In der Wintersession 2020 beugte sich der Ständerat ein zweites Mal über die Änderung des Nationalstrassenabgabegesetzes zur Einführung der E-Vignette. Nach dieser Debatte bestanden noch immer zwei Differenzen zum Nationalrat. Die erste Differenz wurde mit der Zustimmung zu einem Minderheitsantrag Herzog (sp, BS) aufrecht erhalten. Durch diesen beschloss der Ständerat, den Verkauf der Klebevignette im Ausland einzustellen. Auch Bundesrat Maurer sprach sich in der Debatte für diesen Minderheitsantrag aus, resultiere durch diesen doch eine Einsparung von CHF 8 Mio. pro Jahr. Die zweite Differenz betraf die Kontrollen zur Durchsetzung der Abgabe. Hier schlug die kleine Kammer vor, dass die Kantone selber entscheiden können, ob sie nebst mobilen Geräten auch feste Anlagen für die automatisierten Kontrollen einsetzen wollen. Mit diesen Differenzen ging das Geschäft zurück an den Nationalrat.

Die Änderung des Nationalstrassenabgabegesetzes zwecks Einführung einer freiwilligen digitalen Vignette wurde in der Wintersession 2019 im Ständerat traktandiert. Der Erstrat folgte der Empfehlung seiner Kommission und nahm, nachdem sowohl Kommissionssprecher Stefan Engler (cvp, GR) wie auch Bundesrat Ueli Maurer dem Rat versichert hatten, es gebe keine Datenschutzproblematik in der vorliegenden Regelung, die Vorlage mit 39 gegen 2 Stimmen (ohne Enthaltungen) an.
Zudem schrieb der Ständerat die Motion KVF-SR für die Einführung einer elektronischen Vignette (Mo. 16.3009) ab, welche im Rahmen der Debatte zum Nationalstrassenfonds im März bzw. Juni 2016 angenommen worden war und welche gemäss Regierung mit der nun behandelten bundesrätlichen Vorlage erfüllt sei.

Im Rahmen der Debatte zum Voranschlag 2020 verabschiedete das Parlament auch die Nachträge II und IIa zum Voranschlag 2019. Ersteren hatte der Bundesrat im September 2019 vorgestellt: Der Nachtrag II umfasste 13 Kredite in der Höhe von CHF 93 Mio., was abzüglich interner Kompensationen (CHF 2.6 Mio.) und Wertberichtigungen (CHF 2 Mio.) effektive Mehrausgaben von CHF 88.4 Mio. mit sich brachte. Dies entsprach 0.12 Prozent der Ausgaben des Voranschlags 2019, was im langjährigen Durchschnitt lag (2012-2018: 0.15%). Der grösste Beitrag sei die Einlage für den Nationalstrassen- und Agglomerationsfonds (NAF; CHF 57 Mio.), welche durch eine Änderung der Verbuchungsmethode begründet sei: Die Erträge der Bewirtschaftung der Nationalstrassen sowie Drittmittel von Kantonen und Gemeinden würden neu via ASTRA in den NAF eingelegt; diese Einlage müsse entsprechend erhöht werden. Um verzögerte Projekte fertigzustellen, sollte auch der Kredit für den Betrieb, Ausbau und Unterhalt der Nationalstrassen im Rahmen des NAF um CHF 15 Mio. erhöht werden. Auch in der Sonderrechnung für die Bahninfrastruktur (BIF) sollte der Kredit für den Substanzerhalt der Bahninfrastruktur für die aktualisierte Planung der Infrastrukturbetreiber und Seilbahnen um CHF 232 Mio. erhöht werden, wobei ein Teil dieser Kosten im Voranschlagskredit 2020 für den Betrieb kompensiert würde (-CHF 88 Mio.). Für die termingerechte Fertigstellung der Arbeiten am Ceneri-Basistunnel im Rahmen der NEAT forderte der Bundesrat einen zusätzlichen Kredit in der Höhe von CHF 39 Mio. Schliesslich musste der Bund CHF 25 Mio. zusätzlich an die EL zur IV bezahlen, deren Kosten im Jahr 2019 um denselben Betrag höher ausgefallen waren als im Voranschlag budgetiert.
Im Oktober 2019 legte der Bundesrat zudem den Nachtrag IIa vor, der zur «Honorierung der gezogenen Solidarbürgschaften für die schweizerische Hochseeschifffahrt» nötig geworden sei, wie die Regierung erklärte. Darin fasste sie das neuste Problem bezüglich der Hochseeschifffahrtsbürgschaften, die Einstellung des Schiffsbetriebs der acht Hochseeschiffe umfassenden Massmariner SA, zusammen. Der Bund verbürge Massmariner-Schiffe noch mit CHF 129 Mio., diese Bürgschaften seien nun nach dem Entscheid zum Verkauf dieser Schiffe gezogen worden. Der Bund sei nun gegenüber der betroffenen Bank zur Zahlung der ausstehenden verbürgten Darlehenssumme bis Februar 2020 verpflichtet.
Letzterer Nachtrag führte in der Nationalratsdebatte in der Wintersession 2020 zu einigen Diskussionen. Zuvor hatte der Ständerat alle Nachträge diskussionslos und stillschweigend angenommen. Bereits in der Kommission sei diese Frage intensiv diskutiert worden, erklärte Alois Gmür (cvp, SZ) im Nationalrat; die Mehrheit sei jedoch zum Schluss gekommen, «dass das Parlament wohl keine Alternative hat, als diesen Nachtragskredit zu bewilligen». Ähnlich formulierten es seine Ratskolleginnen und -kollegen, Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) sprach beispielsweise von einer «zähneknirschenden» Zustimmung. Pirmin Schwander (svp, SZ) hingegen stellte den Antrag, im Nachtrag II zum Voranschlag 2019 auf die Genehmigung der Zahlung zu verzichten. Der Bund und die betroffene Bank hätten die Begleichung der ausstehenden Darlehenssummen auf Februar 2020 festgelegt, der Bundesrat solle diese Frist nun neu aushandeln und dadurch der Oberaufsicht und dem Parlament die Möglichkeit geben, die Einsetzung einer PUK zu prüfen. Auch der SVP-Fraktion sei klar, dass man zahlen müsse, erklärte Schwander, man müsse nun aber Halt sagen und der weltweiten Hochseeschifffahrtsbranche ein Zeichen schicken, dass diese künftig die Preise nicht mehr so stark drücken könne. Bundesrat Maurer goutierte dieses Vorgehen keineswegs: «Sie können hier schon die starke Person spielen und sagen: «Wir bezahlen noch nicht!» Aber wir bezahlen ohnehin», betonte er und bat den Nationalrat, den Nachtrag zu bewilligen. Mit 103 zu 52 Stimmen (bei 40 Enthaltungen) folgte die grosse Kammer dieser Bitte. Die SVP sprach sich geschlossen gegen den Nachtrag aus, die SP und vereinzelte Nationalrätinnen und Nationalräte anderer Fraktionen enthielten sich ihrer Stimme.
Genauso wie diesen Nachtrag genehmigte der Nationalrat auch die übrigen, kleineren Ausgaben: unter anderem CHF 3.4 Mio. aufgrund der Erhöhung des Beitragssatzes der Schweiz für das UNO-Budget; CHF 1.7 Mio. für die Arbeitslosenversicherung, da der Bund 2018 einen zu tiefen Beitrag geleistet hatte; CHF 1 Mio. für das IT-Programm Genova, die durch eine Verzögerung von sechs Monaten aufgrund von Stabilitätsmängeln der Software nötig geworden waren; CHF 430'000 aufgrund von Änderungen am Beitragsschlüssel der OECD; CHF 350'000 für die Bundesanwaltschaft, die durch die Untersuchungen im Disziplinarverfahren betreffend Bundesanwalt Michael Lauber nötig geworden waren; sowie CHF 300’000 für die Zollverwaltung aufgrund der Erhöhung des Frontex-Budgets.

Im April 2019 veröffentlichte der Bundesrat die Staatsrechnung 2018. Wie immer seit dem Jahr 2009 schrieb der Bund schwarze Zahlen – im Schnitt beträgt der jährliche Haushaltsüberschuss seit 2009 CHF 2.8 Mrd. Das Finanzierungsergebnis 2018 ergab einen Überschuss in der Höhe von CHF 3.029 Mrd.; prognostiziert worden war ein Überschuss von CHF 295 Mio. Wie bereits im Vorjahr war der hohe Überschuss auf die hohen ordentlichen Einnahmen zurückzuführen; diese übertrafen die veranschlagten Einnahmen um CHF 2.2 Mrd. und kamen insgesamt auf CHF 73.5 Mrd. zu liegen. Auch dieses Jahr wurden vor allem Mehreinnahmen bei der Verrechnungssteuer (+CHF 1.6 Mrd.) und bei der direkten Bundessteuer (+CHF 0.9 Mrd.) verzeichnet. Hinzu kamen ausserordentliche Einnahmen in der Höhe von CHF 90 Mio., die von der Rückzahlung der unrechtmässig erhaltenen Subventionen der Postauto AG stammten. Die ordentlichen Ausgaben beliefen sich auf CHF 70.6 Mrd. und unterschritten den Voranschlag um CHF 450 Mio.; ungefähr CHF 300 Mio. weniger wurden bei der Sicherheit, etwa CHF 400 Mio. weniger bei der sozialen Wohlfahrt ausgegeben. Einige Bereiche verzeichneten jedoch auch höhere Ausgaben als geplant.
Erstmals seit 1997 fielen die Bruttoschulden unter CHF 100 Mrd.; sie wurden um CHF 5.8 Mrd. auf CHF 99.4 Mrd. reduziert. Die Erfolgsrechnung schloss mit einem Ertragsüberschuss von CHF 5.7 Mrd., die Investitionsrechnung mit einem Minus von CHF 9.7 Mrd. Begründet wurde Letzteres durch den Ausgabenanstieg um 30.1 Prozent auf Ausgaben in der Höhe von 10.9 Mrd., die der Bundesrat insbesondere durch die erstmaligen Einlagen im Netzzuschlagsfonds (CHF 1.3 Mrd) und im Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds (CHF 1.1 Mrd.) erklärte. Im Rahmen der Staatsrechnung 2018 publizierte der Bundesrat auch die im letzten Jahr geforderten Korrekturen an der Staatsrechnung 2017.
Die Medien schwankten in ihrer Beurteilung des Ergebnisses wie schon im Jahr zuvor zwischen Freude über den Überschuss und Kritik an der Differenz zum Voranschlag. Der Tagesanzeiger sprach von einem «Rekordergebnis» und zitierte Philipp Müller (fdp, AG), der die Überschüsse als «Konjunkturpuffer» befürwortete. Er liess aber auch Erich Ettlin (cvp, OW) und Mattea Meyer (sp, ZH) mit eher bis sehr kritischen Stimmen zu Wort kommen. Letztere vermutete eine Systematik hinter den pessimistischen Schätzungen und kritisierte insbesondere die Schuldenbremse.

Kaum zu Diskussion, jedoch zu ausführlichen Berichten der Kommissionssprecherinnen und -sprecher kam es im Ständerat, der die Staatsrechnung, die Rechnung des Bahninfrastrukturfonds sowie die Rechnung des Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds für das Jahr 2018 in der Sommersession 2019 einstimmig annahm. Im Nationalrat wurde zwar etwas länger über die Staatsrechnung diskutiert – einmal mehr warnten die Bürgerlichen, darunter auch Finanzminister Maurer, vor kritischeren Aussichten für die Zukunft und mahnten folglich zu Sparsamkeit, während die Linken eben genau dieses Vorgehen des Mahnens, Sparens und Überschüsse-Schreibens kritisierten. Dennoch nahm auch der Nationalrat alle drei Rechnungen einstimmig an.

Im August 2018 legte der Bundesrat dem Parlament das am 7. Juni 2017 unterzeichnete multilaterale Übereinkommen zur Umsetzung steuerabkommensbezogener Massnahmen zur Verhinderung der Gewinnverkürzung und Gewinnverlagerung zur Genehmigung vor. Hintergrund des Übereinkommens ist der Wunsch nach Bekämpfung der ungerechtfertigten Steuervermeidungen multinationaler Unternehmen. Im Rahmen dieser Arbeiten durch die OECD – dem sogenannten BEPS-Projekt («Base Erosion and Profit Shifting») – wurden Vorschläge für Anpassungen der Doppelbesteuerungsabkommen (DBA) ausgearbeitet, was wiederum Arbeiten an einem multilateralen Instrument zur effizienteren Änderung bilateraler Doppelbesteuerungsabkommen nach sich zog. Im November 2016 legte eine Ad-Hoc-Gruppe bestehend aus über 100 Staaten, darunter auch die Schweiz, das entsprechende multilaterale Abkommen vor. Damit sollen insbesondere Mindeststandards gegen Abkommensmissbrauch und für die Streitbeilegung eingeführt werden. Diese entsprächen gemäss der Botschaft des Bundesrates bereits der Praxis der Schweiz. Zukünftig würde deren Einhaltung zusätzlich durch vom «Forum on Harmful Tax Practices» (FHTP) durchgeführte Peer-Reviews überprüft. Bezüglich der übrigen Bestimmungen des Übereinkommens können Vorbehalte vorgebracht werden, wovon die Schweiz auch Gebrauch machte.

Im Ständerat, der die Genehmigung des Übereinkommens in der Wintersession 2018 behandelte, stiess die Vorlage auf deutlich weniger Widerstand als die erste multilaterale Vereinbarung im Rahmen des BEPS. Kommissionssprecher Bischof (cvp, SO) verwies nochmals auf die Vorbehalte, welche die Schweiz angebracht hatte. Als Kern der Vorlage machte er die zukünftige Berechtigung des Bundesrates aus, genehmigte Abkommen auf zusätzliche Staaten auszudehnen. Eine Änderung der Vorbehalte bedürfte jedoch eines ordentlichen Staatsvertragsverfahrens, betonte er. Auch Finanzminister Maurer lobte den Nutzen der Vorlage: Das Übereinkommen betreffe 14 Doppelbesteuerungsabkommen der Schweiz, die dadurch auf den neusten Stand gebracht würden – ohne dass jedoch neue Standards geschaffen würden. Mit 33 zu 1 Stimmen bei 3 Enthaltungen genehmigte der Ständerat das Übereinkommen.

Mit einer im September 2015 eingereichten Motion verlangte Nationalrat Regazzi (cvp, TI) die Implementierung des Abfertigungsverfahrens Transito auch am Grenzübergang Chiasso-Brogeda. Transito sei in Basel-Weil am Rhein sehr erfolgreich, es habe die Staustunden am Grenzübergang deutlich reduziert. In Chiasso-Brodega sei das Abfertigungsverfahren deshalb ebenfalls einzuführen. Der Bundesrat beantragte im November 2015 die Ablehnung der Motion und begründete dies mit der fehlenden Unterstützung Italiens. Die Einführung von Transito sei mit Italien abgesprochen worden, doch sei seit 2006 von Italien nie eine Genehmigung des Projekts eingegangen, noch hätte Italien seinen Anteil von CHF 35 Mio. an den Gesamtkosten von rund CHF 45 Mio. zugesagt, um die baulich notwendigen Massnahmen am Grenzübergang zu finanzieren. Der Bund beobachte die Situation in Chiasso-Brodega seit Jahren, sei aber zum Schluss gekommen, dass wegen der rückläufigen Zahl der Lastwagen momentan kein Handlungsbedarf gegeben sei. Bundesrat Maurer erklärte im Mai 2017 im Nationalrat erneut, dass der Ball bei Italien liege. Der Nationalrat nahm die Motion dennoch mit 137 gegen 52 Stimmen (1 Enthaltung) an. Der Ständerat behandelte das Geschäft im Dezember 2017 und nahm die Motion ebenfalls an: Mit 29 gegen 12 Stimmen (keine Enthaltungen).

Lors de la session de printemps 2017, la chambre des cantons a étudié l’Accord multilatéral entre autorités compétentes portant sur l’échange des déclarations pays par pays («Country-by-Country-Reporting»). Le Conseil des Etats s’est donc penché sur l’approbation et la mise en œuvre de la loi fédérale sur l’échange international automatique des déclarations pays par pays des groupes d’entreprises multinationales (LEDPP). Cette nouvelle législation, fruit du projet BEPS de l’OCDE et de discussions au sein du G20, concerne environ 200 multinationales basées en Suisse. En filigrane de cet accord, un objectif régit les mesures du projet: une hausse de la transparence. Ainsi, les entreprises multinationales concernées devront, dorénavant, remplir une déclaration «pays par pays» qui fournira les informations nécessaires afin d’éviter une imposition uniquement dans des pays fiscalement concurrentiels.
Dans l’ensemble, le Conseil des Etats a accepté le projet par 40 voix contre une. Ueli Maurer, ministre des finances, a défendu le projet face aux doutes émis au sein de la droite de l’hémicycle. En effet, certains sénateurs de droite ont parlé de dérive bureaucratique dictée par la pression internationale. Du côté de la gauche, deux revendications supplémentaires ont été rejetées. Tout d’abord, il s’agissait de la volonté d’imposer la transmission d’un fichier principal et d’un fichier local, repoussée par 28 voix contre huit, et ensuite, le souhait d’imposer au gouvernement une coopération avec tous les Etats engagés, rejeté par 30 voix contre 13. Finalement, la chambre des cantons a revu à la baisse le régime des sanctions induit par des indications inexactes ou incomplètes. Il a supprimé l’amende de 100'000 francs.
Lors de la session d’été, au sein de la chambre du peuple, seul l’UDC s’est opposé à l’accord. La Commission de l’économie et des redevances du Conseil national (CER-CN) a insisté sur le manque de marge de manœuvre et les répercussions négatives d’un rejet du projet avec notamment l’épée de Damoclès de la liste noire pour les entreprises helvétiques. Au final, les parlementaires du Conseil national ont assoupli certaines mesures comme la définition d’un groupe et d’une société mère, ont prolongé le délai pour s’annoncer à 90 jours et réduit les sanctions prévues. Ainsi, la chambre du peuple a non seulement suivi sa consœur en supprimant l’amende de 100'000 pour indications inexactes ou incomplètes, mais a aussi réduit l’amende a 100'000 francs au lieu de 250'000 francs en cas de comportement intentionnel et a fixé un plafond maximal de 50'000 francs en cas de dépôt tardif.
Lors du vote final le 16 juin 2017, le Conseil national a validé le projet d'arrêté fédéral par 129 voix contre 64 et trois abstentions, et la LEDPP à l'unanimité par 196 voix, alors que le Conseil des Etats a donné son approbation à l'arrêté fédéral par 37 voix contre cinq et une abstention, et à la LEDPP à l'unanimité par 43 voix et une abstention.

Mittels Postulat forderte Giovanni Merlini (fdp, TI) den Bundesrat auf, einen Bericht zu erarbeiten, der die gegenwärtigen Beziehungen zwischen EU und OECD auf der einen Seite und der Schweiz auf der anderen Seite hinsichtlich der Besteuerung natürlicher und juristischer Personen darlegt. Besonders zu beachten sei die «aggressive Steuerpolitik» einzelner EU- und OECD-Länder sowie die von der Europäischen Kommission beabsichtigte Erstellung einer schwarzen Liste mit Steueroasen. Der Postulant kritisierte die in der Vergangenheit von EU und OECD eingenommene «feindselige Haltung» gegenüber der schweizerischen Steuerpolitik, welche vor allem durch die inkohärente Anwendung der Beurteilungskriterien bei der Erstellung von Länderlisten spürbar geworden sei. Er bemängelte unter anderem die Bevorzugung von EU-Mitgliedsstaaten respektive die strengere Behandlung von Drittstaaten sowie die fehlende Berücksichtigung sogenannter Tax Rulings.
In seiner Antwort vom Mai 2017 verwies der Bundesrat darauf, dass die Schweiz die Kriterien des Steuerscreenings für verantwortungsvolles Handeln im Steuerbereich bereits mehrheitlich erfülle und sie daher nicht auf der schwarzen Liste der EU geführt werden würde. EU-Mitgliedstaaten seien von diesem Screening ausgenommen, da sie zur Einhaltung EU-interner Regelungen verpflichtet seien und auch von mit der OECD verbundenen Gremien überprüft werden würden.

Bei der Behandlung im Nationalrat im März 2018 hob der zuständige Bundesrat Ueli Maurer zudem hervor, dass mit der Steuervorlage 17 das Schweizer Steuerregime für den internationalen Steuerwettbewerb angepasst werde und viele Bedenken des Postulanten bereits aufgenommen worden seien. Der durch das Postulat geforderte Bericht enthielte zudem Informationen, die öffentlich verfügbar seien und sich monatlich verändern könnten, und wäre also bei seiner Publikation bereits veraltet. Somit sei das Postulat nicht zielführend. Dementsprechend empfahl der Bundesrat die Ablehnung des Postulats. Der Nationalrat folgte diesem Antrag jedoch nicht und überwies das Postulat mit 168 zu 21 Stimmen (bei 0 Enthaltungen).