Eine Woche nach der Streichung der Umfahrung Oberburg aus der Vorlage durch den Ständerat beriet der Nationalrat in der Sommersession 2019 diese Differenz bei den Verpflichtungskrediten ab 2019 des Programms Agglomerationsverkehr. Die KVF-NR beantragte ihrem Rat, an der Umfahrung festzuhalten, Nationalrätin Pieren (svp, BE) betonte im Plenum die Dringlichkeit des Projekts und Nationalrat Grunder (bdp, BE) bat um Unterstützung für dieses «gute, ausgereifte Projekt». Bundesrätin Sommaruga wies darauf hin, dass die ganze Schweiz auf Oberburg warten müsse, wenn das Parlament entscheide, das Projekt selber noch vertiefter zu prüfen. Genau dies – die vertiefte Prüfung der Umfahrung Oberburg durch die KVF-SR – schlug Thierry Burkart (fdp, AG) im Namen der Kommissionsmehrheit vor: Die KVF-NR beantragte ihrem Rat, am Projekt Oberburg festzuhalten und damit die Differenz aufrechtzuerhalten, damit die KVF-SR das Projekt nochmals prüfen könne. Der Nationalrat folgte seiner Kommission und hielt an seiner Version mit 132 gegen 55 Stimmen (keine Enthaltungen) fest. Damit ging das Geschäft wieder an den Ständerat.

Knapp zwei Wochen nachdem der Ständerat drei vom Nationalrat aufgenommene Projekte (Bodensee-Thurtal-Strasse, den Muggenbergtunnel und die Lückenschliessung Zürcher-Oberland-Autobahn) wieder aus dem Ausbauschritt 2019 des Projekts «Nationalstrassen 2020-2023» gestrichen hatte, kam die Vorlage erneut in den Nationalrat. Die KVF-NR beantragte ihrem Rat, dem Ständerat zu folgen, damit die Differenzen beigelegt würden und die Schlussabstimmungen noch in der Sommersession durchgeführt werden könnten.
Kommissionsberichterstatter Burkart (fdp, AG) und Bundesrätin Sommaruga betonten im Rat, eine Zustimmung zum Ständerat sei kein Nein zu den drei gestrichenen Projekten an sich, diese würden einfach regulär geprüft und den Räten gegebenenfalls im nächsten Ausbauschritt unterbreitet. Der Rat folgte dem Kommissionsantrag und stimmte stillschweigend zu.
In den Schlussabstimmungen vom 21. Juni 2019 nahm der Nationalrat die Vorlage mit 149 zu 45 Stimmen (1 Enthaltung) an, der Ständerat stimmte ihr einstimmig (43 Stimmen, 1 Enthaltung) zu.

Kurz nach der Abstimmung zur "Milchkuh-Initiative", die wie ein Damokles-Schwert über dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrs-Fonds (NAF) gehangen hatte und überraschend deutlich abgelehnt worden war, nahm der Nationalrat als Zweitrat die Debatte über den NAF auf. Die KVF-NR beantragte dem Rat Eintreten auf die Entwürfe 1, 3 und 4, aber Nichteintreten auf den Entwurf 2, dem Bundesgesetz zum NAF. Der Nichteintretensantrag folgte automatisch aus der Ablehnung in der Kommissionsabstimmung: Kommissionsmitglieder von rechts lehnten den Entwurf wegen der enthaltenen Erhöhung des Mineralölsteuerzuschlags ab und Kommissionsmitglieder von links stimmten wegen den zu hohen Kosten für die Bundeskasse gegen den Entwurf. Eine Minderheit Burkart (fdp, AG) verlangte Eintreten auf Entwurf 2 und eine Minderheit Rytz (gp, BE) wollte die Vorlagen 1 bis 4 mit dem Auftrag, vor der Beratung des NAF eine Gesamtschau der Verkehrsentwicklung bis 2040 unter Berücksichtigung aller Verkehrsträger und -mittel vorzulegen, an den Bundesrat zurückweisen. Der Antrag Burkart wurde einstimmig angenommen, der Antrag Rytz mit 141 gegen 51 Stimmen (1 Enthaltung) abgelehnt. In der folgenden Debatte zum Bundesbeschluss über die Schaffung des NAF wurden Anträge aus allen Richtungen abgelehnt: Erfolglos verlangte Jürg Grossen (glp, BE) mit seinen Anträgen zur Besteuerung von Elektrofahrzeugen, dass die Abgabe sich an der Leistung orientiere und dass eine bestimmte Marktdurchdringung durch die E-Mobilität gegeben sein müsse, bevor die Abgabe in Kraft trete. Die Anträge von Evi Allemann (sp, BE), welche die Schonung der Bundeskasse beabsichtigten, wurden ebenso abgelehnt wie die Anträge von Ulrich Giezendanner (svp, AG) oder Walter Wobmann (svp, SO). Die Annahme der Mehrheitsanträge führte dazu, dass in der umstrittenen Frage der Erhöhung des Mineralölsteuerzuschlags die Erhöhung um 4 Rappen gemäss Ständerat angenommen wurde, bei der Zweckbindung der Mineralölsteuererträge aber eine Differenz zum Ständerat geschaffen wurde: Hatte dieser eine Zweckbindung von "maximal" 60% nach zwei Jahren beschlossen, so entschied der Nationalrat für "fix" 60% sofort bei Inkrafttreten. Weiter beschloss die grosse Kammer, dass der Strassenfonds bei grösseren Sparprogrammen des Bundes nicht angetastet wird. Der Rat verwehrte dem Bundesrat zudem die Kompetenz zur Anpassung der Benzinsteuer an die Teuerung. Dem Entwurf 1 wurde schliesslich mit 132 zu 62 Stimmen zugestimmt und die weiteren Entwürfe wurden ebenfalls deutlich angenommen. Aussergewöhnlich war das Abstimmungsresultat zum Netzbeschluss (Entwurf 3): 150 Ja-Stimmen standen 43 Enthaltungen aus den Reihen von SP und Grünen gegenüber.
Im Rahmen der Debatte zum NAF wurden zwei weitere Geschäfte behandelt: Zum Einen die Motion der KVF-SR 16.3009, welche vom Bundesrat bis Ende 2017 eine Vorlage zur Einführung einer E-Vignette verlangt, zum Anderen eine Motion der KVF-NR 16.3349, welche ein Reporting über die Kosten für Betrieb und Unterhalt der Netzbeschluss-Strecken verlangt. Die Motion zur E-Vignette war schon im März im Ständerat angenommen worden und fand auch im Nationalrat eine Mehrheit, obschon Befürchtungen um eine Verletzung der Privatsphäre geäussert wurden. Die Motion zum Reporting über die Kosten der Netzbeschluss-Strecken war im Zusammenhang mit dem NAF insofern wichtig, als zwischen den Kantonen und dem ASTRA Uneinigkeit über die Kosten bestand und diese Kosten, sollte der Netzbeschluss im NAF integriert sein, auch im Rahmen des NAF gedeckt werden sollten. Das ASTRA sah Kosten in der Höhe von CHF 105 Mio. auf die Bundeskasse zu kommen, die Kantone gingen jedoch von Kosten von nur CHF 35 Mio. aus. Mit dem Reporting sollten die effektiven Kosten bestimmt werden. Im Nationalrat wurde die Motion angenommen.