En mars, le Conseil national a adopté une motion de sa CSEC visant une interdiction totale de tout commerce de produits dérivés du phoque sauf en ce qui concerne les produits issus de la chasse traditionnelle des populations Inuits et des autres communautés indigènes. Le Conseil fédéral a estimé, d’une part, que la motion est problématique au niveau du droit régissant le commerce international et, d’autre part, que celle de la CSEC-CE adoptée l’année précédente entrave moins le commerce international en répondant aux mêmes attentes (Mo. CESC-CE; 09.3739). La CSEC-CN a rappelé que l’UE a interdit tout commerce issu de la chasse non traditionnelle et a considéré sa motion comme étant plus efficace. La chambre basse a rejeté, presque à l’unanimité, la motion de la CSEC-CE et a adopté celle de la CSEC-CN par 147 voix contre 2. Toutefois, le Conseil des Etats a rejeté cette dernière par 19 voix contre 16 pour les mêmes raisons que celles invoquées par le Conseil fédéral. Les deux objets ont ainsi été liquidés.

Le Conseil des Etats a modifié une motion de la commission de l’environnement, de l’aménagement du territoire et de l’énergie du Conseil national (CEATE-CN) concernant les mesures visant à réguler la population des oiseaux piscivores et à indemniser les dégâts causés à la pêche professionnelle. Elle charge désormais l’office fédéral compétent de réviser les ordonnances correspondantes afin de prévenir les dommages causés à la pêche professionnelle mais sans élaborer de mesures d’indemnisation. La chambre basse a adhéré à la proposition de la chambre haute. Parallèlement, l’Association suisse pour la protection des oiseaux et Helvetia Nostra ont fait recours contre l’ordonnance de l’Office fédéral de l’environnement qui a autorisé les cantons concernés à intervenir. Ils demandent l’élaboration d’une étude scientifique sur la question. En mai, les pêcheurs professionnels du lac de Neuchâtel ont organisé une manifestation exigeant la régulation de la population de cormoran.

Les chambres ont également adopté une motion Moser (Verts libéraux, ZH), qui demandait au Conseil fédéral d’introduire des modifications législatives de sorte à instaurer une obligation de déclaration pour les fourrures et les produits qui en sont issus. La motionnaire voulait que, grâce à cette déclaration obligatoire, les consommateurs puissent disposer d'informations claires sur le mode d'élevage, l'origine et l'espèce animale.

Au mois d’octobre, le Tribunal fédéral a rejeté un recours commun à l’encontre de la décision d’interdire deux expérimentations impliquant des macaques à l’Institut de neuroinformatique commun à l’EPFZ et l’Université de Zurich. Ces expériences, qui existaient jusqu’en 2006 avant d’être remises en question par la Commission de protection des animaux, ne pourront ainsi désormais plus être relancées.

Le Conseil des Etats a examiné la motion Aeschbacher (pev, ZH) (Mo. Aeschbacher, 08.3432), acceptée par le Conseil national en 2008, qui demandait l’interdiction de l’importation et du commerce de produits issus de la chasse aux phoques au Canada. Afin de tenir compte de l’adoption, dans l'intervalle, par le Parlement européen d’un règlement interdisant, à de rares exceptions près, le commerce des produits dérivés du phoque dans, vers et à partir de l'UE, la Commission de la science, de l'éducation et de la culture du Conseil des Etats a soumis conjointement aux députés une nouvelle motion proposant de traiter d’une part de la chasse aux phoques de façon générale et de ne pas s'en tenir exclusivement à celle qui est pratiquée au Canada, et, d'autre part, de réglementer (et non pas interdire totalement) l’importation de ces produits en exigeant que seuls soient mis sur le marché des produits provenant d'animaux dont la mise à mort a été contrôlée. Suivant les propositions de leur commission, les députés ont adopté cette dernière motion par 23 voix contre 8, et rejeté la motion Aeschbacher.

Le Conseil national a adopté, par 118 voix contre 53, une motion de sa CEATE-CN, combattue par Bastien Girod (pe, ZH), qui demandait au gouvernement de veiller, par une révision des textes de loi idoines, à ce que les dommages causés aux engins de pêche des pêcheurs professionnels par des cormorans issus de colonies situées dans des zones protégées, fassent l'objet d'une indemnisation par la Confédération et les cantons. La motion demandait également une régulation de la population de ces oiseaux piscivores dans certaines zones protégées, ainsi que le raccourcissement de la période de protection du 1er mars au 31 août. Au sujet de la déclaration de l' OFEV de l' année 2008 qui encourageait le tir des comorans, voir ici.

Sur la base des résultats de la procédure de consultation (qui a pris fin en 2006), le Conseil fédéral a adopté la révision de l’ordonnance sur la protection des animaux au mois d’avril. La responsabilité des détenteurs d'animaux étant au centre de cette nouvelle législation, le Conseil fédéral a mis en place une série de mesures, afin que les détenteurs d’animaux connaissent les besoins de leurs animaux et sachent comment en prendre soin correctement. Agriculteurs, transporteurs, amateurs d'animaux sauvages difficiles à détenir et propriétaires de chiens devront ainsi désormais tous suivre une formation obligatoire.
En ce qui concerne les propriétaires de chiens, l’ordonnance ne s’appliquera, pour des raisons pratiques, qu’aux nouveaux propriétaires. Ces derniers devront suivre une formation théorique et pratique avant le 1er septembre 2010. Par la suite, cette formation devra être suivie dans la première année qui suit l’acquisition du chien. Le Conseil fédéral, qui s’est toujours prononcé contre l’interdiction de certaines races de chiens, a choisi ce dispositif pour réduire les risques de morsure. Quant aux éleveurs de bétail et autres animaux de rente, ainsi que tout professionnel s’occupant d’animaux, ils devront attester à l’avenir d’une formation reconnue.
Les autres animaux n’ont pas été oubliés pour autant et l'élevage a été réglementé dans l'ordonnance: il ne devra pas conduire à la production d'animaux présentant des troubles du comportement ou des défauts physiques. La vie sociale ou le besoin en mouvement des animaux ont été particulièrement pris en compte. Le Conseil fédéral a notamment prévu que les espèces sociales, comme les cochons d’Inde ou les perruches, ne pourront plus être détenues individuellement. Les chevaux, eux, devront pouvoir être en contact avec d’autres chevaux, d’autres partenaires sociaux comme les vaches ou les chèvres ne suffisant pas. La détention à l'attache sera en outre abandonnée à long terme : elle sera interdite pour les chevaux à partir de 2013, pour les moutons à partir de 2018 et pour les chèvres dans les étables nouvellement aménagées.
Le contrôle des dispositions légales a également été renforcé : un service spécialisé en protection des animaux sera mis sur pied dans chaque canton. Des priorités de contrôle seront fixées par le Conseil fédéral et un rapport sur l'état de la protection des animaux en Suisse sera publié régulièrement. Cette ordonnance est entrée en vigueur le 1er septembre de l’année sous revue.

En début d’année, l’OFEV a déclaré encourager le tir des cormorans sur les lacs à proximité des filets tendus. La Confédération a ainsi fait un pas dans la direction des pêcheurs, qui souhaitaient que des mesures de régulation de cette population d’oiseau soient prises, afin de limiter les pertes que ceux-ci occasionnent.

Sur recommandation du Conseil fédéral, le Conseil national a adopté un postulat Allemann (ps, BE), qui demandait au gouvernement de considérer la possibilité de délimiter des zones de tranquillité pour protéger les animaux sauvages contre les perturbations dues à la pratiques d’activités sportives en vogue, telles que le ski hors-piste ou la randonnée en raquettes.

Le Conseil fédéral, dans sa réponse à une interpellation de la conseillère nationale Barbara Marty Kälin (ps, ZH) relative aux transports internationaux d’animaux de boucherie sur les routes suisses, a précisé qu’il ne s’était pas encore prononcé sur une levée de l’interdiction de transit en rapport avec les négociations menées dans le domaine agricole avec la Commission européenne, et qui touchent à la modification de l’Ordonnance du 20 avril 1988 concernant l’importation, le transit et l’exportation d’animaux et de produits d’animaux (OITE). Il a ajouté que la délégation suisse s’engageait néanmoins au maintien de cette interdiction. Le gouvernement a précisé que les autorités cantonales, des cantons frontaliers en particulier, veilleront au respect de la législation sur la protection des animaux, et qu’il était prévu de leur donner un mandat pour qu’ils effectuent les contrôles nécessaires lors de l’entrée de camions étrangers sur le territoire suisse.

Les résultats de la procédure de consultation ont été dans l’ensemble relativement critiques vis-à-vis de cette révision totale. Aussi bien gauche, droite, qu’associations de protection des animaux et associations paysannes ont jugé celle-ci de manière négative, mais pour des raisons diverses cependant. Si l’Union suisse des paysans (USP) a dénoncé les coûts élevés qu’engendreraient les mesures proposées, l’UDC, le PDC et l’USAM ont estimé, de leur côté, que celles-ci réduiraient la marge de manœuvre entrepreneuriale des paysans et nuiraient par conséquent à l’amélioration de la concurrence dans le secteur alimentaire. Quant aux organisations de protection des animaux, elles ont salué les nouvelles mesures dans leur ensemble, en demandant toutefois des améliorations sur de nombreux points. Les Verts ont également souligné que la révision en question ne garantissait pas des conditions de détention conformes pour les animaux sauvages. Le PS et la « Stiftung für versuchstierfreie Forschung » ont demandé, de leur côté, que l’on renonce totalement aux expérimentations sur les animaux, dans la mesure où une détention conforme des primates en laboratoires est presque impossible.

Le Conseil des Etats a suivi la décision du Conseil national, prise fin 2004, de ratifier la Convention européenne du 6 novembre 2003 sur la protection des animaux en transport international.

Le Conseil fédéral a signé la Convention européenne du 6 novembre 2003 sur la protection des animaux en transport international. Dans son message, il a proposé au parlement de la ratifier, ce que le Conseil national a d’ailleurs fait en toute fin d’année.

Dans le cadre de la discussion sur la castration des porcelets, et face aux critiques des associations de protection de la nature, l’organisation faîtière Suisseporcs a initié, en collaboration avec l’OFAG et l’OVF, le projet Pro-Porcs, qui vise à améliorer le bien-être des animaux, notamment au niveau de la méthode de castration. Celle-ci pourrait se faire désormais sous narcose, afin d’éviter des souffrances aux animaux. Une solution devrait être trouvée d’ici à 2007, ont annoncé les parties.

La Protection suisse des animaux (PSA) a déposé à Berne une pétition de 82 000 signatures afin d’exiger du Conseil fédéral l’interdiction des standards de race obtenus génétiquement pour une meilleure rentabilité d’exploitation ou pour des critères esthétiques. Elle demande aussi une législation plus sévère vis-à-vis des élevages en batterie et à la chaîne. Enfin, la PSA souhaite que la Confédération contrôle plus strictement les souffrances, mutilation et excès liés à l’expérimentation animale, notamment génétique. Le groupe considère que les différents objets déposés au parlement sur le même thème (les deux initiatives populaires «Les animaux ne sont pas des choses» et «Pour un meilleur statut juridique des animaux », ainsi que l’initiative parlementaire sur le même sujet – «Les animaux dans l’ordre juridique suisse», initiée par Dick Marty (prd, TI) – traînent trop en longueur. Concernant justement ces deux initiatives populaires: le Conseil fédéral a relevé le bien-fondé des textes déposés mais a jugé que ceux-ci ne demandaient pas une révision constitutionnelle. Il a recommandé le rejet des deux textes, tout en annonçant qu’il pourrait se rallier à la décision des Chambres si celles-ci acceptaient l’initiative parlementaire de Dick Marty (Pa.Iv. 99.467).

L’Office vétérinaire fédéral a rendu son avis sur le dossier sensible de l’interdiction des chiens dangereux, responsables de beaucoup d’accidents ces dernières années. L’Office refuse de fixer un permis pour la possession de certains chiens réputés dangereux, ni de leur imposer le port de la muselière. Il propose en revanche que toutes les morsures soient notifiées dans les hôpitaux, et que la taxe pour chiens soit réduite si le propriétaire a suivi avec succès un cours de dressage.

Suite au refus du Conseil national en 1999 de modifier la loi sur les animaux de compagnie, deux initiatives populaires ont été lancées au cours de l’année sous revue. La première, «pour un meilleur statut juridique des animaux», émanait de la Société des vétérinaires suisses, de la Protection suisse des animaux, de la Société cynologique suisse et de la Fondation pour l’animal en droit: 120 000 signatures ont été recueillies en moins de quatre mois. La seconde, lancée par Franz Weber sous le titre «les animaux ne sont pas des choses», a elle aussi atteint rapidement les 110 000 griffes. Mais les deux initiatives ont été prises de vitesse par celle, parlementaire, du conseiller aux Etats Dick Marty (prd, TI), lancée au lendemain du vote négatif à la Chambre du peuple. Elle l’a acceptée et a chargé sa commission d’élaborer un projet de loi. Cette initiative prévoit de ne plus considérer les animaux comme des objets inanimés, légalement appréhendés comme un bien matériel. Les organisations responsables des deux initiatives populaires n’ont pas exclu de retirer celles-ci au cas où le texte Marty était accepté au parlement.

Face à l’augmentation inquiétante des cas de blessés, voire de morts, suite à des attaques de chiens de combat, le conseiller national Heiner Studer (pep, AG) a déposé une motion demandant l’interdiction pure et simple des chiens dangereux, comme le pitt-bull ou le rottweiler. Le gouvernement a demandé de transformer cette motion en postulat, argumentant qu’il était impossible de poser une stricte base légale sur des catégories canines dangereuses par nature, prenant exemple sur l’expérience peu concluante des interdictions à l’étranger. Au National, le postulat a été écarté par 64 voix contre 40. Toutefois, le dossier a été relancé par le biais des cantons, lors de la Conférence des directeurs cantonaux de Justice et police : ces derniers ont demandé à la Confédération de prendre des mesures de coordination vis-à-vis des dispositions légales très hétéroclites concernant les chiens dangereux. Interpellé, l’Office vétérinaire fédéral a annoncé la création d’un groupe de travail chargé d’élaborer une loi modèle sur le sujet.

Der Nationalrat behandelte die Vorlage in seiner Wintersession und folgte dabei den Vorschlägen der Landesregierung, verankerte aber zusätzlich explizit die Unentgeltlichkeit der menschlichen Organspende. Ein von den Grünen unterstützter Rückweisungsantrag von Felten (sp, BS), welche befürchtete, dass der Bund damit einen Blankocheck für die zentralisierte Organbeschaffung erhalte, wurde sehr deutlich abgelehnt. Ebenfalls keine Chance hatte der Antrag der SP auf ein Festschreiben der Freiwilligkeit der Spende. Das Wort Spende enthalte per definitionem den Begriff der Freiwilligkeit, argumentierten vor allem bürgerliche Kreise, weshalb es nicht nötig sei, diese noch speziell festzuschreiben. Die von den Grünen unterstützte SP hatte mit ihrem Antrag verhindern wollen, dass auf Gesetzesstufe die sogenannte "Widerspruchslösung" eingeführt wird, bei der eine Organentnahme möglich ist, wenn diese vom Verstorbenen oder seinen Angehörigen nicht ausdrücklich verweigert wird. Ein weiterer Antrag der SP und der Grünen für ein Moratorium zur Xenotransplantation (Übertragung gentechnisch veränderter tierischer Organe auf den Menschen) bis ins Jahr 2010 wurde ebenfalls verworfen. Die Gegner befürchteten vor allem eine Behinderung der Forschung in der Schweiz. Als Übergangslösung bis zum Vorliegen eines eigentlichen Transplantationsgesetzes kündigte Bundesrätin Dreifuss an, dass sie in Kürze dem Parlament beantragen werde, die Bewilligungspflicht für allfällige Xenotransplantationen in den dringlichen Beschluss über die Kontrolle von Blut, Blutprodukten und Transplantaten aufzunehmen.

Der Nationalrat hatte sich bereits in der Herbstsession mit der Frage der Xenotransplantation befasst. Mit 94 zu 61 Stimmen lehnte er eine diesbezügliche parlamentarische Initiative von Felten (sp, BS) ab (Pa.Iv. 96.419), überwies aber mit deutlichem Mehr eine Motion seiner Kommission für Wissenschaft, Bildung und Kultur, welche die Übertragung tierischer Transplantate auf den Menschen einer Bewilligungspflicht unterstellen will.

Nach einer durchaus positiv verlaufenen Vernehmlassung leitete der Bundesrat dem Parlament seine Botschaft zu einem neuen Verfassungsartikel (Art. 24decies) zu, welcher dem Bund gestatten wird, für die Transplantation von Organen, Geweben und Zellen Gesetze zu erlassen und somit Leitplanken zu setzen. Heute gelten hier lediglich die Richtlinien der Schweizerischen Akademie der medizinischen Wissenschaften sowie unterschiedliche kantonale Bestimmungen. Als Grundmaxime des staatlichen Handelns in diesem Bereich postuliert der Bundesrat den Schutz der Menschenwürde, der Persönlichkeit und der Gesundheit sowie eine gerechte Zuteilung von Organen. Der Handel mit menschlichen Organen soll verboten, der Umgang mit allen anderen Spenden streng reglementiert werden.

Über die Notwendigkeit einer einheitlichen Regelung des Umgangs mit Organen, Geweben und Zellen waren sich die Parteien, die Vereinigung der Schweizer Ärzte FMH und die SAMW einig und meinten, das unvollständige Regelwerk in 20 Kantonen sei nicht mehr zeitgemäss. In Bezug auf den Umfang der künftigen Bundeskompetenz und in der Frage der Xenotransplantation (Organübertragung vom Tier auf den Menschen) gab es allerdings Differenzen. Die CVP plädierte ohne weitere Einschränkungen dafür, die Xenotransplantation in die Regelungskompetenz einzubeziehen. Die SP hingegen hielt ein Moratorium zumindest für Organe jener Tiere für angebracht, die zum Zweck der Organspende genetisch verändert worden sind (Mo. 96.3364). Die FMH betonte, dass die Regelung der Zuteilung keinesfalls auf menschliche Organe beschränkt werden dürfe; falls nämlich Xenotransplantationen einmal erlaubt würden, sei nicht auszuschliessen, dass es auf dem freien Markt zu ethisch unhaltbaren Situationen komme. Die SAMW schlug vor, den Artikel über die Verwendung der Organe, Gewebe und Zellen explizit auf den humanmedizinischen Bereich zu beschränken. Alle Parteien befürworteten die Konzentration der Eingriffe auf einige wenige Zentren, wobei die SP dem Bundesrat eine Koordinationsbefugnis zur Schaffung von Transplantationszentren in den öffentlichen Spitälern erteilen möchte.

Ohne Gegenstimmen lehnte die AP die Treibstoffzollerhöhung, die Initiative zur Abschaffung der Tierversuche und die beiden Armeeinitiativen (Waffenplätze und neue Kampfflugzeuge) ab . Ablehnung wurde auch zum Bundesbeschluss gegen den Waffenmissbrauch, gegen den Kantonswechsel des Laufentals, gegen alle vier Teile der Mehrwertsteuer sowie die Werbeverbotsinitiativen beschlossen.
Die AP unterstützte das von der Lega lancierte Referendum gegen die Blauhelmvorlage; Nationalrat Steinemann (SG) wurde Co-Präsident des Referendumskomitees.

Die Delegierten resp. der Delegiertenrat sprachen sich für die Ja-Parole zu allen eidgenössischen Abstimmungen mit Ausnahme der Initiative zur Abschaffung der Tierversuche, für welche Stimmfreigabe beschlossen wurde, aus.

Bei den eidgenössischen Abstimmungen sprach sich die GP mit grosser Mehrheit für die Treibstoffzollerhöhung aus; die Befürwortung der Initiative zur Abschaffung der Tierversuche war hingegen sehr umstritten. Bei der Aufhebung des Spielbankenverbots gab die Abstimmung der Kantonalsektionen mit 6 zu 6 den Ausschlag für die Stimmfreigabe. Die Grünen konnten sich auch bezüglich der von den SD lancierten Initiative für einen arbeitsfreien Bundesfeiertag zu keiner Parole durchringen, unterstützten jedoch alle übrigen Vorlagen des Abstimmungspakets vom 26. September. Beim Systemwechsel zur Mehrwertsteuer gab die GP Stimmfreigabe heraus, den höheren Steuersatz und die übrigen Vorhaben unterstützte sie jedoch.