Lors de la session d'automne 2020, la conseillère nationale socialiste Martina Munz (SH) a déposé une motion pour « limiter la publicité pour la viande aux produits ayant bénéficié de programmes pour le bien-être animal ». Dans celle-ci, l'élue de Schaffhouse charge le Conseil fédéral de modifier la législation de manière à ce que la promotion des ventes de produits animaliers se limite à des ceux provenant d'animaux ayant bénéficié du programme « Sorties régulières en plein air » (SRPA).
Dans sa réponse, le Conseil fédéral, représenté par Guy Parmelin, souligne que la Confédération soutient déjà la promotion de la viande suisse afin de mettre en avant les avantages de la production nationale respectant des normes strictes, tout en concurrençant la viande importée. L'exécutif estime que si la publicité est limitée aux produits issus des programmes éthologiques, la promotion collective de la marque « Viande Suisse » et de ses avantages deviendrait difficile. De plus, il rappelle que le programme SRPA n'est pas assimilé à un label sur le marché et qu'il existe une forte concurrence dans le segment des labels certifiant le bien-être animal, certains exigeant même la participation à celui-ci ; concentrer les efforts de promotion uniquement sur le SRPA pourrait ainsi perturber cette concurrence. Pour toutes ces raisons, le Conseil fédéral recommande le rejet de la motion.
Lors du vote, la motion a été rejetée par la chambre basse par 107 voix contre, 70 voix pour et 6 abstentions. Les partis en faveur de la motion étaient le PS (33), les Vert-e-s (25) et les Vert'libéraux (12), tandis que ceux en défaveur étaient l'UDC (50), le PLR (28) et le Centre (27).

Le Conseil fédéral s'est penché sur l'initiative populaire qui veut interdire l'élevage intensif en Suisse. La trouvant trop radicale, il propose de rejeter le texte mais souhaiterait faire voter la population sur un contre-projet direct. De l'avis de l'exécutif, l'élevage intensif est d'ores et déjà interdit en Suisse, les normes encadrant l'élevage des animaux étant globalement plus exigeantes qu'à l'étranger. Les sept sages estiment également qu'introduire des normes restrictives à l'importation de produits issus d'animaux qui tiennent compte du nouvel article constitutionnel serait contraire aux engagements internationaux de la Suisse et serait particulièrement lourd à mettre en place. Mais ce n'est pas pour autant que l'exécutif ne voit pas matière à améliorer la situation actuelle.
Ainsi, le contre-projet direct, qui a récolté des avis divers lors de la procédure de consultation lancée en août 2020, propose d'inscrire dans la Constitution le principe général de bien-être de tous les animaux et non pas seulement des animaux d'élevage agricole. Dans son projet, le Conseil fédéral veut, de plus, reprendre certains éléments de l'initiative populaire en ce qui concerne les conditions de détention qui prévalent dans les élevages. Ainsi, les porcs devraient pouvoir bénéficier d'aires de repos recouvertes de litière et les animaux de rente de sorties régulières. Ces nouvelles exigences minimales d'hébergement, de soins et d'abattage des animaux permettraient d'augmenter la qualité de vie des animaux et de réduire l'utilisation de médicaments (antibiotiques en tête). Le Conseil fédéral a dit vouloir soumettre au Parlement un projet de loi en cas d'acceptation de ce contre-projet, dans lequel sera détaillé l'ensemble des mesures évoquées dans son message.
Bien que se montrant surprise en bien par la proposition du Conseil fédéral, la membre du comité d'initiative et élue verte Meret Schneider (verts, ZH) a, dès le lancement de la procédure de consultation, fait remarqué que l'exécutif ne traitait aucunement le volet des importations dans son projet, rendant le maintien de l'initiative populaire nécessaire. Seuls les paysan.ne.s suisses verraient leurs contraintes augmenter, ce qui accroîtrait d'autant plus la concurrence avec la production étrangère selon Meret Schneider. L'USP rejoint l'élue verte sur ce point, et a annoncé rejeter tant l'initiative que le contre-projet direct. Mais contrairement au comité d'initiative, l'organisation représentant les intérêts paysans estime, bien au contraire, que l'actuelle loi sur la protection des animaux est suffisante.
Le journal zurichois Tages-Anzeiger s'est fait l'écho des tractations internes à l'élaboration de ce contre-projet, qui aura vu s'opposer les services d'Alain Berset (avec l'OSAV) et ceux de Guy Parmelin (à la tête de l'OFAG). Le point de friction principal s'est concentré sur les programmes existants SST et SRPA, le ministre en charge des affaires vétérinaires voulant les ériger en standards minimaux, tandis que pour le ministre de l'agriculture, une telle exigence va trop loin pour un grand nombre d'éleveuses et d'éleveurs. Ce sont finalement les propositions de l'OSAV qui ont trouvé les faveurs d'une majorité des membres du Conseil fédéral.

En réaction à une pétition (18.2011) de la Société végane Suisse demandant une interdiction de la mise à mort des poussins fraîchement éclos, la CSEC-CN souhaite que la pratique du broyage de poussins vivants soit abolie en Suisse.
Comme rappelé par le ministre en charge de l'agriculture, Guy Parmelin, les poussins mâles provenant de l'élevage des poules pondeuses – soit 50% de tous les individus – sont systématiquement tués, leur élevage pour une production de viande n'étant pas assez rentable pour l'industrie agricole. Dans ce contexte, la commission considère que la pratique du broyage vivant des poussins est contraire à l'esprit de la loi sur la protection des animaux, les poussins pouvant parfois mourir dans d'atroces souffrances s'ils n'ont pas été entièrement «homogénéisés», pour reprendre le jargon législatif. Bien que cette pratique ait été en grande partie remplacée par d'autres techniques de mise à mort, le Conseil fédéral soutient cette motion, car l'opinion publique va dans ce sens et ce changement législatif ne présente pas un grand enjeu. Guy Parmelin précise, finalement, que de nouvelles techniques permettant de connaître le sexe du poussin avant l'éclosion sont sur le point d'être industrialisées. Le Conseil national accepte tacitement le texte de sa commission.