In 2017 präsentierte die EAWAG eine Studie zur Pestizidbelastung in kleinen Bächen, die sie im Auftrag des BAFU erstellt hatte. Dafür waren zum ersten Mal fünf kleinere Bäche, deren Einzugsgebiete typisch für eine starke landwirtschaftliche Nutzung sind, über einen Zeitraum von sechs Monaten untersucht worden. Insgesamt wurden gegen 1800 Wasserproben gesammelt. Die Studie zeigte eine hohe Belastung der Bäche durch diverse Pflanzenschutzmittel: 128 verschiedene Wirkstoffe aus Acker-, Gemüse-, Obst- und Rebbau wurden in den Proben nachgewiesen; sowie 61 Herbizide, 45 Fungizide und 22 Insektizide. In 80 Prozent der Proben wurde die Anforderung der GSchV (≤0.1 μg/L) von mindestens einem Wirkstoff nicht eingehalten – in allen fünf untersuchten Bächen während über zwei Monaten, in zwei Bächen praktisch während des gesamten Untersuchungszeitraums. Problematisch seien diese Überschreitungen auch deshalb, weil darunter Wasserlebewesen wie etwa der Bachflohkrebs litten, so ein Experte des BAFU in La Liberté. Stephan Müller, Abteilungsleiter Wasser des BAFU, sah vor allem die Landwirtschaft und die Konsumentinnen und Konsumenten in der Verantwortung: Erstere müssten ihre Produktion umbauen und weniger Pflanzenschutzmittel verwenden; dies solle über den Aktionsplan Pflanzenschutzmittel erreicht werden. Letztere wiederum müssten auch bereit sein, weniger schönes Obst zu essen, so Müller.
In den Medien wurden einige Experten von Umweltschutzorganisationen zitiert; diese waren der Ansicht, dass die Resultate zwar skandalös, aber keinesfalls überraschend seien. Die Bauern müssten nun dringend den Einsatz von Pflanzenschutzmitteln reduzieren. Markus Ritter (cvp, SG) vom Bauernverband hingegen argumentierte, dass die Landwirte schon jetzt so wenig Pflanzenschutzmittel wie möglich verwendeten. Zudem zweifelte er an der Repräsentativität der fünf Bäche, da sie alle im Einzugsgebiet von Spezialkulturen lägen. In den Medien wurde auch auf die quasi gleichzeitig mit dem Bekanntwerden der Studienresultate geplante gesetzliche Lockerung des Gewässerschutzes durch eine Verordnungsänderung hingewiesen. Durch diese erhielten die Kantone mehr Spielraum bei der Ausscheidung des Gewässerraums, was wiederum zur Möglichkeit führen könne, näher am Ufer kleiner Bäche zu düngen.

Im Jahr 2015 kam es zu Diskussionen über die Verwendung von gleich drei Pflanzenschutzmitteln. Neben sogenannten Neonikotinoiden, also Pflanzenspritzmitteln, welche auf Nikotin ähnlichen Wirkstoffen beruhen, und dem Insektengift Dimethoat wurde vor allem die Verwendung des Unkrautbekämpfungsmittels Glyphosat kritisch diskutiert.
Eine neue Publikation der Internationalen Agentur für Krebsforschung (IARC) der WHO kam zum Schluss, dass Glyphosat als „wahrscheinlich krebserregend für Menschen“ einzustufen sei. Das Mittel ist mit jährlich rund 300 Tonnen das in der Schweiz am häufigsten verwendete Herbizid. Indirekt wird die Verwendung von Glyphosat vom Bund subventioniert. Wenn zur schonenden Bodenbearbeitung aufs Pflügen verzichtet wird, dürfen Bauern und Bäuerinnen eine gewisse Menge Glyphosat zur Unkrautbekämpfung einsetzen und erhalten vom Bund dafür jährlich bis zu CHF 250 pro Hektar. Unter anderen kritisierten Vertreterinnen und Vertreter von Pro Natura und den Grünen dieses Vorgehen und forderten den Bund dazu auf, vorsorglich alle Glyphosat enthaltenden Pestizide zu verbieten. Auch die Detailhandelsunternehmen Migros und Coop reagierten auf den Bericht und nahmen nach Bekanntwerden der IARC-Ergebnisse alle glyphosathaltigen Produkte aus ihren Sortimenten.
Das in der Schweiz für die Einschätzung dieser Wirkstoffe zuständige BLV reagierte auf die Neueinstufung des IARC mit einem Positionspapier, in welchem es festhielt, dass es Glyphosat weiterhin für unbedenklich halte, da die Neueinstufung der IARC nicht auf neuen Daten beruhe, sondern lediglich eine Neuinterpretation der bisher schon bekannten Informationen sei. Allerdings sei der vollständige Bericht der IARC noch nicht veröffentlicht worden. Sobald die Monographie verfügbar sei, würden die ausführlichere Argumentation geprüft und wenn nötig geeignete Massnahmen eingeleitet werden. Auch der Präsident des Schweizer Bauernverbands, Markus Ritter (cvp, SG), äusserte sich gegenüber den Medien zum Thema. Bisher sei bezüglich der Schädlichkeit noch nichts erwiesen, trotzdem sei es wichtig, die Thematik ernst zu nehmen, so Ritter. Dass er auch argumentierte, dass in der Schweiz ohnehin wenig Pestizide verwendet würden, wurde von der Presse kritisch hinterfragt. Viele Zeitungsartikel verwiesen auf eine Studie vom Bundesamt für Landwirtschaft, welche 2013 zum Ergebnis gekommen war, dass die gekaufte Menge von Pestiziden pro Hektare landwirtschaftlicher Nutzfläche in der Schweiz höher liege als in Nachbarländern wie Deutschland, Frankreich oder Österreich.