Mitte Oktober beschloss der Zentralvorstand der SVP für alle drei Vorlagen vom 28. November die Ja-Parole. Der Entscheid zur NFA fiel mit 35:22 Stimmen bei 3 Enthaltungen. Damit stellte sich der Zentralvorstand gegen die Kantonalparteien von Zürich und Zug, die bereits die Nein-Parole herausgegeben hatten. Die neue Finanzordnung wurde mit 40:11 Stimmen, die Vorlage zur Stammzellenforschung mit 38:4 Stimmen angenommen. Mit 217:44 Stimmen verabschiedeten die Delegierten in Schaffhausen ein ursprünglich für einen Sonderparteitag im Sommer traktandiertes Thesenpapier zur Armee, das gemäss dem parteiinternen Kritiker Hermann Weyeneth (BE) nicht nur die Volksentscheide von 2001 (bewaffnete Auslandeinsätze) und 2003 (Armeereform) missachtet, sondern auch der vom Bundesrat bekräftigten weiteren Umsetzung der Armee XXI diametral entgegensteht. Weyeneth forderte vergeblich die Rückweisung des Papiers und eine Vernehmlassung bei den Kantonalparteien.