Der Bundesrat hatte dem Parament im Juni 2008 eine Botschaft zur Reform des Mehrwertsteuergesetzes vorgelegt. Diese Vorlage enthält zwei Teile: Teil A beinhaltet den Entwurf eines totalrevidierten Mehrwertsteuergesetzes, das zahlreiche Vereinfachungen vorsieht und generell anwendungsorientierter ist. Mit über 50 Einzelmassnahmen sollen die Unternehmen administrativ entlastet werden, die geltenden Steuertarife werden jedoch beibehalten. Hier setzt Teil B der Reform an, der alle Änderungsvorschläge des ersten Teils enthält, jedoch darüber hinaus einen einheitlichen Mehrwertsteuersatz von 6,1% vorschlägt und weiter möglichst viele Ausnahmen abschaffen will. Der Bundesrat strebte die Umsetzung sowohl der in Teil A als auch der in Teil B enthaltenen Reformen an.

Die vorberatende Kommission des Nationalrates beschloss zuerst nur Eintreten auf den Teil A der Reform und vertagte den Eintretensentscheid zu Teil B. Sie wollte damit eine möglichst rasche Beschlussfassung bezüglich des Teils A gewährleisten. Der Nationalrat hatte in der Folge über Eintreten auf Teil A der Vorlage zu befinden. Es lagen zwei Anträge auf Rückweisung vor. Ein erster wollte den Bundesrat beauftragen nur eine Teilrevision zu präsentieren und wurde von der SP, nicht aber von der grünen Fraktion unterstützt. Er scheiterte im Parlament deutlich. Auch ein zweiter Rückweisungsantrag von Nationalrat Zisyadis (al, VD), der eine komplette Neugestaltung der Mehrwertsteuer verlangt hatte, wurde klar abgelehnt.

In der Detailberatung des Nationalrates war der Sondersatz für Hotellerieleistungen umstritten. Der bundesrätliche Entwurf sah dessen Fortführung vor, die Ratslinke und die Grünen bekämpften diesen Sondersatz. Mit 109 zu 57 Stimmen setzte sich die bürgerliche Ratsmehrheit und Bundesrat Hans-Rudolf Merz durch. In der Frage des Verzichts auf die Befreiung von der Steuerpflicht, eine Regelung, die vor allem bei neugegründeten Firmen angewendet wird und diesen Anspruch auf den Vorsteuerabzug gibt, entschied der Rat nach Vorgabe seiner Kommissionsmehrheit, aber gegen den Bundesrat und die Ratslinke. Er setzte dabei insbesondere durch, dass der Verzicht rückwirkend auf bis zu drei zusammenhängende Steuerperioden ermöglicht werden soll. Die Kommission setzte sich mit ihrem Vorschlag auch bei der Erhöhung der unteren Umsatzgrenze für die Steuerpflicht von gemeinnützigen Institutionen, Sport- und Kulturverbänden von 100'000 auf 300'000 Fr. pro Jahr durch. Dieser Vorschlag wurde diskussionslos angenommen. Mehr zu reden gab die von der Kommission vorgeschlagene Verkürzung der Verjährungsfrist, also jener Frist, innerhalb derer die Steuerverwaltung eine Steuerforderung stellen kann. Die Kommission hatte entgegen dem Entwurf des Bundesrates eine Verkürzung dieser Frist von fünf auf drei Jahre gefordert. Eine links-grüne Minderheit sowie Bundesrat Merz argumentierten, dass eine solche Verkürzung nicht nur zu Steuerausfällen sondern auch zu administrativem Mehraufwand führen werde. Dennoch setzte sich die Kommissionsmehrheit, wenn auch relativ knapp, mit 81 zu 72 Stimmen durch. Eine vorwiegend aus SVP-Vertretern zusammengesetzte Minderheit wollte den Entwurf dahingehend ändern, für Mehrwertsteuerberater, Steuerexperten oder Treuhändler eine Art Berufsgeheimnis einzuführen und sie somit nicht der Auskunfts- und Offenlegungspflicht zu unterstellen. Dieser Antrag setzte sich gegen die Kommissionsmehrheit knapp mit 87 zu 86 Stimmen durch, dafür hatte neben der SVP- auch die FDP-Fraktion gestimmt. Die Vorlage wurde in der Gesamtabstimmung mit 110 zu 59 Stimmen angenommen, die Ratslinke hatte geschlossen dagegen, die bürgerlichen Fraktionen ebenso geschlossen dafür votiert.

Im Ständerat war die vom Nationalrat vorgenommene Erhöhung der Umsatzgrenze für die Steuerpflicht von gemeinnützigen Institutionen, Sport- und Kulturverbänden ein erster wichtiger Diskussionspunkt. Die Kommission schlug vor, dem bundesrätlichen Entwurf zu folgen und die Grenze auf 100'000 Fr. zu senken. Felix Gutzwiller (fdp, ZH) argumentierte für eine Beibehaltung der aktuell gültigen Grenze von 150'000 Fr. Der Rat entschied nur mit Stichentscheid seines Präsidenten Berset (sp, FR) mit 23 zu 22 für den Kommissionsvorschlag und damit in Abweichung der Fassung des Nationalrates. Auch im Unterschied zum Nationalrat hielt die kleine Kammer an der vom Bundesrat vorgeschlagenen fünfjährigen Verjährungsfrist fest und wollte diese nicht auf drei Jahre reduzieren. Weiter setzte der Ständerat geänderte Bestimmungen zum Strafrecht der Mehrwertsteuer durch und strich das vom Nationalrat neu eingeführte Auskunftsverweigerungsrecht für Steuerberater wieder. Dies vor allem weil die Berufsbezeichnung Steuerberater nicht geschützt ist und somit die Umsetzung dieses Artikels unklar bleiben würde. Unbestritten war im Ständerat auch die Fortführung des Sondersatzes der Mehrwertsteuer auf Hotellerieleistungen. In der Gesamtabstimmung wurde das Gesetz einstimmig bei 4 Enthaltungen angenommen.

Im Differenzbereinigungsverfahren passierte im Nationalrat ein von der WAK-NR ausgearbeiteter Kompromiss, die Umsatzlimite von Sport- und Kulturvereinen sowie von gemeinnützigen Organisationen auf dem bereits im bestehenden alten Gesetz festgeschriebenen Betrag von 150'000 Fr. zu belassen. Sonst schloss er sich weitgehend den Beschlüssen des Ständerates an. Der Ständerat übernahm die vom Nationalrat bereinigte Version des Gesetzes ohne Debatte. In der Schlussabstimmung wurde das Gesetz im Ständerat einstimmig, im Nationalrat mit 4 Gegenstimmen gutgeheissen.

Im Berichtsjahr stimmten die Räte insgesamt elf Motionen zur Vereinfachung der Mehrwertsteuer und zur Vereinheitlichung der Steuersätze zu: Der Nationalrat überwies zwei von der kleinen Kammer im Vorjahr gebilligte Vorstösse der WAK-SR (Mo. 05.3465 und Mo. 05.3466), je zwei Motionen der Fraktionen der CVP (Mo. 05.3798 und Mo. 05.3800), der SVP (Mo. 05.3147 und Mo. 05.3302) und von Philipp Müller (fdp, AG) (Mo. 06.3261 und Mo. 06.3262) sowie je eine Motion Schlüer (svp, ZH) (Mo. 04.3338) und Triponez (fdp, BE) (Mo. 03.3622), der Ständerat eine Motion Frick (cvp, SZ) (Mo. 05.3813); ebenfalls überwiesen wurde ein Postulat Gutzwiller (fdp, ZH) (Po. 06.3376) zur Mehrwertsteuerproblematik bei Subventionen. Die Vorstösse forderten u.a. eine Befristung der Ausnahmen von der Mehrwertsteuer auf fünf Jahre, eine Vereinfachung der Deklaration (u.a. Massnahmen, damit die Mehrwertsteuerabrechnung möglichst rasch elektronisch eingereicht werden kann; anwendungsfreundliche Publikation aller Instruktionen und Entscheide auf Internet; konsequente Umsetzung der Systematik), vorteilhaftere Saldosteuersätze bei der vereinfachten Abrechnungsmethode, raschere Auskunft der Eidg. Steuerverwaltung auf schriftliche Anfragen zu den mehrwertsteuerlichen Konsequenzen von konkret umschriebenen Sachverhalten, mehr Rechtssicherheit in der Mehrwertsteuer (formeller Entscheid nach jeder Mehrwertsteuerrevision, gleich lange Spiesse im Revisions- und im Einspracheverfahren, uneingeschränkte Respektierung der Rechte der Angeschuldigten im Verwaltungsstrafverfahren) sowie Genehmigung der Weisungen der Mehrwertsteuerbehörden durch den Vorsteher des EFD, um Gleichheit herzustellen mit anderen von der Regierung erlassenen Verordnungen. Bundesrat Merz betrachtete die Vorstösse als Rückenwind und Ermunterung für die laufenden Arbeiten.

Im Herbst gab Finanzminister Merz bekannt, er strebe eine Mehrwertsteuer mit einem Einheitssatz von 6% an und wolle die heute bestehende Differenzierung zwischen Normalsatz (7,6%), ermässigtem Satz (2,4% für Nahrungsmittel) und Sondersatz (3,6% für die Hotellerie) streichen. Die Zahl der 25 von der Steuer ausgenommenen Bereiche soll auf fünf (Banken, Versicherungen, Wohnungsmieten, hoheitliche Leistungen der öffentlichen Hand und Landwirtschaft) reduziert werden. Dies hätte einen einmaligen Kostenschub bei den Krankenkassenprämien von 4% zur Folge. Auch von Privaten finanzierte Bildungsinstitutionen dürften sich um 80 Mio Fr. verteuern. Laut Berechnungen der Steuerverwaltung führe die Reform zu einer Mehrbelastung des Mittelstands. Während die FDP die Stossrichtung begrüsste, kündeten SP und CVP Widerstand an. Die SVP sprach von einer politischen Totgeburt.

Diskussionslos überwies der Nationalrat eine Motion Darbellay (cvp, VS), welche den grenzüberschreitenden Busverkehr mit dem Eisenbahn- und Luftverkehr in Bezug auf die Mehrwertsteuer gleich behandeln will. Abgelehnt wurde eine Motion Chevrier (cvp, VS) (Mo. 04.3405) zur gesonderten Besteuerung von Luxusgütern. Bundesrat Merz erklärte, dass die Regierung nicht noch einen weiteren Sondersatz wolle. Zudem stelle sich die Frage der Abgrenzung, was denn Luxusgüter überhaupt seien. Ebenfalls keine Chance hatte eine Motion der Grünen Fraktion (Mo. 04.3185), welche eine Erhöhung des Anteils am Mehrwertsteuerertrag, der zugunsten unterer Einkommensschichten verwendet werden muss (z.B. Krankenkassenprämienverbilligung) von 5% auf 10% verlangt hatte.

Im Frühjahr stimmte der Ständerat oppositionslos einer Motion Hess (fdp, OW) zu, welche einen reduzierten Mehrwertsteuersatz für Ess- und Trinkwaren verlangt, die im Rahmen von gastgewerblichen Lieferungen abgegeben werden. Bundesrat Merz kündigte im Sinne eines Fernziels die Einführung eines Einheitssatzes für die Mehrwertsteuer an.