Eine Woche, nachdem die Debatte zu den Nationalstrassen 2020-2023 unterbrochen worden war, nahm der Nationalrat das Geschäft wieder auf. Die grosse Kammer hatte den Bundesbeschluss zum Ausbauschritt 2019 in ihrer ersten Sitzung um drei Projekte ergänzt (Bodensee-Thurtal-Strasse, Zürcher-Oberland-Autobahn und Muggenbergtunnel), konnte jedoch den Betrag für den Verpflichtungskredit nicht festlegen, da die Kosten dieser Projekte noch nicht bekannt waren. Die Behandlung des Bundesbeschlusses zum Verpflichtungskredit wurde deshalb ausgesetzt, das Geschäft ging zurück an die Kommission. Die KVF-NR schlug vor, einen Verpflichtungskredit von CHF 5,651 Mrd. zu beschliessen – der Bundesrat hatte eine Milliarde weniger vorgesehen – und zudem einen Passus aufzunehmen, wonach dem Parlament ein weiterer Verpflichtungskredit vorgelegt werde, sobald die Kosten der zusätzlich aufgenommenen Projekte beziffert werden können.
Bei der Fortsetzung der Debatte in der grossen Kammer wurde der Kommissionsvorschlag unterschiedlich aufgenommen. Mitglieder der Grünen, der SP und der GLP kritisierten in erster Linie den Umstand, dass drei Projekte in den Ausbauschritt 2019 aufgenommen worden waren, deren Vorprüfung durch das ASTRA noch nicht erfolgt war und die damit quasi auf einer «Überholspur unseriöser Art» (Jürg Grossen) an anderen, von den Kantonen auf dem regulären Weg vorgebrachten Projekten vorbeigeschleust würden. Jürg Grossen (glp, BE) zeigte sich «fassungslos», Michael Töngi (gp, LU) sprach von einem «Schlamassel», Philipp Hadorn (sp, SO) von einem «Chaos» und von fehlendem finanzpolitischem Verantwortungsbewusstsein. Voten zur Verteidigung der aufgenommen Projekte gab es keine, dafür wurde Nationalrat Grossen mit kritischen Fragen zu seinem persönlichen Mobilitätsverhalten bedacht. Bundesrätin Sommaruga drückte ihre Hoffnung aus, dass der Ständerat den Ausbauschritt 2019 korrigieren werde, sie sei «zuversichtlich, dass wir zu unseren bewährten Prozessen zurückkehren können».
Eine Mehrheit folgte der Kommission und nahm den Verpflichtungskredit in der Höhe von CHF 5.651 Mrd. mit 131 gegen 48 Stimmen (10 Enthaltungen) an. Für den Passus eines weiteren Verpflichtungskredits betreffend die zusätzlichen Projekte stimmten 130, dagegen 55 Ratsmitglieder (4 Enthaltungen). In der Gesamtabstimmung wurde das Geschäft mit 131 gegen 57 Stimmen (1 Enthaltung) angenommen und an den Ständerat geschickt.

Mit seiner Botschaft zum Ausbauschritt 2019 STEP Nationalstrassen unterbreitete der Bundesrat im September 2018 dem Parlament drei Bundesbeschlüsse: Den Bundesbeschluss über den Zahlungsrahmen Nationalstrassen 2020–2023 für Betrieb, Unterhalt und Ausbau im Sinne von Anpassungen, den Bundesbeschluss über den Ausbauschritt 2019 für die Nationalstrassen sowie den Bundesbeschluss über den Verpflichtungskredit für grössere Vorhaben im Nationalstrassennetz, für den Ausbauschritt 2019 und für die Planung von noch nicht beschlossenen Projekten.
Der Zahlungsrahmen für Betrieb und Unterhalt der Nationalstrassen für 2020-2023 beläuft sich in der Fassung des Bundesrates auf CHF 8.156 Mrd. Mit dem Ziel der Kapazitätserweiterung beantragte der Bundesrat dem Parlament den Beschluss des Ausbauschrittes 2019 aus dem Strategischen Entwicklungsprogramm (STEP) Nationalstrassen. Für grössere Vorhaben (insbesondere für den Bau der zweiten Röhre im Zuge der Sanierung des Gotthard-Strassentunnels), für die Finanzierung des Ausbauschrittes 2019 sowie für die Planung noch nicht beschlossener Projekte beantragt der Bundesrat einen Verpflichtungskredit von CHF 4.651 Mrd. Für den Ausbauschritt 2019 sah der Bundesrat die Projekte Kapazitätserweiterung Crissier, Bypass Luzern inkl. Ergänzung Süd (Kriens–Hergiswil) und Ausbau Nord (Kapazitätserweiterung Rotsee–Buchrain), sowie die Umfahrung Le Locle vor.
Die KVF-NR stimmte den vorgesehenen Projekten zu, beschloss aber, weitere Vorhaben in den Ausbauschritt 2019 aufzunehmen: Die Umfahrung La Chaux-de-Fonds und die Umfahrung Näfels seien baureife Projekte, die bereits mit der Annahme des NAF beschlossen worden seien und aus der Übernahme des sogenannten neuen Netzbeschlusses resultierten. Eine Minderheit Töngi (gp, LU) und eine Minderheit Grossen Jürg (glp, BE) wandten sich gegen die Projekte Crissier und den Bypass Luzern, fanden jedoch auch im Rat keine Mehrheit. Kritik erwuchs dem Geschäft in der Debatte im Nationalrat im März 2019 von linker und grüner Seite: «Ce dossier, c'est un peu l'heure de vérité» befand etwa Lisa Mazzone (gp, GE) und meinte damit, was auch ihr Vorredner Philipp Hadorn (sp, SO) schon ausgedrückt hatte – dass es angesichts des Klimawandels nicht die richtige Lösung sei, Milliarden in den Ausbau des Nationalstrassennetzes zu stecken. Mehrheiten der Fraktionen von SP, Grünen und Grünliberalen stimmten dem Rückweisungsantrag Töngi zu, welcher jedoch mit 133 zu 53 Stimmen (bei einer Enthaltung) abgelehnt wurde.
Bei der Debatte des Ausbauschrittes 2019 wurden weitere Anträge beraten, etwa der Antrag Ammann (cvp, SG) zur Aufnahme der Bodensee-Thurtal-Strasse in den Ausbauschritt 2019, der Antrag Walliser (svp, ZH) für die Lückenschliessung in der Zürcher-Oberland-Autobahn oder der Antrag Imark (svp, SO) für den Muggenbergtunnel. Obschon alle drei Projekte noch keine Vorprüfung durchlaufen haben, wie Bundesrätin Sommaruga betonte, nahm der Rat diese Anträge an und die Projekte in den Ausbauschritt 2019 auf. Die Tatsache, dass die Kosten der Lückenschliessung der Zürcher-Oberland-Autobahn (Antrag Walliser) noch unbestimmt waren, führten bei der Abstimmung zur Lösung der Kostenbremse zu Verwirrung und Heiterkeit: Es war nicht klar, wie hoch der Betrag nun eigentlich sein sollte, für den die Kostenbremse gelockert würde. Auf Ordnungsantrag Glättli (gp, ZH) wurde die Abstimmung zur Lockerung der Kostenbremse verschoben.

Der Nationalrat diskutierte in der Herbstsession 2016 die verbliebenen zwei Differenzen zum Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrs-Fonds (NAF). Die KVF-NR hatte dem Rat das Festhalten an den bisherigen Entscheiden beantragt, die Minderheit Allemann (sp, BE) wollte aber dem Ständerat nachgeben und das Wort "maximal" in die Zweckbindungs-Bestimmung zur Mineralölsteuer aufnehmen. Die Minderheit Candinas (cvp, GR) wollte wie Bundes- und Ständerat den Teuerungsausgleich für die Mineralölsteuer einführen. Beide Minderheiten fanden im Rat keine Mehrheit: Der Antrag Allemann wurde mit 124 zu 61 Stimmen verworfen, die Minderheit Candinas unterlag dem Mehrheitsantrag mit 106 zu 79 Stimmen (keine Enthaltungen). Damit wurde noch keine Einigung mit der kleinen Kammer erzielt.

Kurz nach der Abstimmung zur "Milchkuh-Initiative", die wie ein Damokles-Schwert über dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrs-Fonds (NAF) gehangen hatte und überraschend deutlich abgelehnt worden war, nahm der Nationalrat als Zweitrat die Debatte über den NAF auf. Die KVF-NR beantragte dem Rat Eintreten auf die Entwürfe 1, 3 und 4, aber Nichteintreten auf den Entwurf 2, dem Bundesgesetz zum NAF. Der Nichteintretensantrag folgte automatisch aus der Ablehnung in der Kommissionsabstimmung: Kommissionsmitglieder von rechts lehnten den Entwurf wegen der enthaltenen Erhöhung des Mineralölsteuerzuschlags ab und Kommissionsmitglieder von links stimmten wegen den zu hohen Kosten für die Bundeskasse gegen den Entwurf. Eine Minderheit Burkart (fdp, AG) verlangte Eintreten auf Entwurf 2 und eine Minderheit Rytz (gp, BE) wollte die Vorlagen 1 bis 4 mit dem Auftrag, vor der Beratung des NAF eine Gesamtschau der Verkehrsentwicklung bis 2040 unter Berücksichtigung aller Verkehrsträger und -mittel vorzulegen, an den Bundesrat zurückweisen. Der Antrag Burkart wurde einstimmig angenommen, der Antrag Rytz mit 141 gegen 51 Stimmen (1 Enthaltung) abgelehnt. In der folgenden Debatte zum Bundesbeschluss über die Schaffung des NAF wurden Anträge aus allen Richtungen abgelehnt: Erfolglos verlangte Jürg Grossen (glp, BE) mit seinen Anträgen zur Besteuerung von Elektrofahrzeugen, dass die Abgabe sich an der Leistung orientiere und dass eine bestimmte Marktdurchdringung durch die E-Mobilität gegeben sein müsse, bevor die Abgabe in Kraft trete. Die Anträge von Evi Allemann (sp, BE), welche die Schonung der Bundeskasse beabsichtigten, wurden ebenso abgelehnt wie die Anträge von Ulrich Giezendanner (svp, AG) oder Walter Wobmann (svp, SO). Die Annahme der Mehrheitsanträge führte dazu, dass in der umstrittenen Frage der Erhöhung des Mineralölsteuerzuschlags die Erhöhung um 4 Rappen gemäss Ständerat angenommen wurde, bei der Zweckbindung der Mineralölsteuererträge aber eine Differenz zum Ständerat geschaffen wurde: Hatte dieser eine Zweckbindung von "maximal" 60% nach zwei Jahren beschlossen, so entschied der Nationalrat für "fix" 60% sofort bei Inkrafttreten. Weiter beschloss die grosse Kammer, dass der Strassenfonds bei grösseren Sparprogrammen des Bundes nicht angetastet wird. Der Rat verwehrte dem Bundesrat zudem die Kompetenz zur Anpassung der Benzinsteuer an die Teuerung. Dem Entwurf 1 wurde schliesslich mit 132 zu 62 Stimmen zugestimmt und die weiteren Entwürfe wurden ebenfalls deutlich angenommen. Aussergewöhnlich war das Abstimmungsresultat zum Netzbeschluss (Entwurf 3): 150 Ja-Stimmen standen 43 Enthaltungen aus den Reihen von SP und Grünen gegenüber.
Im Rahmen der Debatte zum NAF wurden zwei weitere Geschäfte behandelt: Zum Einen die Motion der KVF-SR 16.3009, welche vom Bundesrat bis Ende 2017 eine Vorlage zur Einführung einer E-Vignette verlangt, zum Anderen eine Motion der KVF-NR 16.3349, welche ein Reporting über die Kosten für Betrieb und Unterhalt der Netzbeschluss-Strecken verlangt. Die Motion zur E-Vignette war schon im März im Ständerat angenommen worden und fand auch im Nationalrat eine Mehrheit, obschon Befürchtungen um eine Verletzung der Privatsphäre geäussert wurden. Die Motion zum Reporting über die Kosten der Netzbeschluss-Strecken war im Zusammenhang mit dem NAF insofern wichtig, als zwischen den Kantonen und dem ASTRA Uneinigkeit über die Kosten bestand und diese Kosten, sollte der Netzbeschluss im NAF integriert sein, auch im Rahmen des NAF gedeckt werden sollten. Das ASTRA sah Kosten in der Höhe von CHF 105 Mio. auf die Bundeskasse zu kommen, die Kantone gingen jedoch von Kosten von nur CHF 35 Mio. aus. Mit dem Reporting sollten die effektiven Kosten bestimmt werden. Im Nationalrat wurde die Motion angenommen.