In der Wintersession 2020 befasste sich der Ständerat mit dem Bundesgesetz über elektronische Verfahren im Steuerbereich und machte dabei seinem Namen als Kantonskammer alle Ehre. So korrigierte die kleine Kammer verschiedene vom Nationalrat eingefügte Änderungen entsprechend den Wünschen verschiedener Kantone.
Erstens folgte der Rat seiner FK-SR bezüglich der Möglichkeit des Bundesrates, die elektronische Durchführung von Verfahren auf Bundesebene vorschreiben zu können. Der Nationalrat hatte diese Verpflichtungsmöglichkeit gestrichen, der Ständerat kehrte jedoch zur bundesrätlichen Version zurück. Einerseits gehe es hier nicht in erster Linie um Privatpersonen, die mit der elektronischen Durchführung überfordert wären, sondern um professionelle Personengruppen, die «eigentlich über das benötigte Know-how und die Infrastruktur verfügen müssten», betonte Erich Ettlin (cvp, OW) für die Kommission. Andererseits werde der Bundesrat diese Regelung nicht sofort einführen, sondern «wenn die Zeit dafür reif ist». Als zweite Differenz zum Erstrat entschied die kleine Kammer auf Bitte der Finanzdirektorenkonferenz, den Kantonen nur die Möglichkeit zur vollständigen elektronischen Eingabe zu geben, sie aber nicht dazu zu verpflichten. Bereits heute nützten nur zwei Kantone noch kein elektronisches Verfahren, diese würden aber ebenfalls in Kürze nachziehen, erklärte der Kommissionssprecher. Drittens entschied sich der Ständerat gegen die Formulierung des Nationalrats zur Vereinheitlichung von Formularen und Datenformaten bei den Steuererklärungen – die Kantone hätten sich an der entsprechenden Formulierung gestört, erklärte Ettlin. Stattdessen nahm der Rat einen Kompromissvorschlag beruhend auf dem Vorschlag der Kantone an und fügte dabei auch einen Passus ein, wonach die Datenformate in Zusammenarbeit zwischen Bundesrat und Kantonen festgelegt würden. Stillschweigend folgte der Ständerat dem Bundesrat sowie dem Nationalrat bei der Frage der Verwendung der AHV-Nummer; im Nationalrat hatte diese Frage zuvor noch für einige Diskussionen gesorgt. Einstimmig nahm der Ständerat den Entwurf in der Folge an.

Erich Ettlin (cvp, OW) störte sich im Dezember 2019 daran, dass Rückzahlungen der Verrechnungssteuer heute jeweils derjenigen von zwei «verbundenen, vom gleichen Aktionärskreis beherrschten Gesellschaften» zurückbezahlt werden, welche einen geldwerten Vorteil erhalten hatte. Erbringt etwa eine Gesellschaft ihrer Schwestergesellschaft eine Leistung zu einem Preis, der unter dem Marktpreis liegt, korrigiert die ESTV diesen Preis nach oben. Auf den Betrag dieser Korrektur muss in der Folge ebenfalls Verrechnungssteuer bezahlt werden. Heute erhält diejenige Gesellschaft die Rückerstattung der Verrechnungssteuer, welche durch die Leistung begünstigt wurde – in diesem Beispiel also die Gesellschaft, welche zuvor einen zu geringen Preis erhalten hatte. Dieses Vorgehen folgt dem sogenannten Prinzip der Direktbegünstigungstheorie. In der internationalen Praxis, genauso wie im DBG, werde hingegen die sogenannte Dreieckstheorie angewendet, kritisierte Ettlin. Bei dieser wird die «Leistung dem Aktionär zugerechnet», somit könnte auch die andere Gesellschaft die Rückerstattung geltend machen. Die heutige Schweizer Praxis im Verrechnungssteuergesetz führe nun dazu, dass der Schweizer Investitionsstandort international weniger attraktiv sei. Entsprechend verlangte der Motionär zukünftig eine «ausnahmslose» Anwendung der Dreieckstheorie.
Der Bundesrat lehnte einen solchen Systemwechsel insbesondere aufgrund von erwarteten Einnahmeausfällen in unbekannter Höhe ab. So bleibe dank der aktuellen Praxis ein Teil der Verrechnungssteuer auch bei Leistungen «an eine ausländische Schwestergesellschaft» in der Schweiz. Zudem erhöhe die aktuelle Regelung den Anreiz, «konzerninterne Preise zu Marktkonditionen festzusetzen», zumal eine Gesellschaft bei Korrektur der Preise durch die ESTV nicht die gesamte Verrechnungssteuer zurückerhält. Damit könnten Steuervermeidungspraktiken gedämpft werden – eine Änderung würde somit zusätzliche Mindereinnahmen bei den direkten Steuern mit sich bringen. In der Sommersession 2020 folgte der Ständerat stillschweigend einem Ordnungsntrag Wicki (fdp, NW): Aufgrund der Komplexität des Themas wird die Motion folglich in der Kommission vorberaten.

In der Wintersession 2019 behandelte der Ständerat als Erstrat den Voranschlag 2020. Hannes Germann (svp, SH) stellte die Vorlage im Namen der Kommission vor. Er bezeichnete die Budgetsituation als positiv, zumal trotz STAF und allgemein starkem Ausgabenwachstum dank der Dynamik bei der direkten Bundessteuer und den Verrechnungssteuern ein Überschuss erwartet werde. Er verwies auf die Nachmeldung des Bundesrates vom 27. September 2019, in der dieser eine Nachzahlung von Genossenschaftsbeiträgen an die Nationale Genossenschaft für die Lagerung radioaktiver Abfälle in der Höhe von CHF 158 Mio. beantragt hatte. Nach einem Überblick stellte er die Mehrheitsanträge der FK-SR kurz vor, die gegenüber der Bundesratsvorlage Mehrausgaben von CHF 122.3 Mio. mit sich bringen würden. In der Folge diskutierte der Ständerat ausschliesslich über diese Kommissionsanträge.
Die Erhöhung der Unterstützung von Organisationen im Bereich der ausserschulischen Kinder- und Jugendförderung um CHF 4 Mio. auf CHF 14 Mio. lehnte Bundesrat Maurer als Bagatellsubvention ab; die Gewährung solcher sei aber nicht Aufgabe des Bundes, erklärte er. Peter Hegglin (cvp, ZG) betonte hingegen, dass sich der Bund seit Inkrafttreten des Kinder- und Jugendförderungsgesetzes im Jahr 2013 jährlich mit CHF 10 Mio. an diesen Organisationen beteilige. Da sich die Zahl der Anspruchsgruppen seither stetig vergrössert habe, die Beträge des Bundes jedoch gleich geblieben seien, seien die Beiträge an die einzelnen Organisationen um fast 40 Prozent gesunken. Mit 27 zu 13 Stimmen folgte die kleine Kammer der Kommission in diesem Punkt.
Diskussionen gab es ansonsten nur noch bezüglich der Bildungsausgaben. Hier beabsichtigte die Kommissionsmehrheit eine Erhöhung des Finanzierungsbeitrags an die ETH (+CHF 30 Mio.), der Beiträge für die berufliche Bildung (+CHF 15 Mio.), der Grundbeiträge an die Universitäten (+CHF 20 Mio.) und die Fachhochschulen (+CHF 15 Mio.), der Ausbildungsbeiträge (+CHF 764'100), der Finanzhilfen für WeBiG (+CHF 200'300), der Beiträge für die Institutionen der Forschungsförderung (+CHF 15 Mio.) sowie der Forschungseinrichtungen von nationaler Bedeutung (+CHF 3.1 Mio.). Damit nehme man wie bereits im Voranschlag 2019 Bezug auf die BFI-Botschaft 2017-2020, wobei die darin beschlossenen Ausgaben später um 3 Prozent reduziert worden waren, um die Kostenbremse einhalten zu können, erklärte Erich Ettlin (cvp, OW) für die Kommission. Da es die Finanzlage des Jahres 2020 erlaube, wolle man hier zu den ursprünglichen Beträgen zurückkehren, nicht aber in den Finanzplanjahren, dort müsse man dies in den jeweiligen Voranschlägen neu diskutieren. Eine Minderheit Hefti (fdp, GL) beantragte, dem Bundesrat zu folgen und auf die Erhöhungen zu verzichten. Der Bund schenke dem Bildungsbereich – richtigerweise – bereits genügend Aufmerksamkeit, die entsprechenden Ausgaben würden von CHF 7.7 Mrd. (2018) auf voraussichtlich CHF 8.6 Mrd. (2023) ansteigen, argumentierte Hefti. Weitere, «giesskannenartige» Erhöhungen sollten nicht zum Gewohnheitsrecht werden. Auch Finanzminister Maurer lehnte die Erhöhung ab. Man habe damals die nicht eingetretene Teuerung überall herausgerechnet, wie es das Parlament später im Rahmen der Motion Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) bestätigt habe, einzig den Bildungsbereich nehme das Parlament immer wieder von dieser Änderung aus. Dennoch sprach sich der Ständerat deutlich für die verschiedenen Erhöhungen aus.
Den übrigen Anträgen der Kommission folgte der Rat ohne grössere Diskussionen: Für die finanzielle Unterstützung von Selbsthilfeprojekten bezüglich der Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen beantragte die Kommission eine Budgeterhöhung von CHF 150'000 auf CHF 2 Mio. sowie eine Fortsetzung in den Finanzplanjahren. Da im Parlament noch verschiedene Vorstösse für eine Fristverlängerung zur Gesuchseinreichung für die Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen hängig seien und der Bundesrat Empfehlungen einer unabhängigen Expertenkommission «Administrative Versorgung» prüfe, solle dieser Betrag als Spielraum für solche Projekte geschaffen werden, erklärte Christian Levrat (sp, FR) für die Kommission. Mit 27 zu 13 Stimmen sprach sich der Ständerat für diese Erhöhung aus. Im Sportbereich erhöhte er einstimmig die Kredite für Sportverbände und andere Organisationen (+CHF 10 Mio.), für nationale Sportanlagen (+CHF 5 Mio.) und für Wertberichtigungen im Transferbereich (+CHF 5 Mio.) in Voranschlag und Finanzplan, um den «Zeitraum bis zum frühestens für 2022 vorgesehenen Inkrafttreten des nächsten Nationalen Sportanlagenkonzepts zu überbrücken», wie Hannes Germann zuvor für die Kommission erklärt hatte. Den Kredit für Schweiz Tourismus erhöhte der Rat zur Umsetzung des vom Parlament gefassten Beschlusses zur Wirtschaftsförderung um CHF 2.375 Mio. Einstimmig nahm der Ständerat in der Folge den Bundesbeschluss Ia über den Voranschlag für das Jahr 2020 an.
Einen Änderungsantrag stellte die Kommission noch für den Bundesbeschluss Ib über die Planungsgrössen im Voranschlag für das Jahr 2020: Hier beabsichtigte sie, die Aufstockung bei den Institutionen der Forschungsförderung dem Schweizerischen Nationalfonds zukommen zu lassen, während die Minderheit Hefti diese Vorschrift genauso ablehnte wie die Erhöhung selbst. Einstimmig nahm der Ständerat die Änderung an. Der Bundesbeschluss II über den Finanzplan für die Jahre 2021-2023 bedarf keiner Gesamtabstimmung, hingegen stimmte der Ständerat dem Bundesbeschluss III über die Entnahmen aus dem Bahninfrastrukturfonds für das Jahr 2020 sowie dem Bundesbeschluss IV über die Entnahmen aus dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds für das Jahr 2020 einstimmig zu.