viele Mitglieder haben, überrasche die Bandbreite, die zwischen CHF 50'000 (Kanton Schaffhausen) und CHF 241'356 (Kanton Bern) variiere. Die Aargauer Zeitung vermutete, dass die «Affäre Maudet» den Forderungen nach mehr Transparenz Flügel verleihen werde. In der Tat hatte das Parlament beschlossen, dass Parlamentsmitglieder, die auf Staatskosten ins Ausland reisen, dies publik machen müssen. Allerdings galt dies nicht für Reisen auf Einladung von Interessengruppen. Die Sonntags-Zeitung brachte mit dem Thema «Ruhegehälter» einen weiteren Aspekt in die Diskussion ein. Sie vermutete, dass Maudet auch deshalb nicht zurücktreten wolle, weil in diesem Fall sein Anspruch auf eine lebenslange Rente verfallen würde. Die Zeitung listete alle Kantone auf, die entweder gar keine Entschädigung (VS, OW), eine befristete Entschädigung im Sinne eines «goldenen Fallschirms» (AG, JU, SG, NW, UR, TG, SO, BL, ZG, SH, GL, ZH, BS, AI, AR, LU) oder eine lebenslange Rente (TI, VD, GE, FR, NE, BE, GR, SZ, inkl. Bund) ausrichteten. Neben dem augenfälligen Unterschied zwischen Deutsch- und Westschweiz überraschte auch die Varianz der kantonalen Gesamtbeträge, die zum Zeitpunkt der Befragung (Juni 2019) an «Polit-Rentner» – so die Sonntags-Zeitung – ausgerichtet werden und die sich von CHF 153'000 (AR) bis CHF 4 Mio. (TI) pro Jahr erstreckten. Laut Sonntags-Zeitung bezahlt der Bund für total 23 Personen (inkl. 4 Bundeskanzler und 2 Witwen) CHF 4.4 Mio. Die Basler Zeitung schliesslich machte sich Gedanken über das Volksrecht auf Abwahl der Regierung. In der Tat könne Maudet nicht zu einem Rücktritt gezwungen werden: «Nur ein einziger Mensch entscheidet, ob ich zurücktrete oder nicht – ich selbst», zitierte die Zeitung. Im Extremfall könne Maudet gar noch im Gefängnis Regierungsrat bleiben. Die Abwahl eines Regierungsrats sei in sechs Kantonen möglich: In den Kantonen Bern, Schaffhausen, Solothurn, Tessin und Thurgau kann mittels kantonaler Volksinitiative eine Abstimmung über die Absetzung der Regierung (in corpore) verlangt werden. Im Kanton Uri können einzelne Amtsträger – also auch Ständerätinnen und -räte oder der Landamman – per Volksinitiative abgesetzt werden. In Neuenburg wurde 2014 mit der so genannten Lex Hainard ein Amtsenthebungsverfahren eingesetzt. Hier hat das Parlament die Möglichkeit, ein Regierungsmitglied abzusetzen.

Im Februar 2015 legte der Bundesrat seine Botschaft für eine Teilrevision des Krankenpflegeversicherungsgesetzes betreffend der Steuerung des ambulanten Bereichs vor. Ziel ist eine dauerhafte Lösung des Problems des Überangebotes von spezialisierten Ärztinnen und Ärzten in gewissen Regionen. Damit soll einerseits die Qualität der Gesundheitsversorgung gewährleistet, andererseits der Kostenanstieg in der obligatorischen Krankenversicherung abgeschwächt werden. Die per Ende Juni 2016 auslaufende temporäre Zulassungsbeschränkung für ambulante Leistungserbringer wird dadurch abgelöst. Herausstechendes Merkmal der Vorlage ist, dass sie die Verantwortung gänzlich in die Hände der Kantone legt: Diese erhalten die Möglichkeit zur Einschränkung der Zulassungen, sind dazu jedoch nicht verpflichtet. Als „so föderalistisch wie möglich" bezeichnete Bundesrat Berset den Vorschlag, mit dem auch der scharfen Kritik Rechnung getragen wurde, welche die Kantone in der Vernehmlassung gegenüber dem ursprünglichen Entwurf geäussert hatten. Die dort vorgesehenen Interventionsmöglichkeiten des Bundesrates bei den Tarifen sahen sie als Eingriff in die auf diesem Gebiet herrschende Kantonsautonomie. Die Vorlage soll nicht bloss der Verhinderung von Überversorgung mit medizinischen Leistungen dienen: Bereits heute verfügen viele Kantone über Fördermassnahmen zur Ansiedelung von Ärztinnen und Ärzten in Gemeinden, in denen eine Unterversorgung herrscht. Diese Massnahmen sollen durch die Revision eine rechtliche Grundlage erhalten. Beide Interventionsarten sollen die Kantone nicht alleine beschliessen können. Sie sind zur Konsultation einer aus Vertretungen der betroffenen Kreise zusammengesetzten Kommission verpflichtet, welche Versicherte, Leistungserbringerinnen und Krankenversicherer umfasst. Weil sowohl die Vertragsfreiheit als auch eine Beschneidung der freien Arztwahl bisher immer am Widerstand des Parlaments oder der Stimmbevölkerung gescheitert waren, erachtete der Bundesrat seinen Vorschlag als beste Lösung – sie sei somit mehrheitsfähig. Nichtsdestotrotz formierte sich bereits Widerstand auf bürgerlicher Seite, wo die Aufhebung der Vertragspflicht bevorzugt würde, und bei den Ärztinnen und Ärzten, welche einen Ärztemangel und einen erschwerten Berufseinstieg befürchteten.