Suite à la publication en automne 2012 d’un document confidentiel interne de la Nagra dont le contenu suggérait que la société nationale avait d’ores et déjà désigné les sites de dépôts de déchets radioactifs, le Ministère public de la Confédération (MPC) a ouvert en avril une procédure pour violation du secret de fonction.

L’Office fédéral de l’énergie (OFEN) a annoncé en novembre que le voyage de la délégation d'experts suisses à Majak (Russie), initialement prévu pour la mi-novembre 2012, avait été reporté. Les travaux préparatoires avec l'agence russe de l'énergie atomique Rosatom n'ayant pas pu être achevés à temps. La centrale nucléaire russe, d’où provenait l’uranium utilisé par la centrale de Beznau, avait fait l’objet d’accusations de pollution radioactive ces dernières années.

En automne de l’année sous revue, la Nagra s’est trouvée dans la tourmente. Dans son édition du 7 octobre, la « SonntagsZeitung » a publié un document confidentiel interne daté du 18 novembre 2011 portant sur les sites de dépôts de déchets radioactifs. Dans ces notes, la Nagra désigne les deux sites envisagés : le nord-est de Zurich (Weinland) stockerait les déchets hautement radioactifs et le Bözberg (AG), les déchets moyennement à faiblement radioactifs. Suite à ces révélations, des voix se sont élevées pour exiger la démission des dirigeants de la Nagra.

En fin d’année, l’OFEN a présenté les périmètres de planification provisoires délimitant l’aire géographique où les installations d’un dépôt en couches géologiques profondes pourraient être construites en surface (bâtiments d’exploitation ou administratifs, puits d’aération, accès routiers, etc.). Propres à chacune des régions d’implantation définies l’année précédente, ces périmètres permettent de déterminer le nombre de communes impliquées, lesquelles sont ensuite intégrées dans la participation régionale à travers des groupes de travail notamment.

Le chef du DETEC, Moritz Leuenberger, a créé un comité consultatif chargé de suivre le choix des sites pour le dépôt des déchets nucléaires hautement radioactifs. Il doit aider à repérer les objections, à voir comment intégrer la population et renforcer son acceptation. Le comité est composé de cinq personnes regroupant des pro- et des antinucléaires.

Le Conseil fédéral a donné suite à la demande de l’Institut Paul Scherrer (IPS) de pouvoir entreposer d’autres types de colis et à ce que les limites d’activité soient supprimées dans le dépôt intermédiaire fédéral pour déchets radioactifs (BZL). Il s’est basé sur l’expertise de la DSN et de la CSN, qui concluait que les obligations prévues permettaient de garantir une exploitation sûre du BZL.

Afin de prévenir un manque de place, la société Kernkraftwerk Gösgen-Däniken AG a déposé une demande de construction et d’exploitation d’une installation intermédiaire d’entreposage en piscine pour combustible usé d’une capacité de 1008 éléments combustibles usés. Celle-ci complétera le dépôt existant d’une capacité de 650 éléments combustibles usés. Le Conseil fédéral a octroyé à la centrale de Gösgen ladite autorisation. Il s’est appuyé sur les avis de la DSN et la CSA pour juger que l’exploitation de la nouvelle installation d’entreposage était sans danger. (Avec la nouvelle loi sur l’énergie nucléaire, les assemblages combustibles usés ne peuvent pas être exportés en vue de leur retraitement pendant une période de dix ans à compter du 1er juillet 2006. Sans le retraitement et sans la nouvelle installation, la société de Gösgen estime que la capacité du dépôt existant suffira jusqu’en 2008.)

L'OFEN a mis en consultation la demande de l'Institut Paul Scherrer (IPS) quant à une modification de l'autorisation d'exploiter le dépôt intermédiaire fédéral pour les déchets radioactifs (BLZ) à Würenlingen (AG). L'IPS demandait à pouvoir entreposer d'autres types de containers et à ce que les limites d'activité soient supprimées. Le BLZ sert à l'entreposage des déchets radioactifs issus de la médecine, de l'industrie et de la recherche. Deux oppositions en provenance d'Allemagne (commune de Waldshut et une association de protection de l'environnement) ont été déposées à l'OFEN.

L'Allemagne a donné raison à ses concitoyens en contestant le Benken comme site d'entreposage définitif des déchets radioactifs. Elle critiquait la procédure suisse et invitait Berne à reprendre à zéro son évaluation des solutions de stockage, moyennant des alternatives. Après les avoir gelé, les autorités allemandes ont rejeté les conclusions du groupe d'experts allemands (AkEnd) qu'elles avaient mandaté pour se pencher sur la procédure de sélection suisse. L'AkEnd avait conclu dans son rapport que cette dernière remplissait les exigences en place sur le plan international. La préférence accordée pour des raisons de sécurité au Benken en vue de la réalisation du dépôt suisse de HAA/LMA en profondeur lui paraissait justifié. Le reproche d'avoir intentionnellement choisi un site proche de la frontière était sans fondement. L'avis de AkEnd ne reflétait pas l'opinion du Ministère fédéral allemand.

Le dépôt intermédiaire central (ZWILAG) de Würenlingen (AG) a attaqué la deuxième étape des travaux. Une halle de dépôt pour les déchets faiblement et moyennement radioactifs sera construite. Les exploitants possèderont ainsi un espace nécessaire aux différentes manipulations. Cette halle permettra aussi de pallier au dépôt définitif de stockage du Wellenberg dont le chantier n’a toujours pas commencé. L’autorisation de mise en service de la halle d’entreposage pour les déchets hautement radioactifs et les assemblages combustibles épuisés a été retardée, car les experts ont remarqué que les températures des récipients étaient plus chaudes que ce qui était prévu. Des clarifications complémentaires ont été rendues nécessaires. La DSN est arrivé à la conclusion que bien que les conteneurs étaient à 120° au lieu de 60°, ils pouvaient être directement posés sur le sol en béton. Par conséquent, plus rien ne s’est opposé à l’octroi de l’autorisation à ZWILAG pour sa halle d’entreposage de déchets hautement radioactifs. Peu après cet accord, le dépôt a pu accueillir ses premiers combustibles usés en provenance de Leibstadt (AG). Ils ont été suivis par le transfert de matériaux contaminés de la centrale désaffectée de la Broye (VD). En octobre, Würenlingen a accueilli pour la première fois les déchets nucléaires issus du retraitement à l’étranger des éléments combustibles de centrales nucléaires suisses. Le premier convoi était en provenance de la Hague (F). Celui-ci rentrait dans le cadre de contrats qui prévoyaient le retour des déchets résultant du retraitement sous forme de résidus vitrifiés dans leur pays d’origine (le recyclage des barres usées produit 3% de résidus rendus inutilisables). Initialement, il était prévu qu’à leur retour ces déchets hautement radioactifs soient entreposés définitivement dans des souterrains inaccessibles. Mais vu les oppositions et en l’absence de solution, les autorités se sont décidées à un stockage provisoire. Grâce à l’aménagement de l’entrepôt pour les déchets hautement radioactifs, la condition essentielle au rapatriement a été remplie et les envois ont pu commencer. Comme la Suisse a déjà envoyé au retraitement 1000 des 1200 tonnes prévues dans les contrats, Würenlingen servira aussi à l’entreposage de combustibles usés non retraités. Les premiers résidus vitrifiés revenus de la Hague (F) représentent le début d’une série de 26 envois, qui s’échelonneront sur de nombreuses années, au rythme d’un à deux transports par an. Greenpeace a manifesté pour dénoncer les dangers du retraitement et du transport des déchets, mais elle n’a pas cherché à l’entraver estimant normal qu’un pays reprenne ses déchets.

Les convois nucléaires en direction de Sellafield (GB) ont pu reprendre en mai. L’instance de surveillance de la Confédération (DSN) a de nouveau autorisé les transports – interdits l’année précédente pour cause de danger –, après que l’usine ait su satisfaire les conditions exigées par son homologue anglaise (Nuclear Installation Inspectorate, NII). Greenpeace a protesté auprès du DETEC et a tenté d’arrêter le convoi.

Entre l'usine de retraitement de La Hague (F) et la Suisse, les transports d'éléments combustibles usés ont pu être effectué normalement. A cause de problèmes de sécurité dans l'installation de retraitement de Sellafield (GB), la DSN a interdit tout transport vers l'Angleterre et attendait une prise de décision de l'autorité britannique de sécurité NII pour permettre de nouveaux transports. La DSN a maintenu son interdiction d'exportation de déchets en Russie. Concernant tous ces transports d'atome hors de Suisse, Greenpeace a protesté en organisant un sit-in et en attaquant l'OFEN par le biais d'un rapport.

Le Conseil fédéral a proposé d'accorder la garantie sans réserve de la Constitution de Nidwald. Cette dernière avait été modifiée en 1990 de telle manière que la compétence en ce qui concerne l'octroi de concessions pour l'utilisation du sous-sol soit transférée à la Landsgemeinde du canton. L'objectif de cette révision constitutionnelle consistait à permettre aux autorités cantonales d'avoir le dernier mot sur la question de la concession pour le stockage de déchets radioactifs, envisagé par la CEDRA sur la commune de Wellenberg. Sur la base de l'examen de la répartition des compétences entre la Confédération et les cantons dans le domaine de l'énergie atomique, le Conseil fédéral a estimé que les nouvelles dispositions constitutionnelles ne permettaient pas au canton de Nidwald de refuser pour des raisons de sécurité une concession pour l'utilisation du sous-sol en vue du stockage définitif de déchets radioactifs et, donc, que la question de la sécurité d'une installation atomique devait être examinée de façon exhaustive par la Confédération. Le refus d'une concession par les autorités cantonales n'est envisageable que pour des motifs relevant de la police des constructions ou de l'aménagement du territoire. Ces remarques faites, le gouvernement a tout de même admis que ces nouvelles dispositions n'étaient pas en contradiction avec le droit fédéral. Les Chambres fédérales ont ajourné leur décision, étant donné que plusieurs recours de droit public étaient encore pendants auprès du Tribunal fédéral.