In der Herbstsession 2017 beriet der Ständerat als Zweitrat das Bundesgesetz über die Stempelabgaben. Martin Schmid (fdp, GR) im Namen der WAK-SR und Finanzminister Maurer betonten einerseits die Wichtigkeit der Vorlage für den Schweizer und insbesondere den Tessiner Finanzplatz und strichen andererseits die eindeutige Annahme im Erstrat hervor. Diesem Beispiel folgte auch der Ständerat und nahm den Entwurf einstimmig an (43 zu 0). In den Schlussabstimmungen gab es keine Überraschungen mehr, beide Kammern bestätigten ihre vorangegangenen Entscheide einstimmig.

Die Änderung des Bundesgesetzes über die Stempelabgaben beruht auf der Motion Abate (fdp, TI), welche die Anerkennung bestimmter italienischer Finanzintermediäre als Börsenagenten und ihre Befreiung von der Umsatzabgabe forderte. Denn bei der italienischen Steueramnestie 2009 war verlangt worden, dass bisher unversteuerte Vermögenswerte zur Regularisierung nach Italien repatriiert, das heisst von italienischen Finanzintermediären verwaltet werden. Dadurch unterliegen solche Transaktionen jedoch mehrfach der schweizerischen Umsatzabgabe, wodurch insbesondere im Tessin ein Wettbewerbsnachteil des Schweizer Finanzplatzes für italienische Kundinnen und Kunden entstehe. Aufgrund dieses Ursprungs der Gesetzesänderung sind momentan nur italienische Finanzintermediäre von der Neuerung betroffen, durch die neutrale Formulierung des Gesetzestexts können zur Aufrechterhaltung der Rechtsgleichheit in Zukunft aber auch Finanzintermediäre aus anderen Ländern unter den gleichen Voraussetzungen von der Umsatzabgabe befreit werden. Dadurch können gemäss der Botschaft des Bundesrates Steuerausfälle von rund CHF 10 Mio. entstehen, die jedoch mittel- bis langfristig durch die Stärkung der Finanzintermediäre im Kanton Tessin und entsprechenden Mehreinnahmen kompensiert werden können. In der vorparlamentarischen Phase stiess die Vorlage auf viel Zustimmung: 34 der 35 Vernehmlassungsteilnehmer sprachen sich für die Gesetzesänderung aus, einzig Travail.Suisse befürchtete, dass die Steuerausfälle deutlich höher sein könnten als geplant. Die WAK-NR stimmte der Vorlage mit 19 zu 0 Stimmen bei 2 Enthaltungen deutlich zu.
Entsprechend kurz zeigte sich auch die Debatte im Nationalrat, Céline Amaudruz (svp, GE) und Leo Müller (cvp, LU) für die Kommission und Finanzminister Maurer für den Bundesrat meldeten sich als einzige zu Wort. Übereinstimmend mit ihren Voten sprach sich der Nationalrat einstimmig mit 175 Stimmen (ohne Enthaltung) für die Gesetzesänderung aus.

Im November 2015 gab der Bundesrat bekannt, dass er die auf Ende 2015 versprochene Botschaft zur Revision des Steuerstrafrechts nicht vorlegen werde. Die kritischen Rückmeldungen aus der Vernehmlassung sowie die Einreichung der Volksinitiative „Ja zum Schutz der Privatsphäre“ hätten gezeigt, dass die Erfolgschancen dieser Revision gering seien. Entsprechend werde er die Revision des Steuerstrafrechts zurückstellen.

Weil das Steuerpaket 2004 in der Volksabstimmung gescheitert war, konnten auch die unbestrittenen Massnahmen im Bereich der Stempelabgaben nicht in Kraft treten. Da deren Geltungsdauer bis Ende 2005 befristet ist, verabschiedete das Parlament im Frühling eine gegenüber dem abgelehnten Steuerpaket inhaltlich unveränderte Revisionsvorlage. Das Geschäft passierte die Schlussabstimmung im Ständerat mit 41 Stimmen und einer Enthaltung und im Nationalrat mit 142:25 Stimmen bei 13 Enthaltungen; die Vorbehalte stammten von den Grünen und der SP. Um zu verhindern, dass dem Bund ab 2006 Steuereinnahmen in der Höhe von 310 Mio Fr. entgehen, ergriff ein linkes Komitee (PdA, SolidaritéS, Juso, Mediengewerkschaft Comedia, Tessiner Lehrlings- und StudentInnengewerkschaft) das Referendum, welches jedoch aufgrund fehlender Unterschriften nicht zustande kam.

Weil das Steuerpaket in der Volksabstimmung gescheitert war, konnten auch die unbestrittenen Massnahmen im Bereich der Stempelabgaben nicht in Kraft treten. Da deren Geltungsdauer bis Ende 2005 befristet ist, unterbreitete der Bundesrat dem Parlament im August eine gegenüber dem abgelehnten Steuerpaket inhaltlich unveränderte Revisionsvorlage. Diskussionslos und ohne Gegenstimme hiess der Ständerat in der Wintersession diese Neuauflage gut.

Als bekannt wurde, dass das Referendum gegen das Steuerpaket zustande gekommen war, die Volksabstimmung darüber aber voraussichtlich erst im Frühjahr 2004 stattfinden wird, beschloss das Parlament auf Antrag des Bundesrates, die Änderungen im Bereich der Ehe- und Familienbesteuerung sowie der Stempelabgaben nicht am 1. Januar 2004, sondern erst am 1. Januar 2005 in Kraft zu setzen (die Wohneigentumsbesteuerung ist davon nicht betroffen, da die neuen Regelungen erst ab 2008 rechtskräftig werden). Eine rückwirkende Inkraftsetzung im Falle einer Annahme der Vorlage in der Abstimmung hätte erhebliche praktische Probleme für Steuerzahler und Steuerbehörden geschaffen.

Der Entwurf eines Bundesgesetzes über die Stempelabgaben folgte Anfang Oktober. Der Bundesrat beschränkte sich ausschliesslich auf Transaktionen durch die öffentliche Hand, durch Anlagefonds, Lebensversicherer und Vorsorgeträger. Zudem sollen inländische Banken keiner fiskalischen Belastungen mehr ausgesetzt werden, wenn sie an einer ausländischen Börse mit inländischen Aktien handeln. Die Einnahmeausfälle schätzte der Bundesrat auf jährlich 490 Mio Fr..

Der Ständerat beriet in seiner Frühjahressession als Erstrat den im Vorjahr vom Bundesrat vorgeschlagenen Dringlichen Bundesbeschluss im Bereich der Umsatzabgabe im Finanzmarkt. Eintreten und Anträge der Kommission waren unbestritten. Da im Nationalrat auch SP und GP mit der Vorlage einverstanden waren – mit dem Vorbehalt, dass sie eine weitere Steuerbefreiung der Börsengeschäfte nicht gutheissen werden – wurde der Entwurf auch im Nationalrat deutlich verabschiedet.

Die WAK des Ständerates hörte sich nochmals mehrere Experten an. Schliesslich übernahm sie das Holding-Besteuerungskonzept des Nationalrats, fügte aber einen Missbrauchsartikel an, mit dem sichergestellt werden soll, dass nicht mit Wertberichtigungen und Abschreibungen zwischen Mutter- und Tochtergesellschaften Steuern vermieden werden können. Wertberichtigungen und Abschreibungen sollen vom steuerbaren Gewinn nur soweit in Abzug gebracht werden können, als sie betriebsnotwendig und entsprechend begründet sind. Zudem sollen nur definitive Verluste steuerlich berücksichtigt werden können. Der Ständerat folgte seiner WAK in der Herbstsession und hiess die Steuerreform mit 30 zu 1 Stimme gut. Den vom Nationalrat abgekoppelten Versicherungsstempel auf Einmalprämien baute er wieder ins Paket ein. In der Differenzbereinigung hielten beide Räte an ihrer Position - Entkoppelung bzw. Paketlösung - fest, bis schlussendlich der Nationalrat nachgab. Der Einnahmenausfall des Steuerpakets wurde vom EFD auf CHF 320 Mio. geschätzt, wobei CHF 90 Mio. die Kantone betreffen. Gemäss EFD-Vorsteher Kaspar Villiger bringt die Vorlage den Schweizer Holdings neben Deutschland dafür die «weltbeste» Besteuerung, was neues Steuersubstrat anziehen sollte. Nachdem das Referendum nicht ergriffen wurde, wird die Unternehmenssteuerreform auf Anfang 1998 in Kraft treten. Die Stempelabgabe auf Einmalprämien wird vom 1. April 98 an wieder erhoben werden.

Der Ständerat zog in der Sommersession die Notbremse. Oppositionslos trat er zwar auf die Vorlage ein, in der Detailberatung kritisierte aber insbesondere Plattner (sp, BS) die vom Nationalrat eingeführte Asymmetrie bei der Holdingbesteuerung und bezeichnete die Reformwirkungen als «Selbstbedienungsladen ohne Kasse». Die vom Nationalrat beschlossenen neuen Steuerfreiheiten würden nicht dazu führen, dass neue Holding-Gesellschaften in die Schweiz kämen, sondern, dass heute in der Schweiz domizilierte Holding-Gesellschaften ihre Gewinne steuerfrei realisierten und ins noch steuergünstigere Ausland transferierten. Die Beratungen im Nationalrat hätten gezeigt, dass kaum jemand verstanden habe, um was es überhaupt geht. Gemperli (cvp, SG) vertrat zusätzlich die Ansicht, dass die Auswirkungen der Reform auf KMU nicht genügend abgeklärt worden seien. Der verunsicherte Rat stimmte schliesslich einem Antrag Danioth (cvp, UR) auf Rückweisung an die Kommission zu.

In den letzten Jahren hat die Schweiz für Holdinggesellschaften an Attraktivität eingebüsst, und es kam zu diversen Auslagerungen von Holdings in EU-Staaten (Die EU führte 1992 Regelungen ein, die im EU-Raum ungehinderte Kapitalflüsse zwischen Mutter- und Tochtergesellschaften erlauben. Ausserdem verbesserten verschiedene EU-Staaten ihre Unternehmensbesteuerung). Aber auch für KMU verlor die Schweiz an Attraktivität. Im Vorjahr hatte der Bundesrat deshalb zwei Varianten einer Reform der Unternehmensbesteuerung vorgelegt, die Steuerausfälle von CHF 90 Mio. bzw. 210 Mio. zur Folge gehabt hätten; diese stiessen aber im Vernehmlassungsverfahren insbesondere auf linken Widerstand. Die Linke willigte schliesslich aber doch in eine Reform der Unternehmensbesteuerung ein, um im Gegenzug die Unterstützung der Bürgerlichen für ein Investitionsprogramm zu erhalten. Als Teil des Investitionsprogrammes legte der Bundesrat im März ein neu geschnürtes Reformpaket vor, das einen Einnahmenausfall von geschätzten CHF 170 Mio. (davon CHF 90 Mio. für die Kantone) und verschiedene Änderungen des Gesetzes über die direkte Bundessteuer (DBG), des Steuerharmonisierungsgesetzes (StHG), des Gesetzes über die Stempelabgaben (StG) sowie des Gesetzes über die Verrechnungssteuer (VStG) vorsah. Schwerpunkte waren folgende:

1.) Direkte Freistellung der Beteiligungsgewinne und Beteiligungserträge. Die bisherige steuerliche Freistellung der Erträge (Dividenden usw.) wird auf die Gewinne (Kapital- und Aufwertungsgewinne zuzüglich Erlöse aus zugehörigen Bezugsrechten) ausgedehnt (-100 Mio.) (Unterschieden wird zwischen Neu- und Alt-Beteiligungen. Um Abwanderungen zu verhindern, müssen bestehende Holdinggesellschaften die auf Alt-Beteiligungen realisierten Gewinne für eine lange Frist weiterhin versteuern, dafür können sie die Verluste auf Altbeteiligungen auch künftig steuerlich zum Abzug bringen).

2.) Einführung einer proportionalen Gewinnbesteuerung von 8,5% anstelle der renditeabhängigen, progressiven Steuer auf den Reinertrag (+120 Mio.) und Abschaffung der Kapitalsteuer (-320 Mio.).

3.) Senkung der Emissionsabgabe auf Beteiligungen von 2% auf 1%. Zudem gilt ein Freibetrag von CHF 250'000 für Neugründungen wie auch für Kapitalerhöhungen (-120 Mio.).

4.) Differenzierte Neuregelung der Steuerfolgen beim Erwerb eigener Aktien. Die Massnahmen 2 und 3 sollen insbesondere die KMU begünstigen. Die in der Vernehmlassungsvorlage vorgeschlagene Verlustverrechnung im Konzern nahm der Bundesrat nicht ins Reformpaket auf, da sich die Kantone geschlossen dagegen gewehrt hatten. Als neues Element schlug er dafür die Wiedereinführung einer Stempelabgabe auf Lebensversicherungsprämien von 2,5% vor, womit der notleidenden Bundeskasse Kompensationseinnahmen von rund CHF 250 Mio. zufliessen sollten (Der Stempel auf Lebensversicherungen war 1973 abgeschafft worden).

Die vorberatende Kommission für Wirtschaft und Abgaben (WAK) des Nationalrates begrüsste das vom Bundesrat vorgelegte Steuerpaket, kritisierte aber mehrere Punkte in der Holdingbesteuerung, so etwa jenen, dass generell Kapitalverluste aus Beteiligungen nicht berücksichtigt werden sollen. Ausserdem beschränkte sie den Stempel auf die vorab der Kapitalanlage dienenden Versicherungen mit Einmalprämie und beschloss, den Stempelbeschluss von der Unternehmenssteuerreform abzukoppeln. In der April-Sondersession folgte der Nationalrat seiner Kommission und hiess die vom Bundesrat vorgeschlagenen Steuererleichterungen für Unternehmen von insgesamt CHF 420 Mio. gut. Ein Antrag Blocher (svp, ZH), der einen proportionalen Gewinnsteuersatz von lediglich 8% verlangte, wurde ebenso deutlich abgelehnt wie ein Antrag der Ratslinken, den Satz auf 9,8% anzuheben. Bei der Holdingbesteuerung schuf eine bürgerliche Mehrheit aber eine Asymmetrie, indem die Kapital- und Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen steuerfrei erklärt werden, entsprechende Verluste indes steuerlich abzugsfähig sein sollen. Mit 94 zu 81 Stimmen stimmte eine bürgerliche Mehrheit zudem der Entkoppelung des Stempels vom übrigen Steuerpaket zu, um bei einem Referendum der Versicherungsbranche, die eine Neubesteuerung heftig bekämpfte, wenigstens die dringliche Reform der Unternehmensbesteuerung zu retten. Die SP kritisierte dieses Vorgehen als Versuch, die Besteuerung der Lebensversicherungen zum Abschuss freizugeben. Mit 99 zu 64 Stimmen folgte eine bürgerliche Mehrheit zudem der WAK und stimmte einer Stempelabgabe von 2,5% nur für Lebensversicherungen mit Einmalprämien zu. Damit reduzierten sich die Kompensationseinnahmen auf rund CHF 100 Mio. Ein Antrag Blocher, auf eine Stempelabgabe für Lebensversicherungen ganz zu verzichten, wurde mit 99 zu 64 Stimmen verworfen. Die SP drohte mit dem Referendum gegen die Unternehmenssteuerreform, während die Versicherungsgesellschaften ihrerseits ein Referendum gegen den Stempel nicht ausschliessen wollten.

Der Bundesrat anerkannte in seiner Stellungnahme im Prinzip die Notwendigkeit eines Abbaus der Stempelabgaben. Von den über den Parlamentsbeschluss von 1990 hinausgehenden Anträgen akzeptierte er die Abschaffung der Emissionsabgabe auf Fondsanteilen. Die angespannte Lage der Bundesfinanzen bewog ihn aber, den Verzicht auf die Stempelsteuer bei Umstrukturierungen und Sitzverlegungen abzulehnen. Ebenfalls aus Sorge um den Bundeshaushalt beantragte er, zur Kompensation der zu erwartende Einnahmenausfälle auch das Versicherungsgeschäft beizuziehen.

Die vorberatende Kommission des Nationalrats entschied, im Gegensatz zum Ständerat die Stempelsteuervorlage nicht vorzuziehen, sondern im Rahmen des Gesamtpaketes für eine neue Finanzordnung zu behandeln. Dabei schloss sich der Rat den Entscheidungen der kleinen Kammer aus dem Vorjahr weitgehend an. Um nicht das ganze Finanzpaket zu gefährden, hatten sich die vier Regierungsparteien auf einen mehrere Punkte umfassenden Kompromiss geeinigt. Im Bereich der Stempelsteuern sah er vor, die erwarteten Steuerausfälle nur zum Teil zu kompensieren. Dies sollte über die ursprünglich vom Bundesrat vorgeschlagene, aber vom Ständerat abgelehnte Besteuerung der Prämien für Lebensversicherungen geschehen. Auf die Umsatzsteuer auf Treuhandanlagen sollte jedoch verzichtet werden. Dieser Kompromiss fand im Nationalrat Zustimmung und wurde im Differenzbereinigungsverfahren auch von der kleinen Kammer akzeptiert. Definitiv über diese Revision des Stempelsteuergesetzes wird allerdings das Volk entscheiden. Zum Kompromiss der Bundesratsparteien gehörte nämlich auch die Bestimmung, dass sie nur gemeinsam mit der dem obligatorischen Referendum unterstehenden Neuen Finanzordnung in Kraft treten kann.

Zu dem von den Bundesratsparteien im Herbst vereinbarten Kompromiss über die neue Bundesfinanzordnung gehörten auch Abmachungen über die Ausgestaltung der Revision des Bundesgesetzes über die Stempelabgaben. Die SP musste dabei auf ihre Forderung nach einer Besteuerung der Treuhandanlagen verzichten, die bürgerlichen Parteien mussten ihre Opposition gegen die Besteuerung der Prämien für Lebensversicherungen aufgeben. Diese beiden vom Bundesrat vorgeschlagenen kompensatorischen Abgaben hatte der erstberatende Ständerat Ende 1989 abgelehnt. Die Vermittlungslösung fand im Nationalrat breite Zustimmung. Nachdem auch der Ständerat diesen Kompromiss akzeptiert hatte, nahmen beide Kammern die Vorlage in der Schlussabstimmung mit 127:18 (bei 21 Enthaltungen) resp. 33:2 Stimmen an. Damit konnte der Nationalrat auch die Arbeit an der im Vorjahr überwiesenen parlamentarischen Initiative Feigenwinter (cvp, BL) einstellen. Definitiv über diese Revision des Stempelsteuergesetzes wird allerdings – indirekt – das Volk entscheiden. Zum Kompromiss der Bundesratsparteien gehörte nämlich auch die Bestimmung, dass die Stempelsteuerreform nur gemeinsam mit der dem obligatorischen Referendum unterstehenden Einführung der Mehrwertssteuer in Kraft treten kann.

Die vorberatende Kommission des Ständerates beschloss, auf die Vorlage des Bundesrates einzutreten, aber dabei die Revision der Stempelsteuern vorzuziehen. In der Sache war sie mit dem Nationalrat einig: die Erleichterungen für den Finanzplatz sollten nur zu einem Teil durch neue Finanzmarktsteuern kompensiert werden. Auf eine Besteuerung der Prämien der Lebensversicherungen sollte demnach ebenso verzichtet werden wie auf die Umsatzsteuer auf Treuhandanlagen. Zudem beantragte sie dem Plenum, die Emission von ausländischen Obligationen und den Handel mit ausländischen Geldmarktpapieren von maximal einem Jahr Laufzeit von der Umsatzabgabe zu befreien. Trotz heftiger Opposition von seiten der sozialdemokratischen Abgeordneten und von Bundesrat Stich folgte der Ständerat in der Dezembersession den Anträgen seiner Kommissionsmehrheit vollumfänglich und stimmte in der Gesamtabstimmung der Revision des Stempelsteuergesetzes mit 33:5 Stimmen zu.

Der Bundesrat verabschiedete am 5. Juni seine Botschaft zur Neuordnung der Bundesfinanzen und zur Änderung des Bundesgesetzes über die Stempelabgaben. Er schlug darin vor, die WUSt beizubehalten, diese jedoch in eine reine Konsumsteuer umzuwandeln. Damit würde der grösste Nachteil der WUSt, die wettbewerbsverzerrende taxe occulte (Besteuerung von Investitionen und Halbfabrikaten) eliminiert. Da die ganze Reform kostenneutral sein soll, sieht das Projekt vor, einige Dienstleistungen und die bisher steuerfreien Energieträger Gas, Strom und Brennstoffe zu belasten. Auf die im Hinblick auf die Volksabstimmung heikle Besteuerung der Leistungen des Gast- und Coiffeurgewerbes wurde hingegen verzichtet. Im weitern schlug der Bundesrat vor, die bisherige zeitliche Befristung der WUSt und der direkten Bundessteuer aus der Verfassung zu streichen; der Höchststeuersatz der WUSt soll hingegen weiterhin in der Verfassung verankert bleiben. Durch weitere Verfassungsänderungen sollen zudem die Grundlagen für eine Umwandlung der Fiskalzölle in Verbrauchssteuern und für die Erhebung eines WUSt-Zuschlags von maximal 1,3 % zur Finanzierung der AHV geschaffen werden.
Im Rahmen der Neuordnung der Bundesfinanzordnung möchte der Bundesrat ebenfalls die Stempelabgaben revidieren. Mit dieser Reform will er die Steuerbelastungen des schweizerischen Finanzmarktes an die Verhältnisse im Ausland angleichen und damit einen Beitrag zur Stärkung der internationalen Wettbewerbsfähigkeit des schweizerischen Finanzplatzes leisten. Derartige Erleichterungen waren nicht nur von den Banken, sondern auch vom Parlament mit Nachdruck gefordert worden. Das Regierungsprojekt sieht vor, die Umsatzabgaben auf den Handelsbeständen der Effektenhändler, auf der Emission von sogenannten Euro-Bonds und auf dem Handel mit inländischen Geldmarktpapieren von maximal zwölf Monaten Laufzeit vollständig aufzuheben. Beim sogenannten Ausland/Ausland-Geschäft, d.h. bei der Vermittlung eines Geschäfts zwischen Ausländern durch einen schweizerischen Effektenhändler beschränkt sich die Steuerbefreiung auf den Obligationenhandel. Als Kompensation für die erwarteten Einnahmenausfälle sollen neu Treuhandanlagen, Lebensversicherungen und die Emission von Inland-Obligationen besteuert werden.

Der Bundesrat legte am 5. Juni seine Botschaft zur Neuordnung der Bundesfinanzen und zur Änderung des Bundesgesetzes über die Stempelabgaben vor. Mit den Reformvorschlägen im Bereich der Stempelsteuer will die Regierung die Steuerbelastungen in der Schweiz an die Verhältnisse auf ausländischen Finanzmärkten angleichen und damit erklärtermassen einen Beitrag zur Stärkung der internationalen Wettbewerbsfähigkeit des schweizerischen Finanzplatzes leisten. Derartige Erleichterungen waren nicht nur von den Banken, sondern auch vom Parlament mit Nachdruck gefordert worden. Die Revision sieht vor, die Umsatzabgaben auf den Handelsbeständen der Effektenhändler, auf der Emission von sogenannten Euro-Bonds (Obligationen ausländischer Schuldner in fremder Währung) und auf dem Handel mit inländischen Geldmarktpapieren von maximal zwölf Monaten Laufzeit vollständig aufzuheben. Beim sogenannten Ausland/Ausland-Geschäft, d.h. bei der Vermittlung eines Geschäfts zwischen Ausländern durch einen schweizerischen Effektenhändler beschränkt sich die Steuerbefreiung auf den Obligationenhandel.

Andererseits war der Bundesrat nach wie vor nicht bereit, auf eine vollständige Kompensation der zugestandenen Einnahmenausfälle zu verzichten. Neu mit einer Emissionsabgabe belasten möchte er deshalb die inländischen Obligationen und Geldmarktpapiere. Festgehalten hat der Bundesrat trotz der heftigen Kritik,durch Banken und Versicherungen im Vernehmlassungsverfahren auch an der Wiedereinführung der 1973 abgeschafften Stempelabgabe auf Lebensversicherungen und an der Besteuerung der treuhänderischen Darlehen.