En mars 2016, le Conseil national avait donné suite aux initiatives cantonales des cantons de Zoug (14.307) et d'Uri (14.316). Elles demandaient la suppression des exigences trop restrictives du Tribunal fédéral concernant l'organisation et les procédures électorales, ainsi qu'une formulation plus précise de l'art. 34 Cst, de sorte que l'autonomie des cantons en matière de procédure électorale soit à nouveau affirmée. Dans sa jurisprudence, le Tribunal fédéral a renforcé les exigences relatives aux systèmes électoraux (la taille des circonscriptions électorales dans les systèmes proportionnels, par exemple) et a imposé à certains cantons l'application de mécanismes de compensation comme le regroupement de circonscriptions ou la méthode biproportionnelle. Récemment, il a même remis en doute l'admissibilité des systèmes majoritaire et mixte, rendant la situation floue pour les cantons.
En juin 2017, par 8 voix contre 2 et 3 abstentions, la Commission des institutions politiques du Conseil des Etats (CIP-CE) a adopté un avant-projet contenant deux variantes, avec pour objectif de modifier la Constitution fédérale afin de lever toute incertitude. La procédure de consultation s'achèvera en octobre 2017. La variante soutenue par une majorité de la commission propose que, par la modification de l'art. 39 Cst, le Tribunal fédéral ne puisse plus, à l’avenir, imposer aux cantons des règles concernant l’organisation de leurs procédures électorales. La compétence de la Confédération ne serait plus mentionnée à l'alinéa 1 art. 39 Cst. Par l'ajout de l'alinéa 1bis, l'autonomie des cantons en la matière serait renforcée. Le choix entre un système majoritaire, proportionnel ou mixte reviendrait aux cantons. Aucune restriction ne pourrait être imposée par le Tribunal fédéral en vertu des articles 8 et 34 Cst. De plus, les cantons seraient libres de déterminer leurs circonscriptions électorales, ainsi que certaines règles électorales particulières (pour protéger les minorités régionales par exemple). Ils devraient simplement satisfaire aux exigences des dispositions prévues aux articles 8 et 34 Cst. Une minorité de la commission veut ancrer la pratique du Tribunal fédéral dans la Constitution. La proposition de la minorité reprendrait la reformulation de l'alinéa 1 art. 39 Cst. A l'alinéa 1bis, les cantons pourraient choisir entre les différents systèmes électoraux, à savoir majoritaire, proportionnel ou mixte. Ils pourraient déterminer leurs circonscriptions électorales en tenant compte de leurs spécificités historiques, fédéralistes, régionales, culturelles, linguistiques, ethniques ou religieuses. Des règles électorales particulières pourraient être instaurées en tenant compte des spécificités mentionnées. En mettant à jour l'article 39 Cst au regard de la jurisprudence actuelle du Tribunal fédéral, ce dernier ne pourrait pas faire une appréciation plus stricte de l'autonomie des cantons au vu des articles 8 et 34 Cst. Contrairement à la proposition de la majorité, celle de la minorité, ne prévoit pas une autonomie complète des cantons en matière de procédures électorales.
Dossier: Kantonale Parlamentswahlen 2014