Le 15 mai, les Vaudois ont rejeté à 63% le projet fédéral de stockage des déchets radioactifs. Comme le prévoit la Constitution vaudoise, les citoyens étaient invités à prendre position, à titre consultatif, sur le stockage de déchets nucléaires en couches géologiques profondes.

Lors d’un vote consultatif, les Nidwaldiens ont, pour la quatrième fois, refusé le stockage des déchets radioactifs au Wellenberg. Une majorité de 79.7% des participants s’y sont opposé, suivant ainsi la prise de position des autorités cantonales et des principaux partis.

Muni de 14'969 signatures, l’initiative cantonale "Atomfragen vors Volk" a été déposée auprès des autorités zurichoises. Elle exige que les zurichois puissent donner leur avis quant à la concession pour l’installation d’un dépôt de déchets hautement radioactifs au Benken (ZH). Côté allemand, les opposants se sont également mobilisés contre le projet. Le Conseil de l’environnement du lac de Constance a demandé au ministre allemand de l’environnement de défendre les intérêts de la région face à la Suisse. A la fin de l’année, la NAGRA s’est prononcée en faveur de la commune de Benken pour le projet d’entreposage définitif de déchets hautement radioactifs . Pour elle, le Weinland zurichois constitue une "zone de première priorité" en raison de sa géologie. Elle propose à la Confédération de se concentrer sur le site de Benken pour la suite des démarches. Une décision du Conseil fédéral est prévue pour 2006.

Malgré l’appui de Moritz Leuenberger, les nidwaldiens ont, comme en 1995 (en 1995, un projet qui liait sondage et entreposage définitif avait été rejeté à 52,5%), refusé le projet de galerie de sondage au Wellenberg (NW) par 57,5% des voix, participation 71,3%. Avec ce non, ils ont désavoué leur Conseil d’Etat qui avait octroyé la concession, estimant que les conditions pour une telle galerie étaient remplies, même si certaines questions restaient ouvertes. Ce résultat négatif a été un revers pour la question de l’élimination des déchets radioactifs et diverses voix, dont la Société coopérative pour la gestion des déchets nucléaires au Wellenberg (GNW), se sont élevées pour demander l’élaboration de conditions-cadres qui permettent de trouver une solution politique au problème de ces déchets. La NAGRA devra remettre l’ouvrage sur le métier et trouver une alternative. Elle ne disposait pas de solution de rechange. Jusqu’à présent, les déchets faiblement à moyennement radioactifs provenant des centrales nucléaires suisses étaient placés dans les dépôts intermédiaires de ces centrales, tandis que ceux issus de la médecine et de la recherche allaient dans le dépôt intermédiaire (Zwilag) de Würenlingen (AG). Peu après le vote, le GNW a annoncé sa décision d’abandonner le projet au Wellenberg. Les recherches seront archivées et le site réaménagé.

Deux oppositions se sont faites connaître contre la concession pour la galerie de sondage du Wellenberg (NW) que le gouvernement de Nidwald avait octroyé à la Société coopérative pour la gestion des déchets nucléaires au Wellenberg (GNW). Les réfractaires, à savoir la station d’Engelberg et la commune de Klosterdorf, ont toutefois réussi à trouver un compromis avec le GNW et ont retiré leur plainte. La votation cantonale sur la galerie de sondage a été agendée en septembre 2002.

En 1998 et 1999, la CEDRA avait effectué des études du sous-sol à Benken (ZH) et avait conclu que le site était à même d’accueillir un dépôt de déchets moyennement ou hautement radioactivé. Par 99 voix contre 59, le parlement cantonal zurichois a refusé une initiative individuelle qui réclamait que le peuple décide par les urnes de la construction ou non du dépôt. En septembre, le mouvement contre un dépôt atomique à Benken ("Bedenken") et le comité d’intérêt pour l’énergie et l’habitat (IGEL) ont lancé une initiative cantonale "Atomfragen vors Volk" afin que le peuple puisse donner son avis sur la construction de la galerie de sondage, de même que l’autorisation pour la construction du dépôt et sa fermeture. L’initiative se veut aussi une garantie des droits populaires, car jusqu’à présent, un dépôt atomique pouvait être construit à Zurich sans l’accord de ses concitoyens.

Etudiant la demande d'étude de forage et de dépôt, les autorités nidwaldienne, sous conseil d'experts, ont jugé qu'elle remplissait les conditions et était donc de facto recevable. La votation était prévue pour l'automne 2001. C'est la deuxième fois après le non de 1995 que le souverain nidwaldien est appelé à retourner aux urnes sur le thème du dépôt de déchets nucléaires. Les associations écologistes et les stations touristiques ont déjà fait part de leur opposition.

Concernant le dépôt intermédiaire central pour déchets radioactifs de Würenlingen (AG), l’exécutif argovien a donné un avis favorable à la demande d’autorisation d’exploiter les installations de conditionnement et d’incinération du futur dépôt. La décision du Conseil d’Etat argovien s’est appuyée sur les examens et l’avis des experts de la Division principale de la sécurité des installations nucléaires (DSN) et de la Commission fédérale de la sécurité des installations nucléaires (CSA). Ces dernières ont conclu qu’une exploitation sûre des installations de conditionnement et d’incinération était possible si les recommandations et les charges retenues dans leurs rapports étaient exécutées. Les requêtes de la commune de Würenlingen, demandant de renforcer le contrôle lors de l’emballage et de la livraison des déchets radioactifs, n’ont pas été prises en compte par l’exécutif argovien.

La Coopérative pour l'entreposage des déchets radioactifs (CEDRA), ayant terminé les mesures sismiques dans la région argovienne du Mettauertal, s'est concentrée sur la région du Weinland dans le canton de Zurich. Cette région est l'un des sites possibles en vue d'un dépôt final pour déchets hautement radioactifs prévu pour l'an 2045. Les forages d'essai ont suscité la colère des associations antinucléaires «Bedenken» et «Igel» qui ont manifesté sur les lieux et déposé une initiative cantonale dans le canton de Zurich intitulée «Pour la codécision en matière d'entrepôts nucléaires». Cette initiative réclame une modification de la Constitution cantonale et des lois s'y rapportant, afin de soumettre à l'approbation populaire la question de l'entreposage de déchets nucléaires. En outre, le recours, déposé en 1997 par «Bedenken» et 27 particuliers contre l'autorisation de construire une installation de forage octroyée par la commune de Benken (ZH), a été débouté en deuxième instance par le tribunal administratif cantonal.

C'est au terme d'une campagne extrêmement vive que la population du canton de Nidwald – appelée à se prononcer à titre consultatif sur la prise de position de leur gouvernement et, par ailleurs, sur l'octroi des deux concessions – a décidé de désapprouver les deux objets qui lui étaient soumis avec respectivement 51,9% et 52,5% des voix lors de la votation du 25 juin. Premier vote cantonal à se dérouler dans le secret de l'isoloir et non lors d'une Landsgemeinde, la participation a atteint 72,3%. Les partisans du projet – les autorités cantonales et communales ainsi que les partis bourgeois – avaient motivé leur position en invoquant entre autres la nécessité de trouver une solution à un problème d'importance nationale. Du côté des opposants, le parti socialiste, le mouvement Nidwald démocratique, plusieurs organisations écologistes nationales et les communes avoisinantes de Dallenwil et d'Engelberg (OW) avaient notamment argué que le site du Wellenberg avait davantage été retenu pour des motifs politiques que scientifiques.

Les deux initiatives populaires visant à interdire le transport de substances radioactives sur le territoire des demi-cantons de Bâle-Ville et Bâle-Campagne ont été déclarées irrecevables par les deux parlements bâlois. Ceux-ci ont ainsi suivi la recommandation de leurs gouvernements respectifs qui avaient jugé ces deux initiatives contraires au droit fédéral.

Les deux initiatives populaires dans les cantons de Bâle-ville et Bâle-campagne contre le transport de substances radioactives ont abouti. Ces initiatives exigent qu'aucun déchet radioactif de centrales nucléaires ou d'autres origines ne transite sur le territoire des deux demi-cantons.

Au soulagement de la CEDRA, la Landsgemeinde du canton de Nidwald a rejeté l'initiative populaire du comité «pour une participation du peuple de Nidwald en matière d'installations atomiques». Celle-ci visait à modifier la loi cantonale sur les ressources minières en l'étendant à la marne argileuse, présente en grande quantité sur l'emplacement envisagé pour la construction du dépôt. Une telle modification aurait eu pour effet de soumettre le site de Wellenberg à l'octroi d'une concession cantonale et par conséquent au vote de la Landsgemeinde. Après les trois initiatives populaires du même comité, adoptées en 1990 par la Landsgemeinde, c'est la première fois que le comité nidwaldien essuyait un échec devant les électeurs. Comme le gouvernement, les partis bourgeois s'étaient prononcés contre l'initiative.

Dans les cantons de Bâle-ville et Bâle-campagne, deux initiatives visant chacune à interdire le transit de camions et de trains transportant des matières radioactives ont été lancées.