In der Wintersession 2016 folgte die Beratung des Stabilisierungsprogramms 2017-2019 durch den Zweitrat, den Nationalrat. Wie bereits im Ständerat beantragte auch in der grossen Kammer eine Minderheit Meyer (sp, ZH) eine Rückweisung an den Bundesrat, der ebenso abgelehnt wurde wie der Nichteintretensantrag Hadorn (sp, SO). Ebenfalls in Übereinstimmung mit dem Ständerat reduzierte der Nationalrat das Sparvolumen im Vergleich zum Bundesrat, sprach sich aber für deutlich grössere Sparanstrengungen von CHF 658 Mio. (2017), 773 Mio. (2018) und 914 Mio. (2019) aus als der Ständerat. Dabei schuf der Nationalrat mehrere inhaltliche Differenzen zum Ständerat: So befürwortete er die vom Bundesrat vorgeschlagene Kürzung des Bundesanteils an den Krankenkassen-Prämienverbilligungen, welche der Ständerat zuvor abgelehnt hatte. Als Begründung wurde angeführt, dass diese Kürzung erst nach der Änderung des Bundesgesetzes über Ergänzungsleistungen zur Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung (ELG) in Kraft treten und entsprechend erst 2019 wirksam werden solle. Die Änderung des ELG sollten bei Bund und Kantonen zu Entlastungen von rund CHF 150-170 Mio. führen, womit die in den Kantonen durch das Stabilisierungsprogramm anfallenden Mehrkosten kompensiert werden könnten. Erfolglos wies eine Minderheit um Marina Carobbio Guscetti (sp, TI) darauf hin, dass bisher noch unklar sei, wie diese Reform genau aussehen werde und ob sie die Kantone wirklich entlasten könne. Ebenfalls restriktiver als der Ständerat zeigte sich der Nationalrat im Integrationsbereich, in dem er den Sparvorschlägen des Bundesrates folgte, sowie bei der Regionalförderung, bei der er die Einlagen an den Fonds für Regionalentwicklung für die Jahre 2018 und 2019 um zusätzliche CHF 10 Mio. reduzierte. Auch bei den Ausgaben im Eigenbereich, also beim Bundespersonal, sieht die grosse Kammer grösseres Sparpotential als der Bundesrat – hier erhöht sie den vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparbetrag um je CHF 100 Mio. für die Jahre 2018 und 2019. Der Ständerat hatte diesen Betrag im Herbst noch leicht reduziert. Bei den übrigen zentralen Diskussionspunkten wie der Landwirtschaft, der Bildung und der Entwicklungshilfe hingegen schloss sich der Nationalrat den Beschlüssen des Ständerates an.
In der ersten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens bestätigte der Ständerat auf Anraten seiner FK-SR alle im Herbst gefassten Beschlüsse, Differenzen konnten somit keine abgebaut werden. Diskussionen gab es stattdessen hauptsächlich bezüglich der Schliessung von zivilen Zollstellen. So hatte Finanzminister Maurer im Vorfeld dieser Sitzung auf Anfrage von Nationalrätin Munz (sp, SH) erklärt, dass einzelne Schliessungen von Zollstellen bereits vor der Beratung im Parlament – in der sich sowohl National- als auch Ständerat gegen solche Schliessungen ausgesprochen hatten – vorgenommen, respektive in die Wege geleitet worden seien. Dies hatte zu einem grossen Aufschrei in der Ostschweiz geführt, die besonders stark von diesen Schliessungen betroffen gewesen wäre, und gleich mehrere Ständeräte dazu veranlasst, Bundesrat Maurer zu einer Revision dieses Entscheides aufzufordern. Dieser versicherte in der Folge, auf den Abbau der betroffenen Zollstellen zu verzichten, bei den nächsten Sparforderungen des Parlaments beim Bundespersonal jedoch auf dieses Beispiel zurückkommen zu wollen.
Bezüglich des Stabilisierungsprogramms gibt es folglich in der Frühjahrssession 2017 noch einige Differenzen zu klären – vorgängig hat jedoch auch die FK-NR beantragt, bei allen offenen Positionen an den Beschlüssen des Nationalrats festzuhalten.

Anlässlich der Sondersession im Mai 2015 befasste sich der Nationalrat nach fast 18 Monaten Pause wieder mit dem Konsolidierungs- und Aufgabenüberprüfungspaket 2014 (KAP 2014), das er im Dezember 2013 an den Bundesrat zurückgewiesen hatte. Der Bundesrat hatte dazu unterdessen eine Zusatzbotschaft verabschiedet, dem Parlament aber gleichwohl beantragt, die Beratung des Ende Dezember 2012 vorgelegten KAP 2014 wieder aufzunehmen. Dieses sah eine Entlastung des Bundeshaushalts im Umfang von CHF 700 Mio. vor, wobei es die Verzögerung mit sich brachte, dass KAP-Sparmassnahmen in der Höhe von CHF 376 Mio. bereits in den Voranschlag 2015 eingebaut worden waren. Der Nationalrat sprach sich mit 131 zu 59 Stimmen gegen den Antrag einer Minderheit Hadorn (sp, SO) aus, die eine neuerliche Rückweisung des KAP 2014 gefordert hatte. Ausserhalb der SP und der Grünen fand der Antrag keine Unterstützung. In der Detailberatung schuf der Nationalrat sogleich zwei gewichtige Differenzen zum Bundesrat. Die Regierung hatte vorgeschlagen, die IV-Schuld bei der AHV statt zu 2% nur noch zu 1% zu verzinsen, was eine Ersparnis von CHF 132,5 Mio. bedeutet hätte. Eine Kommissionsminderheit Gysi (sp, SG) ging gegen diesen Vorschlag in Opposition und war dank der Zustimmung von SVP, SP und den Grünen mit 113 zu 74 Stimmen bei 2 Enthaltungen erfolgreich. Die "unheilige" Allianz war jedoch nur von kurzer Dauer: Während sich die Sozialdemokraten und die Grünen für die vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparmassnahmen im Umfang von CHF 56,7 Mio. im Bereich der Landwirtschaft stark machten und eine Kommissionsminderheit Fischer (glp, LU) unterstützten, stimmte die SVP geschlossen gegen die Kürzungen bei den Bauern. Unterstützt wurde die Volkspartei dabei von der BDP und von grossen Teilen der FDP und der CVP, wodurch sich der Nationalrat mit 109 zu 78 Stimmen bei 2 Enthaltungen gegen den Vorschlag des Bundesrates aussprach. Eine weitere Differenz betraf die Beiträge des Bundes an die Kantone für die Kulturgüterschutz-Dokumentation. Der Nationalrat votierte mit 128 zu 61 Stimmen gegen die geplante Einsparung von CHF 0,7 Mio. und die damit verbundene Streichung von Artikel 14 des Bundesgesetzes über den Schutz der Kulturgüter (KGSG).