In der Herbstsession 2020 behandelte der Nationalrat das Bundesgesetz über elektronische Verfahren im Steuerbereich. Die SGK-NR hatte in ihrer Vorberatung zwei weitreichende Änderungen der Vorlage vorgenommen: Hatte der Bundesrat die elektronische Durchführung von Steuerverfahren unter anderem bei der direkten Bundessteuer noch als Möglichkeit formuliert, wollte die Kommission die Kantone zur Einführung einer solchen Möglichkeit verpflichten. Dies stellte denn auch den Grund für den Nichteintretensantrag Amaudruz (svp, GE) dar: Es sei nicht richtig, Digitalisierung zu erzwingen; die Steuerzahlenden sowie die Kantone müssten die Wahlfreiheit haben, betonte die Minderheitensprecherin. Bundesrat Maurer warb für die bundesrätliche Kann-Formulierung: Der Bundesrat nehme regelmässig an der Finanzdirektorenkonferenz statt und tausche sich mit der Konferenz der kantonalen Steuerdirektoren aus, er werde also die Kantone nicht gegen ihren Willen zu der entsprechenden Umsetzung verpflichten. Sowohl in der Eintretensabstimmung (148 zu 45 Stimmen) als auch in der Detailabstimmung (139 zu 54 Stimmen) stellte sich der Rat gegen die SVP-Fraktion und hinter die Formulierung der Kommission.
Während der bundesrätliche Vorschlag der Kommission in diesem ersten Punkt nicht weit genug ging, ging er ihr in einem weiteren Punkt hingegen zu weit, nämlich in der Frage, ob der Bundesrat die elektronische Durchführung von Verfahren, die in seiner Zuständigkeit liegen – also bei der Mehrwertsteuer, der Stempelabgabe, beim AIA, der Amtshilfe und der Verrechnungssteuer –, vorschreiben können solle. Diese Kompetenz wollte die Kommission aus der Vorlage streichen, was bei einer Minderheit Rytz (gp, BE) auf Widerstand stiess. Man solle hier nicht die Möglichkeit schaffen, dass sich einzelne Unternehmen der elektronischen Durchführung entziehen könnten, argumentierte Rytz. Der Finanzminister verteidigte die Möglichkeit des Bundesrates, die Unternehmen zur Umstellung verpflichten zu können, da sonst in zwei, drei Jahren eine solche Formulierung neu ins Gesetz eingefügt werden müsste, wenn eine solche Verpflichtung dann doch erwünscht sein sollte. Wiederum folgte der Rat dem Vorschlag der Kommissionsmehrheit und lehnte den Minderheitsantrag Rytz mit 111 zu 81 Stimmen (bei 1 Enthaltung) ab. Den Minderheitsantrag unterstützten SP, Grüne und Grünliberale.
Überdies lagen zwei weitere Minderheitsanträge vor: Eine weitere Minderheit Amaudruz forderte den Verzicht auf einheitliche Formulare, welche die Kommission wieder hinzugefügt hatte, nachdem sie der Bundesrat nach der Vernehmlassung gestrichen hatte. Mit 139 zu 53 Stimmen fand auch dieser Vorschlag ausserhalb der Reihen der SVP-Fraktion keine Zustimmung. Des Weiteren forderte eine Minderheit Aeschi (svp, ZG) den Verzicht auf die systematische Nutzung der AHV-Nummern durch die ESTV, welche neu erlaubt werden sollte. Die Gefahr des Datendiebstahls sei zu hoch, wenn die AHV-Nummer überall verwendet werde, betonte er. Finanzminister Maurer konterte hingegen, dass es gerade bei Rentenauszahlungen am sichersten sei, wenn die ESTV dieselbe Identifikationsnummer verwende wie die AHV-Ausgleichskassen. «Denken Sie an die hundert Hans Müller», forderte er. Wiederum folgte der Rat mit 139 zu 53 Stimmen der Kommissionsmehrheit. Abschliessend stimmte der Nationalrat der geänderten Vorlage mit 148 zu 45 Stimmen zu, abgelehnt wurde sie von einer Mehrheit der SVP-Fraktion.

Im Mai 2018 behandelte der Nationalrat die Revision des Verrechnungssteuergesetzes als Erstrat. Für die WAK-NR erörterte Leo Müller (cvp, LU) insbesondere die Änderungen – respektive die unterlassenen Änderungen – in der vom Bundesrat vorgeschlagenen Version im Vergleich zur Vernehmlassungsversion: Der Bundesrat habe zwei Nebenpunkte ergänzt, ein Meldeverfahren für Naturalgewinne, die der Verrechnungssteuer unterliegen, sowie die Aufhebung von obsoleten Bestimmungen zu den Arbeitsbeschaffungsreserven. Nicht aufgenommen habe er hingegen die in der Vernehmlassung vielfach geforderte Möglichkeit, die Nachdeklaration zu einem späteren Zeitpunkt als vor Einsprachefrist für die Einkommenssteuerveranlagung vorzunehmen, sowie eine grosszügigere Ausgestaltung der Übergangsregelung. Folglich beantragte die Kommission mehrheitlich, die Frist auf die Dauer des Veranlagungs-, Revisions- oder Nachsteuerverfahrens auszudehnen sowie rückwirkend auf alle seit dem 1. Januar 2014 abgehandelten, noch nicht rechtskräftig abgeschlossenen Fälle zu beziehen. Schliesslich solle die Gesetzesänderung nicht wie vom Bundesrat gewünscht auf den 1. Januar 2020, sondern – sofern bis zum 31. Januar 2019 kein Referendum zustande kommt – rückwirkend auf den 1. Januar 2019 in Kraft treten. Für die linke Ratshälfte erinnerten Ada Marra (sp, VD) und Regula Rytz (gp, BE) daran, dass nicht klar sei, wer von dieser Revision betroffen sei und welche finanziellen Auswirkungen sie mit sich bringen würde. Ursprünglich habe die Verrechnungssteuer einen Ansporn sowie eine Garantie für die Ehrlichkeit der Steuerzahler dargestellt, dieser Sicherungszweck sei durch weitere Lockerungen des Gesetzes jedoch gefährdet. Finanzminister Maurer kritisierte insbesondere die Rückwirkungsklausel, die aus Sicht des Bundesrates nicht mit der Bundesverfassung konform sei. Zudem sei die Formulierung unklar: Sei das Übergangsrecht nur auf Fälle anzuwenden, die noch nicht rechtskräftig sind, oder wären auch bereits rechtskräftige Fälle betroffen? Bezüglich Letzterem musste auch Leo Müller eingestehen, dass dies in der Kommission zu wenig klar ausdiskutiert worden sei. Er verwies jedoch auf den Ständerat, der diese Frage nach Annahme der Regelung im Erstrat noch klären könne.
Die grosse Kammer beantragte Eintreten ohne Gegenantrag. In der Detailberatung waren die Fronten klar: Mit 131 zu 54 Stimmen verlängerte der Nationalrat die Frist für Nachdeklarationen, mit 129 zu 52 Stimmen hiess er die Rückwirkungsklausel trotz Unklarheiten gut und mit 129 zu 48 Stimmen sprach er sich für eine frühere, ebenfalls rückwirkende Inkraftsetzung auf Anfang 2019 aus. Erfolglos wehrten sich die SP- und die Grünen-Fraktion sowie der Genfer FDP-Nationalrat Benoît Genecand (fdp, GE) gegen die drei Anträge. Genecand enthielt sich in der Gesamtabstimmung der Stimme, so dass die Vorlage mit 134 zu 48 Stimmen bei 1 Enthaltung dem Zweitrat übergeben wurde.