Kurz nach der Abstimmung zur "Milchkuh-Initiative", die wie ein Damokles-Schwert über dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrs-Fonds (NAF) gehangen hatte und überraschend deutlich abgelehnt worden war, nahm der Nationalrat als Zweitrat die Debatte über den NAF auf. Die KVF-NR beantragte dem Rat Eintreten auf die Entwürfe 1, 3 und 4, aber Nichteintreten auf den Entwurf 2, dem Bundesgesetz zum NAF. Der Nichteintretensantrag folgte automatisch aus der Ablehnung in der Kommissionsabstimmung: Kommissionsmitglieder von rechts lehnten den Entwurf wegen der enthaltenen Erhöhung des Mineralölsteuerzuschlags ab und Kommissionsmitglieder von links stimmten wegen den zu hohen Kosten für die Bundeskasse gegen den Entwurf. Eine Minderheit Burkart (fdp, AG) verlangte Eintreten auf Entwurf 2 und eine Minderheit Rytz (gp, BE) wollte die Vorlagen 1 bis 4 mit dem Auftrag, vor der Beratung des NAF eine Gesamtschau der Verkehrsentwicklung bis 2040 unter Berücksichtigung aller Verkehrsträger und -mittel vorzulegen, an den Bundesrat zurückweisen. Der Antrag Burkart wurde einstimmig angenommen, der Antrag Rytz mit 141 gegen 51 Stimmen (1 Enthaltung) abgelehnt. In der folgenden Debatte zum Bundesbeschluss über die Schaffung des NAF wurden Anträge aus allen Richtungen abgelehnt: Erfolglos verlangte Jürg Grossen (glp, BE) mit seinen Anträgen zur Besteuerung von Elektrofahrzeugen, dass die Abgabe sich an der Leistung orientiere und dass eine bestimmte Marktdurchdringung durch die E-Mobilität gegeben sein müsse, bevor die Abgabe in Kraft trete. Die Anträge von Evi Allemann (sp, BE), welche die Schonung der Bundeskasse beabsichtigten, wurden ebenso abgelehnt wie die Anträge von Ulrich Giezendanner (svp, AG) oder Walter Wobmann (svp, SO). Die Annahme der Mehrheitsanträge führte dazu, dass in der umstrittenen Frage der Erhöhung des Mineralölsteuerzuschlags die Erhöhung um 4 Rappen gemäss Ständerat angenommen wurde, bei der Zweckbindung der Mineralölsteuererträge aber eine Differenz zum Ständerat geschaffen wurde: Hatte dieser eine Zweckbindung von "maximal" 60% nach zwei Jahren beschlossen, so entschied der Nationalrat für "fix" 60% sofort bei Inkrafttreten. Weiter beschloss die grosse Kammer, dass der Strassenfonds bei grösseren Sparprogrammen des Bundes nicht angetastet wird. Der Rat verwehrte dem Bundesrat zudem die Kompetenz zur Anpassung der Benzinsteuer an die Teuerung. Dem Entwurf 1 wurde schliesslich mit 132 zu 62 Stimmen zugestimmt und die weiteren Entwürfe wurden ebenfalls deutlich angenommen. Aussergewöhnlich war das Abstimmungsresultat zum Netzbeschluss (Entwurf 3): 150 Ja-Stimmen standen 43 Enthaltungen aus den Reihen von SP und Grünen gegenüber.
Im Rahmen der Debatte zum NAF wurden zwei weitere Geschäfte behandelt: Zum Einen die Motion der KVF-SR 16.3009, welche vom Bundesrat bis Ende 2017 eine Vorlage zur Einführung einer E-Vignette verlangt, zum Anderen eine Motion der KVF-NR 16.3349, welche ein Reporting über die Kosten für Betrieb und Unterhalt der Netzbeschluss-Strecken verlangt. Die Motion zur E-Vignette war schon im März im Ständerat angenommen worden und fand auch im Nationalrat eine Mehrheit, obschon Befürchtungen um eine Verletzung der Privatsphäre geäussert wurden. Die Motion zum Reporting über die Kosten der Netzbeschluss-Strecken war im Zusammenhang mit dem NAF insofern wichtig, als zwischen den Kantonen und dem ASTRA Uneinigkeit über die Kosten bestand und diese Kosten, sollte der Netzbeschluss im NAF integriert sein, auch im Rahmen des NAF gedeckt werden sollten. Das ASTRA sah Kosten in der Höhe von CHF 105 Mio. auf die Bundeskasse zu kommen, die Kantone gingen jedoch von Kosten von nur CHF 35 Mio. aus. Mit dem Reporting sollten die effektiven Kosten bestimmt werden. Im Nationalrat wurde die Motion angenommen.

Im Vorjahr hatte die Bundesversammlung den Bundesbeschluss zur Beseitigung der drängendsten Engpässe im Nationalstrassennetz (Nordumfahrung Zürich, Ausbaumassnahmen im Raum Crissier) angenommen und die nötigen finanziellen Mittel freigegeben. Dennoch beschäftigten sich die Räte weiterhin mit den Kapazitätsengpässen auf dem Nationalstrassennetz. In der Frühjahrssession wies der Ständerat eine Motion Giezendanner (svp, AG) Engpassbeseitigung im Nationalstrassennetz als Zweitrat ab. Da sich die Motion aus Verfahrensgründen nicht abschreiben liess, weil sie vom Nationalrat erst im Vorjahr angenommen worden war, hatte die Kommission die Ablehnung empfohlen.

Sur préavis favorable du Conseil fédéral, la chambre basse a adopté, par 97 voix contre 53, une motion Giezendanner (udc, AG) chargeant le gouvernement d’entreprendre immédiatement la planification de la réalisation des projets non contestés du programme d’élimination des goulets d’étranglement.

À la suite du Conseil national l’année précédente, le Conseil des Etats a adopté, par 26 voix contre 11, la motion Giezendanner (udc, AG) visant à réduire la durée des chantiers et à garantir un traitement équitable des petites et moyennes entreprises (PME) dans la procédure d’adjudication pour les projets de constructions routières. Ce faisant, les sénateurs ont désavoué leur CTT, qui recommandait le rejet du texte, au motif que l’OFROU avait déjà pris les mesures nécessaires et que la durée des chantiers ne constitue qu’un critère d’adjudication parmi d’autres tout aussi importants. Le débat a essentiellement porté sur le second objectif de la motion et une majorité a plaidé pour une réforme des conditions d’adjudication des marchés publics, jugées par trop défavorables au PME.

Le Conseil national a adopté tacitement une motion Giezendanner (udc, AG) chargeant le Conseil fédéral d’adapter les directives et prescriptions régissant les projets de construction de routes afin de diminuer considérablement la durée des chantiers et, par là même, d’en atténuer les conséquences négatives pour le trafic et l’économie. Le gouvernement a accueilli favorablement la motion, tout en rappelant que la durée des travaux ne constitue qu’un critère parmi les plus importants (qualité des travaux, sécurité, coûts, nuisances pour les riverains, etc.).

Der Bundesrat präsentierte seine Botschaft zu einer Änderung des Schwerverkehrsabgabegesetzes, welche administrative Abläufe effizienter gestalten will und Massnahmen gegen säumige Zahler vorsieht. Giezendanner (svp, AG) zog seine Motion betreffend Änderung der LSVA-Verordnung (Erhebung der LSVA aufgrund der Stammnummer in Kombination mit dem Kontrollschild) (04.3715) zurück, da sein Anliegen erfüllt war.

Diskussionslos überwies das Parlament eine Motion Giezendanner (svp, AG), welche Treibstofftransporte des Bundes an privatwirtschaftliche Betriebe mit der LSVA belasten will.

Dans le cadre de l'initiative parlementaire Giezendanner (udc, AG), la CTT-CN a approuvé la proposition de sa sous-commission d'ouvrir une procédure de consultation sur le doublement du tunnel routier du Gothard. Lors de la présentation de son contre-projet à Avanti, la CTT-CN a dévoilé les résultats. Quatre cantons (Appenzell Rhodes Intérieures, Bâle-Campagne, Obwald, Tessin), le PL, le PRD, l'UDC, Economiesuisse et le lobby de la route (TCS, FRS, ASTAG) se sont déclarés favorables à une planification immédiate d'un deuxième tube, puis une construction en coordination avec celle du réseau autoroutier suisse. Treize cantons (Bâle-Ville, Berne, Grisons, Jura, Lucerne, Neuchâtel, Nidwald, Schaffhouse, Schwyz, Soleure, Uri, Vaud, Zoug, Zurich) se sont opposés au doublement. Le PCS, le PS, l'UDF et les Verts, ainsi qu'une pléiade d'organisation environnementales (ATE, WWF) et l'Initiative des Alpes, ont également manifesté leur opposition. Argovie, Appenzell Rhodes Extérieures, Fribourg, Genève, Glaris, Uri, Valais et le PDC étaient d'accord avec un début immédiat de la planification, mais sous conditions. Il est à noter qu'Uri s'est déclaré défavorable à une dérogation de l'article constitutionnel sur la protection des Alpes sous couvert d'une modification constitutionnelle. St Gall et Thurgovie ont renoncé à donner un avis. Les résultats de cette consultation n'ont toutefois pas été utilisés, car le traitement par la commission de l'initiative Giezendanner a été gelé. L'initiative Avanti avait la priorité des membre de la commission, alors que Moritz Leuenberger souhaitait que le parlement les traite ensemble. (Pour le procès de la discussion d'un second tube pour le tunnel autoroutier du Gothard afin de réfaire celui-ci, voir ici (2008) et ici (2016).)

Bien que l’initiative Avanti demandait aussi le percement d’un deuxième tunnel au Gothard, la sous-commission des transports du Conseil national, en charge de concrétiser l’initiative Giezendanner (udc, AG), a décidé de poursuivre ses travaux indépendamment d’elle. Sa tâche était de modifier le texte de l’Initiative des Alpes, qui interdit tout développement des routes en transit depuis 1994. Ayant pris connaissance, mais ne se satisfaisant pas des résultats de l’étude analysant l’évolution de la charge du trafic sur l’ensemble du réseau routier d’ici 2020, la sous-commission a demandé à l’OFROU de réaliser des simulations supplémentaires sur base de variables de départ différentes. Les nouveaux résultats invitaient à considérer qu’un deuxième tunnel ne serait pas superflu. A la lumière de ces conclusions et des contours du contre-projet à Avanti, elle a tenu à éclaircir la situation et à rappeler la distinction entre les deux objets. A la fin du mois d’octobre, la commission des transports du Conseil national est entrée en matière par 14 voix contre 10 sur l’initiative Giezendanner. La minorité rose-verte s’est opposée en vain à ce développement du tissu routier au cœur des Alpes. Aux yeux de la majorité bourgeoise, l’infrastructure ne pourra pas assumer les augmentations de trafic à venir. Par conséquent, la circulation séparée en deux tunnels serait à même de minimiser les risques d’accidents. Pour la gauche, en revanche, un deuxième tunnel augmenterait la circulation et l’insécurité sur tout le réseau routier. La commission n’a toutefois pas mis un point final à l’élaboration du projet de loi, car elle voulait disposer d’informations supplémentaires. La sous-commission a donc été priée de retravailler son rapport, notamment pour y amener des précisions sur les éléments concernant la sécurité.

Pour préparer son contre-projet, le Conseil fédéral s’est basé sur un document qui analysait l’évolution de la charge de trafic sur l’ensemble du réseau routier d’ici à 2020. Pour lui, les flux autour des agglomérations, ainsi que sur quelques tronçons d’autoroute, poseront problème à l’avenir. Une ébauche du contre projet a été rendue public en août, la version définitive est attendue pour le printemps 2002. Elle prévoit d’aménager les tronçons autoroutiers les plus encombrés et de désengorger les axes autour des grandes agglomérations. Le Gothard ne figure pas parmi les routes surchargées. D’après l’étude, c’est essentiellement le trafic Nord-Sud des vacanciers qui cause une cinquantaine de jours de congestion par an. Par conséquent, le percement d’un deuxième tunnel ne se justifiait pas pour le Conseil fédéral. Son contre-projet ambitionnait avant tout de cordonner le développement de la route et du rail en respectant la politique suisse des transports modal du premier vers le second. Toujours pour faire face à l’initiative, le Conseil fédéral proposait qu’un second article constitutionnel soit inséré dans le projet de la nouvelle péréquation financière avec les cantons, donnant à la Confédération une responsabilité en matière de trafic d’agglomération. Sans attendre la portée de cette proposition, le Conseil fédéral a pris deux mesures à court terme. Le crédit alloué aux entreprises de transport régional et local passera de CHF 130 à 170 millions dès 2002, afin de leur permettre de faire face aux investissements les plus importants. Les projets des transports publics en agglomération seront, d’autre part, pris en compte dans la deuxième étape de Rail 2000, ainsi que dans la convention sur les prestations 2003-2006 conclue avec les CFF. Il est à noter que sur la question du percement du Gothard, l’étude de l’Office fédéral des routes (OFROU), commandée par la sous-commission des transports du Conseil national pour l’application de l’initiative Giezendanner (99.421), aboutissait à un résultat totalement opposé de la simulation prise en compte par le Conseil fédéral. Les mesures prônées par la sous-commission l’étaient par conséquent aussi. Afin de pouvoir lancer une consultation et rédiger un message pour le Conseil national, la sous-commission a décidé de ne pas intégrer l’initiative parlementaire dans le débat à venir sur l’initiative Avanti. Elle préférait distinguer les deux textes afin que le peuple puisse en priorité se prononcer sur le principe de la construction d’un deuxième tunnel routier au Gothard (initiative Giezendanner). Bien qu’il n’ait pas à intervenir à ce stade de la procédure, Moritz Leuenberger a approuvé le choix de la sous-commission.
Seul le PS a manifesté son soutien à l’encontre du Conseil fédéral face à l’initiative Avanti. L’UDC souhaitait clairement le deuxième tunnel routier sous le Gothard et appuyait l’initiative. Le PRD était également favorable au Gothard bis, mais refusait l’idée d’un vote séparé proposé par la sous-commission du Conseil national. Quant au PDC, il demandait au Conseil fédéral d’examiner la compatibilité entre le second tube routier et l’article sur la protection des Alpes.

L’initiative "Avanti – pour des autoroutes sûres et performantes" a abouti en janvier avec 105'024 signatures valables. En attendant le contre-projet que le Conseil fédéral avait promis, le PRD et le PDC ont présenté un catalogue de mesures globales pour régler les problèmes de circulation en Suisse. Ces rapports avaient une portée générale; ils devaient à la fois répondre à l’initiative Avanti et à l’initiative parlementaire Giezendanner (udc, AG) (99.421). Ces deux initiatives avaient comme point commun le percement d’un deuxième tunnel routier au Gothard. Le document stratégique du PRD, formulé en contre-projet d’Avanti, reprenait ses aspects majeurs, avec une exception pour ce qui concernait l’A1 entre Berne et Zurich; il proposait de limiter l’élargissement à six voies aux goulets entre Haerkingen (SO) et Wiggertal, ainsi qu’au contournement de Zurich. A l’instar du PRD et de l’UDC, le PDC a aussi manifesté, via son rapport, son soutien au percement d’un deuxième tunnel du Gothard. Sa position était toutefois plus tranchée que celle du PRD, car ses priorités allaient à la construction des NLFA et le transfert de la route vers le rail.

L'initiative parlementaire d'Ulrich Giezendanner (udc, AG) pour entreprendre la planification des travaux d'une deuxième galerie autoroutière au Saint Gothard a recueilli le soutien du Conseil National (93 voix contre 86 et 3 abstentions). Dans le camp des oui se trouvaient les UDC, PRD et PL, et dans le camp des non les PS, les Verts, les évangéliques et apparentés et la majorité des PDC (16/12). Le vote du National allait à l'encontre de celui de sa Commission des transports, qui avait par 13 voix contre 12 proposé de ne pas donner suite à l'initiative. Elle l'avait repoussé car elle considérait que celle-ci allait à l'encontre de la politique des transports qui visait à renforcer le transfert des marchandises de la route sur le rail.

Le conseiller national Giezendanner (udc, AG) a lancé en juin une initiative parlementaire, cosignée de 96 députés, qui a fait couler beaucoup d’encre dans la presse nationale. L’initiative réclame l’ouverture d’un deuxième tube autoroutier au Gothard afin d’améliorer la sécurité. Quant à l’initiative populaire fédérale «pour une deuxième galerie au tunnel autoroutier du Saint-Gothard», lancée par le Parti de la liberté, son délai imparti pour la récolte de signatures a expiré en juillet.