Ayant renoncé à soumettre au parlement le crédit de CHF huit milliards nécessaires à la construction proprement dite des tunnels, le Conseil fédéral a proposé cependant d'accorder un crédit de transition de CHF 855 millions pour les NLFA. Cette somme doit garantir que les travaux préliminaires déjà entrepris puissent continuer sans interruption. De ces CHF 855 millions, seuls 160 millions seront utilisables immédiatement pour la construction des puits d'attaque au Gothard, les 695 autres millions restant bloqués tant que le gouvernement n'aura pas trouvé de solutions satisfaisantes pour le financement global des NLFA.

Dans le cadre des mesures d'assainissement des finances fédérales 1994 (MCF 94.073), le parlement, sur proposition du gouvernement, a décidé de supprimer les contributions fédérales aux places de stationnement près des gares. Cette réforme exigeant une modification constitutionnelle, elle devra être soumise au vote du peuple et des cantons.

Le Conseil national a décidé de donner suite à une initiative parlementaire du conseiller national Bundi (ps, GR) demandant d'inscrire dans la Constitution le principe de la vérité des coûts. Selon le texte de l'initiant, la Confédération devra prendre toutes les mesures pour que les coûts, internes et externes, des différents modes de transport soient pris en charge par ceux qui les occasionnent. En réalisant l'objectif de la vérité des coûts, ces mesures devraient en outre permettre d'éliminer les distorsions de la concurrence entre le rail et la route, de rentabiliser certains projets de transports publics (NLFA et Rail 2000) ainsi que d'améliorer la qualité de la vie dans les agglomérations et à proximité des grands axes routiers.

La controverse concernant la construction d'un ou de deux tunnels ainsi que leur financement s'est poursuivie en 1995. En début d'année, deux événements ont notamment contribué à échauffer les esprits. D'une part, la prise de position du conseiller national zurichois Blocher (udc) en faveur, pour des raisons financières, de la construction du seul tunnel du Gothard n'a pas manqué de susciter de vives réactions tant de la part du conseiller fédéral Ogi que des cantons bernois et romands. Les cantons romands et bernois ont dénoncé - notamment lors d'une manifestation de soutien au Lötschberg qui s'est tenue à Berne et qui a réuni les milieux économiques et politiques des cantons concernés - le fait que cette proposition ne prenne en compte que les intérêts du pôle économique zurichois, négligeant totalement ceux de la Suisse occidentale. Ils ont en outre souligné que, si seules des considérations d'équilibre budgétaire devaient être prises en compte, la construction du Lötschberg s'imposait, son coût étant moins élevé et sa réalisation plus rapide.

D'autre part, la publication d'un rapport commandé à un bureau londonien par le DFTCE a confirmé les craintes de ceux qui, à l'instar du chef des finances Otto Stich, doutaient fortement de la rentabilité des NLFA. L'étude des experts anglais a en effet souligné que la rentabilité des transversales alpines reposait sur certaines conditions, dont la réalisation ne pouvait de loin pas être tenue pour garantie. Plus précisément, l'expertise a mis en évidence le fait que, pour avoir une chance de rembourser les prêts en 2070, il serait indispensable d'augmenter de 15 pour cent les tarifs du transport ferroviaire et d'accroître, dans la même mesure, les coûts du transport routier afin que le rail conserve sa compétitivité. De plus et surtout, ces hausses devraient être valables à l'échelle européenne - ce qui présuppose une politique de coordination en la matière - afin d'éviter que les transporteurs routiers ne préfèrent contourner la Suisse. En conclusion de leur étude, les experts londoniens ont souligné que si ces conditions devaient ne pas être remplies, les intérêts mêmes des emprunts pourraient être difficiles à rembourser, ce qui signifierait un accroissement incontrôlable de la dette. Outre le coût global des NLFA, l'étude londonienne a également analysé la rentabilité des différentes variantes en discussion. Ainsi, elle a estimé que la construction de la seule galerie de base du Gothard, à laquelle s'ajouteraient uniquement dans un second temps les voies d'accès, était la solution la plus économique. Les autres alternatives retenues par l'étude londonienne se classent ainsi (par ordre de coût croissant): la construction simultanée du Gothard et des voies d'accès, la construction du Lötschberg suivie de celle du Gothard, la construction échelonnée inverse des deux axes, la construction simultanée des deux axes.

Le débat sur le choix de ne construire qu'un seul tunnel afin d'épargner les finances fédérales s'est poursuivi en 1994. Certains politiciens alémaniques ont exprimé leur conviction que la construction du seul tunnel du Gothard était suffisante, ce qui a provoqué l'ire d'un certain nombre de Romands et de Bernois. Pour sa part, s'appuyant sur de nouvelles analyses financières concluant que la Suisse ne pourra faire face à des investissements aussi gigantesques, Otto Stich a, à nouveau, affirmé qu'il était nécessaire de ne construire que le Gothard. Ces déclarations ont provoqué de fortes protestations, notamment de la part du Valais et de Berne ainsi que des autres cantons romands, de diverses organisations et de Michel Béguelin (ps, VD), président de la commission des transports du Conseil national. Ceux-ci ont répliqué que, s'il s'agissait de faire des économies, c'est bien plutôt au Gothard qu'il fallait renoncer car son coût est plus élevé que celui du Lötschberg. Ils ont par ailleurs rappelé qu'il fallait respecter la volonté populaire et ne pas frustrer une fois de plus la Suisse occidentale. Les trois partis gouvernementaux bourgeois se sont également ralliés à ces protestations. Le chef du DFTCE a répondu aux propos d' Otto Stich en certifiant que les deux tunnels pouvaient être financés, qu'ils étaient nécessaires pour absorber le trafic européen et indispensables pour la Suisse romande. Le Conseil fédéral a pour sa part assuré que le percement du Lötschberg ne serait pas retardé et que les deux tunnels seraient traités sur un pied d'égalité.
Afin de sortir de ce débat, Max Friedli, directeur de l'OFT, a proposé de séparer la question de la construction des tunnels de celle des voies d'accès qui est la plus conflictuelle. Il s'agirait ainsi de réaliser dans un premier temps les tunnels de manière simultanée et de remettre à plus tard l'étude des voies d'accès et de leurs variantes. Les tunnels pourraient ainsi être achevés en 2005, en tout cas pour le Lötschberg. Les cantons du Valais, de Berne, du Tessin et d'Uri ont répondu favorablement à cette proposition.
Le comité urannais «Neat in den Berg», qui oeuvre en faveur d'une variante passant dans la montagne, a toutefois refusé cette idée et demandé une décision d'ensemble prenant en compte tous les facteurs. Selon lui, une construction par étapes risquerait d'aboutir à un manque de moyens pour la réalisation de voies d'accès compatibles avec l'environnement. De même, les représentants du Kandertal (BE) et des associations actives de la région ont refusé une construction par étapes et ont exigé une réalisation complète avec le tunnel du Niesen.

Le projet Swissmetro – train souterrain ultra-rapide à sustentation magnétique – a été l'objet d'une importante polémique. Alors que la Confédération et certaines entreprises privées s'y sont engagées financièrement, l'ingénieur EPFL Philippe Bovy l'a attaqué en prétendant qu'il était incompatible avec les projets suisses et européens et qu'il présentait des problèmes de faisabilité, de fiabilité et de coûts. Les promoteurs de Swissmetro, qui appartiennent au même institut de l'Ecole polytechnique que Philippe Bovy, ont vivement réagi et ont notamment accusé ce dernier, partie prenante, en tant qu'expert, à la réalisation des transversales alpines, d'agir de la sorte pour éliminer un projet concurrent. Certaines critiques à l'égard de Swissmetro ont toutefois été reprises au sein même de la commission des transports du Conseil national. Le Conseil d'Etat zurichois s'est déclaré peu intéressé par le projet et a décidé de ne pas le soutenir.

Obwohl sie bei der Volksabstimmung über die Alpen-Initiative - welche unter anderem ein Verbot für den Bau und Ausbau alpenquerender Transitstrassen in die Verfassung festschrieb - eine Niederlage einstecken mussten, gingen der TCS und der ACS in die verkehrspolitische Offensive. Beide forderten den Ausbau des Autobahnnetzes und dabei insbesondere den Bau einer zweiten Tunnelröhre durch den Gotthard sowie die Verbreiterung der N1 zwischen Bern und Zürich auf sechs Spuren. Der TCS kündigte dazu die Lancierung einer Volksinitiative an.

Un groupe de travail interdépartemental institué par le DFTCE a proposé de réformer les procédures d'autorisation de projets par une concentration des pouvoirs décisionnels dans les mains d'une seule institution afin de les simplifier et de les accélérer. Cela concerne notamment les chemins de fer, les aéroports, les routes nationales, les installations hydrauliques ou les dépôts de déchets. Le DFTCE a en outre mis en consultation un projet allant dans ce sens en matière de centrales hydro-électriques. Les organisations de protection de l'environnement, ainsi que l'OFEFP, ont protesté contre les projets de l'administration fédérale. Selon eux, ceux-ci n'auraient pas pour but un gain de temps ou une économie de moyens, mais un déplacement de pouvoir vers le DFTCE au détriment des intérêts de la protection de l'environnement représentés au niveau fédéral par l'OFEFP.

Aux fins de consultation, les CFF et le BLS ont remis à l'Office fédéral des transports (OFT) les avant-projets des axes du Lötschberg et du Gothard relatifs à la construction des nouvelles lignes ferroviaires à travers les Alpes (NLFA). Ceux-ci ont été présentés selon deux variantes en fonction de leur importance financière. L'une répond aux désirs des cantons et régions concernés et l'autre se conforme à l'enveloppe acceptée par le parlement (CHF 14 milliards).

Le Conseil national a transmis un postulat Wanner (prd, SO) demandant au gouvernement de présenter un rapport sur Rail 2000 et les NLFA afin de mettre en évidence le poids de leur financement sur le budget de la Confédération.

Fin 1993, 82.5 pour cent de la longueur totale du réseau des routes nationales étaient en service, soit 1'529.6 km. 14.1 km de sections nouvelles ont été ouvertes au trafic et 125.1 km étaient en construction. De nombreux projets généraux furent approuvés, ainsi que plusieurs projets définitifs importants, notamment la section Yverdon-Arrissoules sur la N1. La Confédération a octroyé aux cantons CHF 1'581.4 millions pour la construction des autoroutes.

Malgré les efforts entrepris en matière d'économies, la baisse des intérêts et les bons résultats des comptes 1993, les CFF n'ont pas pu présenter un budget 1994 équilibré en raison de la persistance de la récession. Celui-ci prévoit un déficit de CHF 201.6 millions (produits: 6'466.6 millions, charges: 6'668.2 millions). Cependant, les charges de la Confédération ne devraient augmenter que de 3.1 pour cent (pour se porter à CHF 2'483 millions). Cela impliquera, selon le Conseil fédéral, d'importantes mesures de rationalisation. En particulier, le gouvernement a précisé que l'indemnité pour le transport régional de voyageurs ayant explosé de 1990 à 1993 (de CHF 550 à 725 millions), il convenait de la stabiliser dès 1994 et pour les années à venir, sans réduire par trop les prestations.

Le choix de variantes pour le tracé de chacune des NLFA a été source de plusieurs conflits. Pour la ligne du Gothard, les problèmes furent particulièrement débattus dans les cantons d'Uri et de Schwyz. Le gouvernement uranais s'est notamment déclaré opposé aux quatre variantes proposées en consultation. Des groupes écologistes schwytzois ont également manifesté leur mécontentement face aux choix proposés. Au Tessin, le gouvernement cantonal a également rejeté la variante officielle. Selon le DFTCE, les exigences de ces trois cantons (TI, SZ, UR) renchériraient le coût de la NLFA de CHF 1.6 milliards. Concernant le Lötschberg, les cantons du Valais et de Berne sont parvenu à un accord sur une variante. Celle-ci s'étant révélée trop chère, chacun dut faire quelques concessions en rationalisant le tracé afin de respecter l'enveloppe budgétaire.

Pour tenter d'aplanir ce différend, une rencontre entre les quatre partis gouvernementaux et le Conseil fédéral s'est saisie du problème. Il a été proposé, eu égard aux difficultés financières de la Confédération, de procéder à une réalisation par étape des NLFA. Un tel échelonnement pourrait s'opérer en donnant la priorité à la construction des deux tunnels et en repoussant la réalisation des voies d'accès. Dans le plan financier 1995–1997, le gouvernement a d'ailleurs réduit de 20 pour cent le montant prévu pour les CFF et le BLS.

Zu den eidgenössischen Abstimmungen gab die LP mit Ausnahme von drei Vorlagen dieselben Parolen wie die FDP heraus. Die Ausnahmen betrafen die SD-Initiative für einen arbeitsfreien Bundesfeiertag, den Mehrwertsteuersatz von 6,5% und die Möglichkeit, diesen Steuersatz zugunsten der AHV um 1 % zu erhöhen, welche sie allesamt ablehnte. Der Beitrag zur Sanierung der Bundesfinanzen und die rasche Fertigstellung des Nationalstrassennetzes – insbesondere in der Romandie – überzeugten die Delegierten von der Ja-Parole für die die Treibstoffzollerhöhung, welche mit 67 zu 35 Stimmen gefasst wurde.

En outre, par l'adoption des conventions nécessaires, le Conseil fédéral a officiellement mandaté en septembre les CFF et le BLS pour la construction et le financement des NLFA. Le BLS a cependant tardé à signer, exigeant quelques discussions complémentaires. Le canton de Berne a ainsi déclaré qu'il souhaitait que le gouvernement assure que le BLS ne serait pas tenu d'assumer les déficits possibles, et que ceux-ci seraient pris en charge par la Confédération, ce qui fut fait.

Face au déficit des finances fédérales, les investissements nécessaires à la construction des deux tunnels projetés pose le problème suivant: faut-il choisir l'un des deux ouvrages et abandonner l'autre, ou étaler la construction dans le temps. De fait, une sorte de concurrence est née entre les tunnels qui a vu s'affronter les défenseurs de chacun. Otto Stich a suggéré que le Lötschberg soit délaissé au profit du Gothard, ce qui a provoqué les protestations des gouvernements bernois et valaisan. Les promoteurs du Lötschberg (Berne, Valais et BLS) ont exigé une stricte égalité entre leur axe et celui du Gothard. Adolf Ogi a tout d'abord déclaré que le premier projet prêt serait mis en oeuvre en priorité. Par la suite, il s'est cependant engagé en faveur d'une construction simultanée des deux tunnels. Il a notamment défendu cette position en réponse à une interpellation urgente Bloetzer (pdc, VS) (Ip. 93.3262). Le conflit fut croissant entre le DFF et le DFTCE et leurs chefs respectifs.

Le Conseil national, suivant l'argumentaire du Conseil fédéral, a finalement rejeté la motion Zwahlen (pdc, BE) qui proposait la mise en tunnel de la Transjurane (N16) entre Moutier (BE) et Granges (SO).

Le Conseil fédéral a mis en vigueur les trois arrêtés fédéraux relatifs à la construction des nouvelles lignes ferroviaires à travers les Alpes (NLFA). Le premier étend et prolonge la concession octroyée à la société Berne-Lötschberg-Simplon (BLS) au nouveau tunnel du Lötschberg. Le second accorde un crédit global de CHF 14 milliards pour la réalisation des deux tunnels de base du Lötschberg et du Saint-Gothard, un premier crédit d'engagement de CHF 800 millions étant alloué pour la mise au point des projets. Le troisième prévoit un crédit de CHF 850 millions afin de financer l'intégration de la Suisse orientale à Alptransit.

Les comptes 1992 des CFF montrent une dégradation de la situation par rapport à 1991, ce qui, outre des problèmes structurels (frais de personnel, charge des intérêts), fut principalement dû à la conjoncture économique difficile. Le déficit enregistré fut de CHF 136 millions, le total des produits étant de 6.2 milliards (+5.4%) et celui des charges de 6.33 milliards (+7.2%). La participation de la Confédération a encore augmenté pour se fixer à CHF 1.99 milliard (+ 6.3%). Si le trafic voyageur a légèrement diminué, la récession économique s'est surtout fait sentir dans le trafic marchandise (-6.6% de tonnage transporté).

Fin 1992, 81.6 pourcent de la longueur totale du réseau étaient en service, soit 1'514.5 km. 12.2 km de routes nationales supplémentaires ont été ouverts au trafic et 125 km étaient en construction. Aucun nouveau projet général n'a été approuvé. Les sommes versées aux cantons par la Confédération provenant du produit sur les droits d'entrée sur les carburants se sont montées à CHF 1'642 millions.

Dans de nombreuses villes, l'état des finances publiques et la réduction des subventions ont conduit les communes à revoir leur politique de transport. Ainsi, à Bâle, Saint-Gall, Bienne, Neuchâtel, Genève, Berne et Lugano, les tarifs devraient être augmentés, les prestations réduites et des postes de travail supprimés.

Le Conseil fédéral a présenté son message sur le crédit de programme destiné à assurer le développement des entreprises de transport concessionnaires (ETC). Conformément à ce que lui permet de faire la loi sur les chemins de fer, le gouvernement a décidé d'allouer aux ETC des contributions pour des améliorations techniques, l'adoption d'un autre mode de transport, la réparation des dégâts causés par les forces de la nature ainsi que le maintien de l'exploitation. Si cette dernière rubrique figure chaque année dans le budget, il n'en va pas de même pour les autres; l'octroi de contributions se fait ici tous les cinq ans en général. Les derniers crédits, d'un montant de CHF 930 millions, avaient été octroyés en 1987 pour la période 1988–1992. Pour la période suivante (1993-1997), il est apparu que les besoins d'investissements des ETC se montaient à plus de CHF 4.6 milliards. De cette somme, environ deux milliards relèvent des rubriques prévues par la loi sur les chemins de fer. Le gouvernement a proposé que la Confédération y participe à hauteur de CHF 1'300 millions. Augmenté d'une somme de CHF 140 millions octroyée par les Chambres pour les investissements ordinaires du chemin de fer rhétique, c'est un crédit cadre total de CHF 1'440 millions que le gouvernement a demandé au parlement d'accorder aux ETC, ce que ce dernier a fait à l'unanimité.

Le budget 1993, ainsi que le plan à moyen terme 1994-1998, annoncent une nouvelle dégradation de la situation financière de la régie. Le déficit devrait atteindre CHF 234 millions en 1993 avec un total des recettes de CHF 6.466 millards et des dépenses de 6.7 milliards, ceci malgré un accroissement des contributions de la Confédération de 9 pour cent (CHF 2.17 milliards). Le taux de couverture des charges diminuera encore pour se situer à 76.4 pour cent. Afin de freiner cette évolution, la régie a annoncé un abaissement de l'effectif en personnel de 440 unités pour ces prochaines années.

Renforçant encore cette tendance, les Chambres, lors des discussions sur le budget 1993, ont renoncé à toute économie en matière de construction de routes. C'est ainsi qu'elles ont voté un montant total de CHF 1.481 milliards. En outre, elles ont même accepté une proposition de C. Frey (prd, NE) proposant d'y affecter CHF 100 millions de plus en cas d'acceptation en référendum de la hausse du prix de l'essence. La grande majorité de ces sommes seront là-aussi affectées à la construction des autoroutes en Suisse romande; le débat sur le budget étant intervenu en fin d'année après le refus en votation de l’EEE, la majorité alémanique a été conduite à faire un geste à l'endroit des Romands qui avaient massivement accepté le traité.