Mehr als ein Jahr nach dem Vorliegen der bundesrätlichen Botschaft zum Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrs-Fonds (NAF) nahm sich der Ständerat als Erstrat erneut des Geschäfts an. Die Verkehrskommission hatte in der Zwischenzeit im Auftrag des Ständerates den Netzbeschluss von 2012 in den NAF integriert. Sie hatte zudem bei der Finanzierung die Strassenverkehrsteilnehmer ent- und die Bundeskasse belastet. Hatte der Bundesrat ursprünglich noch eine Erhöhung des Mineralölsteuerzuschlags um 15 Rappen pro Liter vorgesehen, schlug er nach heftigem Widerstand in der Vernehmlassung in der Botschaft noch eine Erhöhung von 6 Rappen vor. Die KVF-SR kürzte die Erhöhung auf 4 Rappen und schlug vor, mit zusätzlichen Mitteln aus der Mineralölsteuer den Anteil der Bundeskasse bei der Finanzierung zu stärken. Der Rat folgte diesem Ansinnen, wohl auch unter dem Eindruck der laufenden Kampagne für die Milchkuh-Initiative, deren Annahme die Bundeskasse rund CHF 1.5 Mia. kosten würde. Mit der im Rat beschlossenen Erhöhung des Anteils der Mineralölsteuer am NAF flössen 55% statt 50% der Mineralölsteuererträge in den NAF, was einem Fehlbetrag von CHF 125 Mio. in der Bundeskasse entspricht. Zwei Jahre nach Inkrafttreten des NAF sollen weitere 5% der Mineralölsteuererträge in den NAF geleitet werden. Damit erhielte der NAF Mittel in der Höhe von CHF 650 Mio., die zuvor der Bundeskasse zur Verfügung standen. Der Bundesrat hatte lediglich CHF 400 Mio. vorgesehen. Weitere Anträge, die noch mehr Mittel von der Bundeskasse in den NAF verschieben wollten, wurden jedoch abgelehnt. In der Schlussabstimmung wurde die Vorlage einstimmig angenommen.
Anschliessend nahm die kleine Kammer eine Motion Fournier (cvp, VS) auf, die eine Gesamtschau zur Erweiterung und Finanzierung der national relevanten Strasseninfrastruktur forderte (14.3152). Olivier Français (fdp, VD) erklärte für die Kommission, dass die Motion mit dem eben angenommenen NAF nun überflüssig sei. Der Rat lehnte sie diskussionslos mit 32 zu 1 Stimme ab (keine Enthaltungen).

In der Sommersession 2015 nahm der Nationalrat die Beratung zur Volksinitiative „Für eine faire Verkehrsfinanzierung“ (Milchkuh-Initiative) auf. Wie schon in der kleinen Kammer gab es auch in der Volkskammer einen Rückweisungsantrag, der die Beratung der Initiative mit der Behandlung des NAF verknüpfen wollte. Der Rückweisungsantrag war von Nationalrat Français (fdp, VD) eingereicht und von rund einem Dutzend Mitgliedern der SVP-Fraktion mitunterzeichnet worden - auch von Mitgliedern des Initiativkomitees. Martin Candinas (cvp, GR) legte für die Kommissionsmehrheit dar, weshalb eine gemeinsame Behandlung von Volksinitiative und NAF nicht wünschenswert sei. Er warf dabei dem Initiativkomitee fehlende Kompromissbereitschaft vor, was von den Nationalräten und Mitgliedern des Initiativkomitees Rime (svp, FR), Binder (svp, ZH) und Amstutz (svp, BE) bestritten wurde. Als Roger Nordmann (sp, VD) für die Kommission sprach und der Initiative einen extremistischen Charakter bescheinigte, empörte sich die SVP-Fraktion. Ulrich Giezendanner (svp, AG), ebenfalls ein Mitglied des Initiativkomitees, forderte eine Entschuldigung für diese "Riesenfrechheit" – was Nordmann jedoch ausschlug. Der Rückweisungsantrag der Minderheit Français wurde äusserst knapp mit 93 zu 91 Stimmen bei 2 Enthaltungen abgelehnt. Für die Rückweisung stimmten die geschlossenen Fraktionen von SVP und FDP mit einzelnen Stimmen aus der CVP und der BDP. Die Fraktionen von SP, Grünen und GLP stimmten geschlossen dagegen. In der weiteren Debatte in der grossen Kammer argumentierten die Gegnerinnen der Vorlage mit den CHF 1.5 Mia., welche der Bundeskasse wegen der Initiative entgehen würden und mit den deswegen notwendigen Sparmassnahmen. Die Befürworterseite stellte hingegen die Vernachlässigung der Strasseninfrastruktur und die hohe Belastung durch Abgaben im Strassenverkehr in den Vordergrund. Der Minderheitsantrag Wobmann (svp, SO), der die Initiative zur Annahme empfehlen wollte, unterlag dem Mehrheitsantrag der Kommission schliesslich mit 97 zu 65 Stimmen bei 11 Enthaltungen. Für die Minderheit stimmte die geschlossene SVP-Fraktion und ein gutes Drittel der FDP-Fraktion. Die Hälfte der Mitglieder der FDP-Fraktion enthielt sich der Stimme oder entzog sich der Abstimmung. Während die Fraktionen von SP, Grünen und GLP geschlossen für den Mehrheitsantrag stimmten, taten dies die Fraktionen von CVP und BDP grossmehrheitlich.