En dernière lecture, le Conseil national s'est une nouvelle fois écharpé sur les quatre divergences restantes. Après avoir siégé, la CEATE-CN a proposé à sa chambre de suivre le Conseil des Etats sur deux aspects, tandis que deux propositions de minorités allaient dans le sens de la chambre haute. Au final, la chambre du peuple a décidé de s'aligner sur deux points avec sa chambre sœur.
Tout d'abord, et à une voix près (92 contre 91 et 2 abstentions), l'autorisation de chasser le loup dans les districts francs – appelés dans la nouvelle loi «zones de protection de la faune sauvage» – lorsque diverses conditions sont remplies a été entérinée. Franz Ruppen (udc, VS) a défendu cette proposition de minorité, argumentant que les loups risquaient de se réfugier et de se multiplier dans ces zones s'il était décidé d'en faire des lieux intouchables. Le loup doit pouvoir être régulé et ceci sur tout le territoire, a-t-il avancé. Sans quoi, on ne pourrait pas atteindre les objectifs de régulation. Silva Semadeni (ps, GR) a défendu une position radicalement différente, dénonçant les partisans d'une éradication des loups. Pour elle, la solution est à chercher dans une protection accrue des troupeaux; mesures qui ont fait leurs preuves selon l'élue socialiste. Une majorité de la commission s'était pourtant prononcée pour le maintien de la divergence, principalement pour des raisons politiques, celle-ci redoutant le lancement d'un référendum. Mais également pour une raison d'ordre scientifique: ces zones de protection étant explicitement prévues pour la reproduction des proies et des prédateurs, un équilibre naturel peut se créer, comme expliqué par le député Müller-Altermatt (pdc, SO).
Ensuite, par 91 voix contre 86 et 1 abstention, les député.e.s ont suivi l'avis de la majorité qui proposait de s'aligner sur la décision du Conseil des Etats qui ne souhaitait pas imposer au Conseil fédéral l'obligation de consulter les milieux concernés en cas de dégâts provoqués par des espèces protégées. Celui-ci ne devra que consulter les cantons touchés, comme inscrit dans le droit en vigueur.
Le Conseil national a, au contraire, décidé de maintenir deux divergences qui devront donc être résolues dans le cadre d'une conférence de conciliation.
Il s'agit, premièrement, de l'article 4 de la LChP qui traite des conditions d'obtention du permis de chasse. La chambre basse continue de souhaiter une relative harmonisation de celles-ci entre les cantons, ce que la chambre des cantons n'a cessé de refuser. De plus, une proposition émanant de Lorenz Hess (pbd, BE) souhaitait abroger l'alinéa 3 du droit en vigueur qui prévoit l'octroi d'une autorisation de chasse de quelques jours. Ces deux points ont été acceptés tacitement par les élu.e.s. Pour Simonetta Sommaruga, conseillère fédérale en charge du dossier, cette décision est à voir comme une tentative de compromis à l'égard du Conseil des Etats. Et deuxièmement, les député.e.s ont décidé de soutenir, par 99 voix contre 74, la proposition de la minorité Ruppen de conserver la lettre c de l'article 7a, alinéa 2 qui précise que des animaux protégés peuvent être régulés à des fins de «préservation de populations sauvages adaptées au niveau régional».
Durant ce débat, Silva Semadeni ainsi que Bastien Girod (verts, ZH) ont annoncé que leurs groupes respectifs – le PS et les Verts – rejetteraient la présente révision.

Le Conseil des Etats s'oppose à reprendre l'ensemble des propositions de modification décidées par le Conseil national concernant la loi sur la chasse. Le point le plus débattu concerne l'obtention de l'autorisation de chasse (Art. 4). Le projet initial du Conseil fédéral, soutenu par la chambre du peuple, souhaitait que l'autorisation de chasse obtenue dans un canton soit reconnue dans les autres cantons et que l'examen d'obtention de celui-ci inclue un certain nombre de sujets précis. Bien qu'une majorité de la commission soutienne finalement ce changement, une minorité menée par Beat Rieder (pdc, VS) estime qu'accepter la proposition du Conseil fédéral mènerait à une situation où les cantons connaissant un système de chasse à patente (un certain nombre de patentes sont délivrées par les autorités cantonales aux chasseurs et chasseuses) seraient désavantagés face aux cantons ayant un système de chasse dit affermé (les communes politiques donnent le droit de chasse à une société de chasse pendant une période déterminée). Stefan Engler (pdc, GR) redoute, quant à lui, une uniformisation rampante du droit de chasse par la standardisation de l'examen de chasse. Le sénateur Luginbühl (pbd, GR) fait remarquer que ce changement législatif est soutenu par la Conférence des directeurs cantonaux concernée ainsi que par la faîtière suisse des chasseurs et chasseuses ChasseSuisse. Simonetta Sommaruga précise également que cet article de loi répond au postulat Landolt (14.3818) accepté par la chambre basse. Malgré tout, une nette majorité de sénatrices et sénateurs (26 contre 17) suivent la minorité Rieder et refuse la reconnaissance automatique du permis de chasse entre les cantons.
Le deuxième point sur lequel les parlementaires se sont accrochés concerne le loup, sa période de chasse autorisée ainsi que les raisons donnant droit aux cantons de l'abattre. La minorité Engler (pdc, GR) a réussi à convaincre une majorité de la chambre haute en se ralliant à la proposition du Conseil national de réduire de deux mois la période de chasse en question (du 1er septembre au 31 janvier; avant: 31 mars). Le Conseil des Etats s'aligne également sur le Conseil national sur la question de la spécification des dégâts causés par le loup pour en permettre son abattage. Ainsi n'est plus spécifié l'adjectif «considérable» pour décrire l'ampleur de ceux-ci. La proposition du Conseil fédéral d'éviter tout d'abord l'abattage du loup en mettant en place des mesures de protection raisonnables passe également à la trappe. Finalement, le Conseil des Etats souhaite autoriser le tir exceptionnel du loup ainsi que des bouquetins dans les districts francs si la protection des biotopes l'exige. Le texte retourne au Conseil national, qui devra à son tour régler les divergences restantes.