Am 27. September kündigte Doris Leuthard dann ihren definitiven Rücktritt per Ende 2018 an und erfüllte damit den vielseitigen Wunsch einer Doppelvakanz – lediglich zwei Tage vor der Aargauerin hatte Johann Schneider-Ammann seinen Rücktritt ebenfalls auf Ende Jahr bekannt gegeben. Die CVP-Magistratin gab zu Protokoll, dass der Doppelrücktritt nicht abgesprochen gewesen sei. Schneider-Ammann habe eigentlich gesagt, dass er bis zum Ende der Legislatur bleiben werde, während sie schon lange gewusst habe, dass für sie Ende 2018, also nach über zwölf Jahren, Schluss sei. Weil aber die Spekulationen ins Kraut geschossen seien, habe sie beschlossen, ihren Rücktritt einen Tag früher als geplant zu verkünden. Leuthard erwähnte zudem, dass sie selber eine Doppelvakanz durchaus auch kritisch sehe, da eine solche immer auch mit Unsicherheiten und der Wahrscheinlichkeit personeller Wechsel in den Departementen versehen sei.
Ihre Rücktrittsverlesung vor dem Parlament verlief einigermassen emotional; unter Tränen sagte die Magistratin, dass sie die Arbeit sehr gerne gemacht habe und hoffe, dass man damit zufrieden sei. Die ehemalige Vorsteherin des Volkswirtschaftsdepartements (2006 bis 2010) – damals EVD, heute WBF – und aktuelle Vorsteherin des UVEK (zwischen 2010 und 2018) gab eine gewisse Amtsmüdigkeit zu. Die Arbeit im Bundesrat sei schwieriger geworden, was auch der zunehmenden Parteipolarisierung geschuldet sei. Man müsse in der Politik wieder vermehrt Lösungen suchen statt Probleme zu bewirtschaften. Viele Probleme könnten zudem nicht mehr aus einer rein schweizerischen Perspektive gelöst werden; ohne internationale Vernetzung könnten die Interessen der Schweiz gar nicht mehr vertreten werden. Auch den zunehmenden Druck der Parteien auf ihre jeweiligen Bundesrätinnen und Bundesräte beurteilte Leuthard als negative Entwicklung für das Regierungskollegium.
Die CVP-Magistratin erhielt viel Lob. So hoben die FDP und die SVP ihre Verdienste bei der Sicherstellung und Finanzierung der Verkehrsinfrastruktur hervor, während die SP die Energiepolitik mit der eingeleiteten Energiewende lobte. In der Tat hatte sich die Aargauerin von einer Atombefürworterin (die Aargauer Zeitung erinnerte an ihren Übernamen «Atom-Doris») zur massgeblichen Treiberin des Atomausstiegs gewandelt – was ihr die BaZ in ihrer Rückschau freilich auch als Opportunismus vorwarf. In den Medien wurde auch vorgerechnet, dass Leuthard von 18 Volksabstimmungen, die sie jeweils als Departementschefin zu vertreten gehabt hatte, deren 16 gewonnen habe – einzig die Zweitwohnungsinitiative und das Referendum gegen die Autobahnvignette (Finanzierung des Nationalstrassennetzes) habe sie trotz ihres Kommunikationstalents und ihrer aussergewöhnlichen Dossierkenntnis nicht zu ihren Gunsten entscheiden können. Le Temps bezeichnete die abtretende Magistratin deshalb als «artiste de la démocratie directe». Der Blick feierte sie als «eine der erfolgreichsten Bundesrätinnen aller Zeiten» und im St. Galler Tagblatt wurde sie als «Ausnahmepolitikerin» gewürdigt, die sich als «Glücksfall für das Land» entpuppt habe: «Ihr politischer Instinkt gepaart mit Bodenhaftung und Charme» habe sie in der Bevölkerung sehr beliebt gemacht. Die NZZ erklärte ihren Abstimmungserfolg mit ihrem Instinkt für Mehrheitsfähigkeit; allerdings habe ihr auch der Mut für Neues gefehlt. Als Wermutstropfen in Leuthards Amtszeit wurde der Subventionsskandal der Postauto AG erörtert, der allerdings nicht an ihr haften bleiben dürfte, weil die politische Verantwortung eher bei der Finanzkontrolle liege – so die Aargauer Zeitung. Die Medien waren sich zudem nicht einig, ob das neue, noch von Leuthard initiierte Mediengesetz zu loben oder zu verwerfen sei. Den einen war das Papier zu SRG-freundlich und führe mittelfristig zu staatlicher Medienförderung, die anderen unterstützten den darin verpackten Vorwurf an die fehlende Innovationsfreudigkeit privater Medien.

Ein weiteres zentrales Thema in der Verkehrspolitik war die Sanierung des Gotthard-Strassentunnels. Im Parlament wurden dazu verschiedene Vorschläge eingebracht und auch private Stimmen meldeten sich in der öffentlichen Diskussion zu Wort. Mit der Wahl der Variante „2. Röhre ohne Kapazitätserweiterung“ vollzog der Bundesrat eine Kehrtwende, von der viele Akteure überrascht wurden. Die bundesrätliche Absicht dürfte im Folgejahr bekämpft werden.

Im Vorfeld der FABI-Debatte im Ständerat bemühten sich Städte, Regionen und Kantone, ihre eigenen Interessen bezüglich Ausbaus der Bahninfrastruktur zu positionieren. Da die in der bundesrätlichen Botschaft vorgesehenen CHF 3,5 Mrd. nicht alle Wünsche finanzieren können, war das Berichtjahr geprägt von Manövern und Allianzen der verschiedenen Akteure. Der Ständerat nahm weitere Projekte in das Ausbaupaket der Bahninfrastruktur auf und erhöhte die Mittel auf über CHF 6 Mrd. Die ständerätlichen Ergänzungen sind zumindest teilweise als Kompromiss zwischen den Landesteilen zu deuten. FABI geht 2013 in den Nationalrat – das Ringen um Anteile am Bahnausbaupaket dürfte damit auch im Folgejahr die Verkehrspolitik bestimmen.

Das zentrale verkehrspolitische Thema des Berichtsjahrs war das allmähliche Erreichen der Kapazitätsgrenzen auf Strasse und Schiene. Bei beiden Verkehrsträgern gilt es, in den nächsten Jahren einen grossen Investitionsbedarf zu finanzieren. Die Begehrlichkeiten sind hoch, die Bereitschaft und Möglichkeiten zur Generierung der entsprechenden Mittel hingegen beschränkt.

Au printemps, face à cette polémique croissante, le Conseil fédéral - qui depuis l'été 1994 n'avait pu s'exprimer d'une seule voix - a affirmé sa volonté de réaliser les deux tunnels simultanément, rejetant ainsi l'option d'échelonnement des deux projets défendue par Otto Stich au profit de celle chère à Adolf Ogi. Le gouvernement a justifié sa volonté en faisant référence notamment aux engagements européens de la Suisse, à la nécessité de respecter les choix populaires ainsi qu'aux dangers que la décision de ne construire qu'un seul tunnel ne manquerait pas de faire courir à la cohésion nationale. Sur la question du financement en revanche, le gouvernement a décidé de ne pas soumettre, contrairement à ce qui était prévu, le deuxième crédit d'engagement de CHF huit milliards au parlement, estimant que l'aspect financier devait être repensé. Prenant acte des conclusions de l'expertise londonienne, il a souligné notamment que le financement des deux NLFA ne devait pas se baser principalement sur des emprunts, mais sur des contributions à fonds perdus provenant de différents impôts indirects. Ces taxes permettraient de financer au fur et à mesure la construction des transversales alpines et diminueraient la charge financière que devront assumer les générations futures. Afin de repenser totalement l'aspect financier, le Conseil fédéral a cependant chargé un groupe de travail, composé des plus hauts fonctionnaires du DFF et du DFTCE, d'élaborer des propositions.
Sur la question du financement, il est à noter en outre que le parlement a transmis une motion Danioth (Mo. 95.3050) (pdc, UR) exprimant également la préoccupation que le cumul des intérêts ne rende impossible le remboursement des sommes empruntées pour la construction des NLFA. La motion demande en effet au CF de proposer un nouvel arrêté fédéral concernant le financement des NLFA de manière à permettre que les sommes provenant des droits sur les carburants soient octroyées comme contributions à fonds perdus, et non comme prêts remboursables. Le CN a adopté une motion Schmidhalter (Mo. 95.3058) (pdc, VS) à contenu similaire.

La controverse concernant la construction d'un ou de deux tunnels ainsi que leur financement s'est poursuivie en 1995. En début d'année, deux événements ont notamment contribué à échauffer les esprits. D'une part, la prise de position du conseiller national zurichois Blocher (udc) en faveur, pour des raisons financières, de la construction du seul tunnel du Gothard n'a pas manqué de susciter de vives réactions tant de la part du conseiller fédéral Ogi que des cantons bernois et romands. Les cantons romands et bernois ont dénoncé - notamment lors d'une manifestation de soutien au Lötschberg qui s'est tenue à Berne et qui a réuni les milieux économiques et politiques des cantons concernés - le fait que cette proposition ne prenne en compte que les intérêts du pôle économique zurichois, négligeant totalement ceux de la Suisse occidentale. Ils ont en outre souligné que, si seules des considérations d'équilibre budgétaire devaient être prises en compte, la construction du Lötschberg s'imposait, son coût étant moins élevé et sa réalisation plus rapide.

D'autre part, la publication d'un rapport commandé à un bureau londonien par le DFTCE a confirmé les craintes de ceux qui, à l'instar du chef des finances Otto Stich, doutaient fortement de la rentabilité des NLFA. L'étude des experts anglais a en effet souligné que la rentabilité des transversales alpines reposait sur certaines conditions, dont la réalisation ne pouvait de loin pas être tenue pour garantie. Plus précisément, l'expertise a mis en évidence le fait que, pour avoir une chance de rembourser les prêts en 2070, il serait indispensable d'augmenter de 15 pour cent les tarifs du transport ferroviaire et d'accroître, dans la même mesure, les coûts du transport routier afin que le rail conserve sa compétitivité. De plus et surtout, ces hausses devraient être valables à l'échelle européenne - ce qui présuppose une politique de coordination en la matière - afin d'éviter que les transporteurs routiers ne préfèrent contourner la Suisse. En conclusion de leur étude, les experts londoniens ont souligné que si ces conditions devaient ne pas être remplies, les intérêts mêmes des emprunts pourraient être difficiles à rembourser, ce qui signifierait un accroissement incontrôlable de la dette. Outre le coût global des NLFA, l'étude londonienne a également analysé la rentabilité des différentes variantes en discussion. Ainsi, elle a estimé que la construction de la seule galerie de base du Gothard, à laquelle s'ajouteraient uniquement dans un second temps les voies d'accès, était la solution la plus économique. Les autres alternatives retenues par l'étude londonienne se classent ainsi (par ordre de coût croissant): la construction simultanée du Gothard et des voies d'accès, la construction du Lötschberg suivie de celle du Gothard, la construction échelonnée inverse des deux axes, la construction simultanée des deux axes.

Le choix de variantes pour le tracé de chacune des NLFA a été source de plusieurs conflits. Pour la ligne du Gothard, les problèmes furent particulièrement débattus dans les cantons d'Uri et de Schwyz. Le gouvernement uranais s'est notamment déclaré opposé aux quatre variantes proposées en consultation. Des groupes écologistes schwytzois ont également manifesté leur mécontentement face aux choix proposés. Au Tessin, le gouvernement cantonal a également rejeté la variante officielle. Selon le DFTCE, les exigences de ces trois cantons (TI, SZ, UR) renchériraient le coût de la NLFA de CHF 1.6 milliards. Concernant le Lötschberg, les cantons du Valais et de Berne sont parvenu à un accord sur une variante. Celle-ci s'étant révélée trop chère, chacun dut faire quelques concessions en rationalisant le tracé afin de respecter l'enveloppe budgétaire.

Pour tenter d'aplanir ce différend, une rencontre entre les quatre partis gouvernementaux et le Conseil fédéral s'est saisie du problème. Il a été proposé, eu égard aux difficultés financières de la Confédération, de procéder à une réalisation par étape des NLFA. Un tel échelonnement pourrait s'opérer en donnant la priorité à la construction des deux tunnels et en repoussant la réalisation des voies d'accès. Dans le plan financier 1995–1997, le gouvernement a d'ailleurs réduit de 20 pour cent le montant prévu pour les CFF et le BLS.

Face au déficit des finances fédérales, les investissements nécessaires à la construction des deux tunnels projetés pose le problème suivant: faut-il choisir l'un des deux ouvrages et abandonner l'autre, ou étaler la construction dans le temps. De fait, une sorte de concurrence est née entre les tunnels qui a vu s'affronter les défenseurs de chacun. Otto Stich a suggéré que le Lötschberg soit délaissé au profit du Gothard, ce qui a provoqué les protestations des gouvernements bernois et valaisan. Les promoteurs du Lötschberg (Berne, Valais et BLS) ont exigé une stricte égalité entre leur axe et celui du Gothard. Adolf Ogi a tout d'abord déclaré que le premier projet prêt serait mis en oeuvre en priorité. Par la suite, il s'est cependant engagé en faveur d'une construction simultanée des deux tunnels. Il a notamment défendu cette position en réponse à une interpellation urgente Bloetzer (pdc, VS) (Ip. 93.3262). Le conflit fut croissant entre le DFF et le DFTCE et leurs chefs respectifs.

Dans son programme de législature, le Conseil fédéral s'est fixé comme but de poursuivre la réalisation du thème central de son action depuis quelques années: freiner la croissance du trafic, notamment en transférant le trafic routier vers d'autres moyens de transports, comme le rail par exemple, ce qui suppose le développement de l'infrastructure ferroviaire. A ce sujet, le gouvernement a relevé la nécessité d'inscrire la réflexion suisse dans un cadre européen. De fait, il a estimé fondamental de ratifier le traité sur le transit, d'édicter la législation relative à l'arrêté sur le transit alpin (NLFA) et d'améliorer l'accès au réseau TGV. En outre, il entend continuer la réalisation du projet Rail 2000 et s'attaquer aux problèmes structurels des CFF. Par ailleurs, il a déclaré vouloir améliorer la sécurité routière et poursuivre, dans la mesure des moyens à sa disposition, l'achèvement du réseau des routes nationales. Les considérations environnementales n'ont pas été absentes du programme et le Conseil fédéral a dit vouloir, à ce sujet, mettre en ceuvre certaines taxes, notamment sur les poids lourds, et promouvoir les transports publics.

L'année 1990 fut décisive pour les grands projets de la Confédération en matière de transports. En premier lieu, le rejet des initiatives anti-autoroutes en votation populaire a levé le dernier obstacle à l'achèvement du réseau des routes nationales. Ensuite, la volonté d'améliorer les transports publics et combinés s'est manifestée par la publication du message du Conseil fédéral sur les nouvelles transversales alpines, la décision d'accélérer les procédures d'approbation des plans pour Rail 2000 et les efforts faits pour se raccorder au réseau ferroviaire européen à grande vitesse. Le gouvernement espère que le développement de cette infrastructure permettra d'absorber l'accroissement exponentiel de la mobilité, de transférer une partie du trafic de la route au rail, de fluidifier la circulation routière et de soulager ainsi l'environnement. A cet effet, il désire d'ailleurs aller, à l'avenir, dans le sens d'une meilleure application du principe du pollueur-payeur et faire supporter les dégâts faits à la nature ou à la santé publique à ceux qui les occasionnent par le biais de diverses taxations.