Nach seiner Rückweisung des Bundesgesetzes über die steuerliche Behandlung finanzieller Sanktionen an die Kommission in der Frühjahrssession 2019 behandelte der Ständerat das entsprechende Gesetz in der Wintersession desselben Jahres erneut. Offen sei nur noch eine – jedoch eine gewichtige – Differenz, betonte Kommissionssprecher Bischof (cvp, SO). Diesbezüglich habe die Kommissionsmehrheit entschieden, die zuvor vom Ständerat als unklar kritisierte Klausel zum guten Glauben zu präzisieren. So wolle die Kommissionsmehrheit Bussen weiterhin in zwei Ausnahmefällen für abzugsfähig erklären, nämlich wenn der Ordre-public-Vorbehalt verletzt sei oder wenn das Unternehmen glaubhaft darlegen könne, dass es «alles Zumutbare unternommen hat, um sich [nach ausländischem Recht] rechtskonform zu verhalten». Ob dies der Fall gewesen sei, müsse das Unternehmen in einem Steuerverfahren und, wenn die Steuerbehörde dies bestreite, in einem Nachverfahren darlegen. Die Beweislast läge somit beim steuerpflichtigen Unternehmen, sie müsse aber keinen Vollbeweis erbringen; eine Glaubhaftmachung genüge. Eine Minderheit Hefti (fdp, GL) hielt eine Präzisierung des Begriffs für unnötig und beantragte die vorherige Formulierung zur Annahme. Kurz vor der Abstimmung zog Thomas Hefti jedoch seinen Antrag zurück. Die zweite Minderheit Levrat (sp, FR) beantragte, dem Bundesrat zu folgen und auf eine Abzugsfähigkeit zu verzichten. Letzterem Antrag pflichtete auch Finanzminister Maurer bei, der auf eine grössere Rechtssicherheit beim bundesrätlichen Vorschlag und auf mögliche Vollzugsprobleme beim Mehrheitsantrag hinwies.
Mit 26 zu 14 Stimmen sprach sich der Ständerat für den Mehrheitsantrag und die neue Formulierung der Kommission aus.

Von einem «halben Wunder» (Christian Levrat, sp, FR) über eine «Schnapsidee» (Michael Hermann im Tages-Anzeiger) bis hin zu einem «Affront gegen die direkte Demokratie» (Michael Schönenberger in der NZZ) reichten die Beurteilungen des Coups der WAK-SR. Diese hatte in der Pressekonferenz nach ihrer ersten Sitzung zur Steuervorlage 17 alle überrascht, indem sie sich einstimmig für einen eigenen, neuen Vorschlag zur SV17 ausgesprochen hatte: Als soziale Ausgleichsmassnahme soll nicht mehr wie vom Bundesrat vorgeschlagen der Mindestansatz für das Kindergeld erhöht, sondern mehr Geld für die AHV zur Verfügung gestellt werden. Pro Franken, der durch die Steuererleichterungen für Unternehmen weniger an Steuereinnahmen generiert wird, soll ein Franken in die AHV fliessen. Da die WAK-SR mit Kosten von CHF 2.1 Mrd. rechnet, soll entsprechend derselbe Betrag der AHV zu Gute kommen, was diese finanziell bis 2024 oder 2025 absichern soll. Dazu sollen zukünftig das ganze Demografieprozent der Mehrwertsteuer in die AHV fliessen (CHF 520 Mio.) und der Bundesbeitrag an die AHV von 19.55 auf 20.2 Prozent (CHF 300 Mio.) sowie die Lohnbeiträge von Arbeitgebern und Arbeitnehmern um je 0.15 Prozentpunkte erhöht werden (CHF 1.2 Mrd.). Dies war jedoch nicht die einzige Neuerung der Kommission: Bei der Gegenfinanzierung reduzierte sie die minimale kantonale Dividendensteuer von 70 auf 50 Prozent, was ungefähr CHF 300 Mio. kostet. Damit soll ein Referendum des SGV oder von Swiss Family Business verhindert werden. Stattdessen soll das Kapitaleinlageprinzip (KEP) mit einer Rückzahlungsregel und einer Teilliquidationsregel eingeschränkt werden: Zukünftig sollen Reserven aus Kapitaleinlagen höchstens in dem Umfang steuerfrei ausgeschüttet werden können, in dem auch steuerbare Dividendenzahlungen vorgenommen werden (Rückzahlungsregel). Beim Rückkauf eigener Aktien müssen solche Reserven zudem im gleichen Umfang reduziert werden wie die Gewinnreserven (Teilliquidationsregel). Diese Regelung gilt jedoch nur für in der Schweiz kotierte Firmen, nicht aber für Kapitaleinlagereserven, die innerhalb eines Konzerns zurückbezahlt werden oder die im Rahmen eines Zuzugs in die Schweiz nach Inkrafttreten der Unternehmenssteuerreform II entstanden sind. Dies soll Bund und Kantonen Mehreinnahmen von CHF 150 Mio. generieren. Auch die sogenannte Lex Zürich soll nun doch eingeführt werden, wobei die zinsbereinigte Gewinnsteuer in «Abzug für Eigenfinanzierung» umbenannt wird und nur Hochsteuerkantonen, in denen die effektive Steuerbelastung für Unternehmen auf allen drei Ebenen über 18.03 Prozent liegt – konkret also nur dem Kanton Zürich –, zur Verfügung stehen soll.

Entstanden war der Kompromiss der Kommission gemäss «NZZ am Sonntag» und Tages-Anzeiger durch Verhandlungen der «Schattenregierung aus dem Stöckli», wie es die «NZZ am Sonntag» formulierte: Der Luzerner CVP-Ständerat Konrad Graber soll die Initiative ergriffen und Ständeratspräsidentin und Kontaktfrau zum Arbeitgeberverband Karin Keller-Sutter (fdp, SG), SP-Präsident Christian Levrat, Kommissionspräsident Pirmin Bischof (cvp, SO), Ruedi Noser (fdp, ZH) als Kontakt zu Economiesuisse sowie Gewerkschaftspräsident Paul Rechsteiner (sp, SG) ins Boot geholt haben. Sie alle seien sich der Relevanz der SV17 und der sozialpolitischen Kompensation bewusst gewesen, hätten aber die Erhöhung der Kinderzulagen für ein untaugliches Instrument gehalten und sich vor einem Referendum – sei es von bürgerlicher Seite aufgrund der Erhöhung der Dividendenbesteuerung und der Kinderzulagen oder von linker Seite wegen der geplanten Steuerrabatte – gefürchtet. In der Kommission sei man sich daher einig gewesen, dass man einen Kompromiss finden müsse, der von allen grossen Parteien und Organisationen mitgetragen werde. Trotz grosser inhaltlicher Unterschiede hätten sich alle dreizehn Mitglieder der WAK-SR einstimmig für das vorgeschlagene Konzept ausgesprochen.

Die bürgerlichen Parteien und Verbände zeigten sich von diesem Kompromiss nicht begeistert. Die SVP, die GLP, Economiesuisse und der Arbeitgeberverband beanstandeten die Vermischung des Finanz- und Gesundheitsdossiers und sprachen sich gegen sachfremde Verknüpfungen aus. Diese würden es den Bürgern verunmöglichen, sich frei für oder gegen die verschiedenen Elemente des Deals zu entscheiden. Eine «Verknüpfung sachfremder Themen grenzt an Nötigung des Stimmvolks», betonte Jürg Grossen (glp, BE). In den Medien und im Parlament war man sich zudem nicht sicher, ob eine solche Verknüpfung verfassungsrechtlich zulässig sei; verschiedene Parlamentarierinnen und Parlamentarier betonten, dass eine entsprechende Volksinitiative wohl wegen fehlender Einheit der Materie für ungültig erklärt werden würde. Die WAK-SR hatte diesbezüglich ein schriftliches Gutachten beim Bundesamt für Justiz (BJ) eingeholt, welches den Kompromiss für «vertretbar» hielt. Zwar gelte das Gebot der Einheit der Materie auch bei Gesetzesvorlagen, solle dort aber «nicht mit derselben Strenge gehandhabt werden [...] wie bei Teilrevisionen der Verfassung», erklärte das BJ. Das Gesetzgebungsverfahren sei strukturell einer Totalrevision, bei der die Einheit der Materie nicht relevant sei, näher als eine Volksinitiative. Dem Gesetzgeber stehe daher bei der Kompromissfindung ein vergleichsweise grosser Gestaltungsspielraum zu. Des Weiteren kritisierten Exponenten der SVP, FDP und des Gewerbeverbandes insbesondere die Finanzspritze an die AHV ohne Erhöhung des Frauenrentenalters. Es bedürfe dringend auch Massnahmen auf Leistungsseite, war mehrfach zu vernehmen, zumal die Linke aufgrund dieser Zusatzfinanzierung später womöglich nicht mehr für eine umfassende AHV-Reform gewonnen werden könne, da man ihr nichts mehr anzubieten habe. Der Arbeitgeberverband, einer der vehementesten Kritiker des Kompromisses, schlug daher vor, das Rentenalter der Männer auf 66, das der Frauen auf 65 Jahre zu erhöhen. Auch die Jungparteien der Grünen, der SVP, der FDP, der CVP und der BDP erklärten ihre Ablehnung des Vorschlags; die jungen Grünliberalen drohten sogar damit, allenfalls das Referendum zu ergreifen. Die Jungparteien kritisierten vor allem die starke Umverteilung von Jung zu Alt, durch welche die Jungen einmal mehr die ganze Last der Revision der Altersvorsorge tragen müssten. Das strukturelle Problem der AHV werde durch finanzielle Zuschüsse auf Kosten der Jungen überdeckt, aber nicht gelöst, erklärte zum Beispiel der Präsident der Jungfreisinnigen, Andri Silberschmidt.

Gemischt waren auch die Rückmeldungen von linker Seite: Die SP nannte den Vorschlag «akzeptabel». Der SGB sprach sich für den Kompromiss aus, TravailSuisse gab sich zwar erst kritisch, liess aber durchblicken, den Kompromiss wohl auch mitzutragen. SP-Präsident Christian Levrat betonte, dass dieser Vorschlag zum sozialen Ausgleich beitrage: Dadurch dass die Summe der Lohnbeiträge bis zu einem jährlichen Bruttolohn von CHF 130‘000 höher sei als die Summe der erhaltenen AHV-Renten, finanzierten 7 Prozent der Grossverdiener faktisch die AHV-Reform. Personen mit tiefen oder mittleren Löhnen würden also davon profitieren. Diese Argumentation überzeugte die Grünen, Teile der SP und verschiedene entwicklungspolitische NGOs jedoch nicht. Sie erklärten, die Vorlage nicht unterstützen zu wollen, da diese zu enormen Steuerausfällen führe, den internationalen Steuerwettbewerb weiter anheize und gegenüber ärmeren Staaten unfair sei. Zudem handle es sich bei dem AHV-Zuschuss nicht um eine Kompensation, wie viele Befürworter des Vorschlags loben würden, da einmal mehr die Arbeitnehmenden die entstehenden Kosten übernehmen müssten und nicht die Unternehmen.

Neben den Parteien und Verbänden äusserte auch ein Teil der Kantone Kritik am Kompromissvorschlag. Mit der Wiederaufnahme der zinsbereinigten Gewinnsteuer war die WAK-SR einer Forderung von Kanton und Stadt Zürich nachgekommen. «Wir mussten Zürich, dem Wirtschaftsmotor der Schweiz, in diesem Punkt entgegenkommen», erklärte Christian Levrat. Da das Instrument stark umstritten ist, sah man es aber nur für Hochsteuerkantone vor, obwohl es elf weitere Kantone ebenfalls gerne angewendet hätten. Diese Regelung verstosse gegen das Gebot der Gleichbehandlung und verhindere einen fairen Steuerwettbewerb, befand Cornelia Stamm Hurter (SH, svp), Finanzdirektorin des Kantons Schaffhausen – der zu eben diesen elf Kantonen gehört. Auch Hannes Germann (svp, SH) kritisierte die Lex Zürich und nannte sie einen «Sündenfall». Finanzminister Maurer hingegen verteidigte den Vorschlag der WAK-SR: «Es macht keinen Sinn, die beste Kuh nicht zu füttern – würde ich jetzt als alter Bauer sagen». Der Steuerabzug könne aber nicht für alle Kantone eingeführt werden, weil der Widerstand dagegen zu gross sei. WAK-SR-Präsident Pirmin Bischof ergänzte, dass auch andere Kantone den Abzug für Eigenfinanzierung einführen könnten; sie müssten dazu einfach ihre Gewinnsteuern erhöhen.

Trotz kritischer Stimmen aus dem ganzen politischen Spektrum blieben Referendumsdrohungen und Fundamentalopposition gegen den Kompromissvorschlag mehrheitlich aus. Selbst der Arbeitgeberverband wollte sich als einer der stärksten Kritiker des Vorschlags nicht festlegen, ob er bei Annahme der Vorlage durch das Parlament wirklich das Referendum ergreifen würde. Die zurückhaltenden Reaktionen der meisten Akteure würden verdeutlichen, dass sich alle bewusst seien, dass sehr viel auf dem Spiel stehe, war die einhellige Meinung in den Medien. Schliesslich habe die Vorlage wegen des grossen Zeitdrucks gute Erfolgsaussichten: Das «Parlament hat gar keine Gelegenheit, den Deal zu zerreden», erklärte die «Schweiz am Wochenende».

Im November 2016 legte der Bundesrat eine Botschaft zum Bundesgesetz über die steuerliche Behandlung finanzieller Sanktionen vor, welche die Motion Luginbühl (bdp, BE) umsetzte. Der Motionär hatte verlangt, dass Bussen mit Strafzweck steuerlich nicht abziehbar, also nicht zum geschäftsmässig begründeten Aufwand gehören sollten. Der Bundesrat ergänzte diese Regelung in seiner Botschaft um die Nichtabzugsfähigkeit von Bestechungszahlungen an Private – eine solche Regelung für Zahlungen an Amtsträger war bereits in Kraft – sowie um Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten oder um Gegenleistungen für die Begehung von Straftaten, sofern diese Zahlungen nach schweizerischem Recht strafbar sind. Bezüglich letzteren Straftaten erwähnte der Bundesrat in der Botschaft zum Beispiel Terrorismusfinanzierung oder die Miete von für strafbare Tätigkeiten verwendeten Räumen. Diese Aspekte waren bisher nicht ausdrücklich geregelt gewesen. Gewinnabschöpfende Sanktionen ohne Strafzweck sollten auch weiterhin abzugsfähig bleiben.

In der Frühjahrssession 2018 behandelte der Ständerat die Vorlage als Erstrat. Dabei schlug die WAK-SR mit einem Änderungsantrag vor, die vom Bundesrat vorgeschlagene Regelung abzuschwächen: Vom Ausland verhängte Bussen sollen weiterhin steuerlich abzugsfähig bleiben. Gegen diese „Subventionierungsvorlage für kriminelle Unternehmen“, wie es Christian Levrat (sp, FR) nannte, wehrte sich eine Kommissionsminderheit heftig. Levrat kritisierte, dass die Vorlage ursprünglich zum Ziel hatte, Rechtssicherheit zu schaffen und die Abzugsfähigkeit von Bussen zu unterbinden. Da das Bundesgericht in der Zwischenzeit in einem Urteil die Forderungen des Motionärs bestätigt hatte (2C_916/2014, 2C_917/2014), sei die Vorlage eigentlich gar nicht mehr nötig. Die WAK-SR bediene sich dieser jetzt aber, um das Gegenteil zu erreichen, nämlich eine Abschwächung des geltenden Rechts. Es könne nicht sein, dass der Bund zum Beispiel einen Fünftel der US-Bussen gegen die Schweizer Banken übernehmen müsse. Auch der Motionär liess kein gutes Haar am Antrag der Kommissionsmehrheit, der „die Zielrichtung des ursprünglichen Auftrages“ untergrabe. Dadurch würden Unternehmen geradezu eingeladen, Gesetze zu brechen, was im Extremfall als Wettbewerbsnachteil für gesetzestreue Unternehmen verstanden werden könne.
Ruedi Noser (fdp, ZH) bezeichnete die Argumentation der Minderheit als populistisch. Man dürfe nicht nur die internationalen Grosskonzerne vor Augen haben, sondern müsse auch an die KMU denken, die durch eine solche Busse Konkurs gehen können. In der Schweiz gelte das Prinzip der Besteuerung nach Leistungsfähigkeit. Wenn ein Unternehmen also kein Geld mehr habe, könne es auch nicht besteuert werden. Das sei nur fair, zumal der Fiskus auch auf illegal entstandenen Gewinnen Steuern erhebe. Zudem komme es bei den „täglichen Arbeiten des Unternehmers“ im Ausland zu unrechtmässigen oder unverhältnismässigen Bussen, daher müsse man jeweils die Umstände der Bussen mitberücksichtigen. In der Folge entbrannten heftige Diskussionen um die Frage, inwiefern der Ordre-public-Vorbehalt – gemäss welchem Bestimmungen ausländischen Rechts nicht angewendet werden können, wenn das Ergebnis gegen das Rechtsgefühl des schweizerischen Rechts verstösst – die Unternehmen bei Annahme der Vorlage vor unrechtmässigen oder unverhältnismässigen Bussen schützen würde.
Finanzminister Maurer fasste die Situation des Ständerates zusammen: Entweder man akzeptiere, dass möglicherweise unrechtmässige Bussen nicht abgezogen werden könnten oder dass Bussen mit strafrechtlichem Hintergrund weiter abzugsfähig seien. Anfänglich seien jedoch in der Kommissionsberatung während sechs Stunden acht weitere Varianten diskutiert worden, die Kommissionsmehrheit habe sich aber am Schluss für die „Alles-oder-nichts“-Variante, wie es Roberto Zanetti (sp, SO) bezeichnete, entschieden. Mehrfach äusserten die Ständerätinnen und Ständeräte jedoch die Hoffnung, die Schwesterkommission könne allenfalls später eine bessere Lösung präsentieren.
Nach ausführlicher Debatte wurde Eintreten ohne Gegenantrag beschlossen. Da die Detailberatung bereits im Rahmen der Eintretensdebatte vorweggenommen worden war, ging der Rat gleich zu den Detailabstimmungen über. Umstritten waren dabei nur die Abzugsmöglichkeiten für Bussen aus dem Ausland, wobei sich die Minderheit mit 28 zu 12 Stimmen bei einer Enthaltung durchsetzte. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat den bundesrätlichen Vorschlag mit 30 zu 6 Stimmen bei fünf Enthaltungen an; Bussen aus dem Ausland sollen folglich genauso wenig abzugsfähig sein wie Bussen aus der Schweiz.

Noch bevor sich die Räte ein zweites Mal mit dem Bundesgesetz über die Unternehmenssteuerreform III (USR III) auseinandersetzen konnten, ereignete sich Wegweisendes: Die Wirtschaftskommission des Ständerats (WAK-SR) präsentierte im April 2016 einen Kompromissvorschlag. Dieser sah im Kern eine USR III mit der vom Nationalrat unterstützen zinsbereinigten Gewinnsteuer, den vom Ständerat propagierten Kantonsanteilen an der direkten Bundessteuer von 21,2% und einer Teilbesteuerung der Dividenden von mindestens 60% vor. Die Steuererleichterungen für Schifffahrtsunternehmen (Tonnage-Tax), die der Nationalrat in die Vorlage aufgenommen hatte, wollte die WAK-SR indes ausklammern und zu einem späteren Zeitpunkt separat weiterverfolgen. Da bei der Frage der Teilbesteuerung von Dividenden - beide Räte hatten sich für die Beibehaltung des geltenden Rechts ausgesprochen - keine Differenz bestand, musste, bevor der Kompromissvorschlag in den Ständerat geschickt werden konnte, die Wirtschaftskommission des Nationalrats (WAK-NR) in diesem Punkt einen Rückkommensantrag gutheissen. Dies tat sie aber nicht. Mit 15 zu 10 Stimmen sprach sie sich gegen eine Harmonisierung bei der Teilbesteuerung von Dividenden aus. Die USR III solle den Kantonen, so die WAK-NR, möglichst offen lassen, wie sie auf die Abschaffung der kantonalen Steuerstati reagieren möchten. Die WAK-SR zeigte sich enttäuscht über die fehlende Kompromissbereitschaft. Ständerat Zanetti (sp, SO) sprach im Namen der Kommission gar von einem Affront. Fortan waren die Beratungen von taktischen Entscheidungen und verhärteten Fronten geprägt. So lehnte der Ständerat die Einführung der zinsbereinigten Gewinnsteuer auf überdurchschnittlich hohem Eigenkapital mit 26 zu 19 Stimmen ab. Die Tonnage-Tax klammerte er mit 31 zu 14 Stimmen aus der USR III aus und überführte sie in eine eigene Vorlage, die er zur weiteren Prüfung an den Bundesrat zurückwies. Bei den Kantonsanteilen an der direkten Bundessteuer hielt der Ständerat mit 29 zu 13 Stimmen an der Differenz fest. Kurze Zeit später tat dies auch der Nationalrat, der sich überdies erneut mit 129 zu 56 Stimmen bei 3 Enthaltungen für die zinsbereinigte Gewinnsteuer aussprach. Dafür folgte die grosse Kammer dem Ständerat bei der Tonnage-Tax, die damit definitiv nicht mehr Teil der Vorlage war, und lenkte überdies bei der Inputförderung ein, indem sie die maximalen Abzüge für Forschung und Entwicklung auf 150% der tatsächlichen Kosten beschränkte. Ein Antrag einer Minderheit Jans (sp, BS), die auf die Teilbesteuerung von Dividenden zurückkommen wollte, wurde mit 54 zu 127 Stimmen abgelehnt. In der dritten Beratungsrunde gipfelten die strategischen Ränkespiele in einem Vorschlag der ständerätlichen Wirtschaftskommission, Kantonen, die Dividenden zu mindestens 60% besteuern, die Einführung einer zinsbereinigten Gewinnsteuer zu erlauben. Der Antrag der WAK-SR sorgte dann auch für heftige Reaktionen. Ruedi Noser (fdp, ZH), der gegen eine Anpassung der Dividenbesteuerung war, sah den Anstand in Bezug auf den Umgang der Kommissionen geritzt, da man den abgewiesenen Rückkommensantrag so einfach umgehe. Christian Levrat (sp, FR), der gegen die Einführung einer zinsbereinigten Gewinnsteuer Stellung bezogen hatte, sprach seinerseits von einem Verstoss gegen das Parlamentsgesetz. Am Ende war die WAK-SR dann doch erfolgreich. Ihr Antrag wurde mit 22 zu 20 Stimmen bei 2 Enthaltungen angenommen. Und auch im Nationalrat vermochte das Gewinnsteuer-Teilbesteuerungs-Paket zu überzeugen und wurde mit 122 zu 64 Stimmen bei 4 Enthaltungen angenommen. Die SP und die Grünen hatten es geschlossen abgelehnt. Zudem hatten sich 11 Vertreter der SVP dagegen ausgesprochen. Auch bei den Kantonsanteilen an der direkten Bundessteuer kam der Nationalrat dem Ständerat entgegen und stimmte einer Erhöhung auf 21,2% mit 140 zu 49 Stimmen bei einer Enthaltung zu. Damit waren alle Differenzen bereinigt und die Vorlage bereit für die Schlussabstimmung.