Die Mehrheit der WAK-SR stellte den Sparmassnahmen des Bundesrates und dem Vorschlag des Nationalrates eine eigene Version der finanziellen Mittel für die Landwirtschaft in den Jahren 2018-2021 gegenüber. Der ständerätliche Vorschlag entsprach den Zahlen, welche die kleine Kammer schon im Rahmen der Diskussion um das Stabilisierungsprogramm beschlossen hatte. Die WAK-SR schlug vor, CHF 563 Mio. für Grundlagenverbesserung und Sozialmassnahmen, CHF 1'747 Mio. für die Förderung von Produktion und Absatz und CHF 11'250 Mio. für Direktzahlungen zu sprechen. Mit diesem Vorschlag lag die WAK-SR gesamthaft CHF 273 Mio. über dem bundesrätlichen Entwurf und CHF 232 Mio. unter der grosszügigeren Version des Nationalrates. Zwei Minderheitsanträge von Seiten der SP-Fraktion wurden in der Ständeratsdebatte in der Wintersession 2016 diskutiert. In einem davon forderte Anita Fetz (sp, BS) den Ständerat dazu auf, dem Vorschlag des Bundesrates zuzustimmen, im anderen beantragte Christian Levrat (sp, FR), gesamthaft CHF 24 Mio. weniger zu sprechen, als die Kommissionsmehrheit beabsichtigt hatte. In der Gesamtabstimmung vermochte die Fassung der Kommissionsmehrheit die Ratsmehrheit mit 33 zu 3 Stimmen (5 Enthaltungen) zu überzeugen. Damit ging der Entwurf zurück zum Nationalrat und ins Differenzbereinigungsverfahren.

In der Herbstsession 2016 behandelte der Ständerat als Erstrat das Stabilisierungsprogramm 2017-2019. Roberto Zanetti (sp, SO) stellte einen Minderheitsantrag auf Rückweisung, der den Auftrag an den Bundesrat beinhaltete, die Berechnung des Konjunkturfaktors an die makroökonomischen Gegebenheiten anzupassen und entsprechend die Handhabung der Schuldenbremse zu überprüfen. Die kleine Kammer lehne diesen Antrag mit 31 zu 13 Stimmen und der Begründung ab, dass die Schuldenbremse nicht in Frage gestellt werden sollte. Bei der Behandlung des Programms reduzierte der Ständerat die Sparanstrengungen des Bundesrates deutlich. Während der Bundesrat Einsparungen von CHF 796 Mio. (2017), CHF 898 Mio. (2018) und CHF 978 Mio. (2019) vorgesehen hatte, verringerte die kleine Kammer diese auf CHF 652 Mio. (2017), 637 Mio. (2018) und 702 Mio. (2019). Insbesondere bezüglich der Landwirtschaft und der Bildung zeigte sich der Ständerat grosszügig: Bei der Landwirtschaft strich er sämtliche Sparmassnahmen bei den Direktzahlungen (CHF 62-69 Mio. jährlich), da die Einkommen der Bauern – wie Peter Hegglin (cvp, ZG) argumentierte – bereits sehr tief wären und sich Letztere gerade erst auf die neuen Zielsetzungen, Grundlagen und Rahmenbedingungen der Agrarpolitik 2014-2017 eingestellt hätten. Unverändert beliess der Ständerat die Vorlage des Bundesrates bezüglich der Investitionskredite und der landwirtschaftlichen Strukturverbesserungen. Bei den Bildungsausgaben reduzierte er den vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparbetrag um CHF 74-108 Mio. und folgte damit dem Antrag Noser (fdp, ZH) als Sprecher der WBK-SR. Als Kantonsvertreter verzichtete der Ständerat zudem gegen den Willen des Bundesrates darauf, die Integrationsbeiträge an die Kantone sowie die Bundesanteile an den Krankenkassenprämien-Verbilligungen zu reduzieren, da dies zu einer Mehrbelastung der Kantone geführt hätte. Zusätzlich zu den vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparanstrengungen wollte die FK-SR hingegen bei der Entwicklungshilfe sparen. Als Befürworter dieser zusätzlichen Reduktion um weitere CHF 100 Mio. argumentierte zum Beispiel Philipp Müller (fdp, AG), dass die diesbezüglichen Ausgaben in den letzten Jahren stetig angestiegen seien, ihre Wirkung hingegen fraglich sei. Werner Hösli (svp, GL) ergänzte, dass die bisherigen Zahlungen offensichtlich die steigenden Asylkosten nicht hatten verhindern können. Christian Levrat (sp, FR) rief dementgegen in Erinnerung, dass das Parlament die APD-Quote – also den prozentualen Anteil der öffentlichen Entwicklungshilfe am Bruttonationaleinkommen – im Februar 2011 auf 0,5 Prozent des Bruttonationaleinkommens (BNE) erhöht hatte. Zudem könne die zusätzliche Reduktion gemäss Bundesrat Burkhalter zur Streichung ganzer Projekte in Nordafrika, dem Mittleren Osten und Afghanistan führen. Knapp entschied sich der Ständerat mit 25 zu 19 Stimmen gegen seine Kommission und erhöhte den Sparbetrag bei der Entwicklungshilfe nicht zusätzlich. In der Wintersession 2016 befasste sich der Nationalrat mit diesem Geschäft.