Le débat sur les OGM s'est une nouvelle fois ravivé avec l'arrivée sur le marché européen de champignons américains modifié par mutagenèse. Ce procédé consiste à modifier le génome d'une plante, mais sans y introduire de gènes étrangers, comme c'est le cas des méthodes classiques d'OGM. Ces nouvelles techniques ont notamment été rendues possible par l'invention des ciseaux génétiques appelés Crispr/Cas9, également utilisé dans d'autres domaines (médical, etc.). Dans le cas des champignons cités ci-dessus, les chercheurs ont simplement supprimé les gènes responsables du brunissement de ceux-ci. Soumise à ce cas, la Cour de Justice de l'Union européenne (CJUE) a estimé que les aliments ayant été modifiés par ces techniques de mutagenèse s'apparentent à des organismes génétiquement modifiés et tombent donc sous la loi gérant ces méthodes de production. Elle a considéré, en effet, que les mêmes effets que ceux générés par les OGM sont recherchés au travers de cette méthode et que le principe de précaution doit donc primer.
Cette décision a un impact considérable sur de nombreux aspects. En effet, ces nouvelles techniques sont vues, par certains, comme une solution pour l'agriculture du futur, avançant que l'utilisation de pesticides peut être drastiquement réduite par l'amélioration de certaines caractéristiques des végétaux. De plus, ils avancent que les techniques de mutagenèse constituent une simple accélération de la sélection végétale classique qui peut, elle, durer des dizaines d'années. La décision de la CJUE est donc un coup de frein à la recherche dans ce domaine. Les opposant.e.s à cette technique se sont, eux, réjouis de cette décision. Ils considèrent, en effet, que les techniques de mutagenèses sont un moyen d'introduire les OGM par la petite porte, comme le redoutent l'Alliance suisse pour une agriculture sans génie génétique et l'Association des petits paysans qui ont déposé à Berne une pétition (18.2018) munie de 30'000 signatures à ce sujet.

On pensait la Suisse directement touchée par cette décision. Markus Hardegger, spécialiste à l'OFAG, précisait dans les médias que la Confédération adopte, en principe, la même base légale que l'Union européenne. Mais, contre toute attente, le Conseil fédéral a annoncé, fin 2018, vouloir se montrer plus libéral en la matière que la CJUE. Il ne souhaite pas mettre toutes ces méthodes dans le même panier et veut ainsi différencier les produits issus de ces nouvelles méthodes des OGM classiques. Dans son communiqué de presse, il a déclaré que: «Si, d’un point de vue scientifique et juridique, cette nouvelle technologie est considérée comme une technique de modification génétique, il n’est en revanche pas encore clair si les produits issus de cette technologie doivent être considérés comme des organismes génétiquement modifiés au sens de la législation actuelle.» Dans ce contexte, il faut rappeler que la production d'OGM en Suisse est soumise à un moratoire jusqu'en 2021. Le Conseil fédéral a donc chargé l'Administration fédérale d'élaborer un projet de modification de la LGG afin de prendre en compte ces nouvelles technologies. Ce projet sera ensuite soumis à une procédure de consultation.

Suite à la décision du National de ne pas introduire de moratoire en matière d’utilisation d’OGM, les paysans et les grands distributeurs ont fait une déclaration commune dans laquelle ils renoncent volontairement aux produits contenant des OGM. Les grands distributeurs (Migros, Coop, Carrefour Suisse), l’USP, Biosuisse, les Producteurs suisses de lait (PSL) et l’Association suisse des patrons boulangers-pâtissiers ont élaboré le label « Suisse Qualité » signalant les produits agricoles et transformés garantis 100% suisses et sans OGM. Les grands distributeurs se sont engagés à ne plus offrir d’aliments génétiquement modifiés. Les associations de défense des consommateurs, tout en saluant la démarche, ont regretté l’absence du secteur de la restauration et de dispositions concernant les conditions d’élevage du bétail dans la déclaration. Elles ont également rappelé leur préférence pour des contrôles étatiques plutôt que par les producteurs et regretté la multiplication de labels rendant l’information opaque pour les consommateurs.

Un important débat a vu le jour, principalement en Suisse alémanique, autour des expériences pratiquées à la Station fédérale de recherches agronomiques de Changins (VD) sur la modification de facteurs héréditaires de certains types de pommes de terre (bintje). La recherche incriminée consiste à modifier génétiquement des patates afin de les rendre résistantes à certaines maladies. La polémique, engagée par certaines organisations écologiques, a éclaté lorsque des tests en plein air ont été envisagés, au vu des bons résultats obtenus "in vitro". Les opposants ont prétendu qu'il pouvait exister des risques de dissémination du gène dans la nature, que cela pourrait créer un précédent fâcheux et ont dénoncé l'absence de dispositions juridiques en la matière. Les chercheurs de Changins ont contesté cette argumentation et ont affirmé qu'il n'y avait aucun risque de transmission de gène. La polémique a connu son intensité maximum lorsque des membres de l'organisation Greenpeace occupèrent la serre de Changins dans le but d'empêcher l'expérience et furent délogés ensuite par la gendarmerie.

Le Conseil Fédéral autorisa finalement l'expérience "in vivo" en se basant sur les recommandations de deux commissions consultatives qui l'assurèrent que les risques étaient inexistants. Les organisations de protection de l'environnement protestèrent vivement contre cette décision prise, selon eux, en l'absence de base légale. En automne, la récolte des pommes de terre contestées a permis de constater que la modification génétique avait protégé les tubercules du virus qui les menaçait, malgré certaines transformations de leur forme. Les scientifiques espèrent que ce type de manipulations pourra être étendu à diverses sortes de cultures (vigne, betteraves, fruits, etc.), ce qui permettrait d'abandonner les traitements par produits chimiques. Les organisations de protection de l'environnement ont malgré tout protesté à nouveau, arguant que les conséquences, à terme, de ces expériences étaient inconnues et trop dangereuses (apparition de nouveaux virus, épidémies, dissémination de gènes modifiés).