In der Herbstsession 2020 beugte sich der Ständerat als Erstrat über die Vorlage des Bundesrats, mit der durch eine Verfassungsänderung ein obligatorisches Referendum für völkerrechtliche Verträge mit Verfassungscharakter eingeführt werden soll. Eintreten war umstritten. Für die Kommission nahm Andrea Caroni (fdp, AR) Stellung, der mit einer Motion am Ursprung der Vorlage gestanden hatte. Er pries diese als optimale Ergänzung zum bereits bestehenden obligatorischen Staatsvertragsreferendum an. Dieses sei unvollständig, weil es lediglich den Beitritt zu supranationalen Organisationen regle. Es gebe aber Staatsverträge, welche die Verfassung ebenfalls beeinflussten, ohne einen Beitritt zu verlangen. Das neu geschaffene Instrument könne diese Lücke schliessen und der Bundesrat habe es geschafft, klare Kriterien für die Anwendung zu definieren. Betroffen seien Verträge, die zwingend eine Verfassungsänderung mit sich bringen, und solche, die materiell Verfassungsrang haben – also wenn Grundrechte, der Föderalismus oder die Organisation der Bundesbehörden tangiert werden. Dieses neue Referendum würde die Legitimität eines Vertrags stärken, wobei die Zahl solcher Abstimmungen gemäss Caroni gering bleiben werde.
Eine Minderheit Jositsch (sp, ZH) beantragte Nichteintreten. Der Zürcher SP-Ständerat begründete seinen Antrag damit, dass eine neue Regelung nicht notwendig sei. Es gebe gar kein Problem, das einen neuen Verfassungsartikel rechtfertigen würde. Dem widersprach Daniel Fässler (cvp, AI): Weil die internationale Vernetzung zunehme, werde auch der Konflikt zwischen Landesrecht und Völkerrecht zunehmen, betonte er. Deshalb sei es wichtig, hier frühzeitig eine gute Regelung zu finden. Eine 28 zu 14-Merhheit beschloss in der Folge Eintreten.
In der Detailberatung scheiterte ein Einzelantrag Rechsteiner (sp, SG), der bei der Präzisierung der Kriterien die «Grundrechte» nicht erwähnt haben wollte. Der St. Galler Ständerat argumentierte vergeblich, dass zahlreiche Verträge unter dieses Kriterium fallen würden, die dann nicht mehr einfach ratifiziert werden könnten, sondern von Volk und Ständen abgesegnet werden müssten. Als Beispiel nannte er die Kinderrechtskonvention oder die Behindertenkonvention. Die anwesende Bundesrätin Karin Keller-Sutter verneinte jedoch, dass diese Beispiele unter die neue Bestimmung fallen würden. Abgelehnt wurde auch ein Minderheitsantrag Chiesa (svp, TI), der gefordert hätte, dass das Referendum nicht nur die allfällige Verfassungsänderung, sondern auch den Vertrag umfassen müsse. Dadurch sollte vermieden werden, dass eine Verfassungsänderung faktisch nicht mehr abgelehnt werden könnte, weil man den Vertrag ja schon eingegangen wäre. Die Mehrheit wandte sich gegen dieses Ansinnen, weil es auch die Möglichkeit geben müsse, die Umsetzung eines Vertrags auf Gesetzesstufe zu regeln, wie die Justizministerin ausführte.
Somit nahm der Rat im Vergleich zur bundesrätlichen Vorlage lediglich eine sprachliche Präzisierung vor und schickte das Geschäft nach der Gesamtabstimmung, in der sich 27 Rätinnen und Räte für und 12 gegen den Entwurf aussprachen, an den Nationalrat.

Le Conseil des Etats s'est penché sur le projet de la CIP-CE faisant suite aux initiatives cantonales (14.316 et 14.307) visant l'autonomie cantonale en matière de procédure électorale. Le débat sur l'entrée en matière a suscité de nombreuses discussions. Le résultat de la procédure de consultation a été à maintes reprises mobilisé pour soutenir la divergence de positions entre les cantons. La question de la garantie des droits fondamentaux inscrits dans la Constitution aux articles 8 et 34 a également été soulevée. Une comparaison avec la procédure électorale du Conseil national a également été faite, pour dénoncer l'ingérence du Tribunal fédéral dans l'organisation et les procédures électorales cantonales. L'entrée en matière a été finalement décidée par 26 voix contre 14.
Le débat s'est poursuivi lors de la discussion par article. L'alinéa 1bis ajouté à l'article 39 Cst sur proposition de la majorité de la commission est approuvé par 24 voix contre 16. Au vote d'ensemble, le projet de la CIP-CE est alors adopté par 26 voix contre 15. Les représentantes et représentants des cantons de Vaud, de Neuchâtel, du Jura, de Bâle-Ville et de Bâle-Campagne ont voté selon la position de leur canton lors de la procédure de consultation, à savoir contre une modification constitutionnelle ou en faveur de la proposition de la minorité. Robert Cramer (verts, GE) et Paul Rechsteiner (ps, SG) ont statué, comme leur canton, en faveur de la proposition de la minorité. Daniel Jositsch (ps, ZH) a défendu la position du canton de Zurich en faveur de la proposition de la minorité, a contrario de Ruedi Noser (plr, ZH). Finalement, Pascale Bruderer Wyss (ps, AG), Hans Stöckli (ps, BE) et Roberto Zanetti (ps, SO) n'ont pas représenté l'avis de leur canton, en votant contre le projet de la commission. Sous l'angle partisan, sept des huit parlementaires contre le projet, sont socialistes. Ces derniers ont supporté l'avis de leur parti. C'est au tour du Conseil national de se prononcer sur le projet.