Kurz nach der Abstimmung zur "Milchkuh-Initiative", die wie ein Damokles-Schwert über dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrs-Fonds (NAF) gehangen hatte und überraschend deutlich abgelehnt worden war, nahm der Nationalrat als Zweitrat die Debatte über den NAF auf. Die KVF-NR beantragte dem Rat Eintreten auf die Entwürfe 1, 3 und 4, aber Nichteintreten auf den Entwurf 2, dem Bundesgesetz zum NAF. Der Nichteintretensantrag folgte automatisch aus der Ablehnung in der Kommissionsabstimmung: Kommissionsmitglieder von rechts lehnten den Entwurf wegen der enthaltenen Erhöhung des Mineralölsteuerzuschlags ab und Kommissionsmitglieder von links stimmten wegen den zu hohen Kosten für die Bundeskasse gegen den Entwurf. Eine Minderheit Burkart (fdp, AG) verlangte Eintreten auf Entwurf 2 und eine Minderheit Rytz (gp, BE) wollte die Vorlagen 1 bis 4 mit dem Auftrag, vor der Beratung des NAF eine Gesamtschau der Verkehrsentwicklung bis 2040 unter Berücksichtigung aller Verkehrsträger und -mittel vorzulegen, an den Bundesrat zurückweisen. Der Antrag Burkart wurde einstimmig angenommen, der Antrag Rytz mit 141 gegen 51 Stimmen (1 Enthaltung) abgelehnt. In der folgenden Debatte zum Bundesbeschluss über die Schaffung des NAF wurden Anträge aus allen Richtungen abgelehnt: Erfolglos verlangte Jürg Grossen (glp, BE) mit seinen Anträgen zur Besteuerung von Elektrofahrzeugen, dass die Abgabe sich an der Leistung orientiere und dass eine bestimmte Marktdurchdringung durch die E-Mobilität gegeben sein müsse, bevor die Abgabe in Kraft trete. Die Anträge von Evi Allemann (sp, BE), welche die Schonung der Bundeskasse beabsichtigten, wurden ebenso abgelehnt wie die Anträge von Ulrich Giezendanner (svp, AG) oder Walter Wobmann (svp, SO). Die Annahme der Mehrheitsanträge führte dazu, dass in der umstrittenen Frage der Erhöhung des Mineralölsteuerzuschlags die Erhöhung um 4 Rappen gemäss Ständerat angenommen wurde, bei der Zweckbindung der Mineralölsteuererträge aber eine Differenz zum Ständerat geschaffen wurde: Hatte dieser eine Zweckbindung von "maximal" 60% nach zwei Jahren beschlossen, so entschied der Nationalrat für "fix" 60% sofort bei Inkrafttreten. Weiter beschloss die grosse Kammer, dass der Strassenfonds bei grösseren Sparprogrammen des Bundes nicht angetastet wird. Der Rat verwehrte dem Bundesrat zudem die Kompetenz zur Anpassung der Benzinsteuer an die Teuerung. Dem Entwurf 1 wurde schliesslich mit 132 zu 62 Stimmen zugestimmt und die weiteren Entwürfe wurden ebenfalls deutlich angenommen. Aussergewöhnlich war das Abstimmungsresultat zum Netzbeschluss (Entwurf 3): 150 Ja-Stimmen standen 43 Enthaltungen aus den Reihen von SP und Grünen gegenüber.
Im Rahmen der Debatte zum NAF wurden zwei weitere Geschäfte behandelt: Zum Einen die Motion der KVF-SR 16.3009, welche vom Bundesrat bis Ende 2017 eine Vorlage zur Einführung einer E-Vignette verlangt, zum Anderen eine Motion der KVF-NR 16.3349, welche ein Reporting über die Kosten für Betrieb und Unterhalt der Netzbeschluss-Strecken verlangt. Die Motion zur E-Vignette war schon im März im Ständerat angenommen worden und fand auch im Nationalrat eine Mehrheit, obschon Befürchtungen um eine Verletzung der Privatsphäre geäussert wurden. Die Motion zum Reporting über die Kosten der Netzbeschluss-Strecken war im Zusammenhang mit dem NAF insofern wichtig, als zwischen den Kantonen und dem ASTRA Uneinigkeit über die Kosten bestand und diese Kosten, sollte der Netzbeschluss im NAF integriert sein, auch im Rahmen des NAF gedeckt werden sollten. Das ASTRA sah Kosten in der Höhe von CHF 105 Mio. auf die Bundeskasse zu kommen, die Kantone gingen jedoch von Kosten von nur CHF 35 Mio. aus. Mit dem Reporting sollten die effektiven Kosten bestimmt werden. Im Nationalrat wurde die Motion angenommen.

Als Reaktion auf den Verlagerungsbericht 2013 reichte die FDP-Fraktion im März 2014 ein Postulat ein, mit welchem der Bundesrat mit der Prüfung eines neuen, realistischen Verlagerungsziels gemäss Artikel 3 des Güterverkehrsverlagerungsgesetzes (GVVG) beauftragt wird. Im Juni 2014 wurde das Postulat bekämpft, im März 2016 stimmte der Nationalrat schliesslich zu. Die Debatte wurde nur drei Tage nach dem Urnengang zur Sanierung des Gotthardstrassentunnels geführt, was die ohnehin emotionale Debatte zusätzlich erhitzte. So wurde den Verfechtern eines neuen Verlagerungsziels vorgeworfen, sie hätten im gerade zu Ende gegangenen Abstimmungskampf für die zweite Röhre stets betont, dass die Verlagerungspolitik nicht in Frage gestellt werde. Mit dem so kurz nach der Abstimmung erfolgenden Infragestellen des Verlagerungsziels entstehe der Eindruck, die FDP hätte im Abstimmungskampf mit falschen Karten gespielt. Diese Vorwürfe, vorgebracht von Nationalrätin Rytz (gp, BE) und Nationalrat Bäumle (glp, ZH), konterte der Sprecher der FDP-Fraktion Fluri (fdp, SO) damit, dass es seit Jahren unbestritten sei, dass das Verlagerungsziel von 650'000 alpenquerenden Lastwagen pro Jahr bis 2018 nicht zu erreichen sei. Ein Rechtsstaat werde unglaubwürdig, wenn er in Gesetzen an unrealisierbaren Forderungen festhalte, so Fluri. Während es den Befürwortern des Postulats darum ging, die Verlagerungspolitik mit einem erreichbaren Ziel zu versehen, forderten die ablehnenden Stimmen, das geltende Gesetz müsse halt konsequenter umgesetzt werden. Das Postulat wurde schliesslich denkbar knapp angenommen: Mit 91 (Fraktionen von SVP und FDP) zu 90 Stimmen bei 7 Enthaltungen.

Im Plenum des Nationalrates wurde der Verlagerungsbericht 2013 für die Periode von Juli 2011 bis Juni 2013 zusammen mit der Änderung des Bundesbeschlusses zum Zahlungsrahmen für die Förderung des alpenquerenden Schienengüterverkehrs im März 2014 diskutiert. Besonders die im Verlagerungsbericht angedeutete Möglichkeit, das Verlagerungsziel neu zu definieren, stiess auf grossen Widerstand. Der Bericht hielt fest, dass die technische Entwicklung und die Anreize über die LSVA den Ersatz von alten Lastwagen durch abgasarme Euro-VI-Fahrzeuge fördern würde, und dass dadurch die Belastung durch Luftschadstoffe entlang der Transitachsen bis 2020 stark abnehmen werde. Da es im Alpenschutzartikel vornehmlich um den Schutz des Alpenraums vor den negativen Begleiterscheinungen des Verkehrs gehe, werfe diese Entwicklung die Frage auf, ob das Verlagerungsziel noch angemessen sei. Vertreter von GPS, SP und GLP wollten nichts wissen von einer Neudefinition des Verlagerungsziels: Dieses sei bereits klar definiert (650'000 alpenquerende Lastwagenfahrten pro Jahr) und zum einen ein bestehender Verfassungsauftrag, zum anderen seien mit diesem Ziel stets die hohen Kosten der NEAT gegenüber dem Stimmvolk gerechtfertigt worden. Eine Herabsetzung dieses Zieles wäre deshalb eine inakzeptable Kehrtwende und eine Missachtung des Volkswillens, so Regula Rytz (gp, BE). Max Binder (svp, ZH) hingegen bezeichnete das Verlagerungsziel als „Fata Morgana“: Es sei willkürlich gesetzt worden und lasse sich nicht erreichen. Der Nationalrat nahm den Bericht schliesslich zur Kenntnis. Der Ständerat nahm den Verlagerungsbericht im Juni 2014 zur Kenntnis, nicht ohne vorher wie die grosse Kammer ausgiebig über das Verlagerungsziel debattiert zu haben.

In der Verkehrspolitik wollten die Grünen ihre Position für weniger Mobilität verteidigen. Bereits im Januar kündigte Co-Präsidentin Regula Rytz an, ein Referendum zu unterstützen, sollte der Bau einer zweiten Gotthardröhre beschlossen werden. Das bis anhin von den Grünen besetzte VCS-Präsidium wollte man ebenfalls nicht kampflos der SP überlassen: neben der letztlich gewählten Evi Allemann (sp, BE) trat deshalb auch Aline Trede (gp, BE) an. Mitte April brachten die Grünen zudem die Idee eines Gelegenheits-Halbtax-Abonnements in die Diskussion um die Preise im öffentlichen Verkehr ein. Die „Bahnkarte 25“ soll für CHF 50 im Jahr die Bahnreisen um 25% verbilligen. Damit würden Anreize für Gelegenheitszugfahrer gesetzt, die vermehrt auf die Strasse ausweichen würden, gab Regula Rytz, Co-Präsidentin der Grünen in einem Interview zu Protokoll. Eine ähnliche Idee war in Deutschland mit einigem Erfolg im Jahr 2002 eingeführt worden. Schliesslich forderten die Delegierten im November in einer Resolution, dass bis 2050 nur noch Autos auf Schweizer Strassen fahren dürfen, die mit grünem Strom fahren. Dies soll durch eine Erhöhung der Auto-Importsteuer und der Umwandlung von Parkplätzen in Standplätze mit Ladestationen erreicht werden. Darüber hinaus müsse möglichst rasch ein verursachergerechtes Mobility-Pricing eingeführt werden.