Le Conseil fédéral a accepté le rapport d’activité des trois anciennes régies fédérales. La Poste, Swisscom et les CFF avaient pour l’essentiel atteint les objectifs fixés par le gouvernement. Leurs activités en 2000 rentraient dans le cadre fixé pour la période 1997-2001 (1998-2002 pour les CFF). Seules ombres au tableau : premièrement, le personnel des chemins de fer s’avérait insatisfait dans les enquêtes périodiques conduites par les CFF; deuxièmement, les bases financières de La Poste étaient trop étroites en vue de la libéralisation du marché européen. Le gouvernement aurait dû renouveler les objectifs pour les ex-régies, mais il n’a pas pu le faire, car son projet de lier La Poste et Swisscom a été chahuté. Les Chambres ont eux aussi approuvé le rapport du gouvernement sur la réalisation des objectifs stratégiques assignés aux CFF, à La Poste et à Swisscom en 2000.

Les augmentations de salaire des six directeurs des CFF – ils devaient se partager un salaire de CHF 3,6 millions – ne sont pas passées inaperçues et l’affaire s’est politisée. La commission des transports et des télécommunications du Conseil national, ainsi que la Délégation des finances, ont demandé au Conseil fédéral de faire la lumière sur les rémunérations des cadres et sur la stratégie qu’il avait adoptée à l’égard des entreprises, qui lui sont encore liées. Elles voulaient aussi en savoir plus sur les indemnités et les parties liées à la prestation (bonus) versées aux membres des conseils d’administration. Néanmoins, les CFF étant une société anonyme, la Délégation des finances reconnaissait que les salaires versés respectaient les dispositions légales. Malgré ce battage, le conseil d’administration des CFF a approuvé la hausse des salaires accordée aux six directeurs de l’entreprise. Le total de leur traitement a toutefois été fixé à CHF 2,1 millions. En plus, un maximum de CHF 1,07 millions pourra être versé pour l’ensemble du bonus. A sa demande, Benedikt Weibel (directeur général) touchera CHF 120'000 de moins que prévu. Lors de sa session de printemps, le Conseil national a tiré à boulets rouges contre les augmentations massives de salaire que les dirigeants des CFF et de La Poste s’étaient octroyées. Le Conseil fédéral a été pris à partie par de nombreux parlementaires de tous bords, qui lui reprochaient sa passivité en tant qu’actionnaire majoritaire. Le seul parti n’hurlant pas avec les loups a été le PRD. Dans une réponse écrite, Moritz Leuenberger a promis un rapport complet sur la question des salaires dans les entreprises publiques, tout en précisant que le rapprochement avec le privé avait été voulu par ces mêmes partis. Approuvant le rapport commandé suite à l’émoi des hauts salaires publics, le Conseil fédéral a jugé que les salaires des cadres des ex-régies et des entreprises proches de la Confédération n’étaient pas exagérément rétribués. Le document passait au crible les pratiques de La Poste, de Swisscom, des CFF, de la RUAG, de la BNS, de la SUVA, de la SSR et de l’Institut fédéral de la propriété intellectuelle. En comparaison avec le secteur privé ou les entreprises semblables à l’étranger, l’étude montrait que les rémunérations restaient dans une "frange inférieure". Pour l’Etat, il était hors de question qu’il intervienne dans un domaine du ressort de l’autonomie de gestion des sociétés. Bien qu’il ait renoncé à fixer des limites, le Conseil fédéral a souhaité une publication régulière des salaires des directeurs. Cette mesure de transparence devait à ses yeux avoir un effet "préventif" contre les rémunérations excessives. En outre, un groupe de travail planchera sur la définition de certains "principes", dont notamment la différence essentielle qu’a établi le Conseil fédéral entre les salaires des membres des conseils d’administration et ceux des dirigeants, soit entre la responsabilité politique et la gestion opérationnelle, plus directement soumise aux lois du marché. Ces lignes directrices devront également orienter l’évaluation des bonus et des avantages dans la prévoyance professionnelle. Swisscom sera toutefois dispensé de respecter ces recommandations. Le Conseil fédéral craignait de donner un "mauvais signal" et de nuire au cours de l’action en Bourse. Si le gouvernement jugeait les salaires acceptables, les cadres des entreprises concernées ne sortaient pas blanchis de l’examen qu’ils avaient subi. Le Conseil fédéral concédait que certaines entreprises avaient manqué de sensibilité politique, soit en forçant un peu la note en matière de salaire, de bonus ou de prévoyance professionnelle, soit en procédant à des augmentations avec une certaine précipitation.

Les membres de ce groupe ont rendu leur rapport à la fin de l'été. Estimant qu'il était indispensable de réduire le coût des NLFA de CHF 18 à 13 milliards (prix 1995) si l'on entendait avoir une chance de les financer, les experts du DFF et du DFTCE ont proposé deux variantes signifiant un redimensionnement conséquent des projets initiaux. Selon les deux scénarios, seuls les tunnels de base seraient en effet construits, du moins dans un premier temps, sans les voies d'accès ni le raccordement de la Suisse orientale. La première variante, estimée à CHF 11.3 milliards, consisterait à construire simultanément les deux tunnels de base, mais en réduisant le Lötschberg à une seule voie. La seconde variante, d'environ CHF 12.4 milliards, reviendrait à construire le seul tunnel de base du Gothard dans une première étape, renvoyant à plus tard la construction du Lötschberg (sur deux voies), qui ne serait opérationnel qu'en 2015. Dans les deux variantes, la ligne du Gothard - à laquelle s'ajouteraient les tunnels du Monte-Ceneri (TI) et du Zimmerberg (ZH) - absorberait la quasi-totalité du trafic de marchandises, ce qui, selon les estimations des experts, serait à la mesure de ses capacités. Le groupe de travail a justifié le sacrifice du Lötschberg en soulignant que la nécessité de cette transversale n'était pas absolue pour le trafic de marchandises. Au sujet du renoncement aux voies d'accès, les membres du groupe de travail ont estimé que les nouvelles technologies ferroviaires (train à caisson inclinable) apportaient des solutions suffisamment efficaces, notamment du point de vue de la rapidité. Enfin, selon les hauts fonctionnaires des deux départements, la Suisse ne manquerait cependant pas à ses engagements européens, puisque le temps de parcours n'augmenterait pas de plus de dix minutes.

Au sujet du financement, le groupe de travail a envisagé un plan d'action spécial qui ne ferait appel à l'emprunt que dans une proportion de 25 pour cent (CHF 500 millions par an) et serait alimenté par les deux tiers du produit de la future redevance poids lourd liée aux prestations (CHF 400 millions par an), par une taxe ferroviaire ponctionnée sur le trafic voyageurs et marchandises (50 millions) ainsi que par une hausse de 10 centimes des droits sur les carburants (600 millions). A ces recettes s'ajouterait, comme prévu dans l'arrêté voté en 1991, une partie du revenu actuel des droits de douanes sur les carburants (450 millions). L'ensemble de ces ponctions ne serait effectué que le temps d'achever les différents projets et servirait également - conformément aux souhaits exprimés par les partis gouvernementaux - à couvrir le financement d'autres infrastructures (Rail 2000, raccordement de la Suisse romande au réseau à grande vitesse, programme antibruit). Pour en accroître l'acceptabilité politique, ces nouvelles taxes alimenteraient en outre le compte routier pour un montant de CHF 300 millions annuels.