Le Conseil national a adopté une version modifiée de la motion, la CER-CN ayant proposé que les non-professionnels aient la possibilité de suivre une formation pour pouvoir utiliser certains produits phytosanitaires particulièrement dangereux, plutôt que de leur en interdire purement et simplement l'accès. Comme expliqué par le rapporteur de commission, Olivier Feller (plr, VD), trois positions se sont dégagées lors des discussions : un rejet de la motion – pas de nécessité de légiférer en la matière –, une acceptation avec la présente modification – considérée comme une voie médiane par le député vaudois – et finalement une reprise de la motion d'origine telle que transmise par le Conseil des États. Sophie Michaud Gigon (VD), députée verte et également présidente de la FRC, a défendu cette dernière position, arguant qu'une obligation de formation serait administrativement lourde à mettre en place et à actualiser, alors qu'une interdiction d'accès à ces substances serait, d'une part, simple à implémenter et permettrait, d'autre part, de contribuer à l'effort collectif en matière de réduction des risques liés aux pesticides. Soumise au vote, cette manière de penser n'a pas réussi à récolter une majorité des voix (90 voix contre 104 et une abstention). Reprenant l'argument de l'excès de bureaucratie, l'UDC zougois Thomas Aeschi a appelé ses collègues à privilégier le statu quo en refusant la motion modifiée. Au final, la chambre basse a suivi, par 107 voix contre 84 et 4 abstentions, le raisonnement de la majorité de la commission, pour qui cette solution est libérale et permet de traiter équitablement les différents utilisateurs de ces produits.

Le Conseil national ne veut pas d'un plan de sortie du glyphosate comme proposé par les initiatives cantonales déposées par les parlements genevois et jurassien. Une courte majorité de 101 parlementaires contre 89 (4 abstentions) a donc suivi l'avis de la CER-CN, exposé par Christian Lüscher (plr, GE): la recherche scientifique semblent confirmer que le glyphosate ne présente pas de danger pour l'humain, comme établi par plusieurs institutions. De plus, ce produit est soumis à des conditions strictes d'utilisation. Les positions de la minorité de la commission, défendues par Sophie Michaud Gigon (verts, VD), n'auront pas suffi à convaincre une majorité de parlementaires.