En dernière lecture, le Conseil national s'est une nouvelle fois écharpé sur les quatre divergences restantes. Après avoir siégé, la CEATE-CN a proposé à sa chambre de suivre le Conseil des Etats sur deux aspects, tandis que deux propositions de minorités allaient dans le sens de la chambre haute. Au final, la chambre du peuple a décidé de s'aligner sur deux points avec sa chambre sœur.
Tout d'abord, et à une voix près (92 contre 91 et 2 abstentions), l'autorisation de chasser le loup dans les districts francs – appelés dans la nouvelle loi «zones de protection de la faune sauvage» – lorsque diverses conditions sont remplies a été entérinée. Franz Ruppen (udc, VS) a défendu cette proposition de minorité, argumentant que les loups risquaient de se réfugier et de se multiplier dans ces zones s'il était décidé d'en faire des lieux intouchables. Le loup doit pouvoir être régulé et ceci sur tout le territoire, a-t-il avancé. Sans quoi, on ne pourrait pas atteindre les objectifs de régulation. Silva Semadeni (ps, GR) a défendu une position radicalement différente, dénonçant les partisans d'une éradication des loups. Pour elle, la solution est à chercher dans une protection accrue des troupeaux; mesures qui ont fait leurs preuves selon l'élue socialiste. Une majorité de la commission s'était pourtant prononcée pour le maintien de la divergence, principalement pour des raisons politiques, celle-ci redoutant le lancement d'un référendum. Mais également pour une raison d'ordre scientifique: ces zones de protection étant explicitement prévues pour la reproduction des proies et des prédateurs, un équilibre naturel peut se créer, comme expliqué par le député Müller-Altermatt (pdc, SO).
Ensuite, par 91 voix contre 86 et 1 abstention, les député.e.s ont suivi l'avis de la majorité qui proposait de s'aligner sur la décision du Conseil des Etats qui ne souhaitait pas imposer au Conseil fédéral l'obligation de consulter les milieux concernés en cas de dégâts provoqués par des espèces protégées. Celui-ci ne devra que consulter les cantons touchés, comme inscrit dans le droit en vigueur.
Le Conseil national a, au contraire, décidé de maintenir deux divergences qui devront donc être résolues dans le cadre d'une conférence de conciliation.
Il s'agit, premièrement, de l'article 4 de la LChP qui traite des conditions d'obtention du permis de chasse. La chambre basse continue de souhaiter une relative harmonisation de celles-ci entre les cantons, ce que la chambre des cantons n'a cessé de refuser. De plus, une proposition émanant de Lorenz Hess (pbd, BE) souhaitait abroger l'alinéa 3 du droit en vigueur qui prévoit l'octroi d'une autorisation de chasse de quelques jours. Ces deux points ont été acceptés tacitement par les élu.e.s. Pour Simonetta Sommaruga, conseillère fédérale en charge du dossier, cette décision est à voir comme une tentative de compromis à l'égard du Conseil des Etats. Et deuxièmement, les député.e.s ont décidé de soutenir, par 99 voix contre 74, la proposition de la minorité Ruppen de conserver la lettre c de l'article 7a, alinéa 2 qui précise que des animaux protégés peuvent être régulés à des fins de «préservation de populations sauvages adaptées au niveau régional».
Durant ce débat, Silva Semadeni ainsi que Bastien Girod (verts, ZH) ont annoncé que leurs groupes respectifs – le PS et les Verts – rejetteraient la présente révision.

Modifications de la loi sur la chasse (MCF 17.052)
Dossier: Änderung des Bundesgesetzes über die Jagd und den Schutz wildlebender Säugetiere und Vögel