Nur drei Tage nach der Beratung der Legislaturplanung 2019–2023 im Nationalrat, debattierte der Ständerat die Differenzen. Anders als bei regulären Debatten schaltet sich bei der Legislaturplanung die Einigungskonferenz bereits im Falle von Differenzen nach der ersten Beratung ein. Sie hatte sich der 26 Abweichungen angenommen, die durch die Ergänzungen durch den Nationalrat entstanden waren.
Die Mehrheit der Vorschläge des Nationalrats wurden von der Einigungskonferenz zur Übernahme empfohlen oder sprachlich leicht angepasst. Fünf Änderungen der grossen Kammer stiessen hingegen auf Widerstand. Zur Streichung beantragt wurde der Vorschlag des Nationalrats, ausgeglichene und stabile Bundesfinanzen im Legislaturprogramm festzuschreiben. Auch die Stabilisierung der Personalausgaben wollte die Einigungskonferenz nicht als Ziel festhalten. Die Wirtschaftsbeziehungen mit der EU, mit Grossbritannien und den USA sollten zwar gewährleistet, aber nicht vertieft werden. Bei der Bildung- und Forschungspolitik soll laut der Einigungskonferenz die Chancengleichheit nicht als Ziel festgehalten werden. Und auch der flächendeckende Ausbau der 5G-Technologie soll nicht als Legislaturziel formuliert werden.
Der Ständerat folgte mit Ausnahme zweier Anträge allen Empfehlungen der Einigungskonferenz. Insbesondere aus redaktionellen Gründen wollte eine knappe 20 zu 16 Stimmen-Mehrheit zum einen die Ausführungen zu einer Aussenwirtschaftsstrategie streichen. Zum anderen wurde das Ziel einer Botschaft für eine weitere AHV-Reform noch in der laufenden Legislatur als zu ambitiös erachtet. Auch Bundespräsidentin Simonetta Sommaruga plädierte dafür, hier dem Antrag der Einigungskonferenz nicht zu folgen, da ein mehrheitsfähiger Kompromiss im AHV-Dossier, das grossen Reformbedarf aufweise, Zeit brauche. Die abgelehnten Punkte wurden definitiv aus dem Legislaturprogramm gestrichen und die Behandlung des Geschäfts war für den Ständerat damit abgeschlossen. Es ging freilich noch einmal zurück an den Nationalrat. Man habe die Legislaturplanung also noch verabschieden können, bevor die Legislatur zu Ende sei, schloss Ständeratspräsident Hans Stöckli (sp, BE) die Debatte.

In der Wintersession 2019 beriet der Ständerat den indirekten Gegenvorschlag seiner SPK-SR für mehr Transparenz bei der Politikfinanzierung, der in Folge der erfolgreich zustande gekommenen Transparenz-Initiative als parlamentarische Initiative ausgearbeitet worden und sowohl in der Vernehmlassung wie auch im Bundesrat auf mehrheitliche Zustimmung gestossen war.
Andrea Caroni (fdp, AR) beantragte Nichteintreten. Er sei zwar ein «grosser Freund der Transparenz in der Politik», hier handle es sich aber um eine schlecht ausbalancierte Vorlage, die zudem eher zu «Scheintransparenz» führe. Die Forderungen seien erstens ein Eingriff in die Privatsphäre, weil sie politische Präferenzen und finanzielle Möglichkeiten von Spenderinnen und Spendern offenlegten. Zweitens würden die Regelungen mit viel Bürokratie einhergehen und könnten wohl, drittens, sehr einfach umgangen werden, da zwangsläufig grosse Lücken bestehen blieben. In Ländern, die scharfe Regeln kennen, sei das Vertrauen in die Politik nicht grösser als in der Schweiz, betonte er. Viel Geld und Demokratie stünden in einem heiklen Verhältnis, zitierte in der Folge Paul Rechsteiner (sp, SG) Gottfried Keller. Demokratische Entscheide dürfe man nicht kaufen können. Die Transparenz-Initiative verbiete zwar den Einsatz grosser Geldmittel nicht, sie verlange aber Transparenz. Wer viel investiere, der solle auch dazu stehen. Dass die Sensibilität in der Bevölkerung wachse, zeigten die Volksabstimmungen in den Kantonen Schwyz und Freiburg, wo die Forderung nach Transparenzregeln an der Urne Erfolg hatte. Das Argument, dass Regeln umgangen werden könnten, dürfe nicht gelten, weil man ansonsten überhaupt keine Regeln mehr aufstellen dürfe; man denke dabei etwa an den Strassenverkehr. Christian Levrat (sp, FR) schliesslich erörterte den in seinen Augen erfolgreichen Fall Freiburg und zitierte den aktuellen Sorgenbarometer, der einen Rückgang des politischen Vertrauens zeige. Dem könne vor allem mit vermehrter Transparenz begegnet werden. Beide SP-Vertreter forderten nicht nur Eintreten, sondern auch ein Ja zur Volksinitiative. Justizministerin Karin Keller-Sutter erörterte die Position der Regierung. Der Bundesrat habe in der ursprünglichen Botschaft für die zur Ablehnung empfohlene Initiative keinen Gegenentwurf vorgesehen, weil er Regelungen der Politikfinanzierung kritisch gegenüberstehe, da sie administrativ aufwändig und schwierig umsetzbar seien. Zudem sei der Bundesrat der Meinung, dass sich das Volk nicht kaufen lasse. Es gebe mehrere Beispiele von Abstimmungskampagnen, bei denen grosse Geldmittel eingesetzt worden seien, bei denen sich die Stimmbevölkerung aber auf die finanziell weniger gut bemittelte Seite geschlagen habe. Der jetzt durch die SPK-SR vorgelegte indirekte Gegenvorschlag habe gegenüber der Initiative Vorzüge und es sei sicherlich besser, Finanzierungsregeln auf Gesetzesstufe und nicht auf Verfassungsstufe einzuführen. Aus diesem Grund unterstütze der Bundesrat – nach wie vor mit einer gehörigen Portion Skepsis – den Gegenvorschlag, bei dem er allerdings einige Änderungswünsche anbringe.
Bevor über diese Änderungen debattiert wurde, wurde der Minderheitsantrag Caroni auf Nichteintreten mit 29 zu 14 Stimmen bei einer Enthaltung abgelehnt. Eine Minderheit Stöckli (sp, BE), die von Christian Levrat übernommen worden war, weil Hans Stöckli als Präsident amtete, wollte den Katalog der Offenlegungspflichten für politische Parteien erweitern. Neben den Einnahmen hätten auch Ausgaben und Vermögenslage ausgewiesen werden sollen. Dieser Antrag scheiterte aber genauso wie ein Antrag, die Obergrenze für Zuwendungen nicht bei CHF 25'000, sondern schon bei CHF 10'000 festzulegen. Angenommen wurde ein Antrag des Bundesrats, auf eine Offenlegungspflicht bei Unterschriftensammlungen zu verzichten. Die SPK-SR war hier auf die Linie des Bundesrats umgeschwenkt, weil das öffentliche Interesse an Transparenz in diesem frühen Stadium weniger gross sei, wie Daniel Fässler (cvp, AI) für die Kommission ausführte. Zu diskutieren gab die Frage nach einem Verbot von Zuwendungen aus dem Ausland. Der Bundesrat hatte beantragt, dieses Verbot zu streichen und lediglich den Passus für ein Verbot von anonymen Zuwendungen zu belassen. Die SPK-SR hatte nach längerer Diskussion mit 7 zu 5 Stimmen entschieden, dem Antrag des Bundesrats zu folgen. Eine Minderheit Bischof (svp, SZ) wollte allerdings – auch gestützt auf eine parlamentarische Initiative Fournier (cvp, VS;Pa.Iv. 18.423) – am ursprünglichen Verbot festhalten. Pirmin Bischof warnte davor, dass Wahlen und Abstimmungen in verschiedenen Ländern durch ausländische Geldgeberinnen und Geldgeber finanziert worden seien. Dies sei beim Geldspielgesetz nachweislich auch in der Schweiz der Fall gewesen. Es stehe wohl nächstens eine Abstimmung über den Kauf von Kampfflugzeugen an, wo es um Milliardenbeträge gehe, an denen auch ausländische Player ein Interesse hätten. Im Inland müsse man für Transparenz sorgen, aber die direkte Demokratie werde gegen ausländische Gelder nur durch ein Verbot geschützt. Karin Keller-Sutter entgegnete, dass nicht auszuschliessen sei, dass ausländisches Geld in Abstimmungskampagnen fliesse. Dies werde aber in der Regel bekannt und es werde darüber diskutiert. Ein Verbot sei hingegen mittels Geldkurieren sehr leicht zu umgehen. Das magistrale Votum verhallte jedoch ungehört; der Antrag der Minderheit wurde mit 25 zu 18 Stimmen gutgeheissen.
In der Gesamtabstimmung wurde der Entwurf mit 29 zu 13 Stimmen (2 Enthaltungen) angenommen.

Der Ständerat beugte sich in der Wintersession 2019 über eine Motion Stöckli (sp, BE), welche die Erhöhung der Arzneimittelsicherheit in der Pädiatrie forderte, indem Medikationsfehler durch E-Health reduziert würden. Damian Müller (fdp, LU), der den Ratspräsidenten und Motionär Stöckli vertrat, begründete den Handlungsbedarf mit den häufig auftretenden Medikationsfehlern in der Kindermedizin, welche wiederum gravierende Folgen nach sich ziehen können. E-Health-Tools seien eine wirksame Massnahme, um dieser Situation zu begegnen. Daher und angesichts deren schleppenden Implementierung sei eine staatliche Verpflichtung zu deren Einsatz angezeigt. Weil die Forderung Stöcklis auf Verordnungsebene erfüllt werden könne, bedürfe es zudem keiner Änderung des HMG. Gesundheitsminister Berset stimmte dem verpflichtenden Einsatz von E-Health-Tools zu, lehnte die zweite Ziffer der Motion – welche in der Berücksichtigung der damit entstehenden Kosten in den Tarifen bestand – hingegen ab. Der Ständerat liess sich vom Votum Bersets nicht beirren und nahm beide Ziffern stillschweigend respektive mit 26 zu 13 Stimmen an. In der Herbstsession 2020 kam das Geschäft in den Nationalrat, dessen Mitglieder dem im Stöckli getroffenen Entscheid diskussionslos mit 191 Stimmen (bei 1 Enthaltung) folgten.

Le Conseil des Etats s'est penché sur le projet de la CIP-CE faisant suite aux initiatives cantonales (14.316 et 14.307) visant l'autonomie cantonale en matière de procédure électorale. Le débat sur l'entrée en matière a suscité de nombreuses discussions. Le résultat de la procédure de consultation a été à maintes reprises mobilisé pour soutenir la divergence de positions entre les cantons. La question de la garantie des droits fondamentaux inscrits dans la Constitution aux articles 8 et 34 a également été soulevée. Une comparaison avec la procédure électorale du Conseil national a également été faite, pour dénoncer l'ingérence du Tribunal fédéral dans l'organisation et les procédures électorales cantonales. L'entrée en matière a été finalement décidée par 26 voix contre 14.
Le débat s'est poursuivi lors de la discussion par article. L'alinéa 1bis ajouté à l'article 39 Cst sur proposition de la majorité de la commission est approuvé par 24 voix contre 16. Au vote d'ensemble, le projet de la CIP-CE est alors adopté par 26 voix contre 15. Les représentantes et représentants des cantons de Vaud, de Neuchâtel, du Jura, de Bâle-Ville et de Bâle-Campagne ont voté selon la position de leur canton lors de la procédure de consultation, à savoir contre une modification constitutionnelle ou en faveur de la proposition de la minorité. Robert Cramer (verts, GE) et Paul Rechsteiner (ps, SG) ont statué, comme leur canton, en faveur de la proposition de la minorité. Daniel Jositsch (ps, ZH) a défendu la position du canton de Zurich en faveur de la proposition de la minorité, a contrario de Ruedi Noser (plr, ZH). Finalement, Pascale Bruderer Wyss (ps, AG), Hans Stöckli (ps, BE) et Roberto Zanetti (ps, SO) n'ont pas représenté l'avis de leur canton, en votant contre le projet de la commission. Sous l'angle partisan, sept des huit parlementaires contre le projet, sont socialistes. Ces derniers ont supporté l'avis de leur parti. C'est au tour du Conseil national de se prononcer sur le projet.