In der Herbstsession 2020 behandelte der Nationalrat das Bundesgesetz über elektronische Verfahren im Steuerbereich. Die SGK-NR hatte in ihrer Vorberatung zwei weitreichende Änderungen der Vorlage vorgenommen: Hatte der Bundesrat die elektronische Durchführung von Steuerverfahren unter anderem bei der direkten Bundessteuer noch als Möglichkeit formuliert, wollte die Kommission die Kantone zur Einführung einer solchen Möglichkeit verpflichten. Dies stellte denn auch den Grund für den Nichteintretensantrag Amaudruz (svp, GE) dar: Es sei nicht richtig, Digitalisierung zu erzwingen; die Steuerzahlenden sowie die Kantone müssten die Wahlfreiheit haben, betonte die Minderheitensprecherin. Bundesrat Maurer warb für die bundesrätliche Kann-Formulierung: Der Bundesrat nehme regelmässig an der Finanzdirektorenkonferenz statt und tausche sich mit der Konferenz der kantonalen Steuerdirektoren aus, er werde also die Kantone nicht gegen ihren Willen zu der entsprechenden Umsetzung verpflichten. Sowohl in der Eintretensabstimmung (148 zu 45 Stimmen) als auch in der Detailabstimmung (139 zu 54 Stimmen) stellte sich der Rat gegen die SVP-Fraktion und hinter die Formulierung der Kommission.
Während der bundesrätliche Vorschlag der Kommission in diesem ersten Punkt nicht weit genug ging, ging er ihr in einem weiteren Punkt hingegen zu weit, nämlich in der Frage, ob der Bundesrat die elektronische Durchführung von Verfahren, die in seiner Zuständigkeit liegen – also bei der Mehrwertsteuer, der Stempelabgabe, beim AIA, der Amtshilfe und der Verrechnungssteuer –, vorschreiben können solle. Diese Kompetenz wollte die Kommission aus der Vorlage streichen, was bei einer Minderheit Rytz (gp, BE) auf Widerstand stiess. Man solle hier nicht die Möglichkeit schaffen, dass sich einzelne Unternehmen der elektronischen Durchführung entziehen könnten, argumentierte Rytz. Der Finanzminister verteidigte die Möglichkeit des Bundesrates, die Unternehmen zur Umstellung verpflichten zu können, da sonst in zwei, drei Jahren eine solche Formulierung neu ins Gesetz eingefügt werden müsste, wenn eine solche Verpflichtung dann doch erwünscht sein sollte. Wiederum folgte der Rat dem Vorschlag der Kommissionsmehrheit und lehnte den Minderheitsantrag Rytz mit 111 zu 81 Stimmen (bei 1 Enthaltung) ab. Den Minderheitsantrag unterstützten SP, Grüne und Grünliberale.
Überdies lagen zwei weitere Minderheitsanträge vor: Eine weitere Minderheit Amaudruz forderte den Verzicht auf einheitliche Formulare, welche die Kommission wieder hinzugefügt hatte, nachdem sie der Bundesrat nach der Vernehmlassung gestrichen hatte. Mit 139 zu 53 Stimmen fand auch dieser Vorschlag ausserhalb der Reihen der SVP-Fraktion keine Zustimmung. Des Weiteren forderte eine Minderheit Aeschi (svp, ZG) den Verzicht auf die systematische Nutzung der AHV-Nummern durch die ESTV, welche neu erlaubt werden sollte. Die Gefahr des Datendiebstahls sei zu hoch, wenn die AHV-Nummer überall verwendet werde, betonte er. Finanzminister Maurer konterte hingegen, dass es gerade bei Rentenauszahlungen am sichersten sei, wenn die ESTV dieselbe Identifikationsnummer verwende wie die AHV-Ausgleichskassen. «Denken Sie an die hundert Hans Müller», forderte er. Wiederum folgte der Rat mit 139 zu 53 Stimmen der Kommissionsmehrheit. Abschliessend stimmte der Nationalrat der geänderten Vorlage mit 148 zu 45 Stimmen zu, abgelehnt wurde sie von einer Mehrheit der SVP-Fraktion.

Im September 2019 forderte Ruedi Noser (fdp, ZH), dass Green-Finance-Kapitalanlageprodukte, also Anlageprodukte, die eine umweltverträgliche Entwicklung fördern, von der Verrechnungssteuer und der Stempelabgabe befreit werden sollen. Der entsprechende Markt in der Schweiz wachse stark – 2018 zum Beispiel um 83 Prozent auf CHF 717 Mrd. – und solle unterstützt werden, damit sich die Schweiz «zu einem führenden Zentrum» in diesem Bereich entwickeln und damit ein wichtiger «Beitrag an die Herausforderungen des Klimawandels» geleistet werden könne. Es bestünden seit Langem Anstrengungen, die Verrechnungssteuer und die Stempelabgaben abzuschaffen; zumindest für die Green-Finance-Produkte solle dies nun schnellstmöglich geschehen.
Der Bundesrat empfahl die Motion zur Ablehnung und verwies stattdessen auf seine Bemühungen für eine Reform der Verrechnungssteuer sowie auf ein Postulat der UREK-SR (Po. 19.3951). Aufgrund des Postulats sei er dabei, einen Bericht zur steuerlichen Entlastung nachhaltiger Finanzprodukte zu erstellen, der abgewartet werden solle. In der Ständeratsdebatte in der Wintersession 2019 verwies Bundesrat Maurer zudem darauf, dass die Nachfrage nach solchen Produkten in der Schweiz ihr Angebot deutlich übersteige und die Nachfrage somit im Moment nicht zusätzlich gefördert werden müsse. Mit 24 zu 17 Stimmen nahm der Ständerat die Motion dennoch an.

Thomas Aeschi (svp, ZG) verlangte in einer Motion Parallelität zwischen den Verjährungsregeln der Mehrwertsteuer, der Verrechnungssteuer und den Stempelabgaben herzustellen. Bisher waren bei der Verrechnungssteuer und bei den Stempelabgaben die Festsetzungsverjährung – also die Frist für die steuerpflichtige Person, die Selbstveranlagung zu ändern, und diejenige für die Behörden, eine Steuerforderung festzusetzen – und die Bezugsverjährung – also die Frist für die Eintreibung der Steuern – rechtlich nicht getrennt aufgeführt worden. Zudem gab es keine absolute Verjährung, also keine Verjährungsfrist, die nicht unterbrochen werden konnte und die nicht stillstand. Dadurch konnten Steuerforderungen durch Verjährungsunterbrechungen „ewig“ aufrechterhalten werden. Aeschi schlug daher vor, in Übereinstimmung mit dem Mehrwertsteuergesetz bei der Verrechnungssteuer und bei den Stempelabgaben zwischen Festsetzungs- und Bezugsverjährung zu unterscheiden und jeweils eine relative Verjährungsfrist – eine Frist, in der allfällige Anträge auf Festsetzung oder Korrektur der Steuerforderungen eingereicht werden müssen – von fünf Jahren sowie eine absolute Verjährungsfrist von zehn Jahren einzuführen. Ebenfalls dem Mehrwertsteuergesetz entsprechend sollten die Unterbrechungsgründe der Verjährung bei der Verrechnungssteuer und den Stempelabgaben abschliessend aufgezählt werden. Dies sei nötig, da bei diesen „Selbstdeklarationssteuern“ ein erhöhtes Bedürfnis nach Rechtssicherheit bestehe, erklärte der Motionär. Zudem würden damit die Verfahren beschleunigt. Es gebe überdies keinen Grund, wieso diesbezüglich zwischen den drei Selbstdeklarationssteuern Unterschiede bestehen sollten.
Der Bundesrat entgegnete, dass eine solche Änderung den Zweck der Verrechnungssteuer – die Sicherung der direkten Steuern – unterlaufen würde, weil dadurch ihre Verjährungsfrist kürzer wäre als diejenige der Kantons- und Bundessteuern, bei denen die absolute Verjährungsfrist 15 Jahre beträgt. Bei der Stempelabgabe sei eine Neuregelung aufgrund der geringen Anzahl Betroffener sowie der automatisierten und unproblematischen Abwicklung nicht notwendig. Zudem könne es zu vermehrtem Eintritt der Verjährung von Steuerforderungen und zu einer Verunmöglichung von rechtskonformer Besteuerung kommen. So könnten bei Verrechnungssteuer und Stempelabgaben bereits jetzt vermehrt Handlungen mit dem Ziel, die Justizverfahren in die Länge zu ziehen, beobachtet werden, was durch eine entsprechende Änderung noch verstärkt werden könnte.

In der Frühjahrssession 2018 behandelte der Nationalrat die Motion, wobei Finanzminister Maurer zusätzlich zu den bereits schriftlich vom Bundesrat dargelegten Argumenten darauf hinwies, dass auch der Zeitpunkt im Hinblick auf die laufende Revision des Verrechnungssteuergesetzes und die Diskussion über die Abschaffung der Stempelsteuer nicht sinnvoll sei. Falls gewünscht, wäre ein solcher Vorschlag „im Zusammenhang mit einer möglichen Vorlage zur Stempel- und Verrechnungssteuer“ zu diskutieren. Knapp nahm die grosse Kammer den Vorstoss dennoch mit 101 zu 92 Stimmen an. Die SVP- und FDP-Fraktionen stimmten der Motion geschlossen, die BDP-Fraktion teilweise zu.

In der Herbstsession 2017 beriet der Ständerat als Zweitrat das Bundesgesetz über die Stempelabgaben. Martin Schmid (fdp, GR) im Namen der WAK-SR und Finanzminister Maurer betonten einerseits die Wichtigkeit der Vorlage für den Schweizer und insbesondere den Tessiner Finanzplatz und strichen andererseits die eindeutige Annahme im Erstrat hervor. Diesem Beispiel folgte auch der Ständerat und nahm den Entwurf einstimmig an (43 zu 0). In den Schlussabstimmungen gab es keine Überraschungen mehr, beide Kammern bestätigten ihre vorangegangenen Entscheide einstimmig.

Die Änderung des Bundesgesetzes über die Stempelabgaben beruht auf der Motion Abate (fdp, TI), welche die Anerkennung bestimmter italienischer Finanzintermediäre als Börsenagenten und ihre Befreiung von der Umsatzabgabe forderte. Denn bei der italienischen Steueramnestie 2009 war verlangt worden, dass bisher unversteuerte Vermögenswerte zur Regularisierung nach Italien repatriiert, das heisst von italienischen Finanzintermediären verwaltet werden. Dadurch unterliegen solche Transaktionen jedoch mehrfach der schweizerischen Umsatzabgabe, wodurch insbesondere im Tessin ein Wettbewerbsnachteil des Schweizer Finanzplatzes für italienische Kundinnen und Kunden entstehe. Aufgrund dieses Ursprungs der Gesetzesänderung sind momentan nur italienische Finanzintermediäre von der Neuerung betroffen, durch die neutrale Formulierung des Gesetzestexts können zur Aufrechterhaltung der Rechtsgleichheit in Zukunft aber auch Finanzintermediäre aus anderen Ländern unter den gleichen Voraussetzungen von der Umsatzabgabe befreit werden. Dadurch können gemäss der Botschaft des Bundesrates Steuerausfälle von rund CHF 10 Mio. entstehen, die jedoch mittel- bis langfristig durch die Stärkung der Finanzintermediäre im Kanton Tessin und entsprechenden Mehreinnahmen kompensiert werden können. In der vorparlamentarischen Phase stiess die Vorlage auf viel Zustimmung: 34 der 35 Vernehmlassungsteilnehmer sprachen sich für die Gesetzesänderung aus, einzig Travail.Suisse befürchtete, dass die Steuerausfälle deutlich höher sein könnten als geplant. Die WAK-NR stimmte der Vorlage mit 19 zu 0 Stimmen bei 2 Enthaltungen deutlich zu.
Entsprechend kurz zeigte sich auch die Debatte im Nationalrat, Céline Amaudruz (svp, GE) und Leo Müller (cvp, LU) für die Kommission und Finanzminister Maurer für den Bundesrat meldeten sich als einzige zu Wort. Übereinstimmend mit ihren Voten sprach sich der Nationalrat einstimmig mit 175 Stimmen (ohne Enthaltung) für die Gesetzesänderung aus.

Noch im April 2016 hatte sich die WAK-NR dafür ausgesprochen, sämtliche Arten der Stempelsteuern abzuschaffen. Neben der Emissionsabgabe auf Eigenkapital, deren Abschaffung im Rahmen der Unternehmenssteuerreform III behandelt wird, hätten nach dem Willen der WAK auch die Umsatz- und die Versicherungsabgabe hinfällig werden sollen. Zu diesem Zweck hatte die Kommission einem entsprechenden Vorentwurf mit 14 zu 5 Stimmen deutlich zugestimmt. Die Mehrheit der Kommissionsmitglieder hatte sich überzeugt gezeigt, dass die Abschaffung dieser Steuern notwendig sei, um die Wettbewerbsfähigkeit des schweizerischen Finanzplatzes aufrechterhalten zu können, und war dafür auch bereit gewesen, Steuerausfälle zu Lasten des Bundes in der Höhe von gut CHF 2 Mrd. hinzunehmen. An diesem Votum hatten auch finanzpolitische Bedenken des Bundesrates Maurer, der die geplante Abschaffung dieser Steuern als „nicht finanzierbar" bezeichnet hatte, nicht rütteln können. Die Kommission war auf die bundesrätlichen Einwände nur insofern eingegangen, als dass sie keinen festen Zeitpunkt für die Abschaffung der betreffenden Steuern festlegen wollte, sondern diese Aufgabe der Landesregierung überlassen hatte.
Angesichts einer erwarteten Volksabstimmung zur Unternehmenssteuerreform III, erwirkt durch ein Referendum von linker Seite, revidierte die WAK-NR ihren Entschluss bezüglich Stempelsteuern gut zwei Monate später bereits wieder. Zwar hielt die Kommission an ihrer grundsätzlichen Stossrichtung, sämtliche Stempelsteuern abschaffen zu wollen, fest. Allerdings beschloss sie, die Vorlage zu sistieren und damit vorerst in die Schublade zu stecken. Das Motiv für diesen Gesinnungswandel dürfte in der Absicht zu finden sein, der Linken mit einer für den Bund soviel teureren Vorlage keinerlei Munition für den bevorstehenden Abstimmungswahlkampf zur Unternehmenssteuerreform III zu liefern – obwohl die beiden Vorlagen an sich nicht miteinander verknüpft waren. DIe WAK-NR dürfte die Diskussion rund um das Thema Stempelsteuern frühestens im Frühjahr 2017 wieder aufnehmen.