Les deux initiatives populaires dans les cantons de Bâle-ville et Bâle-campagne contre le transport de substances radioactives ont abouti. Ces initiatives exigent qu'aucun déchet radioactif de centrales nucléaires ou d'autres origines ne transite sur le territoire des deux demi-cantons.

Au soulagement de la CEDRA, la Landsgemeinde du canton de Nidwald a rejeté l'initiative populaire du comité «pour une participation du peuple de Nidwald en matière d'installations atomiques». Celle-ci visait à modifier la loi cantonale sur les ressources minières en l'étendant à la marne argileuse, présente en grande quantité sur l'emplacement envisagé pour la construction du dépôt. Une telle modification aurait eu pour effet de soumettre le site de Wellenberg à l'octroi d'une concession cantonale et par conséquent au vote de la Landsgemeinde. Après les trois initiatives populaires du même comité, adoptées en 1990 par la Landsgemeinde, c'est la première fois que le comité nidwaldien essuyait un échec devant les électeurs. Comme le gouvernement, les partis bourgeois s'étaient prononcés contre l'initiative.

Le dépôt intermédiaire pour l'entreposage de déchets radioactifs sur le site de la centrale de Beznau (AG) est entré en fonction. Nettement plus petit que le dépôt projeté à Würenlingen, celui-ci devrait servir uniquement pour des déchets faiblement radioactifs.

Par ailleurs, le gouvernement a soumis à consultation un projet d'ordonnance de la loi cadre sur la radioprotection dont le but est d'améliorer la sécurité de l'ensemble des activités confrontées à des substances radioactives.

Le Conseil fédéral a proposé d'accorder la garantie sans réserve de la Constitution de Nidwald. Cette dernière avait été modifiée en 1990 de telle manière que la compétence en ce qui concerne l'octroi de concessions pour l'utilisation du sous-sol soit transférée à la Landsgemeinde du canton. L'objectif de cette révision constitutionnelle consistait à permettre aux autorités cantonales d'avoir le dernier mot sur la question de la concession pour le stockage de déchets radioactifs, envisagé par la CEDRA sur la commune de Wellenberg. Sur la base de l'examen de la répartition des compétences entre la Confédération et les cantons dans le domaine de l'énergie atomique, le Conseil fédéral a estimé que les nouvelles dispositions constitutionnelles ne permettaient pas au canton de Nidwald de refuser pour des raisons de sécurité une concession pour l'utilisation du sous-sol en vue du stockage définitif de déchets radioactifs et, donc, que la question de la sécurité d'une installation atomique devait être examinée de façon exhaustive par la Confédération. Le refus d'une concession par les autorités cantonales n'est envisageable que pour des motifs relevant de la police des constructions ou de l'aménagement du territoire. Ces remarques faites, le gouvernement a tout de même admis que ces nouvelles dispositions n'étaient pas en contradiction avec le droit fédéral. Les Chambres fédérales ont ajourné leur décision, étant donné que plusieurs recours de droit public étaient encore pendants auprès du Tribunal fédéral.

La CEDRA a terminé son programme de mesures sismiques pour la construction d'un dépôt définitif pour les déchets moyennement et hautement radioactifs dans le nord-est de la Suisse. Elle s'est heurtée à de nombreuses oppositions émanant des régions frontalières allemandes, ce qui a retardé ses recherches.

Durant l'année 1992, la CEDRA a poursuivi ses travaux de sondage pour l'entreposage de déchets faiblement et moyennement radioactifs sur les sites d'Ollon (VD) et de Wellenberg (NW) (Les deux autres sites envisagés se trouvent à Oberbauenstock (Uri) et à Piz Pian Grand (GR), où les travaux sont déjà terminés). Elle a annoncé qu'elle prendrait une décision définitive dans le courant de l'année 1993. Certains observateurs ont laissé entendre que les préférences de la CEDRA iraient en faveur du site de Wellenberg.

Quelque 10'800 oppositions – la plupart issues d'Allemagne et d'Autriche sous la forme de textes photocopiés – contre le projet de dépôt intermédiaire pour déchets radioactifs à Würenlingen (AG) ont été déposées lors de la seconde phase de la mise à l'enquête. Les principaux reproches portaient sur l'augmentation des transports de déchets radioactifs et sur la solidité insuffisante des halles de stockage qui ne résisteraient pas à la chute d'un avion. Les organisations écologistes préféreraient que l'entreposage des déchets ait lieu sur le site même des centrales nucléaires.

Dans les cantons de Bâle-ville et Bâle-campagne, deux initiatives visant chacune à interdire le transit de camions et de trains transportant des matières radioactives ont été lancées.

Après le Conseil national, le Conseil des Etats a approuvé la motion Fischer (prd, AG) (Mo. 91.3016) qui demande une révision partielle de la législation sur l'énergie nucléaire afin de simplifier et d'accélérer les procédures d'autorisation pour la construction de dépôts de déchets radioactifs. Cependant, la chambre des cantons n'a accepté comme motion que la première partie du texte. La deuxième partie qui proposait de réduire les compétences des cantons dans les procédures d'autorisation, a été transmise comme postulat.

Au niveau fédéral, une motion Fischer (prd, AG) (Mo. 91.3016), cosignée par 69 députés des partis bourgeois, demandant une révision partielle de la législation sur l'énergie nucléaire afin de faciliter les procédures d'autorisation pour la création de dépôts pour déchets radioactifs, a été adoptée par le Conseil national.

Pour faire face au retour prochain (vers le milieu des années 90) des déchets radioactifs des centrales suisses traités à l'étranger, et étant donné les retards des travaux de la CEDRA, les propriétaires des différentes centrales, réunis au sein de la société ZWILAG (Zwischenlager Würenlingen AG), avaient décidé, en 1988, de faire construire un dépôt intermédiaire pour les déchets hautement et moyennement radioactifs à longue durée de vie à l'institut Paul Scherrer sur la commune de Würenlingen (AG). Au cours de l'année 1991, le Conseil fédéral a procédé à la consultation des cantons au sujet de ce dépôt. La grande majorité d'entre eux s'est prononcée favorablement. La durée de fonctionnement du dépôt est prévue entre 40 et 60 ans; durant ce laps de temps la construction des dépôts définitifs sera terminée. Par ailleurs, le Conseil fédéral a autorisé les forces motrices du nord-est de la Suisse (NOK) à construire et mettre en service un dépôt intermédiaire pour déchets faiblement, moyennement et fortement radioactifs sur l'aire de la centrale de Beznau, qui devrait entrer en fonction dans un ou deux ans.

Les déchets nucléaires constituent un des problèmes les plus épineux de la politique énergétique. En ce qui concerne le stockage des déchets faiblement et moyennement radioactifs, quatre sites, Oberbauenstock (Uri), Ollon (VD), Piz Pian Grand (GR) et Wellenberg (NW) sont encore envisagés pour y construire un dépôt final. Suite aux oppositions de la commune d'Ollon et du CADO (comité anti-déchets Ollon), les travaux de forage de la CEDRA (Coopérative pour l'entreposage des déchets radioactifs) ont pris beaucoup de retard. Afin de conserver une certaine simultanéité des recherches sur les quatre sites, la CEDRA avait suspendu ses travaux à Oberbauenstock, Piz Pian Grand et Wellenberg jusqu'à ce que le retard soit comblé. Afin d'y parvenir, le Conseil fédéral, saisi par la CEDRA en décembre 1990, a autorisé au printemps cette dernière à entamer des procédures d'expropriation sur les communes d'Ollon et d'Aigle, pour mener à terme ses travaux de sondage. Par ailleurs, le Conseil fédéral avait mis en consultation un «protocole d'accord» dans les quatre cantons concernés. En acceptant ce document, les cantons s'engageraient à permettre la réalisation des travaux autorisés par le Conseil fédéral sur leur territoire. Toutefois, l'écho est resté négatif dans les cantons d'Uri et des Grisons, tandis que Nidwald prévoit de faire voter ses citoyens. A côté de ces procédures, l'Agneb (groupe de travail de la Confédération pour la gestion des déchets nucléaires) a publié son rapport annuel, dans lequel il s'oppose à la poursuite des forages dans les quatre sites envisagés et propose, pour des raisons financières et de temps, de concentrer les efforts sur un seul endroit.

Pour ce qui touche les déchets hautement radioactifs, plusieurs options au nord-est de la Suisse, dans les cantons de Zurich, Argovie, Schaffhouse et de Thurgovie sont à l'étude, mais les recherches ne sont qu'à leur début. Face aux importants retards dans la construction des dépôts, la CEDRA a fixé un calendrier précis: la construction d'un entrepôt définitif pour les déchets faiblement et moyennement radioactifs devra avoir commencé avant la fin du siècle et le lieu de l'entreposage définitif des déchets hautement radioactifs devra être trouvé avant l'an 2000.

La loi-cadre sur la radioprotection a été adoptée à l'unanimité par les deux Chambres; cette décision n'était qu'une formalité, toutes les divergences entre le Conseil national et le Conseil des Etats ayant été réglées en 1990. En résumé, la loi repose sur trois principes: premièrement, toute exposition à des radiations doit être justifiée; deuxièmement, toute exposition justifiée doit être aussi faible que possible; troisièmement, les valeurs limites de dose doivent être fixées individuellement.

Dans le cadre du stockage des déchets hautement et moyennement radioactifs à longue durée de vie, le dépôt intermédiaire prévu à Würenlingen (AG) sera construit et géré par la société ZWILAG (Zwischenlager Würenlingen AG), regroupant les quatre exploitants des centrales nucléaires suisses (Qui sont les Forces motrices bernoises, celles du nord-est de la Suisse, la centrale nucléaire de Gösgen-Däniken ainsi que celle de Leibstadt. Ce dépôt se situera dans les environs immédiats de l'Institut Paul-Scherrer). Ceux-ci ont décidé de prendre en main la construction d'une telle installation car ils seront prochainement confrontés à la reprise de leurs déchets traités à l'étranger. Comme, parallèlement, les capacités de stockage de la Confédération atteignent lentement leurs limites, que les aménagements actuels doivent être modernisés et que la construction de dépôts finals par la CEDRA accuse un certain retard, les exploitants des centrales nucléaires se sont lancés dans la réalisation d'un dépôt intermédiaire central pour déchets nucléaires devisé à quelque CHF 250 millions, dont la mise en service est prévue pour 1996 (En juillet, ZWILAG SA a déposé une demande d'autorisation générale auprès du CF). Cependant, lors du délai d'opposition, plus de 10'000 objections ont été formulées, provenant à raison de 94% d'Allemagne. Les opposants demandent que l'autorisation générale ne soit pas accordée. Les principaux arguments qu'ils avancent contre son octroi résident dans l'absence de recherche d'autres sites possibles, dans le défaut de protection contre les accidents, dans la non-étanchéité des conteneurs d'entreposage, dans les rejets ayant lieu au cours de l'exploitation normale du dépôt et dans le danger constitué par les transports de déchets. Ils craignent également que le dépôt, d'intermédiaire, ne devienne définitif. Ils arguent pour cela de la forte densité d'installations nucléaires dans la région, de la potentialité trop élevée de dangers d'accidents dûs à des événements extraordinaires ainsi que des trop grandes émissions radioactives.

Dans le cadre du stockage des déchets faiblement et moyennement radioactifs, le Conseil fédéral a exigé, en réponse à la requête de la CEDRA de 1988, la simultanéité des travaux sur les trois sites (Oberbauenstock (UR), Ollon (VD) et Piz Pian Grand (GR)) initialement envisagés (Le site du Wellenberg (NW) fut envisagé, par la CEDRA, par la suite). Dans ce contexte, les gouvernements uranais et grison s'élevèrent contre la proposition de la Division principale de la sécurité des installations nucléaires (DSN) recommandant la construction d'une galerie de sondage sur le seul lieu de l'Oberbauenstock. Sur trois des quatre sites, les travaux préparatoires sont terminés (Piz Pian Grand, Oberbauenstock) ou le seront dans deux ans (Wellenberg, NW). Le gouvernement recommanda donc à la CEDRA de centrer ses efforts sur la réalisation de recherches concrètes au Bois de la Glaive (Ollon, VD). Toujours dans le cadre de cette réponse, le Conseil fédéral chargea le DFTCE d'élaborer un protocole d'accord avec les cantons directemement concernés par la procédure susmentionnée.

Dans un communiqué commun, l'ensemble des mouvements suisses d'opposition au stockage des déchets nucléaires – soutenus par Greenpeace, le WWF et les écologistes – sollicita la dissolution de la CEDRA, l'abandon des sondages précités ainsi que la mise au point d'un nouveau concept d'entreposage des déchets radioactifs (Ces mouvements sont: le Cado (VD), le mouvement d'opposition au dépôt de déchets radioactifs d'Aigle (VD), le Gruppo Piz Pian Grand Misox (GR), le comité Hiä Niä Uri, I'Arbeitsgruppe kritischer Wolfenschiessen et le comité MNA «pour une participation de la population de Nidwald aux décisions concernant le nucléaire»). Une telle innovation fut présentée par les conseillers nationaux Petitpierre (prd, GE) (Ip. 89.754) et Carobbio (ps, TI) (Mo. 90.415) qui, par le biais respectivement d'une interpellation et d'une motion, proposèrent d'entreposer les déchets incriminés dans l'enceinte même des centrales nucléaires en activité. Dans sa réponse au texte Petitpierre, le gouvernement fédéral rejeta cette possibilité, expliquant qu'un stockage dans un dépôt final souterrain était plus sûr et plus pratique qu'un entreposage à long terme dans un dépôt intermédiaire. Par ailleurs, à l'interrogation contenue dans le postulat de la députée Bär (gps, BE) (Po. 90.488) quant à l'interdiction de l'exportation de déchets dangereux vers les pays en développement, le Conseil fédéral mit en évidence une norme concernant celle des rebus radioactifs, inclue dans la nouvelle loi sur la radioprotection.

A la suite de l'acception, par la Landsgemeinde nidwaldienne, des trois initiatives – finalement déclarées recevables par le tribunal constitutionnel cantonal – accordant un droit de participation à l'assemblée populaire dans l'octroi de concessions pour le stockage des déchets radioactifs, la CEDRA a décidé de faire recours auprès du Tribunal fédéral et du tribunal constitutionnel cantonal afin de clarifier la répartition des compétences relatives à l'entreposage des déchets radioactifs en Suisse (L'exploitation d'installations atomiques se trouvant dans des galeries ou cavernes sera soumise à un devoir de concession; la compétence dans l'attribution des autorisations relatives à l'utilisation du sous-sol est du ressort de la Landsgemeinde. La votation eut lieu le 29 avril).

Cependant, c'est dans le canton de Vaud que la situation de la CEDRA fut la plus inconfortable puisque, suite à l'opposition de la commune d'Ollon et du Cado (Comité anti-déchets Ollon), elle ne put entreprendre ses travaux préliminaires. Un compromis intervint néanmoins en janvier entre les opposants et le Conseil d'Etat vaudois, selon lequel la CEDRA fut autorisée à effectuer, sans entrave, ses premières mesures. En échange, le gouvernement cantonal fit part à l'exécutif fédéral de «ses doutes quant au principe d'un dépôt définitif non contrôlé des déchets radioactifs».