À peine une semaine après l’adoption du message gouvernemental, l’OFT a publié les résultats de la contre-expertise, qui a conclu à la nécessité d’augmenter les moyens alloués à l’entretien du réseau des CFF, dans une mesure toutefois moindre que ne l’avait revendiqué l’ancienne régie. En effet, en tenant compte du potentiel d’économies dû aux gains d’efficience et en proposant d’étaler les travaux, les spécialistes mandatés par l’OFT ont estimé à CHF 500 millions par an les moyens supplémentaires nécessaires à l’entretien de l’infrastructure ferroviaire pour la période 2011-2016. Ce montant demeure toutefois largement supérieur à la hausse de la contribution proposée par le Conseil fédéral dans le projet de convention de prestations 2011-2012 (+ CHF 160 millions par an). Un financement complémentaire devra ainsi être trouvé lors de l’élaboration de la convention pour les années 2013 à 2016, de sorte à couvrir la facture globale de CHF 3,5 milliards. L’OFT a notamment souligné que, contrairement à la hausse de la subvention 2011-2012, les moyens supplémentaires pour la période 2013-2016 ne pourront pas être prélevés sur le fonds FTP (fonds pour les transports publics) sans remettre en cause la réalisation des projets de développement de l’infrastructure ferroviaire (ZEB). Réagissant simultanément au message du Conseil fédéral et à la contre-expertise, le directeur général des CFF, Andreas Meyer, a estimé absolument nécessaire l’octroi par la Confédération de CHF 140 millions supplémentaires pour 2011 et 2012, afin d’éliminer les goulets d’étranglements les plus graves.

Le financement des projets de construction dans les domaines de la route et du rail est demeuré au cœur des préoccupations au cours de l’année sous revue. Fin 2008, le Conseil fédéral avait communiqué que le fonds d’infrastructures et le fonds pour les transports publics (FTP) ne suffiraient pas pour payer la totalité des projets approuvés par les chambres. Si l’administration fédérale des finances a exclu toute hausse d’impôt, elle a plaidé pour une participation accrue des utilisateurs des infrastructures concernées. Le Conseil fédéral a proposé de renchérir de 18 à 22 centimes par litre la surtaxe sur les carburants afin de dégager CHF 1,4 milliards pour les projets autoroutiers. Concernant le rail, tant le chef du DETEC, Moritz Leuenberger, que le patron des CFF, Andreas Meyer, ont souligné que la clientèle serait inévitablement amenée à contribuer plus fortement au développement de l’infrastructure ferroviaire. Le ministre des transports s’est en outre démarqué du collège gouvernemental en critiquant les mesures d’économies concernant les infrastructures de transports adoptées par le Conseil fédéral. Enfin, il s’est montré sceptique quant à la possibilité d’un financement privé des projets d’infrastructures, estimant que seul l’Etat est à même de supporter les risques de projets de cette envergure.